Sağlıklı çocuklarda Microbiome analiz için sözlü biyofilm örnekleme

Bu prosedürün genel amacı, sağlıklı çocuklarda mikrobiyom analizi için oral biyofilm örneklemesi için standart bir yöntem sunmaktır. Bu, önce aletlerin ve malzemelerin hazırlanması ve sterilize edilmesiyle gerçekleştirilir. Daha sonra, çocuk biyofilm örneklemesi için hazırlanır.

Daha sonra subgingival sulkus, vestibüler kıvrımdan mukoza ve tükürük olmak üzere üç bölgeden biyofilm örneklemesi yapılır. Son olarak, numuneler sistematik olarak saklanır. Sonuç olarak, klinik ve bilimsel soruları cevaplamak için oral mikrobiyom analizleri yapılacaktır.

Merhaba, ben Elizabeth ve ortodontistim. Araştırmam, ortodontik tedavi ile birlikte gelen oral mikrobiyom değişikliklerine odaklanıyor. Oral biyofilm örneklemesi zor olabilir.

Özellikle çocuklarda subgingival sulkustaki yer sınırlıdır. Mikrobiyom verilerimizi dünya çapındaki araştırmalarla karşılaştırdığımızda, standartlaştırılmış örnekleme protokollerinin eksikliğini bulduk. Bu video ile bu boşluğu doldurmak için ilk adımı atıyoruz.

Genellikle endodontik tedavide kullanılan kalibreli ve steril kağıt noktaları, uzunluklarını standardize etmek için ilk halka işaretinde kesilir. Kesimden sonra, DNA ve RNA kontaminasyonunu önlemek için kağıt uçlarının UV ışınlaması gerekir. Depolama için tüpler otoklavlanacak ve ayrıca UV ışınlanacaktır.

Biyofilm örneklemesinden önce, kakao yağı uygulamasından başlayarak dişlerin tamamen temizlenmesi gerekir. Daha sonra dişler plak açıklaması ile lekelenir. Boyama işleminden sonra ağız su ile çalkalanır.

Dişler elektrikli diş fırçası ve su ile düzgün bir şekilde fırçalanır. Ağız biyofilmini değiştireceği için diş macunu uygulanmaz. Ağzı açık ve kuru tutmak için yanak ve dil ekartörü kullanılır.

Ekartörün yerleştirilmesi, çocuğa verilen rahatsızlığı en aza indirmek ve prosedürü mümkün olduğunca kısa tutmak için yetenekli ve sabit eller gerektirir. Steril diş cımbızı kullanılır ve numune alma bölgesi işlem boyunca etkilenmeden kalır. Kağıt noktası örneklemesi sırasında supragingival sıvının emilmesini önlemek için dişler steril pamuklu çubuklarla temizlenir ve kurutulur.

Ağız boşluğunda biyofilm örneklemesi için farklı yöntemler kullanılabilir. Çocukların subgingival sulkusundaki sınırlı alan nedeniyle, kağıt nokta örneklemesi tercih edilen yöntemdir. Kağıt noktaları, 20 saniye boyunca dört milimetrelik tanımlanmış bir uzunluğa kadar teğetsel olarak yerleştirilir.

Eklem epitelini travmatize etmemek için özel dikkat gösterilmelidir. Kağıt uçları daha sonra üçüncü işarette dört milimetrelik standart bir uzunluğa kesilir. Kağıt ucu aynı siteye aynı anda yerleştirilebilir veya numuneler birkaç siteden toplanabilir.

Kuru alan aparatı, mukozal ve tükürük örneklemesi için çıkarılır. Kağıt noktaları, vestibüler kıvrımdaki mukozal biyofilmi örneklemek için aynı şekilde uygulanabilir. Tükürük biyofilmi, uyarılmamış tükürüğün tükürülmesiyle toplanabilir.

Etüt tasarımına bağlı olarak, kağıt noktaları tekli, havuzlanmış veya paralel örnekler olarak saklanacaktır. Renk kodlu bir depolama sistemi, daha fazla numune yönetimini kolaylaştıracaktır. Son olarak, numuneler mikrobiyom analizleri için eksi 80 santigrat derecede saklanır.

Periodontopatojenik bakterilerin hızlı ve doğru bir şekilde tanımlanması için çeşitli ticari kitler geliştirilmiştir. Kağıt noktaları özel laboratuvarlara gönderilir. DNA ekstraksiyonu, hazırlanması ve analizi daha sonra üç saat içinde gerçekleştirilir.

DNA, mikrobiyom çalışmaları için yapılan araştırmalarda da kullanılabilir. Örneğin yeni nesil dizileme, eksiksiz mikrobiyom veri kümeleriyle sonuçlanır. Bazı bakteri türlerinin genel nispi bolluğu ve değişen koşullara bağlı olarak mikrobiyotadaki değişimler analiz edilebilir.

Bu çubuk grafik ve ısı haritası, filum üzerindeki ve sıra düzeyindeki subgingival mikrobiyotadaki nispi bolluğu gösterir. Mikrobiyal bileşimde zaman içinde meydana gelen farklılıklar, bireyler arasında veya bireyler arasında karşılaştırmalar veya farklı örnekleme yöntemleri histogramlarda sunulmaktadır. Bu şekil, farklı taksonomik düzeylerde Mod A ve Mod B olmak üzere iki örnekleme yönteminin karşılaştırılmasının sonuçlarını göstermektedir.

Yeni nesil dizileme ile oluşturulan değerlerin istatistiksel analizleri tablolar halinde sunulabilir. Bu tabloda gösterildiği gibi farklı zaman noktaları, farklı taksonomik düzeylerde analiz edilebilir. P değerleri, önemli bulguları kanıtlamak için hesaplanır.

Son olarak, OTU seviyesindeki oral mikrobiyom, temel koordinat analizleri ile görselleştirilebilir. Bu şekil, beş konudaki bireyler arası ve bireyler arası farklılıkları göstermektedir. Belirli grupların kümelenmesi, mikrobiyom bileşimindeki değişimleri gösterebilir.

Bu 3D animasyon, bir vaka kontrol çalışmasının sonuçlarını gösterir. Kırmızı noktalar söz konusudur. Mavi noktalar kontrollerdir.

T3'te ortodontik müdahale sonrası vakaların net bir şekilde kümelenmesi, büyük kırmızı noktalar, mikrobiyomda bir kayma olduğunu görselleştirir. Kontrol grubunu gösteren mavi noktalar eşit olarak dağılmıştır. Bu yöntem, sağlıklı çocukların subgingival sulkusunda klinik biyofilm örneklemesi hakkında bilgi sağlayabilir.

Bu savunmasız bölme için en uygun kağıt noktalarını seçtik. Bu videoda yöntemi sadece kalıcı duruma uyguladık. Ayrıca karışık veya olgun durumda da uygulanabilir.

Bazı hastalarda, aynı protokole göre periodontal olarak hastalıklı bölgelerden de numune alabilirsiniz. Merhaba, benim adım Barbara ve ben bir moleküler mikrobiyologum. Laboratuvarda biyofilm analizi yaptığımda, tarafsız klinik örneklerden oluşan bir kütüphaneye güvenmem gerekiyor.

Disiplinler arası oral mikrobiyal araştırma alanındaki her adım tamamen standardize edilmelidir. Ve önemli bir gerçek daha var. Sadece bir takımda başarılı olabilirsiniz.

Bu yüzden iş arkadaşlarınıza her zaman iyi davranın.