Method Article

Fosfo akış sitometresi ile floresan hücre barkodlama tek hücre Analizi ve biyomarker keşif sinyal

DOI:

10.3791/58386

October 4th, 2018

In This Article

Summary

Loading...
$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Burada, hücresel düzeyde protein fosforilasyon olayların orta-yüksek performans analizi için bir protokol sunulmuştur. Fosfo akış sitometresi sinyal aberasyonları karakterize, tanımlamak ve biyolojik doğrulamak ve Özellikler değerlendirmek için güçlü bir yaklaşımdır.

Abstract

Loading...
$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Anormal hücre sinyallemesi kanser gelişme ve ilerleme içinde merkezi bir rol oynar. En yeni hedefli tedaviler gerçekten de protein ve protein işlevleri yönlendirilir ve hücre sinyal aberasyonları bu nedenle kişiselleştirilmiş tedavi seçenekleri belirtmek için biyolojik hizmet verebilir. DNA ve RNA analizleri aksine, protein aktivite değişiklikleri ilaç duyarlılığı ve direnç temel mekanizmaları daha verimli bir şekilde değerlendirebilir. Fosfo akış sitometresi protein fosforilasyon olaylar hücresel düzeyde, bu yöntem diğer antikor tabanlı yaklaşımlardan ayıran önemli bir özelliği ölçer güçlü bir tekniktir. Yöntemi aynı anda birden çok sinyal proteinleri analiz için sağlar. Floresan cep barkod ile birlikte, daha büyük orta-yüksek performans veri setleri kısa sürede standart sitometresi donanım tarafından elde edilebilir. Fosfo akış sitometresi uygulamaları temel biyoloji çalışmalarda ve klinik araştırmada, sinyal analizi, biyomarker keşif ve özellikler bir değerlendirme de dahil olmak üzere var. Burada, detaylı bir deneysel protokol Fosfo akışı analizi arıtılmış periferik kan mononükleer hücre, kronik lenfositik lösemi hücreleri örnek olarak kullanarak sağlar.

Introduction

Loading...
$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Fosfo akış sitometresi protein fosforilasyon düzeyleri tek hücreli çözünürlükte analiz etmek için kullanılır. Genel yöntem belirtilen koşullar altında hücresel sinyal desenleri eşlemek için hedeftir. Akış Sitometresi multiparameter kapasitesi sömürerek, birkaç sinyal yollar aynı anda periferik kan gibi türdeş olmayan hücre nüfusunun farklı alt kümeleri olarak analiz edilebilir. Bu özellikler diğer antikor tabanlı teknolojileri immünhistokimya, enzim bağlı immunosorbent assay (ELISA), protein dizi ve ters faz protein dizi (RPPA)1gibi avantajlar sunuyor. Fosfo akış sitometresi floresan cep Barkod (FCB), böylece onlar birlikte karışık olabilir, lekeli ve tek örnek2olarak analiz tek hücre örnekleri floresan boyalar benzersiz imzaları ile etiketlenir anlamına gelir ile kombine edilebilir. Bu antikor tüketimini azaltır veri sağlamlık, kontrol ve tedavi örnekleri birleşimiyle artar ve edinme hızını artırır. Kombine FCB nüfus daha küçük örnekleri bölünmüş ve malzeme başlayan miktarına bağlı olarak 35 farklı Fosfo-özel antikorlar ile lekeli. Büyük profil oluşturma deneyler böylece, standart sitometresi donanım ile çalıştırabilirsiniz. Fosfo akış sitometresi yollar hasta numuneleri kronik lenfositik lösemi (CLL)3,4,5, akut miyeloid lösemi (AML) dahil olmak üzere birçok hematolojik kanserlerin sinyal profil uygulandı 6 ve non-Hodgkin lenfomalarin bazilarinin7. Fosfo akış sitometresi böylece sinyal aberasyonları karakterize, tanımlamak ve biyolojik doğrulamak ve Özellikler değerlendirmek için güçlü bir yaklaşımdır.

Burada, analiz Fosfo akış sitometresi tarafından CLL hasta örnekleri için en iyi duruma getirilmiş iletişim kuralı (Şekil 1A) sağlanır. Bazal sinyal karakterizasyonu, anti-IgM/B hücre reseptörü stimülasyon ve uyuşturucu pertürbasyon örnekleri gösterilir. Bir FCB matris ayrıntılı bir açıklamasını sağlar. Protokol kolayca diğer süspansiyon hücre tipleri için adapte edilebilir.

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Protocol

Loading...
$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Yazılı onam tüm bağış takip kan örnekleri alındı. Tıp ve sağlık araştırma etik ve Güney-Doğu Norveç için çalışma bölge Komitesi tarafından kabul edildi ve insan kanı üzerinde araştırma Helsinki Bildirgesi8uygun olarak gerçekleştirilmiştir.

Not: 1-3 adımları bir doku kültürü başlıklı steril koşullarda gerçekleştirilmesi gerekiyor.

1. yalıtım periferik kan mononükleer hücre (PBMCs) CLL hasta kan örnekleri

Dikkat: İnsan kanı seviye 2 için düzenlemelere göre ele alınmalıdır.

  1. Kan fosfat tamponlu tuz ile 1:1 oranında seyreltin (PBS: 136.9 mM NaCl, 2.7 mM KCl, 10,1 mM Na2HPO4 x 2 H2O, 1.8 mM KH2PO4, pH 7,4) ve 50 mL tüpler (30 mL/tüp) aktarmak.
  2. Dikkatli bir yoğunluk gradient Orta (Örneğin, Lymphoprep) 10 mL tüp 10 mL pipet kullanarak alt katman.
  3. 4 ° C'de 20 dk için 800 x g, santrifüj PBMCs şimdi yoğunluğu üzerinde gradyan orta katmanı görülebilir.
  4. Pasteur pipet hücreleri iki yeni 50 mL tüpler içine aktarmak için kullanın. PBS (tüpler doldurmak) iki kez yıkayın.
  5. 15 dk. atma süpernatant 350 x g, santrifüj kapasitesi ve PBS 3 mL resuspend.
  6. Tercih edilen bir yöntem kullanarak hücreleri saymak.
  7. 350 x g 5 dk. atmak için de hücreleri süpernatant santrifüj kapasitesi. Not: 1.8-3.2 isteğe bağlı adımlardır. Doğrudan 3.3 tutamaçlarından mümkündür.
  8. % 10 dimetil sülfoksit (DMSO) ile desteklenmiş fetal Sığır serum (FBS) hücrelerde resuspend ve aşağı cryo borular kullanarak uygun aliquots dondurma.
    Not: DMSO hücrelere toksiktir. Hızlı hücreleri FBS/DMSO ile karışınca iş. Hücreler sıvı azot içinde saklı uzun süreli olabilir.

2. hücreleri çözme

  1. Hızlı bir şekilde 37 ° C su banyosu hücrelerde çözülme.
    Not: DMSO hücrelere toksiktir. Hızlı DMSO maruz sınırlamak için çalışırlar.
  2. Bir kez 10 mL soğuk Roswell Park Memorial Enstitüsü Orta (RPMI 1640 tamamlayıcı GlutaMAX ile bkz: Malzemeler tablo) içeren hücreleri yıkayın.
  3. 5 dakika süreyle 300 x g, santrifüj süpernatant atmak.
  4. Sodyum pyruvate, MEM esansiyel olmayan amino asitler ve penisilin/streptomisin (1 x seyreltme talimatlara göre ekledi) ve % 10 RPMI 1640 orta hücrelerde resuspend FBS. Hücreleri bir küçük hücreli kültür şişesi aktarmak ve bir kuluçka %5 CO2, 37 ° C hücrelere ayarlamak izin vermek 1 saat bırakın.

3. hücre hazırlanması

  1. Tercih edilen bir yöntem kullanarak canlı hücreleri saymak.
  2. Hücreleri bir 50 mL tüp aktarmak ve 5 dakika süreyle 300 x g, santrifüj süpernatant atın.
  3. %1 ile desteklenmiş RPMI 1640 Orta (adım 2.2) hücrelerde resuspend FBS en fazla 50 x 106 hücre/ml.
  4. Hücre süspansiyon gerekli miktarda 96 iyi V-alt plaka wells aktarın.
    Not: Kuyu sayısı koşulları test edilecek sayısına karşılık gelir. Bir stimülasyon zamanlı kurs için örnekleri tek bir kuyudan çizilir. Zaman noktası + 50 µL ölü biriminin başına 50 µL örnek hesaplayın. Örnekleri için tazminat denetimleri (bir günahı örnek + barkod boya başına bir örnek) kaydedin.
  5. Transfer 96 iyi plaka önceden ısıtılmış 37 ° C su banyosu. Hücreler için 10 dk bekletin.

4. stimülasyon ve hücreleri fiksasyonu

Not: 4-8 (Yani, değil steril) laboratuvar bankta adımları.

Dikkat: Arabellek düzeltmek ana madde ben olduğunu zehirli paraformaldehyde (solunum yolu ve deri temas). Özenle hallederim.

  1. 96 iyi V-alt plaka düzeltmek arabelleği 60 µL ile hazırlamak ben iyi örnek başına ücret. 37 ° C su banyosu içinde bırakın.
    Not: Hücreler: Düzeltme arabellek 1:1 olmalıdır. 37 ° C'de buharlaşma için izin vermek için düzeltme arabellek başlangıçta bolluk içinde olur.
  2. İsteğe bağlı olarak, uyuşturucu stimülasyon önce hücrelerle tedavi.
  3. 50 µL denetimi örneğini düzeltme plakasına aktarın. Yukarı ve aşağı pipetting tarafından karıştırın.
  4. İsteğe bağlı olarak, stimülasyon zamanlı kurs 10 µg/mL anti-IgM hücrelere ekleyerek başlayın. Yukarı ve aşağı pipetting tarafından karıştırın.
  5. 50 µL örnek her zaman-nokta düzeltme plakasına aktarın. Yukarı ve aşağı pipetting tarafından karıştırın.
    Not: Anti-indüklenen genellikle erken başlatılır sinyal IgM (dakika).
  6. Son örnek eklendikten sonra 10 dk 37 ° C'de düzeltme plaka bırakın.

5. floresan cep Barkod (FCB)

Not: Barkodlama reaktifler bir listesi için bkz. Tablo 1 .

  1. Sabit hücreleri 3 yıkama x PBS (kuyuları doldurmak) ile.
  2. 5 dakika süreyle 500 x g, santrifüj süpernatant atmak.
  3. 96 iyi V-alt plaka barkodlama reaktifleri ile hazırlayın. Damlalıklı 5 µL her barkod reaktif boyama matris, Örneğin, Şekil1B takip tüm örneklerini leke için gerekli kombinasyon kuyuda başına. Her örnek farklı tedarikçilerden konsantrasyonları benzersiz bir kombinasyonu gerekir.
  4. PBS ve aktarma barkodlama plaka 190 µL hücrelerde resuspend. İyice karıştırın.
    Not: Her barkod reaktif için kullanılan en yüksek son konsantrasyon ile bir tazminat örnek leke ve bir günahı örnek kaydedin.
  5. Hücre içinde belgili tanımlık karanlık oda sıcaklığında 20 dakika bırakın.
  6. Lekeli hücreleri 2 yıkama ile akış yıkama (PBS, %1 FBS, %0,09 sodyum azid) x (kuyuları dolgu).
  7. 5 dakika süreyle 500 x g, santrifüj süpernatant atmak.
  8. Akış yıkama 190 µL hücrelere ekleme ve bir 15 mL tüp barkodlu örneklerinde birleştirir. Her tazminat ayrı 1.7 mL tüp aktaracağım.
  9. 5 dakika süreyle 500 x g, santrifüj süpernatant atmak.

6. hücre Permeabilization hücre içi antijen boyama için

Uyarı: Toksik (solunum yolu ve deri temas) ve yanıcı olan metanol perma arabellek III ana madde olduğunu. Özenle hallederim.

  1. Perm arabellek III 2 mL 15 mL tüp aktarın. Yani üye olmakla kullanım buz gibi-20 ° C'de bırakın.
    Not: Perm arabellek-20 ° C'de deneme başından itibaren bırakılabilir.
  2. Barkodlu hücre nüfus (15 mL tüp içinde) buz gibi perma arabelleğe 1,5 mL ve 100 µL her tazminat denetimi (1.7 mL tüpler) drop-wise vortexing hücreleri birlikte yığın önlemek için ekleyin.
  3. Hücreleri doğrudan-80 ° C'ye aktarma En az 30 dk için bırakın.
    Not: Bu noktada deneme duraklatmak için doğaldır. Perm arabellek hücrelerde-80 ° C'de saklı uzun vadeli olabilir

7. antikor boyama

Not: Malzemeler tablo bildirilen Fosfo-özel antikorlar bir listesi için bkz:.

  1. Hücreleri-80 ° C'den bir buz kutusuna aktarın.
  2. 3 x akışı yıkama ile yıkayın.
    Not: Hücre Pelet görmek için fazla akışı yıkama eklemek önemlidir, Örneğin, her tazminat denetim akışı yıkama barkodlu hücre nüfus ve 1 mL 3 mL ekleyin.
  3. 4 ° C'de 5 min için 500 x g, santrifüj Süpernatant atmak.
  4. Barkodlu hücre nüfus Fosfo-antikor leke hücre süspansiyon, 25 µL sağlayan akış yıkama hacmi resuspend. Tazminat denetim akışı yıkama 200 µL içinde resuspend.
  5. Antikorlar 96 iyi V-alt plaka içinde boyama için hazırlayın. Son hacim 50 µL/iyi olacak. İyi 10 µL, yüzey marker son hacmi 15 µL ve hücre süspansiyon, 25 µL yıkamaya akışı içinde seyreltilmiş son hacmi yıkamaya akışı içinde seyreltilmiş Fosfo özgü antikor ekleyin.
    Not: Antikor dilutions deneme önce titre. İzotip kontrol içerir.
  6. Karanlık oda sıcaklığında 30 dk için hücreleri bırakın.
  7. Lekeli hücreleri 2 yıkama x akışı yıkama (kuyuları doldurmak) ile.
  8. 5 dakika süreyle 500 x g, santrifüj süpernatant atmak.
  9. Akış yıkama 150 µL hücrelerde resuspend.

8. tazminat denetimleri hazırlanması

  1. Tazminat denetimleri antikor boyama paralel olarak antikor Birleşik fluorochromes için hazır olun. Tazminat boncuk göre için satıcının yönergelerini kullanın.

9. Akış Sitometresi Analizi

Not: Deneme bir akış sitometresi bir yüksek üretilen iş örnekleyici (HTS) ile çalıştırılabilir.

  1. Photomultiplier tüp (PMT) gerilim günahı kontrol ile en iyi duruma getirme.
  2. Tazminat denetimleri çalıştırmak ve tazminat matris hesaplayın.
  3. Çalışma örnekleri. Olay oranı uygun olarak araç özellikleri olmalıdır.

10. geçişi strateji ve veri analizi

  1. Akış Sitometresi Analizi Yazılım deneme alma FCS dosyaları FlowJo veya Cytobank (https://cellmass.cytobank.org) gibi.
  2. Perdeleme strateji
    1. SSC-A karşı komplo tarafından lenfositler seçin FSC-A bir yoğunluk nokta arsa.
    2. Lenfosit görüntüleyip SSC-A karşı FSC -W. komplo tarafından gömlek seçin
    3. Tek hücre ve hücre yazın SSC-A karşı yüzey işaretçiyi komplo tarafından kapı görüntüler.
    4. Hücre türü nüfus Pasifik mavi karşı SSC-A yoğunluğu plan yaptığını görüntülemek ve onların Pasifik yoğunluğu boyama mavi üzerinde dayalı farklı FCB nüfus seçin ( Şekil 1A' ya bakınız).
    5. Fosfo antikor kanal FCB kanal karşı veya bir heatmap olarak arsa (şekil 1Afosforilasyon olaylarını görüntülemek için'ya bakınız).
  3. Fosfo-sinyalleri Fosfo-sinyal karşı izotip kontrol MFI (medyan floresan yoğunluğu) ters hiperbolik sinüsü (arcsinh) kullanarak hesaplamak (bazal fosforilasyon, bkz: düzeyleri Şekil 1 d), ya da uyarılmış karşı unstimulated hücre popülasyonlarının (bkz. Şekil 1E).

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Results

Loading...
$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Fosfo akış sitometresi Protokolü ana adımları Şekil 1A' gösterilmiştir. Sunulan örnekte CLL hücreleri ile dört dilutions, Pasifik mavi barkodlama reaktif lekeli. Üç boyutlu barkod Şekil 1Badımında gösterildiği gibi üç barkodlama boya, birleştirerek gerçekleştirilebilir. Bireysel örnekleri sonra sonraki her barkod reaktif karşı üzerinde SSC-A (Şekil 1 c) çoğunluğuna tarafından deconvoluted. B...

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Discussion

Loading...
$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Fosfo akış sitometresi tek hücrelerdeki protein fosforilasyon düzeyleri ölçmek için güçlü bir tekniktir. Antikorlar ile boyama yöntemi kullanır beri Fosfo akış sitometresi göre antikor miktarı sınırlıdır. Ayrıca, güvenilir sonuçlar elde etmek için tüm antikor olmalı titre ve kullanmadan önce doğrulanmadı. Titrasyon Fosfo özgü antikorların için detaylı bir protokol oldu başka bir bölümünde12. Panel Tasarım sırasında sinyal-gürültü oranı göz önüne alınması önemlidir. Sunulan örnekte, tüm Fosfo-antik...

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Disclosures

Loading...
$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Yazar ifşa etmek hiçbir şey vardır.

Acknowledgements

Loading...
$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Bu eser Profesör Kjetil Taskén laboratuarda yapılmıştır ve Norveç Kanser Derneği ve Stiftelsen Kristian Gerhard Jebsen tarafından desteklenmiştir. Johannes Landskron ve Marianne Enger el yazması eleştirel okuma için kabul vardır.

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Materials

List of materials used in this article
NameCompanyCatalog NumberComments
RPMI 1640 GlutaMAXThermoFisher Scientific61870-010Hücre kültürü ortamı
Fetal sığır serumuThermoFisher Scientific10270169Hücre kültürü ortamına katkı maddesi
Sodyum piruvatThermoFisher Scientific11360-039Hücre kültürü ortamına katkı
MEM esansiyel olmayan amino asitlerThermoFisher Scientific11140-035Hücre kültürü ortamına katkı maddesi
LymphoprepAlere Technologies AS1114547Yoğunluk gradyan ortamı
Anti-IgMSouthern Biotech2022-01B hücre reseptörünün uyarılması için
BD Fosakış Düzeltme Tamponu IBD557870Fiksasyon tamponu
BD Fosakış Perma Tamponu IIIBD558050Geçirgenleştirme tamponu
Alexa Fluor 488 5-TFPThermoFisher ScientificA30005Barkodlama reaktifi
Pasifik Mavisi Süksinimidil EsterThermoFisher ScientificP10163Barkodlama reaktifi
Pasifik Turuncusu Süksinimidil Ester, Trietilamonyum TuzuThermoFisher ScientificP30253Barkodlama reaktifi
Kompanzasyon boncuklarıKullanıcıDoğru türler tarafından tanımlanır reaktivite
Falcon tüpleri kullanıcı tarafından tanımlanır< / em >
Eppendorf tüpleri kullanıcı tarafından tanımlanır < / em >
96 kuyulu V-alt plakalar kullanıcı tarafından tanımlanır < / em >Akış sitometresi ile uyumlu
Santrifüjler Eppendorf tüpleri, Falcon tüpleri ve plakaları için
Su banyosu kullanıcı tarafından tanımlanır< / em >Sıcaklık ayarlı
Akış sitometresi kullanıcı tarafından tanımlanır< / em >Yüksek Verimli Örnekleyici (HTS) ile
Adı< / güçlü > <güçlü > Şirket< / güçlü> < güçlü > Katalog Numarası< / güçlü >< güçlü > Yorumlar< / güçlü >
< güçlü > antijen< / güçlü >
AKT (pS473)Hücre Sinyal Teknolojileri4075< güçlü > Klon: < / güçlü> D9E < br / > Referans: < / güçlü> Myhrvold ve diğerleri, 2018, Fosfo-protein seviyelerinin tek hücre profili.., Oncotarget, 9(10):9273-9284
Parente-Ribes ve diğerleri, 2016, Dalak tirozin kinaz inhibitörleri azaltır ve hellip;, Haematologica, 101(2):e59-62
Skå nland ve diğerleri, 2014, CD2 ve CD28&hellip yoluyla T hücresi ko-stimülasyonu;, Biochem J, 460(3):399-410
Kalland ve diğerleri, 2012, Normal ve transforme edilmiş …'de proksimal sinyallemenin modülasyonu;, Exp Cell Res, 318(14):1611-9
ATF-2 (pT71)Santa Cruz Biyoteknolojisc-8398Clone: F-1
Referans: < / güçlü> Skå nland ve ark., 2014, CD2 ve CD28&hellip yoluyla T hücresi ko-stimülasyonu, Biochem J, 460(3):399-410
Pollheimer ve ark., 2013, İnterlökin-33 proinflamatuar bir endotelyal…, Arterioscler Thromb Vasc Biol, 33(2):e47-55
BLNK (pY84)Beckton Dickinson Pharmingen558443Clone: J117-1278
Referans: Myhrvold ve diğerleri, 2018, Fosfo-protein seviyelerinin tek hücre profili.., Oncotarget, 9(10):9273-9284
Parente-Ribes ve diğerleri, 2016, Dalak tirozin kinaz inhibitörleri azaltır ve hellip;, Haematologica, 101(2):e59-62
Kalland ve diğerleri, 2012, Normal ve transforme edilmiş proksimal sinyallemenin modülasyonu…, Exp Cell Res, 318(14):1611-9
Myklebust ve diğerleri, 2017, B-hücresi reseptör sinyalinin farklı kalıpları…, Kan, 129(6): 759-770
Btk (pY223)/Itk (pY180)Beckton Dickinson Pharmingen564846Klon: < / güçlü> N35-86
Referans: < / güçlü> Myklebust ve diğerleri, 2017, B hücresi reseptör sinyalinin farklı kalıpları…, Kan, 129(6): 759-770
Btk (pY551)Beckton Dickinson Pharmingen558129Klon: 24a/BTK (Y551) 
Referans: Kalland ve ark., 2012, Normal ve transformed&hellip'te proksimal sinyallemenin modülasyonu;, Exp Cell Res, 318(14):1611-9
Btk (pY551)/ITK (pY511)Beckton Dickinson Pharmingen558134Clone: 24a/BTK (Y551) 
Referans: Myhrvold ve ark., 2018, Fosfo-protein seviyelerinin tek hücre profili.., Oncotarget, 9(10):9273-9284
Parente-Ribes ve diğerleri, 2016, Dalak tirozin kinaz inhibitörleri azaltır ve hellip;, Haematologica, 101(2):e59-62
CD3ζ (sayfa 142)Beckton Dickinson Pharmingen558489Klon: K25-407.69
Referans: Skå nland ve diğerleri, 2014, CD2 ve CD28 yoluyla T hücresi ko-stimülasyonu…, Biochem J, 460(3):399-410
Histon H3 (pS10)Hücre Sinyalleme Teknolojileri9716Klon: D2C8
Referans: Myhrvold ve diğerleri, 2018, Fosfo-protein seviyelerinin tek hücre profili.., Oncotarget, 9(10):9273-9284
Iκ B & alfa;Hücre Sinyalizasyon Teknolojileri5743Clone: L35A5
Reference: Myklebust ve diğerleri, 2017, B hücresi reseptör sinyallemesinin farklı kalıpları…, Kan, 129(6): 759-770
LAT (pY171)Beckton Dickinson Pharmingen558518Klon: I58-1169
Referans: < / güçlü> Skå nland ve ark., 2014, CD2 ve CD28 yoluyla T hücresi ko-stimülasyonu…, Biochem J, 460(3):399-410
Lck (pY505)Beckton Dickinson Pharmingen558577Clone: 4/LCK-Y505 
Referans: Myhrvold ve diğerleri, 2018, Fosfo-protein seviyelerinin tek hücre profili.., Oncotarget, 9(10):9273-9284
MEK1 (pS298)Beckton Dickinson Pharmingen560043Klon: J114-64
Referans: Myhrvold ve diğerleri, 2018, Fosfo-protein seviyelerinin tek hücre profilinin çıkarılması.., Oncotarget, 9(10):9273-9284
Skå nland ve ark., 2014, CD2 ve CD28 yoluyla T hücresi ko-stimülasyonu…, Biochem J, 460(3):399-410
NF-κ B p65 (pS529)Beckton Dickinson Pharmingen558422Klon: K10-895.12.50
Referans: Myhrvold ve diğerleri, 2018, Fosfo-protein seviyelerinin tek hücre profili.., Oncotarget, 9(10):9273-9284
Skå nland ve ark., 2014, CD2 ve CD28&hellip yoluyla T hücresi ko-stimülasyonu, Biochem J, 460(3):399-410
Kalland ve ark., 2012, Normal ve transforme…'de proksimal sinyallemenin modülasyonu, Exp Cell Res, 318(14):1611-9
Pollheimer ve ark., 2013, İnterlökin-33 proinflamatuar bir endotelyal…, Arterioscler Thromb Vasc Biol, 33(2):e47-55
NF-κ B p65 (pS536)Hücre Sinyalizasyon Teknolojileri4887Klon: < / güçlü> 93H1
< güçlü > Referans: < / güçlü> Myhrvold ve diğerleri, 2018, Fosfo-protein seviyelerinin tek hücre profili.., Oncotarget, 9(10):9273-9284
Skå nland ve diğerleri, 2014, CD2 ve CD28&hellip yoluyla T hücresi ko-stimülasyonu, Biochem J, 460(3):399-410
Kalland ve diğerleri, 2012, Normal ve dönüştürülmüş…'de proksimal sinyallemenin modülasyonu;, Exp Cell Res, 318(14):1611-9
p38 MAPK (pT180/Y182)Hücre Sinyalizasyon Teknolojileri4552Clone: 28B10
Referans: Myhrvold ve diğerleri, 2018, Fosfo-protein seviyelerinin tek hücre profili.., Oncotarget, 9(10):9273-9284
Skå nland ve ark., 2014, CD2 ve CD28 yoluyla T hücresi ko-stimülasyonu…, Biochem J, 460(3):399-410
Pollheimer ve ark., 2013, İnterlökin-33 proinflamatuar bir endotelyal…, Arterioscler Thromb Vasc Biol, 33(2):e47-55
p44/42 MAPK (pT202/Y204)Hücre Sinyalizasyon Teknolojileri4375Clone: E10
Referans: Myhrvold ve diğerleri, 2018, Fosfo-protein seviyelerinin tek hücre profili.., Oncotarget, 9(10):9273-9284
Parente-Ribes ve diğerleri, 2016, Dalak tirozin kinaz inhibitörleri azaltır ve hellip;, Haematologica, 101(2):e59-62
Skå nland ve ark., 2014, CD2 ve CD28&hellip yoluyla T hücresi ko-stimülasyonu, Biochem J, 460(3):399-410
Kalland ve ark., 2012, Normal ve transforme…'de proksimal sinyallemenin modülasyonu, Exp Cell Res, 318(14):1611-9
Pollheimer ve ark., 2013, İnterlökin-33 proinflamatuar bir endotelyal…, Arterioscler Thromb Vasc Biol, 33(2):e47-55
p53 (pS15)Hücre Sinyalizasyon TeknolojileriNNClone: 16G8
Reference: Irish et al., 2007, Flt3 Y591 çoğaltma ve Bcl-2 aşırı ekspresyonu…, Kan, 109(6):2589-96
p53 (pS20)Hücre Sinyalizasyon TeknolojileriNNClone: Polyclonal
Referans: Irish et al., 2007, Flt3 Y591 duplikasyonu ve Bcl-2 aşırı ekspresyonu…, Kan, 109(6):2589-96
p53 (pS37)Hücre Sinyalizasyon TeknolojileriNNClone: Polyclonal
Referans: Irish et al., 2007, Flt3 Y591 çoğaltma ve Bcl-2 aşırı ekspresyonu…, Kan, 109(6):2589-96
p53 (pS46)Hücre Sinyalizasyon TeknolojileriNNClone: Poliklonal
Referans: Irish et al., 2007, Flt3 Y591 çoğaltma ve Bcl-2 aşırı ekspresyonu…, Blood, 109(6):2589-96
p53 (pS392)Hücre Sinyalizasyon TeknolojileriNNClone: Polyclonal
Reference: Irish et al., 2007, Flt3 Y591 çoğaltma ve Bcl-2 aşırı ekspresyonu…, Blood, 109(6):2589-96
PLCγ 2 (pY759)Beckton Dickinson Pharmingen558498Klon: K86-689.37
Referans: Myhrvold ve diğerleri, 2018, Fosfo-protein seviyelerinin tek hücre profili.., Oncotarget, 9(10):9273-9284
Myklebust ve diğerleri, 2017, B hücresi reseptör sinyallemesinin farklı kalıpları…, Kan, 129(6): 759-770
Rb (pS807/pS811)Beckton Dickinson Pharmingen558590Klon: J112-906
Referans: Myhrvold ve diğerleri, 2018, Fosfo-protein seviyelerinin tek hücre profili.., Oncotarget, 9(10):9273-9284
Pollheimer ve diğerleri, 2013, İnterlökin-33, proinflamatuar bir endotelyal…, Arterioscler Tromb Vasc Biol, 33(2):E47-55
S6-Ribos. (pS235/236)Hücre Sinyalizasyon Teknolojileri4851Clone: D57.2.2E
Referans: Myhrvold ve diğerleri, 2018, Fosfo-protein seviyelerinin tek hücre profili.., Oncotarget, 9(10):9273-9284
SAPK/JNK (pT183/Y185)Hücre Sinyalizasyon Teknolojileri9257Clone: G9
Reference: Myhrvold ve diğerleri, 2018, Fosfo-protein seviyelerinin tek hücre profili.., Oncotarget, 9(10):9273-9284
Pollheimer ve diğerleri, 2013, İnterlökin-33 proinflamatuar bir endotelyal…, Arterioscler Thromb Vasc Biol, 33(2):e47-55
SLP76 (pY128)Beckton Dickinson Pharmingen558438Clone: < / strong> J141-668.36.58 
Referans: Skå nland ve ark., 2014, CD2 ve CD28 yoluyla T hücresi ko-stimülasyonu…, Biochem J, 460(3):399-410
STAT1 (pY701)Beckton Dickinson Pharmingen612597Clone: 4a 
Referans: Myhrvold ve diğerleri, 2018, Fosfo-protein seviyelerinin tek hücre profili.., Oncotarget, 9(10):9273-9284
Myklebust ve diğerleri, 2017, B-hücresi reseptör sinyallemesinin farklı kalıpları…, Kan, 129(6): 759-770
STAT3 (pY705)Beckton Dickinson Pharmingen557815Klon: < / güçlü> 4 / P-STAT3
Referans: < / güçlü> Myhrvold ve diğerleri, 2018, Fosfo-protein seviyelerinin tek hücre profili.., Oncotarget, 9(10):9273-9284
STAT4 (pY693)Zymed/ThermoFisher Scientific71-7900Clone: Polyclonal
Referans: Uzel ve ark., 2001, Akış sitometrisi ile hücre içi fosforile STAT-4'ün tespiti, Clin Immunol, 100(3): 270-6
STAT5 (pY694)Beckton Dickinson Pharmingen612599Klon: 47/Stat5(pY694)
Referans: Myhrvold ve ark., 2018, Fosfo-protein seviyelerinin tek hücre profili.., Oncotarget, 9(10):9273-9284
Skå nland ve diğerleri, 2014, CD2 ve CD28 yoluyla T hücresi ko-stimülasyonu…, Biochem J, 460(3):399-410
Myklebust ve diğerleri, 2017, B hücresi reseptör sinyallemesinin farklı kalıpları…, Kan, 129(6): 759-770
STAT6 (pY641)Beckton Dickinson Pharmingen612601Klon: 18/P-Stat6
Referans: Myhrvold ve diğerleri, 2018, Fosfo-protein seviyelerinin tek hücre profili.., Oncotarget, 9(10):9273-9284
SYK (pY525/Y526)Hücre Sinyalleme Teknolojileri12081Klon: C87C1
Referans: Myhrvold ve diğerleri, 2018, Fosfo-protein seviyelerinin tek hücre profili.., Oncotarget, 9(10):9273-9284
Parente-Ribes ve diğerleri, 2016, Dalak tirozin kinaz inhibitörleri azaltır ve hellip;, Haematologica, 101(2):e59-62
ZAP70/SYK (pY319/Y352)Beckton Dickinson Pharmingen557817Klon: 17A/P-ZAP70
Referans: Skå nland ve diğerleri, 2014, CD2 ve CD28 yoluyla T hücresi ko-stimülasyonu…, Biochem J, 460(3):399-410
Kalland ve diğerleri, 2012, Normal ve dönüştürülmüş…'de proksimal sinyallemenin modülasyonu, Exp Cell Res, 318(14):1611-9
Myklebust ve diğerleri, 2017, B hücresi reseptör sinyallemesinin farklı kalıpları…, Kan, 129(6): 759-770
maddesi

References

Loading...
$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Lu, Y., et al. Using reverse-phase protein arrays as pharmacodynamic assays for functional proteomics, biomarker discovery, and drug development in cancer. Seminars in Oncology. 43 (4), 476-483 (2016).
  2. Krutzik, P. O., Nolan, G. P. Fluorescent cell barcoding in flow cytometry allows high-throughput drug screening and signaling profiling. Nature Methods. 3 (5), 361-368 (2006).
  3. Myhrvold, I. K., et al. Single cell profiling of phospho-protein levels in chronic lymphocytic leukemia. Oncotarget. 9 (10), 9273-9284 (2018).
  4. Parente-Ribes, A., et al. Spleen tyrosine kinase inhibitors reduce CD40L-induced proliferation of chronic lymphocytic leukemia cells but not normal B cells. Haematologica. 101 (2), e59-e62 (2016).
  5. Blix, E. S., et al. Phospho-specific flow cytometry identifies aberrant signaling in indolent B-cell lymphoma. BMC Cancer. 12, 478(2012).
  6. Irish, J. M., et al. Single cell profiling of potentiated phospho-protein networks in cancer cells. Cell. 118 (2), 217-228 (2004).
  7. Myklebust, J. H., et al. Distinct patterns of B-cell receptor signaling in non-Hodgkin lymphomas identified by single-cell profiling. Blood. 129 (6), 759-770 (2017).
  8. World Medical Association. World Medical Association Declaration of Helsinki: ethical principles for medical research involving human subjects. THE JOURNAL OF THE AMERICAN MEDICAL ASSOCIATION. 310 (20), 2191-2194 (2013).
  9. Siveen, K. S., et al. Targeting the STAT3 signaling pathway in cancer: role of synthetic and natural inhibitors. Biochimica et Biophysica Acta. 1845 (2), 136-154 (2014).
  10. Fabbri, G., Dalla-Favera, R. The molecular pathogenesis of chronic lymphocytic leukaemia. Nature Reviews Cancer. 16 (3), 145-162 (2016).
  11. Arnason, J. E., Brown, J. R. Targeting B Cell Signaling in Chronic Lymphocytic Leukemia. Current Oncology Reports. 19 (9), 61(2017).
  12. Landskron, J., Tasken, K. Phosphoprotein Detection by High-Throughput Flow Cytometry. Methods in Molecular Biology. 1355, 275-290 (2016).
  13. Krutzik, P. O., Clutter, M. R., Nolan, G. P. Coordinate analysis of murine immune cell surface markers and intracellular phosphoproteins by flow cytometry. Journal of Immunology. 175 (4), 2357-2365 (2005).
  14. Pollheimer, J., et al. Interleukin-33 drives a proinflammatory endothelial activation that selectively targets nonquiescent cells. Arteriosclerosis, Thrombosis, and Vascular Biology. 33 (2), e47-e55 (2013).
  15. Ertsås, H. C., Nolan, G. P., LaBarge, M. A., Lorens, J. B. Microsphere cytometry to interrogate microenvironment-dependent cell signaling. Integrative biology: quantitative biosciences from nano to macro. 9 (2), 123-134 (2017).
  16. Lin, C. C., et al. Single cell phospho-specific flow cytometry can detect dynamic changes of phospho-Stat1 level in lung cancer cells. Cytometry A. 77 (11), 1008-1019 (2010).
  17. Simmons, A. J., et al. Cytometry-based single-cell analysis of intact epithelial signaling reveals MAPK activation divergent from TNF-alpha-induced apoptosis in vivo. Molecular Systems Biology. 11 (10), 835(2015).
  18. Simmons, A. J., et al. Impaired coordination between signaling pathways is revealed in human colorectal cancer using single-cell mass cytometry of archival tissue blocks. Science Signaling. 9 (449), rs11(2016).
  19. Friedman, A. A., Letai, A., Fisher, D. E., Flaherty, K. T. Precision medicine for cancer with next-generation functional diagnostics. Nature Reviews Cancer. 15 (12), 747-756 (2015).

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Reprints and Permissions

Request permission to reuse the text or figures of this JoVE article

Request Permission

Tags

Phospho Flow CytometryFluorescent Cell BarcodingSingle Cell SignalingBiomarker DiscoveryPeripheral Blood Mononuclear CellsChronic Lymphocytic LeukemiaFlow Cytometry AnalysisCell StimulationAntibody StainingData Acquisition

Related Articles