Name: Gen İfadesi DNA etkileşimleri, Discover Transkripsiyonlu Regülatörleri ve Roman Anti-tümör Ajanlar tanımlayın: Protein Eğitim için Kantitatif Testi (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2013-08-31T07:00:00.000+00:00
Duration: 6 min 43 s
Description: Keşfedin kantitatif DNA bağlama testi ile transkripsiyon faktörü-DNA etkileşimlerini incelemeyi. Bu yöntem, gen ifadesi regülatörlerini ve yeni anti-tümör ajanları tanımlamak için değerlidir.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

playerTrialDesktop

Teknik yardım ve University of Maryland Greenebaum Kanser Merkezi Translational Core Tesisleri&#39;nde, özellikle Dr enstrümantasyon. Rena Lapidus ve Mariola SADOWSKA, müteĢekkiriz. Bu testin geliştirilmesi için sorumlu çalışma NIH RO1CA108846, AHA Grant-in-Aid GRNT2130014, AP bir VA Merit Ödülü, tarafından ve Maryland Sigara İade Fonlarının Üniversitesi (CRF) Marlene &amp; Stewart sağlanan tarafından kısmen finanse edildi Greenebaum Kanser Merkezi.

Birkaç adım vaktinden önce yapılmaktadır ve çok sayıda reaktif önce prosedüre benzer bir şekilde depolanmıştır: (1) bir hücre kültürü ve protein izolasyon, (2) oligonükleotid hazırlanması, (3) 96-yuvalı plakaların hazırlanması, (4) çekirdek özütü inkübasyon gece boyunca karıştırılmıştır. Prosedür, çünkü DNA oligonükleotidler ile nükleer protein gece boyunca inkübasyon 2 gün gerektirir. 1.. Tamponlar hazırlanması 1,1 Nükleer protein izolasyon <ol><li> Hipotonik Tamponu: hipotonik tampon 100 ml hazırlamak için, 98.3 ml H2O için 1 ml (1 M HEPES, pH 7.9), 150 ul (1 M MgCI2), 333 ul (3 M KCl) ekleyin Nihai konsantrasyonlar: 10 mM HEPES, 1.5 mM MgCI2, 10 mM KCI. Hipotonik tamponu + NP40 (adım 2.11 kullanım için) için: son% 0.5 NP40 için 9.5 ml hipotonik tampon maddesi ile 0.5 ml (10% NP-40) eklenir. </li><li> Düşük tuz tamponu: (adım 2.15 kullanım için) düşük tuz tamponu 100 ml hazırlamak için, 1 ml (1 M HEPES, pH 7.9), 25 m eklemekl gliserol, 150 ul (1 M MgCI2), 666 ul (3 M KCl), 40 ul (0.5 M EDTA) 73 ml H2O için Nihai konsantrasyonu: 10 mM HEPES,% 25 gliserol, 1.5 mM MgCI2, 20 mM KCI, 0.2 mM EDTA. </li><li> Yüksek tuzlu tampon (adım 2.15 kullanım için) yüksek tuz tamponu 100 ml hazırlamak için, 1 ml (1 M HEPES, pH 7.9), 25 ml gliserol, 150 ul (1 M MgCI2), 26.7 ml eklemek (3 M KCl), 40 ul (0.5 M EDTA) 47 ml H2O için Nihai konsantrasyonu: 10 mM HEPES,% 25 gliserol, 1.5 mM MgCI2, 800 mM KCI, 0.2 mM EDTA. </li><li> 10% NP-40 deterjan: 10 ml NP40 90 mi H 2&#39;ye O </li><li> Proteaz ve fosfataz inhibitörleri [hipotonik tampon ilave + NP40 (aşama 2.11), düşük tuzlu tampon (aşama 2.15) için ve yüksek tuzlu tampon (basamak 2.15) kullanımdan hemen önce]: 2.5 ul (1 M DTT) ilave edin ve 50 0.5 mM DTT ve 1 x proteaz inhibitörlerinin son konsantrasyon için, her 5 ml tampon ile proteaz inhibitörlerinin (100x) arasında ul. Proteaz inhibitörü 100x kanşımı içerir:Sodyum flüorür (Ser / Thr, asit fosfatazlar), sodyum ortovanadat (Tyr, alkalin fosfatazlar), β-gliserofosfat (Ser / Thr fosfatazlar), sodyum pirofosfat (Ser / Thr fosfatazlar), Aprotinin (Ser proteazlar), bestatin (amino-peptidazlar ), E64 (Sistein proteazlar), Löpeptin (Ser / Cys proteazlar), EDTA (metaloproteazlar). </li></ol> Deney plakası 1.2 hazırlanması <ol><li> Levha sabitleme çözeltisi: çözeltisi 500 ml hazırlanması 500 ml H2O için 5.25 g sodyum karbonat eklenir, iyice karıştırılır ve 0.1 M sodyum karbonat, son konsantrasyon için 9,7 pH&#39;ı ayarlamak için. </li><li> Levha bloke etme çözeltisi: stok hazırlamak için poli dI / akım oligonükleotid, tekrar süspansiyon 1 Birim (~ 50 mg), poli dI / akım 1 ila 10 mM Tris / HCl, 50 ug &#39;lik bir stok konsantrasyonu için 1 mM EDTA içeren pH 7.9 ml / ul. Hazır 1 ug / ul kullanımı önce seyreltilir. </li></ol> 1.3 Yıkama tampon ve antikor seyreltileri NOT: Streptavidin yıkama tamponu,<html> eklemeler arasında plakalar yıkama ve birincil ve ikincil antikorlar sulandırmak için kullanılır. <ol><li> Streptavidin yıkama tamponu 1 L hazırlamak için, 2.4 g Tris / HCl, 37.5 ml (4 M NaCl), 10 ml (% 10 BSA), 5 ml (% 10 Tween-20), 1 L Millipore Steril süzüldü, su ekle , pH 7.18. 4 ° C&#39;de saklayın Nihai konsantrasyon: 20 mM Tris / HCl, 150 mM NaCl,% 0.1 BSA,% 0.05 Tween-20. </li></ol> 1.4 DNA-bağlama tamponu NOT: Bu tampon -20 ° C&#39;de saklanır <ol><li> DNA bağlama tamponu 15 ml hazırlamak için, 180 ul (1 M HEPES, pH 7.9), 300 ul (3 M KCl), 12 ul (0.5 M EDTA, pH 8.0), 7.5 ul (1 M DTT), 3.0 ml eklemek (% 60 gliserol), 300 ul (50 ug / ml poli dI / dC) / distile deiyonize H2O (12 mi) ile seyreltildi. Nihai konsantrasyon 12 mM HEPES / pH 7.9, 60 mM KCI, 0.4 mM EDTA, 0.5 mM DTT,% 12 gliserol, 1 mg / ml poli dI / akım. </li></ol> 2. Hücre Kültürü ve Nükleer Protein İzolasyonu t &quot;&gt; Not:.. Preparat her deney için kullanılan hücre sayısı değişir hücrelerin uyarılması deney bağlıdır yaklaşık 3 saat gerektirir ve tüm miktarlar 3 x 10 7 hücre / noktasını kullanan tipik bir deney yansıtmak karşılamak için miktarlar ayarlayın. aslında deneyde 6 da kullanılan hücre sayısı. <ol><li> DNA bağlama deneylerinde, uygun ortam 6 Runx2 (endotel, osteosarkom, meme kanseri hücreleri) eksprese kültür insan hücrelerinde nükleer protein hazırlamak. </li><li> G2 / M hücre siklüs sınır 6 hücrelere tutuklama nokodazol (16 saat süre ile 0.2 ug / ml) ile birlikte akan hücreler tedavi. Bu koşullar altında, Runx2 protein stabilize edilir ve bağlayıcı maksimal DNA elde edilir. Birden çok deneyler ve inhibitörler aynı preparattan karşılaştırılabilir Bu şekilde, yeterli nükleer protein kullanılabilir. </li><li> Her bir aşama için, 4 ° C&#39;ye kadar santrifüj öncesi serin ve tampon hazırlanması ve hücre hasattan önce 4 ° C&#39;de 20 dakika soğuk.</li><li> Chill hücreleri (4 ° C) ve buz üzerinde davranış prosedürleri. </li><li> Bir 15 ml polipropilen yuvarlak dipli bir tüp içinde 5 dakika boyunca 1000 rpm&#39;de santrifüj hücreleri. </li><li> Buz soğukluğunda PBS ile yıkayın 1x (Ca 2 + ve Mg2 + içermez). </li><li> Tekrar santrifüj ve PBS süpernatant atın. </li><li> Tamamen hücre pelletini için dikkatli olmak, proteaz inhibitörleri olmadan hipotonik tampon 500 ul ekleyin. </li><li> Bir 1.5 ml Eppendorf tüpüne aktarın. </li><li> Hemen 5.5 dakika boyunca 5,500 rpm&#39;de santrifüj, süpernatant atmak ve hücre pelet TUTUN. </li><li> % 0.5 NP40 içeren hipotonik tampon maddesinin 500 ul hücre pelletini. Proteaz ve fosfataz inhibitörleri ve 0.5 mM DTT (aşama 1.1.5 tarif edildiği gibi) ilave edin. </li><li> Numune, 30 dakika boyunca buz üzerinde dinlenmeye bırakın. </li><li> 10 dakika boyunca 13,000 rpm&#39;de santrifüje. </li><li> Süpernatant (sitosolik proteinler içerir) atın. </li><li> 60 ul düşük sal her nükleer pelletinit tamponu (ki proteaz inhibitörleri ve 0.5 mM DTT 1.1.5 ikinci aşama eklenmiştir) ve 120 ul bir toplam yüksek tuz tamponu (ki proteaz inhibitörleri ve 0.5 mM DTT 1.1.5 ikinci aşama eklenmiştir). Birinci ve pelet tekrar süspansiyon düşük tuz tamponu 60 ul, daha sonra yüksek tuz tamponu 60 ul ekle. Yeniden süspansiyon yardımcı olmak için pelet vorteksleyin. </li></ol> Not: Bu adım nükleer membran proteinlerinin bazı kurtulmak yardımcı olur ve parçalama adım için yukarı ayarlayın: Düşük tuz Önce (tekrar süspansiyon pelet, vorteks), sonra yüksek tuz (vorteks) bu adımı optimize eder. İlk 10 dakika sonra vorteks ile, 30 dakika boyunca buz üzerinde özü tutun. <ol start="16"><li> 15 dakika için 12,000 rpm&#39;de santrifüj, nükleer protein içeren süpernatant tutun. </li><li> -80 ° C&#39;de protein konsantrasyonu (2-5 mg / ml &#39;de örnekleri tutmaya çalışın), uygun miktarlarda (10 ul / tüp) içinde alikosunu ve mağaza ölçün </li></ol> NOT: Tahmini verim: 30 x 10 6 cells 120 ul içinde 5 ug / ml bir protein elde edecektir. 5 x 10 6 hücre 40 ul 2.2 ug / ml bir protein elde edecektir. 3. Çift kollu bir oligonükleotit, hazırlanması <ol><li> Uçlarında uyumlu yarım siteleri ile tamamlayan oligonükleotidler tasarlayın. Runx2 için bunlar: 5&#39;-CGTATT AACCACA ATACTCGCGTATT AACCACA ATACTCGCGTATT AACCACA ATAC TCG-3 &#39;-Biotin (duyu) ve 5&#39;CGAGTAT TGTGGTT AATACGCGAGTAT TGTGGTT AATACGCGAGTAT T GTGGTT AATACG-3&#39;-Biotin (antisens). </li></ol> NOT: Üç Runx2 bağlanma siteleri ve tek uç etiketli biyotin en tekrarlanabilir sonuçlar vermiştir tespit Pilot deneyler. <ol start="2"><li> 5x tavlama tamponu hazırlayın: 260 ul H2O (son 600 ul) 300 ul (1 M Tris-HCl, pH 7.6), 30 ul (1 M MgCI2), 10 ul (1 M DTT) ilave edin. </li><li> Her bir tek şeritli oligo 200 pmol içinonucleotide (3 ul), 5x bağlanma tampon maddesi 12 ul ve 60 ul (200 pmol/60 ul), toplam 45 ul H2O ekleyin. </li><li> Bir ısıtma bloğu içinde 5-10 dakika boyunca 95 ° C&#39;de ısıtın. </li><li> 65 ° &#39;ye soğutulup yavaşça ısıtma bloğu (ya da 65 ° C 50 ml su içinde yerleştirilmesi ile gücünü kapatarak yavaş yavaş oda sıcaklığına kadar soğutulur, daha sonra (65 ° C sıcaklığının ayarlanması ile, bu 15 dk) C buz üzerinde bir çanak içinde, bu), 15-20 dakika sürer. </li></ol> 4. 96 oyuklu plakaların hazırlanması NOT: yıkama tamponlar süt proteinleri kullanmayın. <ol><li> Sabitleme çözeltisi (0.1 M sodyum karbonat) ile plaka saptamak: 300 ul / yuva ekleyin. </li><li> Oda sıcaklığında (RT), sallanan ya da 4 ° C (O / N) ile sallanan ile 2 saat boyunca inkübe edilir. </li><li> Streptavidin yıkama tamponu (WB) ile plaka 3x yıkayın: 300 ul / kuyu her zaman eklemek. </li><li> W 2 saat için biotin-etiketli çift şeritli oligonükleotid (nükleotid başına 3 konsensüs bağlanma yerleri) eklemeith (1.25 nmol / çukur, 100 ul / oyuk) sallanan. </li><li> Soğuk WB ile yıkayın 3x: 300 ul / yuva ekleyin ve hemen ardından bir lavabo içine plaka ters çevirin ve her eklemeden sonra bir kağıt havlu üzerinde kenarları leke. </li></ol> NOT: Bu avidini kazımak olabilir plakalardan sıvıyı çıkarmak için pipet uçları kullanmayın: biotin: kuyulardan DNA kompleksleri. Sonraki tüm yıkama adımlar için bunu yapın. 5. Nükleer Extract ile inkübasyon NOT: poli dl / akım engelleme tampon için somon veya ringa sperm DNA yerine koymayın. Süt proteinleri ile plakaları engelleme kaçının. Bu bloke edici maddelerin her ikisi de, yüksek bir zemin değerlerine neden olur. <ol><li> Nükleer ekstrakt (90 ul / kuyucuk) hazırlanabilir transkripsiyon faktörü ile inkübe edin. Nükleer ekstre içeren bir ana karışım hazırlayın (DNA bağlama proteini, 3-9 ug / çukur) + poli dI / akım 1x DNA (50 ug / ul stok 1 mg / ml) bağlama tamponu. Hacim olarak toplam sayısı için gereklidirGerekli kuyular (90 ul / kuyucuk). </li><li> Vitamin D3 (Şekil 2) veya CADD bileşik 5221975 (Şekil 3), ya da etanol gibi bir çözücü kontrolü, uygun seyreltme gibi herhangi bir potansiyel önleyicisi, bu aşamada eklenir. </li><li> 4 ° C&#39;de O / N, bir platform üzerinde sallanan plaka </li><li> WB ile 3x yıkayın: 300 ul / kuyu eklemek </li></ol> 6. Primer antikor ilavesi NOT: Primer antikor sulandırmalar taze olarak hazırlanması gerekir - depolama tavsiye edilmez. <ol><li> Runx2-spesifik monoklonal antikor (1 ug / ul), 1/5, 000 Streptavidin yıkama tamponu ile seyreltilir. 96 oyuklu plaka (90 ul / kuyucuk), üç kopya halinde her bir oyuğuna ilave edilmesi için yeterli hazırlayın. </li><li> Bir sallanan platform üzerinde oda sıcaklığında 1 saat inkübe edin. </li><li> WB ile 3x yıkayın; 300 ul / kuyu ekleyin. </li></ol> 7. İkincil antikor ilavesi NOT: İkincil antikor sulandırmalar sto olabilirertesi gün gerektiğinde gece boyunca 4 ° C&#39;de kırmızı. <ol><li> Streptavidin içinde 1:1,400 F ab özgü afinite ile saflaştırılmış-HRP konjuge antikor (7.1 mg / ml stok) seyreltin yıkama tamponu: 3.5 ul antibody/5.0 ml yıkama tamponu. 96 oyuklu plaka (90 ul / kuyucuk), üç kopya halinde her bir oyuğuna ilave edilmesi için yeterli hazırlayın. </li><li> Bir sallanan platform üzerinde oda sıcaklığında 30 dakika boyunca inkübe edin. </li><li> Lavabonun (300 ul / kuyucuk) içine plakayı baş aşağı çevirerek WB ile yıkayın 6x. </li></ol> 8. HRP Yüzey ve Ürün Geliştirme <ol><li> Stok şişeden de doğrudan başına TMB substratı 50 ul ekleyin. </li><li> Karanlıkta oda sıcaklığında 10-20 dakika inkübe (reaksiyonu yöntemi durdurmak) veya doğrudan (sürekli kinetik izleme) absorbans ölçmek. </li></ol> 9. Reaksiyon Ölçümü <ol><li> Reaksiyonu yöntemi Dur: Görsel durdurma reaksiyonu için mavi, açık renk değişimi kontrol ve 50 ul sülfürik asit ile reaksiyonu durdurun. </li><li> 450 nm&#39;de emilimi ölçünBiotrak II görünen plaka okuyucu spektrofotometre (Amersham Biosciences, GE Healthcare Biosciences Corp Piscataway, NJ, USA) ya da benzer bir alet. </li><li> Sürekli kinetik izleme yöntemi: son yıkamadan sonra tabakayı ekleyin ve hemen önce spektrofotometre yerleştirme için (tepki bitmiyor). </li><li> Bio-Tek Synergy HT Çoklu Reaksiyon mikroplaka okuyucu spektrofotometre ile 635 nm&#39;de absorbansı ölçülür (Bio-Tek Instruments, Inc, Winooski, VT, ABD) ya da benzer bir alet. </li></ol>

<ol><li>Hellman, L. M., Fried, M. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Electrophoretic+mobility+shift+assay+%28EMSA%29+for+detecting+protein-nucleic+acid+interactions%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Protoc%22%5BJournal%5D)">Electrophoretic mobility shift assay (EMSA) for detecting protein-nucleic acid interactions.</a> Nat. Protoc. 2, 1849-1861 (2007).</li>
<li>Bhattacharya, N., Sarno, A., Idler, I. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High-throughput+detection+of+nuclear+factor-kappaB+activity+using+a+sensitive+oligo-based+chemiluminescent+enzyme-linked+immunosorbent+assay%5BTitle%5D)+AND+%22Int.+J.+Cancer%22%5BJournal%5D)">High-throughput detection of nuclear factor-kappaB activity using a sensitive oligo-based chemiluminescent enzyme-linked immunosorbent assay.</a> Int. J. Cancer. 127, 404-411 (2010).</li>
<li>Hartzell, D. D., Trinklein, N. D., Mendez, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+functional+analysis+of+the+CREB+signaling+pathway+using+HaloCHIP-chip+and+high+throughput+reporter+assays%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Genomics%22%5BJournal%5D)">A functional analysis of the CREB signaling pathway using HaloCHIP-chip and high throughput reporter assays.</a> BMC Genomics. 10, 497(2009).</li>
<li>Vuori, K. A., Ahlskog, J. K., Sistonen, L., Nikinmaa, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((TransLISA%2C+a+novel+quantitative%2C+nonradioactive+assay+for+transcription+factor+DNA-binding+analyses%5BTitle%5D)+AND+%22FEBS+J%22%5BJournal%5D)">TransLISA, a novel quantitative, nonradioactive assay for transcription factor DNA-binding analyses.</a> FEBS J. 276, 7366-7374 (2009).</li>
<li>D'Souza, D. R., Salib, M. M., Bennett, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Hyperglycemia+Regulates+RUNX2+Activation+and+Cellular+Wound+Healing+through+the+Aldose+Reductase+Polyol+Pathway%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Biol.+Chem%22%5BJournal%5D)">Hyperglycemia Regulates RUNX2 Activation and Cellular Wound Healing through the Aldose Reductase Polyol Pathway.</a> J. Biol. Chem. 284, 17947-17955 (2009).</li>
<li>Underwood, K. F., D'Souza, D. R., Mochin, M. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Regulation+of+RUNX2+transcription+factor-DNA+interactions+and+cell+proliferation+by+Vitamin+D3+%28cholecalciferol%29+prohormone+activity%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Bone+Miner+Res%22%5BJournal%5D)">Regulation of RUNX2 transcription factor-DNA interactions and cell proliferation by Vitamin D3 (cholecalciferol) prohormone activity.</a> J. Bone Miner Res. 27, 913-925 (2012).</li>
<li>Held, P. Kinetic analysis of ß-galactosidase activity using the PowerWave HT and Gen5 data analysis software: basic enzyme kinetic determinations. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aHeld%2C+P+%22Biotek+Instruments+Application+Note%22">Biotek Instruments Application Note</a>. , Biotek. 
	Available from: 
 
 <a target="_blank" href="http://www.biotek.com/resources/docs/B-Gal_Michaelis-Menten_App_Note.pdf">http://www.biotek.com/resources/docs/B-Gal_Michaelis-Menten_App_Note.pdf</a> (2007).</li>
<li>Renard, P., Ernest, I., Houbion, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Development+of+a+sensitive+multi-well+colorimetric+assay+for+active+NFkappaB%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">Development of a sensitive multi-well colorimetric assay for active NFkappaB.</a> Nucleic Acids Res. 29, E21(2001).</li>
<li>Pommier, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DNA+topoisomerase+I+inhibitors%3A+chemistry%2C+biology%2C+and+interfacial+inhibition%5BTitle%5D)+AND+%22Chem+Rev%22%5BJournal%5D)">DNA topoisomerase I inhibitors: chemistry, biology, and interfacial inhibition.</a> Chem Rev. 109, 2894-2902 (2009).</li>
<li>Pennisi, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genomics.+ENCODE+project+writes+eulogy+for+junk+DNA%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Genomics. ENCODE project writes eulogy for junk DNA.</a> Science. 337, 1159-1161 (2012).</li>
</ol>

Biz ifşa hiçbir şey yok.

DNA-bağlama deneyleri, DNA ile etkileşime transkripsiyon faktörlerinin yeteneğini ölçmek için kullanılır. DNA bağlanması için tahliller, elektroforetik mobilite kaydırma (EMSA) 1 ve kromatin immuneprecipitation (çip) dayalı tahliller, 3 ve 96 oyuklu formatları bu chemiluminescent 2 ile 4 kullanan tahliller bulunmaktadır. EMSA olmayan nicel ve radyo-etiketli (32 P) oligonükleotitler kullanılır. Bu, nükleer protein ile inkübe edilir ve bağlayıcı kompleksleri agaroz ya da poliakr...

DNA-bağlama deneyleri, DNA ile etkileşime transkripsiyon faktörlerinin yeteneğini ölçmek kullanılabilmektedir. DNA bağlanması için tahliller, radyo-etiketli oligonükleotidler 1 ya da kemiluminesan tahliller 2 bağlıdır elektroforetik mobilite kayma analizleri (EMSA) içerir. 96 oyuklu biçimleri kullanılarak 4 Kromatin immuneprecipitation (çip) dayalı tahliller 3 hem de deneyler de tarif edilmiştir. Bununla birlikte, radyo-etiketli EMSA oligonükleotitlerin kullanımını gerektirir olmayan bir kantitatif deneyidir. Nükleer proteinler, spesifik nükleotid promotör sekansları ile ortak olduğunda, bağlanma kompleksleri poliakrilamid jelleri üzerinde geciktirilir ve spesifik transkripsiyon faktörü, bir antikor &quot;süperkayma&quot; ile doğrulanabilir. Bu tanımlanan promotör elemanlara tekabül eden DNA-bağlayıcı dizileri ile Runx2 etkileşimini ölçmek mümkün olan bir enzim-bağlı immünosorbent biçimi (D-ELISA) kullanılarak kantitatif bir DNA-bağlama deneyi geliştirdik in Runx2 hedef genler. Bir anti-Runx2 antikorun kullanımı tahlile özgüllük sağlar ve radyo-etiketin yokluğu geleneksel jel kayma deneyi 5 Bu tahlil ayırt eder. Bağlayıcı komplekslerinin tespiti spektrofotometrik analiz için bir renkli ürüne bir HRP alt-tabaka, tetrametil benzimidin (TMB) dönüştürür turp peroksidaz (HRP) bağlı ikinci bir antikorun kullanılması ile mümkündür. Burada bildirilen deney, kontroller olarak mutasyona uğramış DNA oligonükleotitlerin kullanımı dahil olabilir ve bağlayıcı DNA rekabetçi veya rekabetçi olmayan inhibitörleri tespiti için de kullanılabilir. Yeni anti-tümör bileşiklerinin bu deneyde tarama ile de mümkündür.

<table><tbody><tr><td>Poly dI/dC</td><td>GE Healthcare, Piscataway, NJ</td><td>US20539-5UN</td><td>1 U ~ 50mg</td></tr><tr><td>RUNX2 antikoru</td><td>MBL International Corp., Woburn, MA</td><td>D130-3</td><td>1 mg / ml</td></tr><tr><td>Fab'a özgü peroksidaz konjuge antikor</td><td>Sigma-Aldrich, St. Louis, MO</td><td>A9917</td><td>7.1 mg / ml</td></tr><tr><td>TMB Substrat (tetrametil benzidin)</td> <td>EXALPHA Biologicals, Shirley, MA</td><td>X1189S</td><td>100 ml</td></tr><tr><td>Sodyum karbonat</td><td>Sigma-Aldrich, St. Louis, MO</td><td>57995</td><td>Plaka sabitleme</td></tr><tr><td>Sülfürik Asit</td><td>VWR, West Chester, PA</td><td>BDH-39922-1</td><td>Çözümü durdur</td></tr><tr><td>Çok kuyulu plakalar</td><td>Greiner Bio-One, Basel, İsviçre</td><td>655996</td><td>Avidin kaplı, siyah kenarlar</td></tr><tr><td>HALT</td><td>Thermo-Scientific/Pierce, Rockford, IL</td><td>78440</td><td>Proteaz ve fosfataz inhibitörleri</td></tr><tr><td>Kimyasallar</td><td>Çeşitli üreticiler</td><td>Laboratuvar grade</td><td></td></tr><tr><td colspan="4">Tablo 1. Reaktifler</güçlü></td></tr><tr><td>Spektrofotometre: Biotrak II Görünür plaka okuyucu</td><td>Amersham Biosciences Durdurma reaksiyonu</td><td></td><td>yöntemiyle kullanım için</td></tr><tr><td>Spektrofotometre: Bio-Tek Synergy HT Çok reaksiyonlu mikroplaka okuyucu</td><td>Bio-Tek Instruments, Inc.</td><td></td><td>Sürekli kinetik izleme ile kullanım için</td></tr><tr><td colspan="4">Tablo 2. Ekipman< / güçlü></td></tr></tbody></table>

gen İfadesi dna etkileşimleri, discover transkripsiyonlu regülatörleri ve roman anti-tümör ajanlar tanımlayın: protein eğitim için kantitatif testi

A Quantitative Assay to Study Protein:DNA Interactions, Discover Transcriptional Regulators of Gene Expression, and Identify Novel Anti-tumor Agents

Örneğin elektroforetik hareketlilik kayma deneyleri (EMSA), kemilüminesan deneyleri, kromatin immünopresipitasyon (çip) dayalı tahliller ve çukurlu bazlı tahliller gibi birçok DNA-bağlama deneyleri, transkripsiyon faktörü aktivitesinin ölçülmesi için kullanılır. Bununla birlikte, bu deneyler, nonquantitative olan özgüllük eksikliği, radyo-etiketli oligonükleotit kullanılmasını içerebilir ve bağlayıcı bir DNA inhibitörlerinin taranması için adapte olmayabilir. Öte yandan, bir sayısal DNA bağlayıcı enzim bağlı immünosorbent deneyi (ELISA D-) analizi kullanarak, biyotin-üzerinde mevcut olan konsensüs DNA-bağlayıcı dizileri ile özel bir birlikte bağlıdır Runx2 transkripsiyon faktörü kullanılarak DNA ile nükleer protein etkileşimlerini göstermek etiketli oligonükleotidler. Hücrelerin hazırlanması, nükleer protein ve çift sicimli oligonükleotidlerin tasarım çıkarma açıklanmıştır. Avidin kaplı 96 oyuklu plakalar, alkalin tampon maddesi ile tespit edilmiş ve nükleotid bloke edici tamponu içinde nükleer protein ile inkübe edilir. FollPlakaların geniş yıkama, spesifik birincil antikor ve ikincil antikor inkübasyonlar bağlı kolorimetrik reaksiyonun yaban turpu peroksidaz substrat ve gelişme eklenmesi ile takip edilmektedir. Reaksiyon durdurma modu veya sürekli kinetik izleme kantitatif protein DNA ile etkileşimi ölçmek için kullanıldı. Bu non-spesifik IgG ile ya da protein ya da primer antikor olmadan tedavisi dahil olmak üzere, uygun özgüllük kontroller, tartışır. Analizin Uygulamaları onun uyuşturucu taraması programı ve temsilci olumlu ve olumsuz sonuçlar tartışılmıştır dahil açıklanmıştır.

D-ELISA yöntemi sürece Runx2 konsensüs bağlanma sitesi (ACACCA) üç kopyasını içeren bir diziye özgü, çift sarmal kollu oligonükleotit kullanılan olarak belirlenmiş DNA-bağlama proteini için son derece özeldir. Protein faktörü tanıma birincil antikor özgünlüğünü ayrıca artırır. İkincil antikor, saptama kolaylığı (Şekil 1) için bir renkli ürüne açık bir alt-tabaka (tetrametil benzidin) dönüştürür kovalent olarak-bağlanmış yaban turpu peroksidazı (HRP) içerir. Bu nedenlerden dolayı, birçok önemli plan kont...

Bu DNA ile transkripsiyon faktörü etkileşimi ölçmek için nicel bir DNA-bağlayıcı ELISA bazlı bir deney geliştirilmiştir. Runx2 protein için yüksek spesifikliği, bir konsensüs DNA tanıma oligonükleotid ve özel bir monoklonal antikor ile elde edilmiştir. Bir enzim-bağlı antikor alt tabaka reaksiyonu ile kolorimetrik tespit gerçek zamanlı olarak izlenmiştir.

Gen İfadesi DNA etkileşimleri, Discover Transkripsiyonlu Regülatörleri ve Roman Anti-tümör Ajanlar tanımlayın: Protein Eğitim için Kantitatif Testi

Many DNA-binding assays such as electrophoretic mobility shift assays (EMSA), chemiluminescent assays, chromatin immunoprecipitation (ChIP)-based assays, ...

Bu prosedürün genel amacı, protein-DNA etkileşimlerini incelemede, gen ekspresyonunun transkripsiyonel regülatörlerini keşfetmede ve yeni anti-tümör ajanların belirlenmesinde yararlı olan kantitatif bir DNA bağlanma analizini göstermektir. Bu işlem, öncelikle uygun bir BİYOTİNİLE DNA hedefi ile streptavidin kaplı bir analiz plakası hazırlanarak gerçekleştirilir. İkinci adım, potansiyel inhibitörlerin varlığında veya yokluğunda nükleer ekstrakt proteinlerini eklemek ve bunların DNA hedefine bağlanmasına izin vermektir.Ardından, bağlanan transkripsiyon faktörleri primer antikorlar ve yaban turbu peroksidazla eşleşmiş sekonder antikorlar kullanılarak tespit edilir. Son adım, renk oluşumunu tetiklemek amacıyla kuyucuklara yaban turbu peroksidaz substratı eklemektir. Nihayetinde, renk oluşumu spektrofotometre ile ölçülür.Zamanla meydana gelen renk değişimi miktarı, DNA bağlanma derecesini ve potansiyel DNA bağlanma inhibitörlerinin etkisini belirtecektir. Bu tekniğin, elektroforetik mobilite kayması analizi gibi diğer tekniklere göre temel avantajı, kantitatif bir DNA inhibitör bağlanma analizi olmasıdır. Başlamak için, test edilen her koşul için en az 3 × 10⁷ hücreden oluşan yeterli sa

a-quantitative-assay-to-study-proteindna-interactions-discover

Research

JoVE Journal

Biology

Biyoloji

Pre-mRNA geçici doğası nedeniyle, izole etmek ve incelemek için zor...

İnsan pre-mRNA üzerinde Haritalama Ribonucleoproteins Hızlı Yüksek verim için Yöntemi (RNPs)

Bu video, RNA bağlayıcı proteinlerin (RBP'ler) RNA ile etkileşimini incelemek için bakterilerde in vivo bir testi göstermektedir. Bakteri hücreleri iki plazmit yapısı ile dönüştürülür - bir RBP bağlanma bölgesinin aşağı akışında bir floresan raportör geni içeren bir mRNA'yı kodlayan bir bağlanma bölgesi plazmidi - bir RBP plazmidi, bir indükleyicinin kontrolü altında RBP proteinlerini ifade eder. RBP üretiminde indükleyici aracılı artış üzerine, RBP'ler mRNA'ya bağlanır ve ribozom bağlanmasının...

Bir Hedef Genin Translasyonel Regülasyonunu İncelemek için Raportör Gen Baskılama Testi

Hücresel süreçlerin bir sistem düzeyinde anlayış elde günümüz hücre biyolojisi bir hedeftir. Burada çeşitli hücresel fonksiyonunun çoklama lusiferaz gazetecilere yönelik stratejiler tarif son noktaları genom ölçekli RNAi kütüphaneleri kullanılarak gen işlevini sorgulamak için.

Kültür Hücreler Kanser ile ilişkili Sinyal İletimi sorgulanması için bir Multiplexed Lusiferaz tabanlı Tarama Platformu

Burada, hücre bazlı bir raportör gen tahlilini, 3' UTR aracılığıyla uygulanan transkripsiyon sonrası kontrol mekanizmalarını modüle eden bileşikler için kimyasal kitaplıkları taramak için değerli bir araç olarak tanımlıyoruz.

Post-transkripsiyonel ayarlı genlerin kimyasal Modülatörler için yüksek verimli tarama

Bu yazıda, transkripsiyonu ve bakteriyel transkripsiyonu hedefleyen antibakteriyel ajanların inhibitör aktivitesini işlevsel olarak incelemek için bir protokol açıklıyoruz.

İn Vitro Transkripsiyon Tahliller ve İlaç Keşfi Onların Uygulama

Bu iletişim kuralı ChIP-seq, 4sU seq, toplam RNA-seq ve hücre satırları ve Primer hücre için profil oluşturma ribozom Kombinatorik kullanımını açıklar. Transkripsiyon faktörü de novo transkripsiyon, RNA işlenmesi, ciro ve çeviri zamanla, bağlama ve olayların genel gidişatı harekete geçirmek ve/veya hızla değişen hücrelerde görüntüleme izleme değişiklikleri sağlar.

Gerçek zamanlı analiz bağlama, transkripsiyon, çeviri ve ciro hücresel etkinleştirme sırasında küresel olayları görüntülemek üzere transkripsiyon faktörü

Bu rapor hücresel miRNAs mRNA hedefleri doğrulamak için hızlı ve güvenilir bir yöntem açıklanır. Sentetik biotinylated miRNA kilitli nükleik asit LNA tabanlı yakalamaya taklit eden yöntemi kullanır mRNA hedef. Daha sonra manyetik boncuklar streptavidin kaplı açılan için istihdam edilmektedir hedef mRNA qPCR polimeraz zincir reaksiyonu tarafından miktar için.

Biotin tabanlı açılan tahlil için Doğrula mRNA hedefleri hücresel miRNAs

Bu yöntemle, RNA bağlayıcı proteinlerin (RBPs) bağlayıcı benzeşimini, bakteriyel hücrelerde basit, canlı ve muhabir bir tahlil kullanarak bilat ve bileksiz bağlayıcı sitelere göre ölçeceğiz. Tahlil bir muhabir geni baskının dayanmaktadır.

Bakterilerde protein RNA bağlayıcı ölçümü için bir tahlil

Burada, sentetik veya in vitro transkripsiyonu RNA üzerinde metiltransferaz aktivitesinin doğrudan analizi için antikor içermeyen bir in vitro tahlil açıklanmıştır.

RNA metiltransferaz aktivite analizi için Antibody Içermeyen tahlil

Transkripsiyon faktörlerinin yeni düzenleyicilerini belirlemek için, çift luciferase tabanlı transkripsiyonel muhabir testi kullanarak dizili lentiviral veya retroviral RNAi kitaplıklarını taramak için bir yaklaşım geliştirdik. Bu yaklaşım, tek bir deneyde yüzlerce adayı taramak için hızlı ve nispeten ucuz bir yol sunar.

Dizili Kütüphanelerin Orta İşleç Lik Taraması ve Çift Luciferase Tabanlı Muhabir kullanılarak Transkripsiyon Faktörü Düzenleyicilerin Tanımlanması

Burada, insan hücrelerinden toplam protein ekstraktını, biyotinile RNA ile kaplanmış streptavidin boncuklarını ve kütle spektrometri analizini kullanarak, spesifik RNA dizilerinin protein interaktörlerini ortaya çıkarmak, ölçmek ve doğrulamak için optimize edilmiş bir in vitro yöntem sunuyoruz.

Kısa Biyotinile RNA Kullanan RNA Bağlayıcı Proteinlerin Optimize Edilmiş Kantitatif Aşağı Çekme Analizi

Keşfedin kantitatif DNA bağlama testi ile transkripsiyon faktörü-DNA etkileşimlerini incelemeyi. Bu yöntem, gen ifadesi regülatörlerini ve yeni anti-tümör ajanları tanımlamak için değerlidir.

Gen İfadesi DNA etkileşimleri, Discover Transkripsiyonlu Regülatörleri ve Roman Anti-tümör Ajanlar tanımlayın: Protein Eğitim için Kantitatif Testi (Video) | JoVE Journal

Gen İfadesi DNA etkileşimleri, Discover Transkripsiyonlu Regülatörleri ve Roman Anti-tümör Ajanlar tanımlayın: Protein Eğitim için Kantitatif Testi

Daha fazla video keşfet