$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
CRISPR girişimi veya CRISPRi, gen fonksiyonunu baskılayan hedeflenen gen susturma için devre dışı bırakılmış bir Cas9 varyantı olan dCas9'u kullanır.
CRISPRi'yi gerçekleştirmek için, hem E. coli hem de Leptospira bakterilerine karşılık gelen replikasyon kökenlerini içeren ve her iki türde de yayılmayı kolaylaştıran bir mekik vektör yapısı kullanın.
Vektör ayrıca, hedef diziyi tanımak için dCas9 genine özgü bir dizi ve tek kılavuzlu bir RNA veya sgRNA içerir.
Başlangıçta, mekik vektörü donör E. coli'nin içinde bulunur. Konjugasyonu kolaylaştırmak için donör E. coli kültürünü konakçı Leptospira ile destekleyin. Konjugasyon, organizmalar arasında doğrudan hücreden hücreye temas kurarak Leptospira tarafından mekik plazmid alımını kolaylaştırır. Hücrenin içinde, plazmit yapısı sgRNA dizileri üretir ve dCas9 proteinlerini eksprese eder.
sgRNA, Leptospira DNA'sı üzerindeki tamamlayıcı hedef bölgesini tanıyan, protospacer bitişik motifine veya PAM'a yakın bir protospacer bölgesi içerir - konakçı DNA üzerinde kısa bir tanıma dizisi. Bu, dCas9'un, gen transkripsiyonu başlangıç bölgesine akış aşağısındaki hedef bölgedeki sgRNA ile bir kompleks oluşturmasına yardımcı olur.
sgRNA-dCas9 kompleksinden dCas9, DNA zincirlerini parçalamak için katalitik aktiviteye sahip değildir, bunun yerine, mRNA oluşturan RNA polimeraz enzim hareketi için fiziksel bir bariyer görevi görür ve sonunda gen transkripsiyonunu inhibe eder. Daha fazla test için gen susturulmuş Leptospira'yı kullanın.
Konjugasyon için, Leptospira hücreleri HAN ortamında 29 veya 37 santigrat derecede büyütülür. Konjugasyondan bir gün önce, donör E. coli hücreleri, Diaminopimelik asit - DAP ve spektinomisin ile desteklenmiş LB ortamında büyütülür.
Daha sonra, konjugasyon gününde, doymuş E. coli kültürlerini LB artı DAP'ta büyütün. Bir biyogüvenlik kapağının içinde, membran filtreyi cam tabanın üzerine yerleştirerek ve ardından 15 mL cam huni uygulayarak filtrasyon aparatını monte edin. Her iki parça da yaylı kelepçe ile bir arada tutulur. Ardından camı bir vakum pompasına bağlayın. Huniye 5 ml Leptospira kültürü ekleyin.
Daha sonra, ilgilenilen plazmidi içeren E. coli β2163 suşunu ekleyin. Hacim, kültürün optik yoğunluğuna göre değişecektir. 1:1 hücre oranını hedefliyoruz. Vakum pompasını çevirin. Şimdi, sıvılar zardan geçecek ve hücreler zarın üzerinde yoğunlaşacak.
Filtreyi alın ve bakteriyel tarafı yukarı bakacak şekilde EMJH plakası artı DAP'a yerleştirin. Plakaları 24 saat boyunca 29 santigrat derecede inkübe edin. Ardından, filtreleri plakalardan kurtarın ve 50 mL'lik konik tüpe yerleştirin.
Pipetleme yoluyla hücreleri filtreden geri kazanmak için 1 mL sıvı HAN ortamı kullanın. Kurtarılan hücreleri karanlık alan mikroskobu ile görselleştirin.
Bu aşamada E. coli ve Leptospires'in eşdeğer sayıları görülebilir. Bakterileri spektinomisin içeren iki HAN plakasına yaymak için 100 ila 200 mikrolitre kullanılır. Bu aşamada, DAP ihmal edilir ve E. coli büyümez. Plakalar 37 santigrat derece ve% 3 CO2'de inkübe edilir. Koloniler 8 ila 10 gün arasında belirgin olmalıdır.