Neokorteks mikrodevreler ağ dinamiklerini anlamak için, aynı anda çok sayıda nöron aktivitesini kaydetmek için esastır. In vivo iki foton kalsiyum görüntüleme, bir tek hücre çözünürlük ile yoğun bir nöronal nüfusun faaliyet kaydetmenize olanak sağlayan tek yöntem. Bu yöntem, çok sayıda nöron tarafından alınan ve son olarak in vivo iki foton mikroskop kullanarak zaman atlamalı kalsiyum görüntüleme ile nöron aktivitesini kayıt olabilir floresan kalsiyum göstergesi boya enjekte kraniyal görüntüleme penceresi implante oluşur. Astrosit özel boyalar ko-enjeksiyon astrositler gelen nöronların ayırt etmek sağlar. Bu teknik, farelerde farklı hücre grupları ağ etkileşimi daha iyi anlamak için, nöron spesifik alt popülasyonlar floresan moleküller ifade yapılabilir.