Name: Mikrobiyal Tanımlama ve Karakterizasyonu için Pyrosequencing (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2013-08-22T12:00:00.000+00:00
Duration: 12 min 37 s
Description: Öğrenin, bakteri türlerini tanımlamak ve antimikrobiyal direnç mutasyonlarını tespit etmek için pirosekanslama yöntemini. Bu teknik, 16S ribozomal DNA analizi ile mikrobiyal genom dizilemesini hızlı ve doğru şekilde gerçekleştirir.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

playerTrialDesktop

Bu proje Johns Hopkins Üniversitesi, Ağ Geçidi Bilim Girişimi ve Qiagen A.Ş. aracılığıyla Provost Ofisi kısmen destek oldu

Giriş: Tek bir bakteri kolonisi, bir gece boyunca inkübe edilir, uygun bir kültür et suyu aşılamak için kullanılır. Bir bakteriyel Topak daha sonra, bir ticari olarak temin edilebilen genomik izolasyon kiti kullanılarak genomik DNA arındırmak için işlenir. Saflaştırılmış genomik DNA 260/280 (nm) oranı örnek protein arındırılmış olduğundan emin olmak için&gt; 1.8 olmalıdır. Pyrosequencing şablon üretimi için gerekli genomik DNA miktarı, 10-20 ng. Şablon A. Amplifikasyon (PyroMark PCR El Kitabı; <a href="http://www.qiagen.com/handbooks" target="_blank">www.qiagen.com / el kitapları</a> 1) PCR reaksiyonu ayarlama Not: Bir astar, 5 &#39;ucunda biotinlenmiş olmalı ve bu şablon hazırlanması için saf HPLC olması önerilir. Biz PCR ve se için PyroMark Testi Tasarım Yazılımı 2.0 tavsiyekısa okuma sıralama için optimize edilmiş sekans Primer tasarımı, ancak, Primer-BLAST ( <a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/index.cgi?LINK_LOC=BlastHome" target="_blank">http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/index.cgi?LINK_LOC=BlastHome</a> NCBI itibaren) da yapabilirsiniz Primer tasarımı için kullanılabilir. <ol><li> Gerekli tüm çözümleri (Tablo 1&#39;de) çözülme ve her iyice karıştırın. Tablo 1&#39;e göre reaksiyon ayarlayın. Tüm çalışmalar, oda sıcaklığında yapılabilir. </li></ol> Not: PCR Master Mix çoğu durumda tatmin edici sonuçlar verir 1.5 mM, nihai konsantrasyon için MgCl2 içerir. Daha yüksek bir Mg2 + konsantrasyonu gerekli ise, 25 mM MgCl2 kadar 3,5 ul bir reaksiyon eklenebilir. <ol start="2"><li> Iyice hafifçe aşağı yukarı pipetleme ve reaksiyon karışımı karıştırın, daha sonra PCR tüplerine uygun hacimde dağıtım. </li><li> Templat ekleHer bir PCR tüpü E DNA. Biz genomik DNA 10 ng tavsiye ederiz. </li><li> Tablo 2&#39;ye göre termal döngü programlayın. 4 nihai bir tutma ° C kolaylık sağlamak için önerilir. 100 ul mineral yağ ile ısıtılmış bir kapaksız bir termal döngü kullanıyorsanız, bindirme reaksiyonlar. </li><li> Cycler PCR tüpleri yerleştirin ve bisiklet programını başlatın. </li></ol> B. Vakum İş İstasyonu Protokolü Biyotinillenmiş PCR ürünleri hareketsizleştirici <ol><li> Şekil 4&#39;e göre bir ana karışımı olun. </li></ol> Not: pipetleme önce yavaşça homojen bir süspansiyon sağlamak için streptavidin kaplı Sepharose boncuklarının şişe çalkalanır. <ol start="2"><li> Kullanılan PCR ürününün hacmine bağlı olarak, oyuk başına 80 ul toplam hacim vermek için bir PCR plakanın her oyuğuna 60-75 ul ana karışımı dağıtın. </li><li> Her bir kuyunun 5-20 ul biotinlenmiş PCR ürün ekleyin. </li><li> Şerit ca ile kuyu Sealorbital çalkalayıcı kullanılarak, oda sıcaklığına (15-25 ° C) 5-10 dakika süreyle 1.400 rpm&#39;de PCR plaka PS ve ajitasyon. </li></ol> DNA denatürasyonu ve primer sekans ilavesi <ol><li> Tampon tavlama ile 0.3 uM sekanslama primerleri seyreltilir ve bir tepkime levhası, her kuyuya 25 ul dağıtın. Iş istasyonunda plaka yerleştirin. </li><li> Şekil 5, şemasına göre iş istasyonu olukları doldurun. </li><li> Vakum pompası açın ve vakum aracı anahtarı (Şekil 6) için ayarlanmış olduğundan emin olun. Yalak 5 yüksek saflıkta su (Milli-Q 18,2 MW x cm veya eşdeğeri) (Şekil 5) ile filtre probları yıkayın. 12. adımda kullanıma hazır ve taze yüksek saflıkta su ile doldurun çukur. </li><li> Hızlı çalışan, iş istasyonunda boncuk ile PCR plaka yerleştirin. Iki tabak örnekleri yüklenen olduğu gibi aynı yönde olduğundan emin olun. </li><li> ON vakum anahtarı ile, vakum alt20 saniye için ya da her birim aspire edilmiş kadar PCR plakanın gözleri içine aracı. Boncuk vakum aracı (Şekil 7) tarafından Çekilecek. </li><li> Hala ON vakum ile, 20 saniye boyunca% 70 etanol (çukur 1) ile aracı yıkayın veya tüm ses aspire edilinceye kadar. </li><li> ON vakum ile, 20 saniye boyunca denatürasyon solüsyonu (çukur 2) ile aracı yıkayın veya tüm ses aspire edilinceye kadar. </li></ol> Not: Denatürasyon Çözüm bir göz ve cilt tahriş edici sodyum hidroksit içerir. Her zaman laboratuvar önlüğü, eldiven ve koruyucu gözlük takın. <ol start="8"><li> ON vakum ile, 20 saniye boyunca yıkama tamponu (çukur 3) ile aracı yıkayın veya tüm ses aspire edilinceye kadar. </li><li> ON vakum ile tüm sıvı vakum aracı dışarı akmasını sağlamak için, 5 saniye 90 ° ötesinde dikey vakum aracı yükseltmek. Pompa KAPATIN ve reaksiyon plaka ile vakum aracı hizalayın. Içine vakum aracı Altkuyu ve yavaşça kuyu içeren sıralama astar içine boncuk serbest bırakmak için iki yana sallayın. </li><li> Vakum aracı temizlemek için, 10 saniye boyunca yüksek saflıkta su (çukur 4) &#39;te, filtre probları ajitasyon. </li><li> ON vakum açın ve tüm ses aspire edilinceye kadar 20 saniye veya için yüksek saflıkta su (çukur 5) ile aracı yıkayın. </li><li> 5 saniye için 90 ötesinde ° C dikey vakum aracı kaldırın, sonra vakum durur, &quot;Otopark&quot; konumunda saklayın. </li></ol> DNA ipliklerini için dizi astar tavlama <ol><li> Önceden ısıtılmış plaka tutucu reaksiyon plakası yerleştirin. </li><li> 2 dakika 80 bir ısıtma bloğu ° C plaka ısıtın. </li><li> 5 dakika boyunca oda sıcaklığında soğumaya sayaç üzerinde tutucu ve yerden plaka çıkarın. </li></ol> Pyromark S24 Çalışma Not: Güç kablosunu üzerinde bulunan güç düğmesini kullanarak cihazı açın. Startup 1 dakika kadar sürebilir. <ol><li> PyroMark Altın Q24 Reaktifler El Kitabı 2 verilen talimatlara göre bir kartuş doldurun. Cihaz yazılım bir çalışma dosyası kurmak, gerekli hacmi belirlemek ve Araçlar menüsünde Çalıştır Öncesi Bilgi seçmek için </li><li> Cihazda zaten, bu bir çalışma performans sağlamak ve daha sonra kapağı açın. Bunu yapmak için güvensiz olduğunda kapak açıldığında sesli bir ikaz sinyali duyulur. </li><li> Kartuşu girişini açın ve etiket (Şekil 8) öne gelecek şekilde kartuşu takın. Kartuşu doğru (bir çizgi ön görünür olmalıdır) takılı olduğundan emin olun ve kapıyı kapatın. </li><li> Plaka tutma çerçeve açın ve cihazın içindeki örnekleri ile plaka yerleştirin. </li><li> Plaka tutma çerçevesi ve araç kapağını (Şekil 9) kapatın. </li></ol> Bir çalışma başlangıç <ol><li> Çalışma dosyası ile USB stick takıns cihazın ön USB portuna cihaz yazılımı ile yarattı. </li><li> Ana menüdeki &quot;Çalıştır&quot; ı seçin ve &quot;OK&quot; tuşuna basın. </li><li> İstenilen çalıştırma dosyayı seçin ve &quot;Select&quot; tuşuna basın kaydırma okları kullanın. </li></ol> Not: Cihaz tüm önceden basınç ve sıcaklık seviyeleri (bu birkaç dakika sürebilir) ulaşıldığında reaktif dağıtım başlayacak. Bir çalışma sırasında, cihaz ekran gerçek zamanlı olarak seçilen kuyunun pyrogram görüntüler. Diğer kuyuların pyrogram görmek için kaydırma okları kullanın. Bir çalışma Tamamlanıyor <ol><li> Cihazın çalışma bitmiş olduğunu doğrular ve çalışma dosyası USB belleğe kaydedildikten sonra, &quot;Close&quot; tuşuna basın. </li><li> USB stick çıkarın. Çalışma bitmiş önce kaldırıldı, USB stick takın. &quot;Yönetim&quot; ve daha sonra &quot;Kopyala kaydedilmemiş çalışır&quot; seçin. </li><li> Çalıştırmak dosya şimdi açıldı ve enstrüman yazılımı kullanılarak analiz ve karşılaştırılabilirIdentifire yazılımı kullanarak bilinen mikropların bir kütüphaneye. </li></ol>

<ol><li><a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22PyroMark+PCR+Handbook%22">PyroMark PCR Handbook</a>. , [about 27p.]. Available from:
		
	 <a target="_blank" href="http://www.qiagen.com/handbooks">http://www.qiagen.com/handbooks</a> (2009).</li>
<li><a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22PyroMark+Q24+User+Manual%22">PyroMark Q24 User Manual</a>. , [about 27p.]. Available from:
		
	 <a target="_blank" href="http://www.qiagen.com/handbooks">http://www.qiagen.com/handbooks</a> (2012).</li>
<li>Elahi, E., Ronaghi, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Pyrosequencing%3A+a+tool+for+DNA+sequencing+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol.+Bio%22%5BJournal%5D)">Pyrosequencing: a tool for DNA sequencing analysis.</a> Methods Mol. Bio. 255, 211-219 (2004).</li>
<li>Fakhrai-Rad, H., Pourmand, N., Ronaghi, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Pyrosequencing%3A+and+accurate+detection+platform+for+single+nucleotide+polymorphisms%5BTitle%5D)+AND+%22Hum.+Mutat%22%5BJournal%5D)">Pyrosequencing: and accurate detection platform for single nucleotide polymorphisms.</a> Hum. Mutat. 19 (5), 479-485 (2002).</li>
<li>Langaee, T., Ronaghi, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genetic+variation+analyses+by+pyrosequencing%5BTitle%5D)+AND+%22Mutat.+Res%22%5BJournal%5D)">Genetic variation analyses by pyrosequencing.</a> Mutat. Res. 573 (1-2), 96-102 (2005).</li>
<li>Liu, Z., Lozupone, C., Hamady, M., Bushman, F. D., Knight, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Short+pyrosequencing+reads+suffice+for+accurate+microbial+community+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">Short pyrosequencing reads suffice for accurate microbial community analysis.</a> Nucleic Acids Res. 35 (18), e120(2007).</li>
<li>Novais, R. C., Thorstenson, Y. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+evolution+of+Pyrosequencing+for+microbiology%3A+From+genes+to+genomes%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Microbiol.+Methods%22%5BJournal%5D)">The evolution of Pyrosequencing for microbiology: From genes to genomes.</a> J. Microbiol. Methods. 86 (1), 1-7 (2011).</li>
<li>J, <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Metagenomic+pyrosequencing+and+microbial+identification%5BTitle%5D)+AND+%22Clin.+Chem%22%5BJournal%5D)">Metagenomic pyrosequencing and microbial identification.</a> Clin. Chem. 55 (5), 856-866 (2009).</li>
<li>Quince, C., Lanzen, A., Curtis, T. P., Davenport, R. J., Hall, N., Head, I. M., Read, L. F., Sloan, W. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Accurate+determination+of+microbial+diversity+from+454+pyrosequencing+data%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Methods%22%5BJournal%5D)">Accurate determination of microbial diversity from 454 pyrosequencing data.</a> Nat. Methods. (9), 639-6341 (2009).</li>
<li>Ronaghi, M., Karamohamed, S., Pettersson, B., Uhlen, M., Nyren, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Real-time+DNA+sequencing+using+detection+of+pyrophosphate+release%5BTitle%5D)+AND+%22Anal.+Biochem%22%5BJournal%5D)">Real-time DNA sequencing using detection of pyrophosphate release.</a> Anal. Biochem. 242, 84-89 (1996).</li>
<li>King, C., Scott-Horton, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Pyrosequencing%3A+A+simple+method+for+accurate+genotyping%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Vis.+Exp%22%5BJournal%5D)">Pyrosequencing: A simple method for accurate genotyping.</a> J. Vis. Exp. (11), e630(2008).</li>
<li>Rothberg, J. W., Heinz,, et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+integrated+semi-conductor+device+that+enabling+non-optical+genome+sequencing%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">An integrated semi-conductor device that enabling non-optical genome sequencing.</a> Nature. 475, 348-352 (2011).</li>
<li>Levene, M. J., Korlach, J., Turner, S. W., Foquet, M., Craighead, H. G., Webb, W. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Zero-Mode+Waveguides+for+Single-Molecule+Analysis+at+high+concentrations%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Zero-Mode Waveguides for Single-Molecule Analysis at high concentrations.</a> Science. 299, 682-686 (2003).</li>
<li>Eid, J., Fehr, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Real-Time+DNA+Sequencing+from+Single+Polymerase+Molecules%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Real-Time DNA Sequencing from Single Polymerase Molecules.</a> Science. 323, 133-138 (2009).</li>
<li>Sequencing Technology | Sequencing by Synthesis | Illumina [Internet]. , Illumina. Available from:
		
	 <a target="_blank" href="http://www.illumina.com/technology/sequencing_technology.ilmn">http://www.illumina.com/technology/sequencing_technology.ilmn</a> (2012).</li>
</ol>

Bu makalenin Üretim ve Serbest Giriş Qiagen tarafından desteklenmektedir. Yazarlar Ahmed, Durocher, Jessen ve Vardi Bu makalede kullanılan reaktifler ve aletleri üreten Qiagen Inc çalışanlarıdır.

Birçok yeni nesil dizileme yöntemleri ticari edilmiştir. En yaygın olarak kullanılan yöntemler arasında üç Bu yöntemlerin her biri 3-11 sentez ile sekanslama bağlıdır. Iyon iletken dizi analizi, tek bir molekül gerçek zaman sıralaması ve sentezi (SBS) ile sıralama ama Incorporated nükleotid tespiti için yeni bir platform kullanır. Iyon yarı iletken sıralama içinde, tek bir DNA iplikçik sıralama iplikçik için bir şablon olarak hizmet vermektedir. 12 Polimeraz ve nükleotid sırayla pyrosequencing olarak eklenir. Bir nükleotid artan DNA sarmalı ilave edildiğinde, bir hidrojen iyonu serbest bırakılır. Hidrojen iyonu, bir saha etkili transistörün tabanlı sensör tarafından tespit edilir. Tek bir molekül gerçek zamanlı sıralama sıfır modu dalga kılavuzu (ZMW) bağlıdır. 13 ZMW tek bir polimeraz molekül kuyunun dibinde bağlı küçük bir yapıdır. Bu, bir flore bir şekilde aydınlatılmışkoku molekülü tespit edilebilir. Her nükleotid bir floresan molekül ile etiketlenmiş. Bir floresan etiketli nükleotid dahil olarak, bir detektör nükleotid tanımlar. Aşağıdaki nükleotid eklendiğinde, floresan molekül yarılır. 14 Sentez ile Sequencing (SBS) eşsiz dizilerin kümeleri oluşturulan bu hedef DNA, yükseltmek için benzersiz bir yöntem kullanır. 15 tek sarmallı şablon oluşturulur ve daha sonra tamamlayıcı şeride sentezlenir. Her bir nükleotid, bir flüoresan molekül ile etiketlenir ve her bir baz ilave edildikten sonra ilave edilen baz floresan kaydedilir.

Pyrosequencing &quot;sentez ile dizileme&quot; ilkesine dayanmaktadır nükleik asit dizisi için hızlı ve hassas bir yöntemdir. &quot;Sentez ile sıralama&quot; bir anda tamamlayıcı bükümünü sentezlemek için bir baz tek iplikli DNA şablon kullanılarak yapılan, ve içinde yer alan baz (A, T, G veya C), bir kemilüminesan tespit sinyali tarafından her adımında tespit içerir. Pyrosequencing Reaksiyon DNA şablonu, dNTP (dATP, dGTP, dTTP, dCTP), DNA polimeraz, ATP sulfurylase, lusiferin, lusiferaz ve apyrase içerir. Sentez Reaksiyon dört dNTP ve tek sarmallı biyotinlenmiş şablon DNA&#39;ya DNA polimeraz birinin ilave edilmesi ile başlatılır. DNA polimeraz pirofosfat daha sonra tahliye edilmesini (Şekil 1) ile, şablon üzerine tamamlayıcı dNTP kapsar. ATP sulfurylase orantılı ATP&#39;ye pirofosfat dönüştürür. ATP hangi oxyluciferin için luciferase lusiferaz-aracılı dönüşüm için bir katalizör olarak hareket ederışığı (Şekil 2) üretir. Işığın şiddeti dahil nükleotidlerin sayısı ile orantılıdır ve bir veya daha fazla dNTP (dATP, dTTP, dGTP, dCTP veya) ardışık olarak şablon bükümü (Şekil 3) mevcut olup olmadığını tespit eder. Herhangi bir tüzel kişiliği olmayan dNTP önce sentez reaksiyon devamı için bir sonraki dNTP ilavesi için apyrase tarafından düşer. Tek sarmal kollu DNA şablonundan DNA dizisini tespit edilene kadar bu &quot;sentez ile sekanslama&quot; tepki dört dNTP, her biri sıra ile tekrarlanır. Pyrosequencing reaksiyon bir animasyon görmek için <a href="http://www.jove.com/files/ftp_upload/50405/50405movie1.mov" target="_blank">filmi görmek için buraya tıklayın</a> .

<table><tbody><tr><td>PyroMark PCR Master Karışımı, 2x</td><td>Qiagen</td><td>978703</td><td></td></tr><tr><td>CoralLoad Konsantresi, 10x</td><td>Qiagen</td><td>978703, 978705</td><td></td></tr><tr><td>Q-Solüsyonu, 5x</td><td>Qiagen</td><td>978703, 978705</td><td></td></tr><tr><td>MgCl2, 25 mM</td><td>Qiagen</td><td>978703, 978705</td><td></td></tr><tr><td>RNaz İçermeyen Su</td><td>Qiagen</td><td>129112</td><td></td></tr><tr><td>Primerleri</td><td>Qiagen</td><td>978776 veya 978777</td><td>Primerleri, yerleşik bir oligonükleotid üreticisinden (yani QIAGEN Pyromark Özel Tahliller, IDT, vb.) satın alınmalıdır. Liyofilize primerler, 100&mu;M'lik bir stok çözeltisi sağlamak için TE içinde çözülmelidir.</td></tr><tr><td>Pyromark Gold Q24 Reaktifleri</td><td>Qiagen</td><td>970802</td><td></td></tr><tr><td>Yüksek saflıkta su (Milli-Q 18.2 M& Omega; x cm veya eşdeğeri)</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Streptavidin Sefaroz Yüksek Performanslı Boncuklar</td><td>GE Healthcare</td><td>17-5113-07</td><td></td></tr><tr><td>PyroMark Tavlama Tamponu</td><td>Qiagen</td><td>979009</td><td></td></tr><tr><td>PyroMark Denatürasyon Çözeltisi</td><td>Qiagen</td><td>979007</td><td></td></tr><tr><td>PyroMark Yıkama Tamponu</td><td>Qiagen</td><td>979008</td><td></td></tr><tr><td>PyroMark Q24 Qiagen</td><td></td><td>9001514</td><td></td></tr><tr><td>PyroMark Q24 Kartuş</td><td>Qiagen</td><td>979202</td><td></td></tr><tr><td>PyroMark Q96 HS Uç Tutucu Kutusu</td><td>Qiagen</td><td>979105</td><td></td></tr><tr><td>PyroMark Q24 Vakum İş İstasyonu</td><td>Qiagen</td><td>9001516</td><td></td></tr><tr><td>PyroMark Q24 Plaka Tutucu</td><td>Qiagen</td><td></td><td></td>9022273</tr><tr><td>Orbital çalkalayıcı</td><td>Fisher</td><td>11-675-297</td><td></td></tr><tr><td>Isı bloğu</td><td>Fisher</td><td>11-718Q</td><td></td></tr></tbody></table>

mikrobiyal tanımlama ve karakterizasyonu için pyrosequencing

Pyrosequencing for Microbial Identification and Characterization

Pyrosequencing, bakteri türleri tespit bakteri suşları ayrım ve anti-mikrobiyal ajanlara karşı direnç kazandıran genetik mutasyonları tespit etmek için kullanılabilir mikrobiyal genom dizileme kolaylaştıran bir çok yönlü bir tekniktir. Mikrobiyoloji uygulamaları için pyrosequencing avantajları hızlı ve güvenilir yüksek verimli tarama ve mikropların ve mikrobiyal genom mutasyonlarının doğru tanımlama içerir. Pyrosequencing sentezi, reaksiyon sırasında dahil edilen özel bir nükleotid varlığının belirlenmesinde, tamamlayıcı dizi bir seferde tek bir baz sentez ile DNA sekanslama içerir. Reaksiyon dört deoksiribonükleotit (dNTP) arka arkaya ilave edildi ve adi dNTP sentez tepkimesi için bir sonraki dNTP eklenmesinden önce enzimatik olarak bozulmuş olan vardır immobilize tek sarmallı DNA şablonu üzerinde oluşur. Şablonu dahil belirli bir baz Algılama chemilum üretimi ile izlenirinescent sinyalleri. Kemilüminesan sinyalleri üretmek dNTP sırası şablon DNA dizisi belirlenir. Pyrosequencing teknolojinin gerçek zaman sıralaması özelliği tek bir tahlil hızla mikrobiyal tanımlanmasını sağlar. Buna ek olarak, pyrosequencing alet, SNP, nokta mutasyonları, eklemeler, silmeler ve yanı sıra, bazı anti-mikrobiyal direnç oluşabilir çoklu gen kopya miktar protein tipi dahil olmak üzere, bir anti-mikrobiyal ilaç direnci, genetik çeşitlilik, analiz desen.

Yazılımı kullanarak tipik bir pyrosequencing çalışma sonuçları amplikon üretimi için kullanılan ileri ve geri primerler yerini ve korunmuş 16S ribozomal dizisi (Şekil 10) içinde pyrosequencing reaksiyon için kullanılan sıralama astar gösterir. Astar arasındaki aşırı değişken dizisi Yer korunmuş dizileme primeri (5&#39;-TACATGCAAGTCGA) kullanılarak bakteri türlerinin, çok sayıda bakteriyel belirlenmesi için olanak sağlar. bir iç kalite kontrol olarak, DNA dizisi parantez içi değişken bölge doğru DNA bölgesi analiz edilmiştir sağlamak için kontrol edilebilir . Pyrosequencing yazılım bakteri tanımlama için bakteriyel ribozomal dizileri bir iç veritabanı için oluşturulan dizisinin karşılaştırma ve uyum sağlar. Buna ek olarak, bir dizi antibiyotik ilaç direnci kazandıran mutasyonlar belirlemek için analiz edilebilir. Helicob arasında 23S ribozomal genlerdeki mutasyonların Örneğin, analizacter pylori antibiyotik direnci kazandıran iki mutasyon desen (GAA veya AGA) (Şekil 11) göstermektedir. Aynı hastada birden fazla izole analizi aynı zamanda mikrobiyal ilaç direnci salgınların epidemiyolojik araştırmalarda yardımcı olmak için zaman içinde ilaç direncinin ortaya çıkması izlemek için test edilebilir. <img alt="Şekil 1" src="/files/ftp_upload/50405/50405fig1.jpg" /> Şekil 1. Biyotinillenmiş PCR ürünü, pirofosfat (PPi) üretimi yol açan DNA polimerazı ile dNTP dahil etmek için bir şablon olarak kullanılır. <img alt="Şekil 2," src="/files/ftp_upload/50405/50405fig2.jpg" /> Şekil 2. ATP sulfurylase orantılı yanlısı olduğunu ışık üretir oxyluciferin için luciferase lusiferaz aracılı dönüşüm için bir katalizör olarak ATP. ATP eylemleri pirofosfat dönüştürürATP miktarının orantılı olduğu. Işık pyrogram iz üzerinde zirve olarak kaydedilir ve nükleotid dahil belirtir. Bir sonraki dNTP sentezi devam etmesi için ilave edilmeden önce, adi dNTP apyrase tarafından bozulmuş. <img alt="Şekil 3," src="/files/ftp_upload/50405/50405fig3.jpg" /> Şekil 3,. Bir veya daha fazla dNTP (dATP, dTTP, dGTP, dCTP veya) ardışık olarak şablon bükümü üzerine kurulmuştur, oluşturulan ışığın yoğunluğunu gösterir. <img alt="Şekil 4," src="/files/ftp_upload/50405/50405fig4.jpg" /> Şekil 4. Biotinlenmiş PCR ürünü hareketsiz ana karışımı hazırlanması için akış şeması. <img alt="Şekil 5," src="/files/ftp_upload/50405/50405fig5.jpg" /> ge = &quot;her zaman&quot;&gt; Şekil 5. PCR plaka, PyroMark plaka ve çukur yerleri ile PyroMark iş istasyonu,. <img alt="Şekil 6," src="/files/ftp_upload/50405/50405fig6.jpg" /> 6 Şekil. Pozisyonları ve KAPAT Vakum anahtarı yerler. <img alt="Şekil 7" src="/files/ftp_upload/50405/50405fig7.jpg" /> Şekil 7. Vakum aracı. Vakum aracı doğru kullanımı. <img alt="Şekil 8," src="/files/ftp_upload/50405/50405fig8.jpg" /> Şekil 8. Kartuş kapısı yerde kartuş ile açıldı. <img alt="Şekil 9," src="/files/ftp_upload/50405/50405fig9.jpg" /> 9 Şekil. Kapı kapalı kartuşu doğru takılı. &quot;Fo: keep-together.within-page =&quot; her zaman &quot;&gt; <img alt="Şekil 10" src="/files/ftp_upload/50405/50405fig10.jpg" /> 10 Şekil. Tabanlı bakteri tanımlama sonuçlar Pyrosequencing. PCR primerleri, DNA şablonunun korunmuş bölgeler için tasarlanmıştır ve sekanslama primerine amplikon (mavi renkte gösterilmiştir) içinde iyi karakterize edilmiş DNA sekansının tanımlanması hiper-değişken bölgesinin hemen üst tarafından konumlandırılır. <img alt="Şekil 11" src="/files/ftp_upload/50405/50405fig11.jpg"/> 11 Şekil. Pyrosequencing kullanarak Helicobacter pylori antibiyotik ilaç direnci tespit. GAA veya AGA dizileri içeren Helicobacter pylori antibakteriyel direnç görüşmek 23S genlerinde mutasyon analizi. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/50405/50405fig11large.jpg" target="_blank">büyük rakam görmek için buraya tıklayın</a> . <table border="1"><tbody><tr> &lt;td&gt; Bileşen </td><td> Reaksiyon başına hacim </td><td> Nihai konsantrasyon </td></tr><tr><td> Pyro PCR Master Mix, 2x </td><td> 12.5 ul </td><td> 1x </td></tr><tr><td> CoralLoad Konsantre, 10x </td><td> 2.5 ul </td><td> 1x </td></tr><tr><td> 25 mM MgCl2 (isteğe bağlı) </td><td> Değişken </td><td> ≥ 1.5 mM </td></tr><tr><td> 5x Q-Çözüm, (isteğe bağlı) </td><td> 5 ul </td><td> 1x </td></tr><tr><td> Astar A / Astar B </td><td> Değişken / Değişken </td><td> 0.2 μM/0.2 mcM </td></tr><tr><td> RNase içermeyen su </td><td> Değişken </td><td> - </td></tr><tr><td> Toplam Hacim (DNA ekledikten sonra) </td><td> 25 ul </td><td></td></tr></tbody></table> Tablo 1. PCR reaksiyon karışımının. <table border="1"><tbody><tr><td></td><td> &amp; Nbsp; </td><td></td><td> Ek yorumlar </td></tr><tr><td> İlk PCR aktivasyon aşaması </td><td> 15 dakika </td><td> 95 ° C </td><td> HotStartTaq DNA Polimeraz etkinleştirilir </td></tr><tr><td> 3 adım bisiklet: Denatürasyon </td><td> 30 sn </td><td> 94 ° C </td><td></td></tr><tr><td> Tavlama </td><td> 30 sn </td><td> 60 ° C 56 ° C </td><td> Genomik DNA için Bisülfit dönüştürülür DNA </td></tr><tr><td> Uzatma </td><td> 30 sn </td><td> 72 ° C </td><td></td></tr><tr><td> Döngü Sayısı </td><td> 45 </td><td></td><td></td></tr><tr><td> Son uzatma </td><td> 10 dakika </td><td> 72 ° C </td><td></td></tr></tbody></table> Tablo 2&#39;de. PCR Döngüsü Özellikleri.

Pyrosequencing, bakteri türleri tespit bakteri suşları ayrım ve anti-mikrobiyal ajanlara karşı direnç kazandıran genetik mutasyonları tespit etmek için kullanılabilir mikrobiyal genom dizileme kolaylaştıran bir çok yönlü bir tekniktir. Bu videoda, mikrobiyal amplikon üretimi, amplikon pyrosequencing ve DNA dizi analizi için prosedür gösterilecektir.

Mikrobiyal Tanımlama ve Karakterizasyonu için Pyrosequencing

Pyrosequencing is a versatile technique that facilitates microbial genome sequencing that can be used to identify bacterial species, discriminate ...

Aşağıdaki deneyin genel amacı, pirosekanslama metodolojisini kullanarak 16 s ribozomal DNA dizisi analizi yoluyla bir bakteriyi tanımlamaktır. Bu işlem, öncelikle biyotinize bir primer kullanılarak polimeraz zincir reaksiyonu ile hedef DNA'nın amplifiye edilmesiyle gerçekleştirilir. Ardından, biyotinize amplikon streptavidin kaplı spheros boncuklar kullanılarak immobilize edilir ve yıkama tamponları ile saflaştırılır.Ardından, amplikon denatüre edilir ve tekli DNA sarmallarına 16 s ribozomal sekanslama primerleri bağlanır. Bu adımın amacı, DNA'yı sekanslamaya hazırlamaktır. Son olarak, DNA sekanslama reaksiyonu; sentez yoluyla sekanslama prensibine dayanan, nükleik asitleri sekanslamak için hızlı ve doğru bir yöntem olan pirosekanslama ile gerçekleştirilir.Biotinillenmiş alicon, DNA polimeraz tarafından her seferinde bir baz ekleyerek dNTP'leri dahil etmek için kalıp olarak kullanılır ve bu işlem pirofosfat oluşumuna yol açar. Bir ATP Sülfraz, pirofosfatı orantılı olarak ATP'ye dönüştürür; ATP ise lüsiferaz aracılı lüsiferin dönüşümünü katalize ederek aTP miktarıyla orantılı bir ışık üretir. Bu ışık, pirosekans izinde bir pik olarak kaydedilir ve nükleotid eklemesini gösterir. Bir sonraki dNTP eklenip sentez devam etmeden önce, dahil edilmemiş dNTP'ler apiraz tarafından degrade edilir.Programda kaydedilen kemilüminesans sinyali, DNA diziliminin belirlenmesine olanak tanır. Elde edilen sonuçlar, ribosomal 16S rDNA dizileridir ve bunlar, bir ribosomal DNA referans veri tabanıyla karşılaştırılarak bakterinin tanımlanması için kullanılır. Pyro sekanslama, mikrobiyal genom sekanslamayı kolaylaştıran çok yönlü bir tekniktir; bakteriyel türlerin tanımlanmasında, bakteriyel suşların ayırt edilmesinde ve antimikrobiyal ajanlara karşı direnç sağlayan genetik mutasyonların tespit edilmesinde kullanılabilir.Bu videoda, bakteriyel amplikon üretimi, amplikon pirosekanslama ve DNA dizisi analizi prosedürü gösterilecektir. Kalıp amplifikasyonu prosedürüne başlamak için gerekli tüm solüsyonları çözün ve her birini iyice karıştırın. Tüm işlemler oda sıcaklığında gerçekleştirilebilir. PCR reaksiyonunu bu tabloya göre hazırlayın.Çoğu durumda 1,5 millimolar nihai magnezyum klorür konsantrasyonunun yeterli sonuçlar sağlayacağını unutmayın. Bununla birlikte, daha yüksek bir magnezyum konsantrasyonu gerekiyorsa, reaksiyona 25 millimolar magnezyum klorürden 3,5 microliter'e kadar eklenebilir. Bir primerin beş prime ucundan biyotillenmiş olması gerekir ve primerin titizlikle HPLC saflaştırılması önerilir.Reaksiyon karışımını, pipetle nazikçe yukarı-aşağı çekerek karıştırın ve ardından uygun hacimleri PCR tüplerine dağıtın. Sonra, her PCR tüpüne kalıp DNA ekleyin. Reaksiyon başına 10 nanogram genomik DNA önerilir.Master mix'i hazırlamadan önce PCR tüplerini bir döngüleyiciye yerleştirin ve bu döngü programını başlatın. Homojen bir süspansiyon sağlamak için strep avid ve kaplanmış seros boncuk şişesini çalkalayın. Bu akış şemasına göre bir master mix hazırlayın.Boncuklar, bağlama tamponu ve yüksek saflıkta su bir mikro santrifüj tüpünde birleştirilir. Kullanılan PCR ürününün hacmine bağlı olarak, her bir kuyucuktaki toplam hacim 80 µL olacak şekilde, bir PCR plakasının her kuyucuğuna 60 ila 75 µL master mix dağıtılır. Her kuyucuğa 5 ila 20 µL Biyotinize PCR ürünü eklenir.Kuyu başına hacim şu an 80 µL olmalıdır. Kuyuları şerit kapaklarla kapatın ve bir orbital çalkalayıcı kullanarak PCR plakasını oda sıcaklığında, 1.400 RPM hızında beş ila 10 dakika boyunca çalkalayın. Bu prosedüre, sekanslama primerlerini bir dizleme tamponu ile 0,3 µM'ye seyrelterek ve reaksiyon plakasının her kuyusuna 25 µL dağıtarak başlayın.Plakayı vakum istasyonuna yerleştirin. İstasyon haznesini bu diyagrama göre doldurun. Birinci hazneye 50 milliliters %70 ethanol, ikinci hazneye 40 milliliters denatürasyon solüsyonu, üçüncü hazneye 50 milliliters yıkama tamponu, dördüncü hazneye 50 milliliters yüksek saflıkta su ve beşinci hazneye 70 milliliters yüksek saflıkta su ekleyin.Vakum pompasını çalıştırın ve vakum aracındaki anahtarın açık konumda olduğundan emin olun; ardından filtre problarını yüksek saflıkta su ile yıkayın. Beşinci hazneye, hem PCR hem de reaksiyon plakalarının aynı yönde olduğundan emin olarak, boncuklar içeren PCR plakasını iş istasyonuna yerleştirin. Vakum aracını PCR plakasının kuyucuklarına indirin.Vakum hâlâ açıkken, 20 saniye boyunca veya tüm hacim aspire edilene kadar boncuklar vakum aleti tarafından yakalanacaktır. Aleti 20 saniye boyunca veya tüm hacim aspire edilene kadar %70 ethanol ile yıkayın. Ardından, aleti 20 saniye boyunca veya tüm hacim aspire edilene kadar Denatürasyon solüsyonu ile yıkayın.Ardından, vakum hala açıkken, tüm hacim aspire edilene kadar veya 20 saniye boyunca aleti yıkama tamponuyla durulayın. Tüm sıvının vakum aletinden akıp gitmesini sağlamak için vakum aletini beş saniye boyunca 90 derecelik dikey konumun üzerine kaldırın. Şimdi pompayı kapatın ve vakum aletini üç numaralı reaksiyon plakasıyla hizalayın.Vakum aletini kuyucukların içine indirin. Ardından, boncukların sekanslama primeri içeren kuyucuklara salınması için yaklaşık 10 saniye boyunca nazikçe yanlara doğru sallayın. Sekanslama primerinin DNA'ya bağlanması (annealing) için vakum aletini temizleme amacıyla su havuzuna yerleştirin.Reaksiyon plağını önceden ısıtılmış bir plaka tutucuya yerleştirin. Plağı 80 °C'de iki dakika boyunca ısıtın. Plağı tutucudan çıkarın ve oda sıcaklığında beş dakika boyunca soğuması için tezgaha bırakın.Gerekli hacimleri belirlemek için, güç kablosunun üzerinde bulunan güç anahtarını kullanarak cihazı açarak bu prosedüre başlayın. Cihaz yazılımında bir çalışma dosyası oluşturun ve araçlar menüsü altından, çalışma öncesi bilgileri seçin. Çalışma öncesi bilgi sayfasında verilen talimatlara göre bir kartuşu doldurun.Pipet ucunu, hava kabarcığı kalmadığından emin olarak her kuyucuğun köşesine mümkün olduğunca derine yerleştirin. Kartuş kapağını açın ve etiketi öne bakacak şekilde kartuşu yerleştirin. Kartuşun düzgünce yerleştirildiğinden emin olun ve kapağı kapatın.Plaka tutucu çerçeveyi açın ve reaksiyon plakasını cihazın içine yerleştirin. Plaka tutucu çerçeveyi ve cihaz kapağını kapatın. Cihaz yazılımı ile oluşturulan çalışma dosyalarının bulunduğu USB belleği, cihazın ön kısmındaki USB portuna takın.İstenen çalışma dosyalarının menüsünü görüntülemek için tamam'a tıklayın. İstenen çalışma dosyasını seçmek için kaydırma oklarını kullanın ve seç düğmesine basın. Tüm ön ayarlı basınç ve sıcaklık seviyelerine ulaşıldığında, cihaz çalışma sırasında reaktifleri dağıtmaya başlayacaktır.Cihaz ekranı, seçilen kuyucuğun pirogramını gerçek zamanlı olarak görüntüler. Diğer kuyucukların pirogramlarını görüntülemek için kaydırma oklarını kullanın. Cihaz, çalışmanın tamamlandığını ve çalışma dosyasının USB belleğe kaydedildiğini onayladığında, kapat'a basın.USB belleği çıkarın. Tipik bir piro-sekanslama çalışmasının sonuçları burada gösterilmektedir. İleri ve geri PCR primerleri, DNA şablonunun korunmuş bölgeleri olan 16 s ribozomal dizi için tasarlanmıştır.Bu örnekte, sekanslama primeri, mavi renkle gösterilen amplikon içindeki iyi karakterize edilmiş, tanımlayıcı bir hipervariable DNA dizisinin hemen yukarısına konumlandırılmıştır. Bu hipervariable dizi, korunan sekanslama primerinin bir internal kalite kontrolü olarak kullanılmasıyla çok sayıda bakteri türünün bakteriyel kimliklendirmesine olanak tanır; değişken bölgeyi çevreleyen DNA dizisi, doğru DNA bölgesinin analiz edildiğinden emin olmak için kontrol edilebilir. Pyro sekanslama yazılımı, üretilen sekansın bakteriyel kimliklendirme amacıyla bakteri ribozomal sekanslarından oluşan internal bir veri tabanıyla karşılaştırılmasına ve hizalanmasına imkan sağlar.Ek olarak, antibiyotik ilaç direncine neden olan mutasyonların belirlenmesi için bir dizi analiz edilebilir. Örneğin, Helicobacter pylori'nin 23 S ribozomal genlerindeki mutasyonların analizi, antibiyotik direnci sağlayan GAA veya GA şeklinde iki mutasyon paterni ortaya çıkarır. Pyro sequencing, mikrobiyal genom dizilemeyi kolaylaştıran çok yönlü bir tekniktir.Mikrobiyoloji uygulamalarında pirosekileme yönteminin avantajları arasında hızlı ve güvenilir yüksek kapasiteli tarama ile mikropların ve mikrobiyal genom mutasyonlarının doğru tanımlanması yer alır. Ayrıca, pirosekileme metodolojisi; SNP nokta mutasyonlarının, insersiyonların ve delesyonların tiplemesinin yanı sıra bazı antimikrobiyal direnç paternlerinde görülebilen çoklu gen kopyalarının miktar tayini dahil olmak üzere, antimikrobiyal ilaç direncinin tüm genetik çeşitliliğini analiz edebilir. Bu videoyu izlediğiniz için teşekkür eder, sekileme deneylerinizde başarılar dileriz.

pyrosequencing-for-microbial-identification-and-characterization

Research

JoVE Journal

Biology

Biyoloji

Pyrosequencing (R) polimorfizmleri analiz için kullanılan, bugüne kadarki en kapsamlı ama basit yöntemlerle biridir. Bu yöntem, birçok klinik olarak ilgili polimorfizmleri dahil olmak üzere, hızlı ve verimli bir tek nükleotid polimorfizmi değerlendirme yol açmıştır. Pyrosequencing tekniği ve metodoloji açıklanmıştır.

Pyrosequencing: Doğru Genotiplendirme için Basit Bir Yöntem

Spodoptera littoralis gut ile ilişkili aktif bakteriyel topluluk, piro sıralamadır bağlanmış kararlı-izotop-tarama (SIP) ile belirlenmiştir. Bu yöntemi kullanarak, toplum içinde aktif metabolik bakteri türlerinin belirlenmesi, yüksek çözünürlük ve hassasiyet ile yapıldı.

Kültürlü ve Gut metabolik Aktif Bakterilerin Tanımlanması<em&gt; Spodoptera littoralis</em&gt; DNA Kararlı İzotop yoluyla kullanma Probing<sup&gt; 13</sup&gt; C = Glukoz

Mikrobiyal topluluğu karakterize etmek, çevresel mikrobiyolojide uzun süredir devam eden bir hedef olmuştur. Yeni nesil dizileme yöntemleri artık mikrobiyal toplulukların minimum maliyet ve iş gücü ile benzeri görülmemiş bir derinlikte karakterizasyonuna izin veriyor. Burada, bir tezgah üstü dizileyici kullanarak bakteriyel 16S ribozomal RNA genlerini dizileme yaklaşımımızı detaylandırıyoruz.

16S Ribozomal RNA Gen amplikonlarının nesil Sıralama

Matris destekli lazer desorpsiyon/iyonizasyon uçuş süresi kütle spektrometresi (MALDI-TOF MS) ve moleküler teknikler (16S rRNA gen dizilimi), rutin teşhiste nadir görülen bakteriyel patojenlerin tanımlanmasına izin verir. Bu protokolün amacı, daha doğru ve güvenilir verilere yol açan her iki tekniğin kombinasyonunda yatmaktadır.

16S rRNA gen Sıralama ve MALDI-TOF MS tarafından Nadir Bakteriyel patojenlerin tanımlanması

Biz 16S rRNA gen sıralama amplikon kullanarak bakteri topluluklarının karakterizasyonu için sürüntü nükleik asidin çıkarmak için etkili, sağlam ve uygun maliyetli bir yöntem açıklanmaktadır. yöntem birden fazla örnek türleri için ortak bir işleme yaklaşımı sağlar ve alt analitik süreçlerin bir dizi barındırmaktadır.

Bakteriyel Topluluk Karakterizasyonu Verimli Nükleik Asit Ekstraksiyonu ve 16S rRNA gen Sıralama

Bu el yazması yüksek üretilen iş 16S rRNA amplicon sıralama, detaylı bir standart protokolünü açıklar. Protokol dışkı örneği koleksiyonu veri analizleri ile başlayarak bir entegre, üniformalı, uygun ve ucuz protokol tanıttı. Bu protokol analiz örnekleri titiz standartları ile çok sayıda ve çeşitli denetimler sağlar.

16S rRNA Amplicon sıralama tarafından dışkı mikrobiyal karakterizasyonu için rehberli iletişim kuralı

Hidrokarbon bozunan bakterileri sucul habitatlardan izole etme, çoğaltma ve karakterize etme sürecini sunuyoruz. Protokol, bakteri izolasyonunu, 16S rRNA yöntemiyle tanımlamayı ve hidrokarbon bozunma potansiyellerinin test edilmesini ana hatlarıyla belirtir. Bu makale, araştırmacıların çevresel örneklerde mikrobiyal biyoçeşitliliği karakterize etmelerine ve özellikle biyoremediasyon potansiyeli olan mikropları taramalarına yardımcı olacaktır.

Sucul Habitatlardan Hidrokarbon Metabolize Edici Özelliğe Sahip Bakteri Türlerinin İzolasyonu, Çoğaltılması ve Tanımlanması

Pirosekans testleri, heteroplazmik hücrelerde veya dokularda mitokondriyal DNA tek nükleotid polimorfizmlerinin sağlam ve hızlı genotiplendirilmesini sağlar.

Mitokondriyal Genomdaki Tek Nükleotid Polimorfizmlerinin Pirosequencing ile Genotiplenmesi

Bu makale, bitki ilişkili endofitik mantarların izolasyonu, izolatların uzun süreli korunması, morfolojik karakterizasyon ve sonraki moleküler tanımlama ve metagenomik analizler için toplam DNA ekstraksiyonu için ayrıntılı ve yeterli protokoller sağlamayı amaçlamaktadır.

Mikoheterotrofik Bitkilerde Endofitik Mantarları Tanımlamak için İzolasyon, Karakterizasyon ve Toplam DNA Ekstraksiyonu

SDS-PAGE ile takip glikoproteinler şekerler kaldırmak için belirli glycosidases kullanarak protein örnekleri üzerinde glukanıdır değişiklikler tespit etmek için değerli bir yöntemdir ve ilk Glikobiyoloji çalışmaları için iyi bir seçimdir. Deglycosylation aşağıdaki değişiklikler, jel hareketlilik vardiya olarak veya glukanıdır duyarlı reaktifler boyama ile tespit edilebilir.

Spesifik endo-ve exoglycosidases kullanarak protein glikozilasyon tanımlanması ve karakterizasyonu

Öğrenin, bakteri türlerini tanımlamak ve antimikrobiyal direnç mutasyonlarını tespit etmek için pirosekanslama yöntemini. Bu teknik, 16S ribozomal DNA analizi ile mikrobiyal genom dizilemesini hızlı ve doğru şekilde gerçekleştirir.

Mikrobiyal Tanımlama ve Karakterizasyonu için Pyrosequencing

Daha fazla video keşfet