Bu makale, immün yetmezliği olan farelerin kasık meme yağ yastıklarına BC PDX'leri ortototopik olarak implante etmek için verimli, yüksek verimli bir yöntem sunmaktadır. Bu optimize edilmiş iş akışı, tek bir araştırmacının PDX'leri günde düzinelerce fareye implante etmesini sağlayarak büyük ölçekli ve yeterli güçte çalışmaları destekler. Birden fazla benzersiz PDX'i aynı anda ayrıştırma ve implante etme kapasitesi, hassas onkoloji yaklaşımlarını da mümkün kılar. Zaman verimliliğinin ötesinde, tümörlerin ayrışması, fareler arasında eşit olarak dağılmış homojen bir hücre tipi süspansiyonu oluşturur. Deneyimlerimize göre, bu homojenlik tutarlı engraftman ve tümör büyüme oranlarına katkıda bulunur.
Genel olarak etkili olsa da, bu protokol belirli senaryolarda değişiklik gerektirebilir. Örneğin, mekanik ayrışmadaki standart 1 saatlik çalışma süresi bazen tam tümör dokusu ayrışması için yetersiz kalmaktadır. C-tüpünü sıkıca kavrarken, altta başıboş doku birikmesi için birkaç kez aşağı doğru itin. Görünür doku parçaları kalırsa, ayrışmaya devam edin ve 15 dakikalık aralıklarla tekrar inceleyin. Bazı dokuların, özellikle fibröz veya yağ dokusunun, ayrışmaya direnebileceğini ve enjeksiyon sırasında iğne tıkanmasını önlemek için manuel olarak çıkarılması gerekebileceğini unutmamak önemlidir.
Hayvan sıkıntısını en aza indirmek ve enjeksiyon bölgesinden hücre geri akışı riskini azaltmak için mümkün olan en küçük ölçü iğnesini (27 G veya 26 G) kullanmanızı öneririz, bu da aşılama başarısını ve tümör büyüme oranlarını etkileyebilir. Bununla birlikte, ayrışmamış doku veya yağ parçaları kalırsa, kanama veya hücre kaybı riskleri artmış olsa da, daha büyük bir ölçü iğnesi (16 G veya 18 G) gerekli olabilir. Seçilen iğne ölçerden bağımsız olarak, hayvan taşıma yeterliliği, enjeksiyonların etkili bir şekilde gerçekleştirilmesinde en önemli bileşendir. Bu protokolde anestezi kullanılmaz ve bu zaman kazandırırken, aynı zamanda enjeksiyonlar yapılırken hayvanın bir dereceye kadar hareketliliğe sahip olmasını sağlar. Sıyırma sırasında yeterli kısıtlama sağlanmazsa, ani uzuv hareketleri damarların delinmesine, hücre tutulmasını önleyen bir çıkış yarasının oluşmasına veya karın duvarı delinmelerine neden olabilir. Değerli hücreleri enjekte etmeden önce yeterli pratik enjeksiyonu şiddetle tavsiye edilir.
Tarif edilen ayrışma tekniği oldukça aktarılabilir ve hem ortotopik hem de subkutan modeller için çok sayıda başka tümör tipinin implantasyonunda kullanılabilir. Bununla birlikte, en azından BC bağlamında, deri altı implantasyondan kaçınılmalıdır. Ortotopik BC PDX enjeksiyonu, aşılanmış tümörün subkutan yağ pedine kıyasla daha üstün konak vaskülarizasyonu ile sonuçlanır ve inguinal yağ yastıkçığı implantasyonu, torasik yağ yastığı11'den daha yüksek aşılama oranlarına yol açar. Ek olarak, ortotopik olarak implante edilmiş PDX'ler, deri altı enjeksiyonlara kıyasla daha kısa bir aşılama süresine ve daha hızlı bir büyüme oranına sahiptir12. Ayrıca, ayrışmanın hızlı tümör hücresi enjeksiyonunu kolaylaştırırken, doğası gereği hücreden hücreye bağlam kaybına neden olduğu da belirtilmelidir; bu nedenle, her durumda uygun bir yaklaşım olmayabilir. Otantik hücre etkileşimi gerektiren durumlar için (örneğin, tümörlerin uzamsal transkriptomikleri), kıyılmış tümör parçalarının enjekte edilmesi veya parçaların implante edilmesi tercih edilebilir.
PDX çalışmaları için gerekli olmakla birlikte, immün yetmezliği olan farelerin kullanımı bazı sınırlamalar getirmektedir. Lojistik açıdan bakıldığında, barınma, yiyecek ve su dahil olmak üzere tamamen steril bir ortam gereklidir. Bu ayrıca, enfeksiyon riskini azaltmak için bağışıklık yetmezliği olan hayvanlar için özel barınma alanları gerektirir ve potansiyel olarak barınma maliyetlerini artırır. Enfeksiyonlara karşı bu artan duyarlılık, ayrışmadan önce tümör fragmanları için bir antibiyotik inkübasyon adımının önerilmesinin nedenidir. Bununla birlikte, bazı çalışmalar hücre kültüründe antibiyotik kullanımının gen ekspresyon profillerinde değişikliklere yol açtığını göstermiştir13. Bu göz önüne alındığında, araştırmacılar her çalışma için antibiyotik kullanımını değerlendirmelidir. Bir bağışıklık sisteminin etkili bir şekilde yokluğu, PDX'lerin aşılanmasına izin verirken, aynı zamanda BC ilerlemesi üzerindeki sayısız bağışıklık sistemi etkisinin incelenmesini de engeller14.
Bu yöntem, hasta tümör örneklerine yüksek doğruluk gösterir. Histopatolojik kimlik doğrulama, beklendiği gibi, pasajlı PDX'in hasta tümör örneğine göre uyumunu doğruladı. Okumaların insan genomuna yüksek oranda hizalanması, PDX'in geçişi takiben insan hücrelerinin yüksek bir yüzdesini koruduğunu güçlü bir şekilde göstermektedir. Bu, STR profillerindeki %>80'lik benzerlik ve hasta tümörü ile PDX arasındaki RNA-seq verilerindeki güçlü pozitif korelasyon ile daha da desteklenmektedir. Meme tümörü büyümesini takiben PDX farelerinin periferik dokularındaki moleküler adaptasyonlar, insan BC hastalarındaki moleküler adaptasyonlarla da tutarlıdır. BC PDX farelerinden alınan iskelet kaslarının toplu RNA-seq ve proteomik analizleri, erken evre BC6,7 teşhisi konan hastalardan elde edilen kas biyopsilerindeki moleküler değişikliklerle çarpıcı bir şekilde uyumludur. Toplu olarak, STR profillemesi ve RNA-seq'in benzerliği, periferik dokulardaki tutarlı adaptasyonlarla birleştiğinde, BC PDX farelerinin klinik öncesi çalışmalarda kullanımı için ikna edici veriler sağlar.