Mikrovaskülüste AlanSal Akışın Mekansal Zamansal Analizi

Mikrovasküler akış kılcal damarlar ve saniyeler içinde bir zaman diliminde değişimler arasında değiştiğinden, tüm alanlarda ki akışın sürekli olarak ölçülmesi için bir yöntem gereklidir. Personel, tüm mikroskop alanlarında ki akış hızlarının saat içinde neredeyse sürekli olarak ölçülmesini sağlar ve bunun sonucunda el ile elde edilmesi aylar sürer. Bu yordamlar basit olsa da, görsel gösteri yeni kullanıcıların personelde ilk kez gezinmelerine önemli ölçüde yardımcı olur.

Damar ağını tanımlamak için TrakEM2'yi kullanmak için önce Yeni boş bir TrakEM2 projesi kurmak için Dosya, Yeni ve TrakEM2 Blank'ı seçin ve filmden tek görüntüyü içeren yeni klasörü proje klasörü olarak seçin. TrakEM2 pencereleri açılacaktır. Ana çalışma alanına sağ tıklayın ve Görüntü Alma ve Alma'yı seçin.

Kaydedilen tek görüntüye gidin ve görüntüyü seçin. Ana çalışma alanına tekrar sağ tıklayın ve Ekran ve Otomatik Yeniden Boyutlandır Kanvas/LayerSet'i seçin. Ardından, ana çalışma penceresinde sol tıklatın.

Görüntü çalışma alanını doldurur. Resimdeki vasküler ağı içeren alanları seçmek için, daha küçük TrakEM2 penceresinde, Şablon Her şey'e sağ tıklayın ve Yeni Çocuk ve Alan Listesi Ekle'yi seçin. Küçük TrakEM2 penceresinde, şablon U şey'i Proje Nesneleri'ne, adsız projeye sürükleyin.

Sonra şablon Her şeyi, alan listesini, Project Objects,titled olmayan projeler, her şey üzerine sürükleyin. Adsız proje olan Project Objects altında, Her Şey alan listesi artık hazır bulunacaktır. Z Space sekmesinin altındaki ana TrakEM2 penceresinde Alan Listesi etiketli bir çubuk oluşturulacaktır.

Listeyi seçmek için tıklatın. Ana TrakEM2 penceresinde, paintbrush aracını seçin ve ilgi vaskülatür ününden daha küçük bir paintbrush boyutu seçmek için fare tekerleği yuvarlarken Shift'i tıklatın. Projeyi kurtarmak için Control S tuşuna basın.

Paintbrush aracını kullanarak, odak bölgeleri dışında herhangi bir hariç, vasküler ağ boya. Etiketleme tamamlandığında, ana TrakEM2 penceresine sağ tıklayın ve Dışa Aktarma ve Alan Listelerini Etiket olarak seçin. Açılan pencerede Ölçek,%100'ü seçin ve tüm Alan Listesini dışa aktarın.

TrakEM2 pencerelerini kapatın ve projeyi kaydetmek için Evet'i seçin. Alan Listesi'nin görüntüsü açılır ve boş, siyah bir görüntü olarak görünebilir. Ana Fiji menüsünde Görüntü, Ayarla ve Parlaklık/Kontrast'ı seçin.

Parlaklık ve Kontrast penceresinde, Otomatik'i tıklatın ve Alan Listesi görünür hale gelecektir. Ana Fiji menüsünde Resim, Arama Tabloları ve Invert Lookup Table'ı seçin. Siyah etiketlerin bu görüntüsünü beyaz arka plan üzerine t-i-f dosyası olarak kaydedin ve görüntüyü kapatın.

Fiji'deki Etiketler dosyasını açın ve Eklentiler, İskelet ve İskelet Gözleri'ni seçin. Ardından, Skeleton Eyes görüntüsünü t-i-f dosyası olarak kaydedin. Yeni bir personel projesi oluşturmak için Eklentiler, Makrolar ve Proje Aç/Oluştur'u seçin ve yapılandırma dosyası oluşturmak veya güncelleştirmek için istemleri izleyin.

Projeyi Aç/Oluştur menüsünden, proje dizini Giriş Dosyası klasörüne ve Giriş Film ve İskelet dosyalarına gidin ve seçin. Maksimum Ölçülen Hız, Maksimum Hız Eşlenen Maksimum Hız, Minimum Segment Uzunluğu, Piksel Boyutu ve Kare Hızı değerlerini girdi. Görüntülerin periyodik arka plan yoğunluğu titremesi varsa Titreme düzeltme kutusunu işaretleyin ve Tamam'ı tıklatın. Verilerin en iyi görselleştirilmesi için parametreleri ayarlayın.

Verilerin renk skalasının tüm aralığında eşlenecek şekilde, Maksimum Hız Eşlenen'i verilerin yaklaşık yüzde 95'ini içerecek şekilde ayarlayın. İskeleti analiz etmek için Eklentileri, Makroları seçin ve İskeleti Analiz Edin. İskelet dosyası açılacak ve İlgi Alanı yöneticisi açılacak ve çalışacak.

İlgi Alanı yöneticisinde, Tümünü ve Etiketi Göster'i tıklatın ve Tamam'ı tıklatın. Zaman aralıklarını seçmek için Eklentileri, Makroları ve Zaman Aralıklarını Edit'i seçin ve makronun filmin toplam süresi boyunca tek bir segmentten bir kymograph oluşturmasını bekleyin. Gerektiğinde kymograph boyutunu artırmak için Kontrol artı ve eksi tuşlarını kullanın ve her zaman aralığı etrafında bir dikdörtgen çizmek için Dikdörtgen seçim aracını kullanın. Zaman Aralığı seçimini kaydetmek ve seçimi istediğiniz kadar zaman aralığı için yinelemek için T tuşuna basın veya Ekle düğmesine tıklayın.

Parametre seçeneklerini değerlendirmek için üç ila dört zaman aralığı seçin ve yalnızca bu aralıklar için çözümlemesi tamamlayın. Zaman aralığı seçimi tamamlandığında Tamam'ı tıklatın. Seçili aralıklar proje klasörüne kaydedildiğinde açılır pencere görüntülenir.

Tamam'ı tıklatın. Akışı çözümlemek için Eklentiler, Makrolar ve Akış Çözümle'yi seçin. Proje Aç/Oluştur adımında girilen değerleri Analiz Akış Parametreleri diyalog kutusu açılır ve görüntüler. Gerekirse bu değerleri edin ve Tamam'ı tıklatın. Çıktı Dosya Adları iletişim kutusu açılır ve Proje Aç/Oluştur adımında girilen adları görüntüler.

Bu adları gerektiği gibi edin ve Akış Çözümlemesi'ni başlatmak için Tamam'ı tıklatın. Akışın çözümlendiğini belirten bir diyalog kutusu göründüğünde, analiz sonuçlarını CSV Elektronik Tablo dosyalarında depolamak için Tamam'ı tıklatın. Uzamsal haritalar üretmek için Eklentiler, Makrolar ve Uzaysal Harita Üret'i seçin.

Uzaysal Harita Parametreleri penceresi, Proje Aç/Oluştur adımında girilen değerleri göstererek açılır. Bu değerleri gerektiği gibi edin ve Tamam'ı tıklatın. Akış Hızlarının Uzaysal Haritaları'nın zamansal bir sırası, akış hızını gösteren her renkle birlikte oluşturulur. Akıştaki uzamsal ve zamansal varyasyonları görselleştirmek için aralık başına oluşturulan bir görüntü yığınında ilerleyin ve dosyayı film olarak paylaşmak için yığını a-v-i dosyası olarak kaydedin.

Personel Analizi, saniyeden dakikaya kadar uzanan süreler boyunca mikrovasküler hızların tüm mikroskop alanlarında tam bir sayımını oluşturur. Örneğin, bir farenin karaciğerindeki mikrovasküler ağın bu zaman serisinde tek bir görüntü kullanılarak, oluşturulan iskeletsel görüntü mikrovasküler akış eksenini tanımlamak için kullanılmıştır, böylece Personel sonraki akış niceliği için tek tek vasküler segmentlerin haritasını oluşturmuştur. İskeletize görüntüden oluşturulan tek tek vasküler segmentlerden, zaman içinde her çizgi segmentindeki yoğunluğu temsil eden kymograflar oluşturulabilir.

İskelet ve Kullanıcı Besleme zaman aralıkları, her segmentin kymografını ayrı segment zaman aralıklarına ayırmak için kullanılabilir. Personel daha sonra her segment zaman aralığından kymograph baskın açı tanımlar ve CSV veri dosyaları olarak hesaplanan hız ölçümleri sağlar. Personel CSV çıkışı, zaman içinde tek tek vasküler segmentlerde hızın çizilmesini sağlamak için genel hız dağılımını analiz etmek için kullanılabilir.

Ve renk kodlu hız harita görüntüleri yığınları olarak görselleştirilebilir. Personelden gelen sonuçların, örnek kararlılık, kare hızı, çözünürlük ve sinyal-gürültü oranına bağlı olarak görüntü serisinin kalitesine bağlı olduğunu unutmayın. Personel Hız Haritası Çıktıları uzamsal akış desenlerinin sezgisel bir keşfine olanak sağlarken, Personel CSV çıkışları hem tedavi grupları içinde hem de arasında akış hızlarının istatistiksel analizini sağlar.