DNA Aptamer-Terponabil Ligand Etkileşimini İncelemek için Diferansiyel Taramalı Kalorimetri

Diferansiyel taramalı kalorimetri, ligandın yokluğunda ve varlığında biyomolekülü denatüre etmek için gereken ısıyı ölçerek biyomolekül-ligand etkileşimlerini incelemeye yardımcı olur.

Başlamak için, serbest DNA aptamerleri (yapılandırılmış tek sarmallı oligonükleotidler) içeren bir referans ve termolabil ligand'a bağlı aptamerler içeren bir örnek alın. Ligandlar, aptamerin ikincil yapısını stabilize eder.

Çözeltileri ısıtarak ileriye doğru bir tarama gerçekleştirin. Erime sıcaklığına ulaşıldığında, serbest aptamerler denatüre olur.

Ligand ile stabilize edilmiş aptamerler ligandlardan ayrışır ve nispeten daha yüksek bir sıcaklıkta denatüre olur, bu da serbest aptamerlere kıyasla erime sıcaklığında bir yükselmeye neden olur. Yüksek sıcaklıklarda, ligandların bir alt kümesi, düşük bağlanma afinitesine sahip geri dönüşü olmayan bir ikincil form elde eder.

Ardından, aptamer yapısını yeniden kazanmak için çözeltileri soğutarak ters bir tarama yapın. Daha düşük sıcaklıkta, numunedeki ilk ve dönüştürülmüş ligandlar aptamerlere bağlanır.

İkinci ileri tarama sırasında, dönüştürülen ligandlara zayıf bir afinite ile bağlanan aptamerler, ilk ligand'a bağlı aptamerlerden daha düşük bir sıcaklık