$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
Nötralize edici antikorlar veya NAb'ler, hücreler tarafından istilacı virüslere karşı korumak için salgılanır.
NAb'lerin virüslerle etkileşimlerini incelemek için, tasarlanmış virüs benzeri parçacıklar veya VLP'ler kullanın. Bu nano boyutlu yapılar, viral genetik materyal içermeyen virüs türevli proteinlerin bir araya getirilmesini içerir ve bu da onları bulaşıcı olmayan hale getirir. VLP'ler, NAb'lerin bağlandığı özel bir bölge olan nötralize edici bir epitop sunan antijenik zarf glikoproteinleri ile gömülü bir lipit çift tabakası ile çevrilidir.
VLP'leri, protein konjuge manyetik boncuklara bağlı nötralize edici antikorlar içeren bir tüpe ekleyin. Boncukların çökmesini önlemek için çalkalama altında inkübe edin. İnkübasyon sırasında, VLP'lerin epitop bölgesi, NAb'lerin Fab bölgesindeki tamamlayıcı paratopu tanır ve bu da antijen-antikor kompleksleri ile sonuçlanır. Bu da manyetik boncukların VLP'leri yakalamasına yardımcı olur.
Tüpü güçlü bir mıknatısla donatılmış bir ayırma rafına yerleştirin. Bir manyetik alanın etkisi altında, VLP'lerle kompleks oluşturan boncuklar, antijen-antikor etkileşimini bozmadan mıknatısa doğru hareket eder. Bu adım, bağlı VLP'leri yakalarken, spesifik antijenleri olmayanlar süpernatantta kalır.
Süpernatanı atın ve bağlanmamış VLP'leri çıkarmak için peleti yıkama tamponu ile yıkayın. VLP-boncuk komplekslerini bir elüsyon tamponunda yeniden süspanse edin, bu da VLP'lerin boncuklardan ayrılmasına ve süpernatantta görünmesine neden olur.
İzole edilmiş antijen gösteren VLP'leri yeni bir tüpe aspire edin ve daha fazla analiz için buzdolabında saklayın.
Manyetik boncukları yukarı ve aşağı pipetleyerek veya en az 5 dakika boyunca 50 RPM'de bir döndürücü üzerinde karıştırarak yeniden süspanse ederek başlayın.
Bu arada, bNAb'leri içeren antikor çözeltisini hazırlayın. Reaksiyon başına her bNAb'den 10 mikrogram ve 200 mikrolitre antikor bağlama ve yıkama tamponu kullanın. Her reaksiyon için, 50 mikrolitre manyetik boncuk çözeltisini 1.5 mililitrelik bir reaksiyon tüpüne aktarın, ardından tüpleri manyetik ayırma rafına yerleştirin.
Tüm boncukların toplandığından emin olmak için boncukların tüp duvarında toplanmasını bekleyin, ardından süpernatanı çıkarın. Mıknatısı çıkarın ve boncukları önceden hazırlanmış bNAb çözeltisinin 200 mikrolitresinde askıya alın.
Oda sıcaklığında 50 RPM'de bir döndürücü üzerinde karıştırırken 30 dakika ila 3 saat arasında inkübe edin. İnkübasyondan sonra, reaksiyon tüplerini manyetik ayırma rafına yerleştirin, bekleyin ve süpernatanı çıkarın.
Tüpleri mıknatıstan çıkarın ve 200 mikrolitre antikor bağlama ve yıkama tamponunda yeniden süspanse ederek boncukları yıkayın. Yıkamayı antikor bağlama ve yıkama tamponu ile tekrarlayın, bittiğinde mümkün olduğunca fazla yıkama tamponunu çıkarın.
Numuneleri boncuk bağlı bNAb'lere ekleyin. Eklenen numune hacmi 1 mililitrenin altındaysa, numune hacmini 1 mililitreye ayarlamak için PBS ekleyin, ardından hafifçe pipetleyerek boncukları yeniden süspanse edin. Numuneleri ve boncukları oda sıcaklığında bir döndürücü üzerinde 2,5 saat inkübe edin, boncukların süspansiyon halinde kalmasını ve inkübasyon sırasında çözeltinin iyice karıştırılmasını sağlayın.
Tüpleri mıknatısın üzerine yerleştirin ve süpernatanı çıkarın. Daha sonra manyetik boncukları 200 mikrolitre yıkama tamponuna asarak yıkayın. Boncukları 100 mililitre yıkama tamponunda askıya alın ve süspansiyonu temiz, ısıya dayanıklı bir reaksiyon tüpüne aktarın. Tüpü manyetik ayırma rafına yerleştirin ve süpernatanı tamamen çıkarın.
Denatüre SDS-PAGE numuneleri hazırlamak için, boncukları 20 ila 80 mikrolitre Laemmli tamponunda askıya alın ve 95 santigrat derecede 5 dakika inkübe edin. Boncukları çözeltiden ayırmak için tüpleri manyetik bir rafa yerleştirerek doğrudan SDS-PAGE ile devam edin. Alternatif olarak, numuneleri -20 santigrat derecede saklayın.