Name: Kantitatif İmmünofloresan kullanarak Tümörler Protein İfade heterojenite Haritalama (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2011-10-25T13:00:00.000+00:00
Duration: 7 min 54 s
Description: Öğrenin kantitatif immünofloresan yöntemiyle tümör dokularında protein ifade heterojenitesini haritalamayı. Bu teknik, kanser biyobelirteçlerinin hassas ve nicel analizini klinik uygulamalar için geliştirir.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Bu çalışma, İskoç Finansman Konseyi (Hibe Numarası HR07005 tarafından kısmen <a href="http://www.sfc.ac.uk/">desteklenen</a> http://www.sfc.ac.uk/, Tıbbi Araştırma İskoçya ( <a href="http://www.medicalresearchscotland.org.uk/">)</a> http://www.medicalresearchscotland.org.uk/), Kanser Research UK Deneysel Tıp Kanser Merkezi ( <a href="http://www.cancerresearchuk.org/">http://www.cancerresearchuk.org/</a> ) ve Atılım Meme Kanseri ( <a href="http://breakthrough.org.uk/">http://breakthrough.org.uk/</a> ).

1. Doku hazırlanması <ol class="lalpha"><li> Microtomy <ol class="lroman"><li> Bölüm formalin sabit parafin döner mikrotom kullanarak 4 mikron kalınlığında tümör bloklar gömülü. </li><li> Pozitif yüklü mikroskobik Slaytlarınıza bölümleri yerleştirin. </li><li> 37 ° C fırında gecede slaytlar inkübe edin. </li></ol></li><li> Depolama <ol><li> Mağaza bölümlerinde -18 ° C -25 ° C derin dondurucu, antijenik kaybını önlemek için. </li></ol></li></ol> 2. Doku kesitlerinde immünofloresan <ol class="lalpha"><li> Dewaxing ve rehidrasyon <ol class="lroman"><li> Mumunu gidermek için iki kez 5 dakika ksilen slaytlar. </li><li> % 99,% 99,% 80,% 50 etanol ve musluk suyu için her 2 dakika süreyle çalışan slaytlar rehidrate. </li></ol></li><li> Antijen Alma <ol class="lroman"><li> 0.15 mM sodyum sitrat, pH 6.0 tamponu mi 5 dakika için bir düdüklü tencere kullanarak, ısıya bağlı antijen alımı gerçekleştirincrowave. </li><li> 20 dakika için slaytlar serinleyin. </li><li> Rocker 5 dakika için% 0.05 PBST slaytlar durulayın. </li></ol></li><li> Prosedürü Engelleme <ol class="lroman"><li> 10 dakika için% 3 hidrojen peroksit bölümleri davranın. </li><li> Rocker 5 dakika için% 0.05 PBST slaytlar durulayın. </li><li> Sequenza immün rafa bölümleri ekleyin. </li><li> 10 dakika süreyle serum protein blok bölümler davranın. </li></ol></li><li> Primer antikor inkübasyon <ol class="lroman"><li> Oda sıcaklığında 1 saat inkübe İlköğretim antikor Dako antikor seyreltici optimum seyreltme seyreltilir. </li><li> 5 dakika her biri için üç kez PBST% 0.05 durulayın. </li></ol></li><li> Epitel maskesi (sitokeratin) inkübasyon <ol class="lroman"><li> 4 geceleme Dako antikor seyreltici ile 1:50 seyreltilmiş inkübe fare anti-pan sitokeratin ° C. </li></ol></li><li> Epitel maske gösterimi <ol class="lroman"><li> Keçi anti-fare Alexa555 s 1:25 seyreltme hazırlayınön seyreltilmiş econdary antikor keçi tavşan HRP antikor çözüm imgeleyin. Oda sıcaklığında 1,5 saat boyunca karanlıkta inkübe slaytlar. </li><li> 5min her üç kez PBST% 0.05 durulayın. </li></ol></li><li> Hedef görselleştirme <ol class="lroman"><li> Sequenza nem odasına slaytlar aktarın. </li><li> 01:50 konsantrasyon Hedef sinyal amplifikasyon seyreltici (HistoRx küvet E) ve Cy5 Tyramide (HistoRx tüp F) birleştirin. Vorteks iyice karıştırın. Slaytları oda sıcaklığında 10 dakika süreyle karanlıkta inkübe edin. </li><li> 5 dakika her biri için üç kez PBST% 0.05 durulayın. </li><li> 1 dakika boyunca% 80 etanol slaytlar dehydrate. </li><li> Hava karanlık, kuru kayar. </li></ol></li><li> Counterstaining ve coverslipping <ol class="lroman"><li> DAPI montaj orta lamelleri uygulayın ve doku bölümleri üzerinde lamelleri. </li><li> Karanlık bir gecede Kuru slaytlar. </li><li> Slaytlar oje ile en güvenli, kuruduktan sonraemin uzun vadede korunması ve 4 ° C'de buzdolabında tutun. </li></ol></li></ol> 3. Tüm bölümü tarama kullanarak görüntü yakalama <ol class="lalpha"><li> Aperio ScanScope FL slayt tarayıcı slayt kaset beş slayt yükleyin. </li><li> Her slayt için, görüntü ScanScope Konsol arabirimini kullanarak genel bölgenizi seçin. Ne olursa olsun tüm doku, desen veya diğer gözlemlenebilir yönlerini örnek boyama, slayt kapsayacak şekilde bölgeyi seçin. </li><li> (DAPI Cy3 ve Cy5) her kanal aşağıdaki gibi bir optimum pozlama belirlemek için ScanScope Konsolu'nu kullanarak: <ol class="lroman"><li> Doku sorgulamak için bir bölge seçin - bu alanda, en iyisi, en iyi temsilini sağlamak için doku tümör bölgede olmalıdır. </li><li> ScanScope Console otomatik diyafram özelliğini kullanarak görüntü odaklanma ile birlikte, her bir kanal için önerilen maruz kalma süresi değerlendirmek. </li><li> Işbirliği için her numunenin 3-5 bölgelere kadar üzerinde tekrarlayın.değeri istikrar nfirm. </li></ol></li><li> Her filtre için düz alan düzeltme görüntüleri elde edilecek bir arka plan alanını tanımlamak için, hala slayt dakika muamele bölge içinde henüz uzak doku (ScanScope konsol görüntü üzerinde mavi bir elmas tarafından gösterildiği gibi), ek bir bölge seçin. </li><li> Görüntü elde etme önce bu görüntüleri inceleyin. Görüntüleri, yüksek arka plan veya diğer görüntü eserler görünüyorsa, görüntü bölgeye taşınmış ve yeni görüntüleri elde edilmelidir. </li><li> Elde edilen dijital slayt görüntüleri Aperio Spectrum veritabanına otomatik olarak yüklenir. </li></ol> 4. AQUA otomatik görüntü analizi <ol class="lalpha"><li> Spectrum veritabanı görüntüleme ve dijital tüm slayt görüntüleri, tüm doku ve boyanma paterni (lar) bağlamında tümör ilgi alanlarına açıklama. </li><li> Başparmak çift tıklayarak Spectrum veritabanında dijital slayt listeden AQUAnalysis kullanarak analiz etmek için slaytı seçin.tırnak resim (alternatif olarak, resmin yanındaki onay kutusunu seçin ve ardından seçmek listenin en üstündeki menüden 'Görüntüleri'). Bu ImageScope yazılım ve doku örneği renk birleştirilen görüntü otomatik olarak açılır. </li><li> Sunulan araçları kullanarak görüntüyü gitmek için bu yazılımı kullanın. </li><li> Eşlik eden H &amp; E (fiziksel slayt veya açıklamalı bir görüntü ya) kullanarak, floresan görüntü faiz bölgede açıklama. Ilgi birden fazla bölgede, bireysel daire alanlar, tek bir örnek üzerinde seçilebilir. Seçilen bir bölgenin içindeki alanlarda (yani hasarlı doku alanları, fakir histoloji, tümör olmayan alanlarda, moloz vb.) Dışlamak için kullanılan bir 'negatif' aracını da vardır. </li><li> Resmin üzerine açıklama katmanındaki (ler) kaydedin. </li><li> Spektrum ana menüye geri dönün ve sadece açıklamalı resmin yanındaki onay kutusunu işaretleyin. Listenin üst kısmında menü şerit 'analiz' seçin. </li><li> Analiz penceresinde, sele gelecekct açılan menüden "HistoRx AQUA Analizi". </li><li> Açıklamaların çoklu katmanlar varsa, analiz için uygun bir katman (lar) seçmek için onay kutularını kullanabilirsiniz. </li><li> 'Analiz' düğmesine başlamaya hazır tuşuna basın. </li><li> Bu noktada, Windows görev çubuğunda küçültülmüş bir konsol penceresi görünecektir. Bu görüntü transferi Spectrum veritabanından yerel PC ('çekme' operasyonu) ilerleme gösterecektir. </li><li> Veri transferinden sonra, AQUAnalysis başlatacak. Kullanıcı daha sonra görüntü, gezinmek ve analiz etmek için yazılımın tüm iç fonksiyonları kullanabilirsiniz. </li><li> Spectrum veritabanı görüntü açıklamalı bölge, 512x512 piksel görüntü karoları ayrılır, tek tek atılır, her biri. </li><li> Bu çalışma için, veri kümeleme dayalı bir denetimsiz AQUA puanlama algoritması, 8 kullanılmıştır. Bu algoritma, AQUA puanları aşağıdaki gibi oluşturulur: <ol class="lroman"><li> Pan-sitokeratin görüntü signal arka plan üzerinde eşiklenir ve bu piksel daha sonraki hesaplamalar için kullanılan bir 'maske' tümörü tanımlamak için kullanılır. Yüksek ifade pan-sitokeratin piksel tümör hücrelerinin sitoplazmik / nükleer olmayan bölgelerde de tanımlar. </li><li> Nükleer tümör maske içinde DAPI kanal yüksek sinyal Piksel olarak tanımlanır. </li><li> Kümeleme algoritması da DAPI boyama veya sitokeratin ekspresyonu ve nükleer veya sitoplazmik bölmeleri, ya da arka plan kısmen ya da bunları atfetmek girişimleri için düşük yoğunluklu piksel inceler. </li><li> Bir zamanlar tüm pikselleri bir tümör bölme ya da arka plan, hedef protein (ER veya HER2) sinyal yoğunluğu atanır böylece AQUA puanları üreten, her bölmeleri ve bölmelerin boyutunu normalize içinde hesaplanır. </li><li> Yeterli tümör temsil yoktu Görüntüler (le birlikte olanlar tarafından tanımlandığı gibi gol değildiss% 5'inden tümör temsil piksel). Bu bölgeler de 'başarısız' olarak adlandırılan bir 'Final Sonucu' değer üretmek ve böylece sonraki istatistiksel analizler silinebilir. </li><li> Ayrıca, gözden geçirildikten sonra, bir operatör, örnek veya görüntüleme eserler (örneğin katlanmış doku, enkaz) nedeniyle puanlama için uygun olmayan alanlar tespit, bu alanlardaki puanlama redacted ve "Final Sonucu '' Başarısız 'denilen üretti. </li></ol></li><li> AQUA puanlama sonuçları, ilgi, bir bütün doku bölümde örnek içinde bölgede her 512x512 piksel çini ile ilişkili puan tabloları. Bu dosyalar, CSV formatında, daha sonra sonraki istatistiksel analiz için kullanılan olabilir. </li></ol> 5. İstatistiksel Analiz: Tüm istatistiksel analizler SPSS (IBM) <ol><li> Mümkün olan yerlerde, büyük işlemler için, veri manipülasyonlar ve analiz adımları gerçekleştirmek için SPSS sözdizimi kod dosyaları (sps) oluşturmak. Örnek sözdizimi kodu ek dosyaları olarak sağlanır. </li><li spss veri dosyalar okuyun. ham ara belirli parametreler kullan b olmayan aqua skorlar de><li> Bölgelerde 'başarısız' bir 'Nihai Sonucu "(yukarıya bakınız) varsa, sayısal analizler onları kaldırır SYSMIS olarak bu değerleri işaretleyin. </li><li> Agrega tüm slaytlar için tüm verileri SPSS formatında tek bir ana veri her bir marker (ER veya HER2). Sonraki tüm hesaplamalar için bu ana dosyasını kullanın. </li><li> ER veya HER2 (bkz. ek sözdizimi dosyaları) veri daha da doğrulanmış ve çeşitliliğin Simpson Endeksleri aşağıdaki gibi hesaplanır: bir SPSS sözdizimi dosya (her bir belirteç için kullanılması <ol class="lroman"><li> Daha önce oluşturulan ayarlamak ana verilerin düzenlenmesini engellemek için, ana analitik bir dosya oluşturun. </li><li> Üretilen ham veri ve görüntü karşı ana verileri doğrulamak. </li><li> AQUA puanları (alanların sayısı, her bir örnek için özet istatistikleri üretmek ortalama puanı, ortalama puanı, Minimum skoru, maksimum puan ve puan örnek için standart sapma). </li><li> Rastgele bir örnek orijinal ham veri çıktı dosyaları karşı sonuçlar ve puan ham görüntü verileri karşı kontrol edin. </li></ol></li><li> Isı haritası görüntüleri (Şekil 2 ve 3 de gösterildiği gibi) oluşturmak için: <ol class="lroman"><li> 'Bin' sekiz ayrı seviyeleri AQUA skor verilerini (SPSS 'Görsel binning' işlevini kullanarak). ER, nükleer puanları HER2, sitoplazmik puanları kullanılmıştır. </li><li> Her bin edinilebilir durumlarda veri kümesinin tamamını eşit oranda temsil ettiği gibi kutuları türet. </li><li> Sonraki tüm çıkış, 'başına bir slayt / örnek' düzeyde olacağını, böylece SPSS 'Split File' fonksiyonunu kullanın. </li><li> Tahsis edildi bin içine karşılık gelen bir değere sahip x, y koordinatlarını ve renk (bkz. Şekil 2 ve 3) (512x512 kiremit karşılık gelen) tarafından her bölge çizilir. </li></ol></li><li> Heterojenite puanları üretmek için, kodu bir Simpson oluşturmak için yazılmıştırAQUA puanları kullanarak çeşitliliği indeksi. <ol class="lroman"><li> Burada kullanılan Simpson çeşitlilik indeksi, olarak tanımlanır: <img alt="Denklem 1" src="/files/ftp_upload/3334/3334eq1.jpg" data-altupdatedat="1787634011000" data-alt="Denklem 1"> N, verilen bir örnek için kullanılan ve n belirli bir grup standardize edilmiş skorlar (aşağıda açıklandığı gibi üretilen) puanları / alanların sayısı puanları / alanların toplam sayıdır. </li></ol></li><li> Ana analitik dosya veri kaynağı için yukarıda açıklanan kullanın. Gösterilen örnekler, tüm ER hesaplamaları, nükleer AQUA puan ve sitoplazmik AQUA skoru kullanılan HER2 hesaplamalar kullanılmıştır. , Her bir örnek / slayt için aşağıdaki hesaplamaları gerçekleştirin. </li><li> Floresans verileri varyans istikrarsızlık tabi olduğundan, bu hata büyüklüğü yoğunluğu ile yayar, tüm AQUA puanları logaritmik (2 tabanında) normalleştirme geçerlidir. </li><li> Ayrıca normalize (log dönüştürülmüş) verileri z (standart) puanları dönüşmek. <ol class="lroman"><li> Z-skoru dönüşüm hesaplanır.s aşağıdaki gibidir: Z = (AQUA puan - bir örnek için tüm puan ortalaması) / standart sapma örnek için puan. Bu sapmaların bir dağıtım merkezi sıfır sapma değeri etrafında puan dağılımı çevirir. </li></ol></li><li> Bin bu Z-skoru değerleri altı grup (-2, -2 - -1, -1 - 0, 0 - 1, 1 - 2&gt; 2). </li><li> Her bin için her bin ve toplam ayrıldı değerlerin sayısını hesaplayın. Her bir dizin için kullanılan altı kutuları değerini hesaplamak için, alanların toplam sayısı ile birlikte, bu değeri kullanın. </li><li> Bu değerlerin toplamı ve çeşitlilik endeksi üretmek için bir çıkarma. </li><li> Çeşitlilik endeksi, belirli bir örnek için ortalama etrafında puan yayılmasının bir göstergesi sağlar. Böylece, daha yüksek endeksleri puan daha geniş yayılması, ya da ifade artış heterojenite göstermektedir. Tersine, alt endeksleri, ifade ölçümü daha az varyasyon ve örnek homojen ifade gösterir. Bu Figür gösterilmiştir.2 ve 3 ler. </li></ol> 6. Temsilcisi Sonuçlar: Hedefe yönelik tedavi, tamoksifen ve trastuzumab gibi nispeten düşük toksisite ajanlar, yumurtalık kanseri hastaları için bakım standart değildir. Platin taksan ilk basamak kemoterapi, yumurtalık kanseri 9-13 diğer kemoterapi rejimlerinin daha üstün olduğunu ve başlangıçta hastaların% 70-80 cevap en nüks edecektir ve onların hastalık nedeniyle ölmektedir ise iyi bir kanıt yoktur . Alternatif tedavilere yanıt tahmin olabilir biyobelirteçleri ölçümü, her hasta için bireyselleştirilmiş tedavi seçiminde faydalı olacağını ve hayatta kalan tümör hücrelerinin bir tümörün kemoterapi uygular seçim baskısı bu yana, farklı özelliklere sahip ve tedavi öncesi tümörün ICSI'nin temsil, bu niceleme değişim bu nedenle yararlı olabilir. Biz orde, kemoterapi öncesi ve sonrası yumurtalık kanseri örneklerinde ER ve HER2 ifade heterojenite haritalama yaklaşımı uygulamıştırr nicel ifade değişiklikleri ölçmek ve tedavi öncesi ve sonrası biyomarker ifade arasındaki ilişkiyi nasıl değerlendiriyorsunuz. ER ve HER2 Her ikisi de bireysel tümörler içinde işaretlenmiş heterojenite gösteren ve bazı tümörlerde, tedavi sonrası düşük heterojenite nispeten yüksek heterojenite Simpson indeksi değişiklikleri, azalan Simpson endeks puanları (bkz. Şekil 2 ve 3) tarafından temsil edilen. Bu klonal seçim sitotoksik kemoterapi yanıt oluşur fikrini destekler; daha da önemlisi, bu kanser hastaları için daha iyi tedavi kişiselleştirmek için, kalan nüfusa karşı hedeflenen tedavi kullanılarak istismar olabilir. <img alt="Şekil 1" src="/files/ftp_upload/3334/3334fig1.jpg" data-altupdatedat="1787634011000" data-alt="Şekil 1"> Şekil 1 farklı alanlarında aynı yumurtalık kanseri değişken morfolojisi gösteren Hematoksilen ve eozin lekeli fotomikrografı. (A) x40 yüzey elde morfolojisi değişen tümör iki bitişik olan alanlarda gösterir. Yüksek güç manzarası (x20Doku (C) alt kısmında daha homojen eozinofilik sitoplazma ve papiller büyüme deseni 0) iken, hücreleri sitoplazmik takas ve tümör (B) üst kısmında sağlam bir büyüme modeli ile ortaya koymaktadır. Ancak, bu tümör, daha fazla yönetim amaçlı seröz papiller histolojik alt tip olarak sınıflandırılır. <img alt="Şekil 2" src="/files/ftp_upload/3334/3334fig2.jpg" data-altupdatedat="1787634011000" data-alt="Şekil 2"> Şekil 2 ER protein ifadesi, sitokeratin pozitif yumurtalık kanseri dokusu heterojenite heatmaps önce (üst panel) ve tedavi sonrası (alt panel). <img alt="Şekil 3" src="/files/ftp_upload/3334/3334fig3.jpg" data-altupdatedat="1787634011000" data-alt="Şekil 3"> Şekil 3 HER2 proteini sitokeratin pozitif yumurtalık kanseri dokusu ifade, önce (üst panel) ve sonrası (alt panel) tedavisi heterojenite heatmaps.

<ol><li>Gutierrez, M. L., Sayagues, J. M., Del Mar, A. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cytogenetic+heterogeneity+of+pancreatic+ductal+adenocarcinomas%3A+identification+of+intratumoral+pathways+of+clonal+evolution%5BTitle%5D)+AND+%22Histopathology%22%5BJournal%5D)">Cytogenetic heterogeneity of pancreatic ductal adenocarcinomas: identification of intratumoral pathways of clonal evolution.</a> Histopathology. 58, 486-497 (2011).</li>
<li>Yachida, S., Jones, S., Bozic, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Distant+metastasis+occurs+late+during+the+genetic+evolution+of+pancreatic+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Distant metastasis occurs late during the genetic evolution of pancreatic cancer.</a> Nature. 467, 1114-1117 (2010).</li>
<li>Gutierrez, M. L., Sayagues, J. M., Del Mar, A. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cytogenetic+heterogeneity+of+pancreatic+ductal+adenocarcinomas%3A+identification+of+intratumoral+pathways+of+clonal+evolution%5BTitle%5D)+AND+%22Histopathology%22%5BJournal%5D)">Cytogenetic heterogeneity of pancreatic ductal adenocarcinomas: identification of intratumoral pathways of clonal evolution.</a> Histopathology. 58, 486-497 (2011).</li>
<li>Yachida, S., Jones, S., Bozic, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Distant+metastasis+occurs+late+during+the+genetic+evolution+of+pancreatic+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Distant metastasis occurs late during the genetic evolution of pancreatic cancer.</a> Nature. 467, 1114-1117 (2010).</li>
<li>Liu, J., Lau, S. K., Varma, V. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Molecular+mapping+of+tumor+heterogeneity+on+clinical+tissue+specimens+with+multiplexed+quantum+dots%5BTitle%5D)+AND+%22ACS+Nano%22%5BJournal%5D)">Molecular mapping of tumor heterogeneity on clinical tissue specimens with multiplexed quantum dots.</a> ACS Nano. 4, 2755-2765 (2010).</li>
<li>Camp, R. L., Chung, G. G., Rimm, D. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Automated+subcellular+localization+and+quantification+of+protein+expression+in+tissue+microarrays%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Med%22%5BJournal%5D)">Automated subcellular localization and quantification of protein expression in tissue microarrays.</a> Nat. Med. 8, 1323-1327 (2002).</li>
<li>Simpson, E. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Measurement+of+biodiversity%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Measurement of biodiversity.</a> Nature. 163, 688-68 (1949).</li>
<li>Gustavson, M. D., Bourke-Martin, B., Reilly, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Development+of+an+unsupervised+pixel-based+clustering+algorithm+for+compartmentalization+of+immunohistochemical+expression+using+Automated+Quantitative+Analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Appl.+Immunohistochem.+Mol.+Morphol%22%5BJournal%5D)">Development of an unsupervised pixel-based clustering algorithm for compartmentalization of immunohistochemical expression using Automated Quantitative Analysis.</a> Appl. Immunohistochem. Mol. Morphol. 17, 329-337 (2009).</li>
<li><a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Paclitaxel+plus+carboplatin+versus+standard+chemotherapy+with+either+single-agent+carboplatin+or+cyclophosphamide%2C+doxorubicin%2C+and+cisplatin+in+women+with+ovarian+cancer%3A+the+ICON3+randomised+trial%5BTitle%5D)+AND+%22Lancet%22%5BJournal%5D)">Paclitaxel plus carboplatin versus standard chemotherapy with either single-agent carboplatin or cyclophosphamide, doxorubicin, and cisplatin in women with ovarian cancer: the ICON3 randomised trial.</a> Lancet. 360, 505-515 (2002).</li>
<li>McGuire, W. P., Hoskins, W. J., Brady, M. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cyclophosphamide+and+cisplatin+compared+with+paclitaxel+and+cisplatin+in+patients+with+stage+III+and+stage+IV+ovarian+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22N.+Engl.+J.+Med%22%5BJournal%5D)">Cyclophosphamide and cisplatin compared with paclitaxel and cisplatin in patients with stage III and stage IV ovarian cancer.</a> N. Engl. J. Med. 334, 1-6 (1996).</li>
<li>Muggia, F. M., Braly, P. S., Brady, M. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Phase+III+randomized+study+of+cisplatin+versus+paclitaxel+versus+cisplatin+and+paclitaxel+in+patients+with+suboptimal+stage+III+or+IV+ovarian+cancer%3A+a+gynecologic+oncology+group+study%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Clin.+Oncol%22%5BJournal%5D)">Phase III randomized study of cisplatin versus paclitaxel versus cisplatin and paclitaxel in patients with suboptimal stage III or IV ovarian cancer: a gynecologic oncology group study.</a> J. Clin. Oncol. 18, 106-115 (2000).</li>
<li>Piccart, M. J., Bertelsen, K., James, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Randomized+intergroup+trial+of+cisplatin-paclitaxel+versus+cisplatin-cyclophosphamide+in+women+with+advanced+epithelial+ovarian+cancer%3A+three-year+results%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Natl.+Cancer.+Inst%22%5BJournal%5D)">Randomized intergroup trial of cisplatin-paclitaxel versus cisplatin-cyclophosphamide in women with advanced epithelial ovarian cancer: three-year results.</a> J. Natl. Cancer. Inst. 92, 699-708 (2000).</li>
<li>Cannistra, S. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cancer+of+the+ovary%5BTitle%5D)+AND+%22N.+Engl.+J.+Med%22%5BJournal%5D)">Cancer of the ovary.</a> N. Engl. J. Med. 351, 2519-2529 (2004).</li>
<li>Baker, A. F., Dragovich, T., Ihle, N. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Stability+of+phosphoprotein+as+a+biological+marker+of+tumor+signaling%5BTitle%5D)+AND+%22Clin.+Cancer.+Res%22%5BJournal%5D)">Stability of phosphoprotein as a biological marker of tumor signaling.</a> Clin. Cancer. Res. 11, 4338-4340 (2005).</li>
<li>Espina, V., Edmiston, K. H., Heiby, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+portrait+of+tissue+phosphoprotein+stability+in+the+clinical+tissue+procurement+process%5BTitle%5D)+AND+%22Mol.+Cell.+Proteomics%22%5BJournal%5D)">A portrait of tissue phosphoprotein stability in the clinical tissue procurement process.</a> Mol. Cell. Proteomics. 7, 1998-2018 (2008).</li>
<li>Klymkowsky, M. W., Savagner, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Epithelial-mesenchymal+transition%3A+a+cancer+researcher%27s+conceptual+friend+and+foe%5BTitle%5D)+AND+%22Am.+J.+Pathol%22%5BJournal%5D)">Epithelial-mesenchymal transition: a cancer researcher's conceptual friend and foe.</a> Am. J. Pathol. 174, 1588-1593 (2009).</li>
<li>Kurrey, N. K., Jalgaonkar, S. P., Joglekar, A. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Snail+and+slug+mediate+radioresistance+and+chemoresistance+by+antagonizing+p53-mediated+apoptosis+and+acquiring+a+stem-like+phenotype+in+ovarian+cancer+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Stem.+Cells%22%5BJournal%5D)">Snail and slug mediate radioresistance and chemoresistance by antagonizing p53-mediated apoptosis and acquiring a stem-like phenotype in ovarian cancer cells.</a> Stem. Cells. 27, 2059-2068 (2009).</li>
<li>Creighton, C. J., Li, X., Landis, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Residual+breast+cancers+after+conventional+therapy+display+mesenchymal+as+well+as+tumor-initiating+features%5BTitle%5D)+AND+%22Proc.+Natl.+Acad.+Sci.+U.+S.+A%22%5BJournal%5D)">Residual breast cancers after conventional therapy display mesenchymal as well as tumor-initiating features.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 106, 13820-13825 (2009).</li>
<li>Aitken, S. J., Thomas, J. S., Langdon, S. P., Harrison, D. J., Faratian, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quantitative+analysis+of+changes+in+ER%2C+PR+and+HER2+expression+in+primary+breast+cancer+and+paired+nodal+metastases%5BTitle%5D)+AND+%22Ann.+Oncol%22%5BJournal%5D)">Quantitative analysis of changes in ER, PR and HER2 expression in primary breast cancer and paired nodal metastases.</a> Ann. Oncol. 21, 1254-1261 (2010).</li>
<li>Sayagues, J. M., Abad, M. M., Melchor, H. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Intratumoural+cytogenetic+heterogeneity+of+sporadic+colorectal+carcinomas+suggests+several+pathways+to+liver+metastasis%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Pathol%22%5BJournal%5D)">Intratumoural cytogenetic heterogeneity of sporadic colorectal carcinomas suggests several pathways to liver metastasis.</a> J. Pathol. 221, 308-319 (2010).</li>
</ol>

JC, MG, CJ, ve CS HistoRx, Inc. &#39;Çalışanları

Bu yöntem, tümörün malzemenin standart formalin ile fikse, parafine gömülü histolojik kesitler moleküler heterojenite izin kantifikasyon burada nitelendirdi. Yöntemi, bu biyomarker geliştirme ve analiz bir değişken olarak dikkate alınması olabilir, böylece bir doku bölümünde heterojenlik derecesi atanacak bir değer izin verir. Genel olarak doku biyobelirteçleri tahlil örnekleme hatası veya yanlılık daha az duyarlıdır, böylece ifade bakımından homojen olması tercih edilir olsa da, bazı koşullar altında, bir parametre olarak heterojenite ölçmek için yararlı olabilir. Örneğin, ER ve HER2 için örnek gösterildiği gibi, ortak biyobelirteçleri ifade hatırı sayılır bir heterojenlik göstermek ve bunun klinik sonuç veya tedaviye yanıt açısından, bağımsız bir prognostik veya akıllı faktör sırasıyla temsil edip etmediği henüz bilinmiyor. Aynı şekilde, gösterildiği gibi, tedavinin kendisi dinamik olarak değiştirebilirhedef zenginleşme oluşturan hücre popülasyonları ve bu nedenle ölçüm tedavi kararları rehberlik yararlı olabilir. Ancak, bu teknik, geleneksel histopatolojik veya biyomarker (immünohistokimyasal olarak) analizleri sınırı aynı faktörler ile sınırlıdır. Sonuç türü, boyutu, ve analiz edilen doku kalitesi ve bu nedenle tek bir doku bölümünde bağlıdır tümörün tamamını yansıtmıyor olabilir. Gerçekten de, Simpson indeksi aşırı derecede doku boyutu (AQUA puanları ölçülen ve yakalanan kare sayısı) önyargılı olabilir. Ölçülen epitoplar immünojenite artifactually doku bölümü (soğuk iskemi zamanı, fiksasyon uzunluğu ve kenar artifakı gibi) arasında kendi ifadesini değiştirmek kontrol edilemeyen pre-analitik faktörler tabi olabilir. Bu, özellikle herkesin bildiği gibi labil 14, 15 fosfor epitopu bir sorundur . Bu nedenle bu tekniğin daha uygun olabilirrezeksiyon örneklerinde ziyade küçük biyopsiler, ve sadece bir yerine birden çok bölüm yapılan. Sonuç olarak, 3D görüntüleme teknikleri Bu parametre daha iyi ölçmek için bir fırsat sunabilir. Olarak sunulan teknik sitokeratin maskeleme epitop ifade değişkenlik gibi biyolojik faktörler, aynı zamanda sınırlı olabilir. Bu, yumurtalık ve meme kanseri, epitelyal-mezenkimal geçiş (EMT) geçmesi veya non-epitelyal bileşenleri veya kök hücreler 16 zenginleştirilmiş dahil olmak üzere, bu kanserlerin özellikle endişe gibi son zamanlarda meydana geldiği görülmüştür olabilir kemoterapi- in vitro 17, yumurtalık kanseri ve tedavisi 18 yanıt meme kanserli hastalarda tedavi edildi. Bu sınırlama, sitokeratin artı vimentin, EMT 16 upregüle gibi alternatif maskeleme antikorları (antikorlar kokteyller) kullanarak üstesinden olabilir . Buna ek olarak, doku diğer bileşenleri (mikrofon bu yanaroenvironment), fibroblastlar ve vasküler endotelyal hücreler gibi, biyolojik tedaviler de giderek tarafından hedef alınıyor, teknik vasküler endotelyal hücreler için leke gibi PECAM / CD31 gibi ilgi bölmeleri, özel maskeler kullanarak, bu bileşenleri puan için genişletilmiş olabilir . Simpson indeksi adaptasyon sadeliği nedeniyle mevcut protokol heterojenlik bir ölçüsü olarak kullanılıyor olmasına rağmen, diğer önlemler heterojenlik (ortalama, varyans, medyan, vb) gibi merkezi eğilim basit ölçümler, kullanılan olabilir. Ayrıca, Simpson endeksi hesaplamalarında, belirli bir test nüfusun daha iyi uyacak şekilde değiştirilmiş olabilir. Z-skoru dönüşümleri heterojenite bir veri kümesi için ortalama etrafında sapma dayalı olduğu puanlama birden fazla belirteçler için daha geçerli olmak üzere izin verir. Ancak, genel olarak çeşitli puanlama dönüşüm bu tip sınırlı olabilir. Bazı tasarımlar daha uygun olabilirsadece belirli bir marker kümesinin tüm örnekler için gerçek AQUA puanları bin. Kutuları ve kesilecek sayısının seçimi de neden olabilir değerler aralığında bir sınırlama ve alternatif deneysel tasarımlar için optimize edilmiş olabilir. Biz zaten klinikte kullanılan bu yana, ER ve HER2 aday biyobelirteçleri olarak bu çalışmada kullanılan hedeflenmiş tedavilerin etkinliği saygı ile ilgili klinik soruları yanıtlamaya yardımcı ve hatırı sayılır bir heterojenlik ve değişim göstermez bilinen birincil ve uzak 19 hastalıktır. Ancak, heterojenlik optimal marker tespit edilmesi kalır. Diğer olasılıklar klonalite sitogenetik belirteçler, interfaz FISH çalışmaları 20, daha önce kullanılan bu gibi içerebilir. Bu yaklaşım, daha fazla kanser biyolojisi bu parametre alaka kurmak için büyük, iyi açıklamalı klinik kohortlarında veya klinik araştırmalardan daha fazla doğrulama gerektirir.

<table border="1"><tbody><tr><td> Reaktifi Adı </td><td> Şirket </td><td> Katalog numarası </td><td> Yorumlar </td></tr><tr><td> ScanScope FL </td><td> Aperio </td><td> ScanScope FL </td><td> Eskisi gibi satıcıdan donatılmıştır </td></tr><tr><td> Spektrum </td><td> Aperio </td><td> Spektrum </td><td> Yapılandırma ve katalog numaraları yerel kurumların kendi veritabanı ve IT yapısının nasıl ayarladığınıza değişecektir. </td></tr><tr><td> AQUAjustment ile birlikte AQUAnalysis, </td><td> HistoRx </td><td> V2.3 </td><td> AQUAjustment paketi AQUAnalysis Spectrum saklanan görüntüleri kullanmanıza olanak sağlar. </td></tr><tr><td> HER2 </td><td> Dako </td><td> A0485 </td><td> 400 seyreltme 1 </td></tr><tr><td> fare anti-pan sitokeratin </td><td> Dako </td><td> M3515 </td><td> 50 dilüsyon 1 </td></tr><tr><td> Antikor seyreltici </td><td> Dako </td&gt; <td> S0809 </td><td></td></tr><tr><td> Keçi-tavşan HRP imgeleyin </td><td> Dako </td><td> K4003 </td><td></td></tr><tr><td> Protein blok </td><td> Dako </td><td> X0909 </td><td></td></tr><tr><td> Keçi anti-fare Alexa555 </td><td> Invitrogen </td><td> A21422 </td><td></td></tr><tr><td> DAPI montaj orta </td><td> Invitrogen </td><td> P36931 </td><td></td></tr><tr><td> Cy5 Tyramide </td><td> HistoRx </td><td> AQ-EMR1-00001 </td><td></td></tr><tr><td> Sequenza immün Merkezi </td><td> Thermo Scientific Shandon </td><td> 73300001 </td><td> Burada kullanılan tezgah üstü immünofloresan boyama </td></tr></tbody></table>

kantitatif İmmünofloresan kullanarak tümörler protein İfade heterojenite haritalama

Heterogeneity Mapping of Protein Expression in Tumors using Quantitative Immunofluorescence

Morfolojik heterojenlik içinde bireysel bir tümör cerrahi pratikte histopathologists tarafından iyi bilinmektedir. Bu genellikle tanınan histolojik alt tiplere belirgin farklılaşma alanları şeklinde, ya da farklı patolojik notu alırken, çoğu zaman doğru sınıflandırma (Şekil 1) meydan fenotip daha ince farklar vardır. Sonuç olarak, altta yatan moleküler fenotip morfolojisini tarafından dikte olduğundan, gözle görünür farklılıklar olduğu bölgelerde hücre fonksiyonu ve davranışı orkestra proteinlerin ifade farklılıkları, ve bu nedenle, görünüm eşlik etmesi muhtemeldir. Prognoz için görünen ve görünmeyen (moleküler) heterojenliğin önemi bilinmemektedir, ancak en azından genetik düzeyde, heterojenlik primer tümörün 1,2 var ve bu alt-klonlar bazı metastatik doğuran, son kanıtlar göstermektedir ( ve bu nedenle öldürücü) hastalığı. Ayrıca, bazı proteinlertedavi hedefleri (örneğin tamoksifen ve trastuzumab (Herceptin) ER ve HER2 sırasıyla) çünkü biyobelirteçleri olarak ölçülür. Bu proteinlerin bir tümör içinde değişken ifade Eğer tedavi yanıtları da değişken olabilir. Immünohistokimya için yaygın olarak kullanılan histopatolojik skorlama düzenleri ya göz ardı veya protein ekspresyonu miktarının sayısal olarak homojenize. Benzer şekilde, tümör örnekleri homojenize edilir (örneğin, gen ekspresyonu gibi) yıkıcı teknikleri, nicel bilgi açıklanamamıştır, ancak mekansal bilgi kaybı olmaz. Pankreas kanseri genetik heterojenite haritalama yaklaşımları tek bir hücre süspansiyonu 3 nesil ya güvendi, veya macrodissection 4 vardır. Son zamanlarda yapılan bir çalışmada, prostat kanseri dokusunun 5 morfolojik ve moleküler heterojenite harita için morfolojisi ve moleküler haritalama mümkün olduğunu ispat ilke, kuantum noktaları, ama düşüyorheterojenite nicel hort. Immünohistokimya olduğundan, en azından, sadece yarı-kantitatif ve intra-ve inter-gözlemci önyargı, daha duyarlı ve kantitatif metodolojileri tabi doğru in situ doku heterojenite harita ve ölçmek için gereklidir. Biz sistematik Otomatik Kantitatif Analiz (AQUA) sistemi 6 dayalı tüm tümör dokusu bölümlerde protein ekspresyonu, heterojenite ölçmek amacıyla geliştirilen ve uygulanan deneysel ve istatistiksel metodoloji var. Doku bölümler fluorofor etiketli sekonder antikor cytokeratins ve ilgi hedeflere karşı spesifik antikorlar ile etiketlenmiş. Slaytlar bütün bir slayt floresans tarayıcı kullanarak görüntülü. Görüntüler yüzlerce binlerce çini bölünmüştür ve her bir çini sonra epitel doku (tümör) bileşeni içinde protein konsantrasyonunun bir ölçüsüdür AQUA puan atanır. Heatmaps Simpson biyolojik çeşitlilik indeksi 7 dayalı orijinal ekoloji heterojenite kullanılan istatistiki bir ölçüttür, kullanarak, proteinlerin ve atanmış bir heterojenite puan doku ifadesini temsil etmek için üretilir. Histolojik preparatlar, bugüne kadar sistematik bir protein ekspresyonu ile birlikte bu değişkenliği harita ve ölçmek için hiçbir girişim olmamıştır. Burada, ER ve yumurtalık kanseri HER2 biyomarker ifade için uygulanan yöntemin ilk kullanımı göstermektedir. Bu yöntemi kullanarak, prognoz ve tedaviye yanıtları tahmin heterojenite önemini kurmak için heterojenite translasyonel çalışmalarda biyomarker ifade çalışmalarında bağımsız bir değişken olarak analiz etmek için yolu açıyor.

Burada kantitatif immünofloresan, görüntü analizi, ve heterojenlik istatistiksel bir ölçü kullanarak, tümör malzeme histolojik bölümlerde moleküler heterojenite ölçmek için bir yöntem açıklanmaktadır. Bu yöntem, klinik biyomarker geliştirme ve analiz kullanım için tasarlanmıştır.

Kantitatif İmmünofloresan kullanarak Tümörler Protein İfade heterojenite Haritalama

Tek bir tümör içindeki morfolojik heterojenite, cerrahi uygulamalarda histopatologlar tarafından yaygın olarak kabul edilmektedir. Bu durum sıklıkla ... şeklinde karşımıza çıkarken

Aşağıdaki deneyin genel amacı, protein ekspresyonundaki heterojenlik derecesine sayısal bir değer atamak için insan kanseri tüm doku kesitlerinde biyobelirteç ekspresyonunu doğru bir şekilde nicelleştirmektir. Bu işlem, öncelikle kanser dokusunun immünofloresan işaretli kesitlerinin bir tüm slayt floresan tarayıcı kullanılarak taranmasıyla gerçekleştirilir. Ardından, tümör içindeki ilgi bölgeleri değerlendirme için seçilir.Ardından, invaziv tümör alanlarındaki ilgili proteinin ekspresyonu, aqua analiz otomatik görüntü analiz sistemi kullanılarak nicelleştirilir. Nihayetinde bu yöntem, doku kesiti boyunca genellikle çok heterojen olan kanser dokusundaki biyobelirteç ekspresyonunu haritalamak için kullanılabilir. Bu tekniklerin, renkli ve metrik görselleştirme reaktifleri kullanan immünohistokimya gibi geleneksel yöntemlere göre temel avantajı, immünofloresansın daha kantitatif ve daha hassas olmasıdır.Bu analitik yöntemlerin bütün bir kesit üzerindeki immünofloresan tarama ile birleştirilmesi, dokular genelindeki biyobelirteç ekspresyonundaki ince varyasyonların detaylı haritalanmasını sağlar. Bu prosedürler ilk kez, Histo RX laboratuvarı operasyon direktörü Mark Gustafson tarafından gösterilmektedir. Kanser doku biyopsisinin mikrotom ile kesilmesinin ve numunenin ilgili biyobelirteçlerin ekspresyonu için immünofloresan boyamasının ardından, boyanmış kesitlerin bulunduğu beş adede kadar lamı lam tarayıcının lam kasetine yerleştirin.Ardından, tarama kapsamı konsolundaki arayüzü kullanarak, boyama paternine veya örneğin diğer gözlemlenebilir özelliklerine bakılmaksızın, her lam için lam üzerindeki tüm dokuyu kapsayacak bir bölge seçin. Sonrasında, tarama kapsamı konsolunu kullanarak, en iyi temsili sağlamak amacıyla, öncelikle dokunun ideal olarak tümör bölgesi içinde yer alan bir doku bölgesini değerlendirmek için seçin.Şimdi, tarama mikroskobu konsolunun otomatik pozlama özelliğini kullanarak, görüntü odağıyla birlikte her kanal için pozlama süresini belirleyin; düz alan düzeltme görüntülerinin alınacağı arka plan alanını tanımlamak için, tarama mikroskobu konsolu görüntüsü üzerindeki mavi elması kullanarak dokudan uzak ancak hala lam üzerindeki lamelle örtülü bölge içinde olan ek bir bölge seçin. Görüntü yakalamayı optimize etmek için her filtre için doku alanına sarı karelerle temsil edilen odak noktaları ekleyin. Görüntülerde yüksek arka plan veya diğer görüntü artefaktları görülürse, görüntü bölgesi kaydırılmalı ve yeni görüntüler alınmalıdır.Ardından doku taranır ve elde edilen dijital lam görüntüleri otomatik olarak Aperio spectrum veri tabanına yüklenir. Spectrum veri tabanındaki dijital lam listesinden analiz edilecek lamı seçmek için spectrum programındaki küçük resme çift tıklayın. Daha sonra, beraberindeki H ve D işaretli görüntüyü kullanarak, floresan görüntü üzerindeki ilgi bölgesini işaretleyin.Tek bir örnek üzerinde, bireysel dairelerle belirlenmiş birden fazla ilgi alanı seçilebilir. İşaretlenmiş görüntüler otomatik olarak spektrum veri tabanına kaydedilir. Şimdi ekranın üst kısmındaki menü çubuğundan Analyze seçeneğini seçin; analiz penceresi göründüğünde, açılır menüden histo RX aqua analysis seçeneğini seçin.Başlamaya hazır olduğunuzda analiz butonuna basın; Windows görev çubuğunda, görüntülerin Spectrum veritabanından yerel bilgisayara aktarım ilerlemesini gösteren küçültülmüş bir konsol penceresi görünecektir. Veriler aktarıldıktan sonra, örnek için belirlenen ilk eşik değer olan pan sitokeratin görüntü sinyalinin arka plan görüntü sinyalinin üzerindeki veri kümelemesine dayalı, gözetimsiz bir aqua puanlama algoritması kullanarak aqua skoru oluşturmak için aqua analizi başlatılacaktır. Bu işlem, daha sonraki hesaplamalarda kullanılabilen bir tümör maskesi tanımlamak için piksellerin kullanılmasına olanak tanıyacaktır.Tüm sitokeratinin yüksek ekspresyon gösterdiği pikselleri, aynı zamanda tümör hücrelerinin sitoplazmik veya nükleer olmayan bölgelerini tanımlamak için kullanın. Burada görüldüğü gibi, tümör maskesi içinde yer alan ve DPI kanalında yüksek sinyale sahip olan pikseller, doğası gereği nükleer olarak tanımlanır. İnceleme sırasında, örnek veya görüntüleme artefaktları nedeniyle skorlama için uygun olmayan alanlar tespit edilirse, bu alanlar skorlamadan çıkarılır ve nihai sonuçta başarısız olarak kaydedilir.Aqua skorlama sonuçları, tüm doku kesiti örneği içindeki ilgi bölgesinde bulunan her bir 512 x 512 piksellik karo ile ilişkili skorlardan oluşan bir tablo olarak sunulur; bu tablo kaydedilebilir ve sonraki istatistiksel analizler için kullanılabilir. Hematoksilin ve eozin boyalı bu fotomikrograflar, aynı over kanserinin farklı bölgelerinin nasıl değişken morfolojiler sergileyebileceğini göstermektedir. Şekil B'nin sağ üst köşesindeki yüksek büyütmeli görünüm, tümörün üst kısmındaki sitoplazmik açıklığa sahip hücreleri ve solid büyüme paternini vurgulamaktadır.Ancak, Şekil C'nin sağ alt bölümünde büyütülmüş olan dokunun alt kısmı, daha homojen bir eozinofilik sitoplazmaya ve papiller bir büyüme paternine sahiptir. Burada, üst ve alt panellerde sırasıyla kemoterapi tedavisi öncesi ve sonrası bir over kanseri doku kesitindeki ER ekspresyonunun heterojenite ısı haritaları gösterilmiştir. Üst şekildeki kesit boyunca hem yüksek hem de düşük ekspresyon bölgeleriyle seyreden değişken ER ekspresyonundan, alt şekilde kırmızı ile gösterilen yüksek ER ekspresyonunun homojen dağılımına geçişe dikkat ediniz.Bu değişimin sayısal gösterimi, solda Simpson indeksindeki düşüş ile belirtilmiştir. Bu şekilde, over kanserinin bir doku kesitindeki HER two heterojenite ısı haritaları, sırasıyla üst ve alt panellerde görüldüğü üzere terapi öncesi ve sonrası yeniden gösterilmiştir. Üstteki şekildeki kesit boyunca hem yüksek hem de düşük ekspresyon bölgeleriyle seyreden değişken HER two ekspresyonunun, alttaki şekilde yüksek HER two ekspresyonunun homojen bir dağılımına dönüştüğünü tekrar göz önünde bulundurunuz.Simpson indeksinin bir kez daha azaldığı görülmektedir. Bu prosedür uygulanırken, hesaplamalı analiz tarafından üretilen verilerin kalitesinin yalnızca boyama kalitesi kadar iyi olduğu ve boyamanın yüksek bir teknik standartta olması gerektiği unutulmamalıdır.

heterogeneity-mapping-protein-expression-tumors-using-quantitative

Research

JoVE Journal

Medicine

Tıp

Bu video, tümör  dokusunda sızan T hücrelerinin farklı alt popülasyonlarını analiz etmek için yerinde floresan multispektral görüntüleme tekniğini göstermektedir. Bir renal hücreli karsinom doku kriyoseksiyonu, spesifik inhibitör reseptörleri eksprese eden ve immünoterapiye dirençli bir fenotip sergileyen CD8 + T hücrelerini etiketlemek için antikorlarla tedavi edilir. Etiketli bölüm, farklı CD8 + T hücresi alt popülasyonlarını tanımlamak için multispektral bir mikroskop kullanılarak...

İmmünoterapiye Dirençli T Hücresi Alt Popülasyonlarını Analiz Etmek için Çoğullanmış İmmünofloresan Görüntüleme

İmmünohistokimya, dokulardaki protein lokalizasyonunu ve ekspresyonunu değerlendirmek için güçlü bir laboratuvar tekniğidir. Kantitasyon için mevcut yarı otomatik yöntemler öznelliği ortaya çıkarır ve çoğu zaman tekrarlanamaz sonuçlar yaratır. Burada, multispektral görüntüleme kullanılarak çoğullanmış immünohistokimya ve protein ekspresyonunun objektif kantitasyonu ve ko-lokalizasyonu için yöntemler tanımlanmıştır.

Çoklanmış Immuno-histokimyasal boyanması ve Multispektral Görüntüleme kullanma Protein Ekspresyonu ve Co-lokalizasyon Kantifikasyonu

Tümör microenvironment eğitim klinik yanıt immünoterapi prognostik veya akýllý biyolojik tespit edebilir. Burada sunulan, bir yöntem situ Floresans spektral analiz ve CD8 otomatik olarak çeşitli altgrupları saymak için görüntüleme üzerinde dayanır+ T hücreleri. Bu tekrarlanabilir ve güvenilir teknik büyük kohort analizi için uygundur.

Multiplexed ayirt analizi ve Intratumoral PD-1+ Tim-3+ CD8 miktar+ T hücreleri

Türdeş olmayan dağıtım HER2-pozitif hücrelerinin meme kanserlerinin bir alt kümede görülebilir ve klinik ikilemler oluşturur. Burada, tanımlamak, ölçmek ve HER2 içi tümör genetik heterojenite heterogeneously işlenmiş meme kanserlerinin büyük bir dizi karşılaştırmak için güvenilir ve düşük maliyetli bir iletişim kuralı tanıtmak.

HER2 Gene amplifikasyon meme kanserleri heterojen değerlendirmek için bir yüksek-den geçerek tarama Platform kurma

Detaylı bir iletişim kuralı için bir altı-marker multiplex ayirt panel en iyi duruma getirilmiş ve gerçekleştirilen, daha tutarlı sonuçlar ve daha kısa işlem süresi için bir otomatik stainer kullanarak. Bu yaklaşım doğrudan IMMUNO-Onkoloji araştırmalar amaçlı herhangi bir laboratuvar tarafından adapte edilebilir.

IMMUNO-Onkoloji araştırmalar Formalin sabit Karsinomu doku örnekleri Multiplex ayirt Panel otomatik

Nicel immunoblotting ayirt Histoloji formalin sabit, parafin gömülü (FFPE) doku örnekleri ilgi bir protein miktarının aracı olarak görüntü analizi ile birleştiğinde doğrulamak için nasıl kullanılacağını açıklar. Bizim sonuçlar biyomarker proteinler rutin biyopsi örneklerinde göreli miktarı ascertaining için ayirt Histoloji yarar gösterilmektedir.

Hücre hatları nicel Immunoblotting ayirt rutin doku örneklerinde biyomarker protein miktarının için doğrulamak için standart olarak

Burada, formalin-sabit parafin gömülü tümör doku bölümlerinde bağışıklık hücrelerini görselleştirmek, ölçmek ve haritalamak için basit ve erişilebilir bir strateji tanımlıyoruz. Bu metodoloji, mevcut görüntüleme ve dijital analiz tekniklerini görüntüleme testlerinin çoklama yeteneğini ve multiparametre analizini genişletmek amacıyla birleştirir.

Tümör Mikroortamında Bağışıklık Hücre Popülasyonlarının Görselleştirilmesi, Ölçülmesi ve Haritalanması

Bu makalede, manuel tiramid sinyal amplifikasyonu (TSA) multipleks immünofloresan (mIF) protokolü ile birlikte görüntü analizi ve uzamsal analiz anlatılmaktadır. Bu protokol, laboratuvarda bulunan slayt tarayıcısına bağlı olarak slayt başına iki ila altı antijenin boyanması için formalin sabit parafin gömülü (FFPE) bölümlerle birlikte kullanılabilir.

Multipleks İmmünofloresan, Tümör Mikroçevresinin Klinik ve Biyolojik Değerlendirmesi için Uzamsal Görüntü Analizi ile Kombine Edildi

Bu protokol, multipleks immünohistokimya kullanılarak tümör mikroçevresinin immün hücre karakterizasyonunun nasıl yapıldığını ayrıntılı olarak açıklar.

Tümör Mikroçevresinin Mekansal İmmün Hücre Manzarasının Multipleks İmmünohistokimyasal Analizi

Bu rapor, otomatik bir slayt boyayıcı üzerinde multipleks immünofloresan (mIF) testleri için otomatik bir protokolü açıklar. Translasyonel araştırmalarda çok sayıda doku slaytında özel mIF tahlilleri için ideal olan standart yüksek verimli doku otomatik boyalayıcıları ve tam slayt floresan görüntüleyiciler üzerinde uzamsal proteomiklerin yüksek tekrarlanabilirliğini gösterir.

Translasyonel Araştırmalar için Yüksek Verimli Otomatik Multipleks İmmünofloresan Testleri

Bu protokol, formalin sabit parafine gömülü doku kesitlerinde protein görüntüleme kütle sitometrisi ile multipleks mRNA tespiti için bir metodolojiyi detaylandırır.

Çift modaliteli Moleküler Kartografi: Multipleks mRNA Tespitinin Protein Görüntüleme Kütle Sitometrisi ile Entegre Edilmesi

Öğrenin kantitatif immünofloresan yöntemiyle tümör dokularında protein ifade heterojenitesini haritalamayı. Bu teknik, kanser biyobelirteçlerinin hassas ve nicel analizini klinik uygulamalar için geliştirir.

Kantitatif İmmünofloresan kullanarak Tümörler Protein İfade heterojenite Haritalama

Daha fazla video keşfet