Bir sensör çipi kullanarak biyomoleküler etkileşimleri incelemek için yüzey plazmon rezonansı

Biyomoleküler etkileşimleri incelemek için yüzey plazmon rezonansı veya SPR gerçekleştirmek için, bir akış hücresindeki bir SPR dedektörü üzerine yerleştirilmiş bir sensör çipi ile başlayın. Bu metal kaplı sensör çipi, çip yüzeyinde biriken bir hidrojel malzeme tabakasına sahiptir ve bu da onu protein immobilizasyonu için daha uygun hale getirir.

Çipi, hidrojel ile etkileşime giren ve yüzeyde hareketsiz hale gelen viral peptitlerle kaplayın. Spesifik olmayan protein etkileşimlerini önleyen alkali bir söndürme solüsyonu ile yıkayın.

Polarize ışığı çipe yönlendirin. Rezonans açısında, metal elektronlar bu ışığı emer ve rezonansa girer, karşılık gelen yansıyan açıda yansıyan ışık yoğunluğunu azaltır.

Fotodetektör bu yansıyan ışığı toplar ve işlemci bu sinyali taban çizgisine dönüştürerek bir sensorgram oluşturur - sensörün zamana karşı tepkisini temsil eden bir grafik.

Akış hücresine bir antiviral ajan çözeltisi akıtın. Akış sırasında, antiviral ajanlar çip üzerindeki hareketsizleştirilmiş viral peptitler ile etkileşime girer. Bu ilişki, yansıyan ışığın açısını ve yoğunluğunu değiştiren kırılma indisini değiştirir ve sonuçta bir sensör tepkisine neden olur.

İki molekül arasındaki etkileşimi bozan, ayrışmalarına yol açan ve sensör tepkisini azaltan yüksek iyonik kuvvete sahip bir yıkama tamponu ekleyin.

Sensorgramın şeklini analiz edin ve biyomoleküler etkileşimlerde çok önemli olan iki molekülün ilişkisini ve ayrışmasını değerlendirin.

Çift Kanallı SPR sistemi için, çalışma tamponu olarak HBS-EP+, rejenerasyon tamponu olarak pH 1.5 ila 1.6 arasında 10 milimolar glisin hidroklorik asit kullanın ve cihaz gaz gidericisini, otomatik numune alma cihazını ve pompayı açın. Ardından tüm sistemi çift distile su ile 1 saat yıkayın.

Ardından, dedektöre daldırma yağı damlatın ve ince bir altın filmle kaplanmış ve üst tarafa karboksimetildekstran hidrojel ile işlevselleştirilmiş bir cam sensör çipini doğrudan üç portlu akış hücresinin altındaki dedektöre monte edin. Ardından, tutamağı aşağı çekerek ayarı düzeltin.

Proteinli ligandları sensör çiplerine hareketsiz hale getirmek için, Menü çubuğundaki Form'a tıklayarak bir çalıştırma tablosu açın ve entegre SPRAutoLink yazılımında Tablo Düzenleyiciyi Çalıştırın. Ardından, mevcut çalıştırma tabloları listesinden BASIC_Immobilization seçin ve üzerine tıklayın ve bilgisayar ekranındaki deneysel prosedürün adımlarını izleyin.

Ardından, daha fazla analiz için otomatik numune alma cihazına yerleştirilen iki rafın reaktif listesini doldurmak için Form bölümündeki Numune Seti Düzenleyicisi'ne tıklayın. Rafları ileri veya geri getirmek için Menü çubuğunda bir araç olarak Otomatik Örnekleyici Örnekleyici Doğrudan Kontrolü'ne tıklayın ve çalışma sıcaklığı olarak 4 santigrat dereceyi seçin.

Araçlar ve "Pompa Doğrudan Kontrolü"ne tıklayarak çift damıtılmış suyu demlemek için pompayı çalıştırın ve "SPR Instrument Direct Control"e tıklayarak verileri kaydedin ve her seferinde yeni görünen pencerede başlayın. Birleştirme reaktiflerini 300 mikrolitrelik şişelere ekledikten sonra, bunları otomatik örnekleyici raflarına koyun ve Çalıştır'a tıklayarak çalıştırma tablosunu başlatın.

Pompayı dakikada 25.000 mikrolitre ile yeniden doldurduktan sonra basit protein-protein etkileşimi için 30 saniye boyunca temel ayarlama yapın. Aktif talaş yüzeyini 1.5 molar etanolamin hidroklorür, pH 1.5 ile söndürmeden önce 8.5 dakika boyunca çift damıtılmış su ile sonraki temel ayarlamaya izin verin. Ardından, tüpleri sıvı numune alıcıdan gaz gidericiye, çift damıtılmış sudan HBS-EP+ ile şişeye geçirin.

Form'a tıklayın, aşağı kaydırın ve bu işlem moduna tıklayarak "İşlem sonrası" olarak değiştirin. Ardından, her akış hücresi için veri çizimi formunda zaman içinde oluşturulan bağlama eğrilerini seçmek için Ekle'ye tıklayın ve kaplamayı bir kaydırma aracı dosyası olarak dışa aktarın. Ardından, dosya kaydetme seçeneklerini açmak ve sol ve sağ eğrileri hizalayarak ve ikinci referans kanalının sinyallerini ligand kanalınınkilerden çıkararak yanıt eğrileri elde etmek için Dosya'ya tıklayın.