Protein-ligand etkileşimlerini izlemek için kantitatif hücre içi hidrojen NMR spektroskopisi

Hedef proteinlerin doğal bir hücresel ortamda küçük moleküllü test ligandları ile etkileşimlerini izlemek için, tabanda bir jel tıkacı içeren bir tamponla doldurulmuş bir NMR tüpü ile başlayın. Agaroz içine gömülü hedef protein eksprese eden hücreleri NMR tüpüne enjekte ederek iplik benzeri yapılar oluşturun.

Tüpü bir biyoreaktörün akış ünitesine yükleyin ve hücre canlılığını korumak için bir büyüme ortamı sağlayın. Akış ünitesini bir nükleer manyetik rezonans veya NMR cihazının içine yerleştirin.

Güçlü bir manyetik alan altında, proteinlerin hidrojen atomlarının atom çekirdeği manyetize olur ve alana paralel olarak hizalanır ve düşük enerjili bir duruma adapte olur.

Çekirdeklerin manyetik alana anti-paralel hizalanmasına neden olan ve daha yüksek enerjili durumlara geçmelerine izin veren bir radyofrekans darbesi uygulayın.

Kısa bir darbeden sonra, çekirdekler emilen enerjiyi yayarak orijinal konumlarına geri döner. Dedektör bu enerjiyi yakalar ve hidrojen atomunun rezonans frekanslarını temsil eden bir NMR spektrumu üretir. Her spektral tepe noktası, belirli bir elektronik ortamda farklı bir hidrojen atomuna karşılık gelir.

Akış ünitesine ligand molekülleri ekleyin. Bunlar hücrele