Name: Yinelemeli Ağartma, Çekirdek Tesisler için Boyama Otomasyonu Kullanımıyla Çeşitliliği Artırıyor (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-08-06T14:00:00.000+00:00
Duration: 4 min 52 s
Description: Keşfedin IBEX yöntemini otomatik doku boyama cihazları ve tiramid sinyal amplifikasyonu kullanarak sinirbiliminde görüntüleme kalitesini artırmak için. Bu yöntem tekrarlanabilirliği ve duyarlılığı önemli ölçüde iyileştirir.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol><li>Radtke, A. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((IBEX%3A+an+iterative+immunolabeling+and+chemical+bleaching+method+for+high-content+imaging+of+diverse+tissues%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Protoc%22%5BJournal%5D)">IBEX: an iterative immunolabeling and chemical bleaching method for high-content imaging of diverse tissues.</a> Nature Protoc. 17 (2), 378-401 (2022).</li>
<li>Radtke, A. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((IBEX%3A+A+versatile+multiplex+optical+imaging+approach+for+deep+phenotyping+and+spatial+analysis+of+cells+in+complex+tissues%5BTitle%5D)+AND+%22Proc+Natl+Acad+Sci+U+S+A%22%5BJournal%5D)">IBEX: A versatile multiplex optical imaging approach for deep phenotyping and spatial analysis of cells in complex tissues.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 117 (52), 33455-33465 (2020).</li>
<li>Prichard, J. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Overview+of+automated+immunohistochemistry%5BTitle%5D)+AND+%22Arch+Pathol+Lab+Med%22%5BJournal%5D)">Overview of automated immunohistochemistry.</a> Arch Pathol Lab Med. 138, 1578-1582 (2014).</li>
<li>Stack, E. C., Wang, C., Roman, K. A., Hoyt, C. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multiplexed+immunohistochemistry%2C+imaging%2C+and+quantitation%3A+a+review%2C+with+an+assessment+of+Tyramide+signal+amplification%2C+multispectral+imaging+and+multiplex+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Methods%22%5BJournal%5D)">Multiplexed immunohistochemistry, imaging, and quantitation: a review, with an assessment of Tyramide signal amplification, multispectral imaging and multiplex analysis.</a> Methods. 70, 46-58 (2014).</li>
<li>Speranza, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Age-related+differences+in+immune+dynamics+during+SARS-CoV-2+infection+in+rhesus+macaques%5BTitle%5D)+AND+%22Life+Sci+Alliance%22%5BJournal%5D)">Age-related differences in immune dynamics during SARS-CoV-2 infection in rhesus macaques.</a> Life Sci Alliance. 5, 4(2022).</li>
<li>Parra, E. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Procedural+requirements+and+recommendations+for+multiplex+immunofluorescence+tyramide+signal+amplification+assays+to+support+translational+oncology+studies%5BTitle%5D)+AND+%22Cancers+%28Basel%29%22%5BJournal%5D)">Procedural requirements and recommendations for multiplex immunofluorescence tyramide signal amplification assays to support translational oncology studies.</a> Cancers (Basel). 12 (2), 255(2020).</li>
<li>Hoyt, C. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multiplex+immunofluorescence+and+multispectral+imaging%3A+forming+the+Basis+of+a+clinical+test+platform+for+immuno-oncology%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Mol+Biosci%22%5BJournal%5D)">Multiplex immunofluorescence and multispectral imaging: forming the Basis of a clinical test platform for immuno-oncology.</a> Front Mol Biosci. 8, 674747(2021).</li>
<li>Bankhead, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((QuPath%3A+Open+source+software+for+digital+pathology+image+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Sci+Rep%22%5BJournal%5D)">QuPath: Open source software for digital pathology image analysis.</a> Sci Rep. 7, 16878(2017).</li>
<li>Feng, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatial+analysis+with+SPIAT+and+spaSim+to+characterize+and+simulate+tissue+microenvironments%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Spatial analysis with SPIAT and spaSim to characterize and simulate tissue microenvironments.</a> Nat Commun. 14, 2697(2023).</li>
<li>Meyer, L., Eling, N., Bodenmiller, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((cytoviewer%3A+an+R%2FBioconductor+package+for+interactive+visualization+and+exploration+of+highly+multiplexed+imaging+data%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">cytoviewer: an R/Bioconductor package for interactive visualization and exploration of highly multiplexed imaging data.</a> BMC Bioinformatics. 25, 9(2024).</li>
<li>Windhager, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+end-to-end+workflow+for+multiplexed+image+processing+and+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Protoc%22%5BJournal%5D)">An end-to-end workflow for multiplexed image processing and analysis.</a> Nat Protoc. 18 (11), 3565-3613 (2023).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>Boyama reaktifi Alexa TSA kitleri</td><td>ThermoFisher</td><td></td><td>Opal mikroskopi filtreleri mevcut değilse alternatif TSA boyaları. Bunlar arasında Alexa Fluor 488 (mavi/yeşil kanal), Alexa Fluor 555 veya 568 (kırmızı kanal), Alexa Fluor 647 (uzak kırmızı kanal), Alexa Fluor 750 (uygun filtrelerle donatıldığında yakın kızılötesi) yer alır. &nbsp;</td></tr><tr><td>Antikor Arg1</td><td>Hücre Sinyalizasyonu</td><td>93668</td><td>Şekil 4'te 1:100'de kullanılmıştır</td></tr><tr><td>Malzeme Bıçakları</td><td>Leica Biosystems</td><td></td><td>Benzer şekilde, yüksek veya düşük profil doku tipine bağlı olur</td></tr><tr><td>Antikor CD11b</td><td>Abcam</td><td>AB133357</td><td>Şekil 4'te 1:2000'de kullanılmıştır</td></tr><tr><td>Antikor CD163</td><td>Abcam</td><td>AB182422</td><td>Şekil 4'te 1:500'de kullanılmıştır</td></tr><tr><td>Antikor CD31</td><td>Hücre Sinyalizasyonu</td><td>77699S</td><td>Şekil 2'de 1:100'de kullanılmıştır</td></tr><tr><td>Antikor CD3e</td><td>Dako</td><td>A045201-2</td><td>Şekil 1'de 1:100'de kullanılmıştır</td></tr><tr><td>Tool Coplin Jar</td><td>Fischer Scientific</td><td>01-816-21</td><td>Ya da benzeri</td></tr><tr><td>Materyal Kapak Slipleri</td><td>VWR</td><td>v48393-026</td><td>Ya da benzeri</td></tr><tr><td>Antikor CX3CR1</td><td>Abcam</td><td>ab308613</td><td>Şekil 4'te 1:450'de kullanılmıştır</td></tr><tr><td>Stain DAPI</td><td>Akoya</td><td>FP1490</td><td></td></tr><tr><td>Software FIJI</td><td></td><td></td><td>Sinyal yoğunluğunu ölçmek için kullanılır</td></tr><tr><td>Slide Fisher Superfront Kaydırakları</td><td>Fisher Scientific</td><td>22-037-246</td><td>Ya da benzeri</td></tr><tr><td>Software HALO</td><td>Indica Laboratuvarları</td><td></td><td>Ticari olarak kullanılabilir görüntü analiz yazılımı örneği. Görüntüleri hizalamak ve analiz etmek için kullanılır.</td></tr><tr><td>Antikor Iba1</td><td>Hücre Sinyalizasyonu</td><td>17191</td><td>Şekil 4'te 1:800'de kullanılmıştır</td></tr><tr><td>Software inForm</td><td>Akoya</td><td></td><td>Sinyal yoğunluğunu ölçmek için kullanılır</td></tr><tr><td>Antikor iNOS</td><td>Abcam</td><td>AB283655</td><td>Şekil 4'te 1:400'de kullanılmıştır</td></tr><tr><td>Instrument Leica Bond Rx (veya RXm)</td><td>Leica Biosystems</td><td>21.2201</td><td>Metinde "Autostainer 1" olarak adlandırılır. Tüm ilgili reaktiflerin de mevcut olduğundan emin olun, boyama kutuları ve toplu çözümler dahil.</td></tr><tr><td>Reagent LiBH4</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>62460-5G-F</td><td>Susuz bir ortamda kalın</td></tr><tr><td>Instrument Mantra Snap</td><td>Akoya</td><td></td><td>Boyaları ayırt etmek için çok spektral florscent mikroskop gereklidir. Opal boyalarını tespit etmek için kullanılabilen örnek mikroskop.</td></tr><tr><td>Tool Microtome</td><td>Leica Biosystems</td><td></td><td>Veya fırça gibi tercih edilen aksesuarlarla benzer</td></tr><tr><td>Boyama reaktifi Opal IHC 480 Kiti</td><td>Akoya</td><td>FP1500001KT</td><td>Şekil 4'te Kullanılanlar</td></tr><tr><td>Boyama reagenti Opal IHC 6-plex Plex Kit</td><td>Akoya</td><td>NEL821001KT</td><td>520 ve 620 ağartmaz, Şekil 1, 2 ve 4'te kullanılmıştır</td></tr><tr><td>Boyama reaktifi Opal IHC 780 Kiti</td><td>Akoya</td><td>FP1501001KT</td><td>Şekil 4'te Kullanılanlar</td></tr><tr><td>Tool Fırın</td><td>Millipore Sigma</td><td>Z683329</td><td>Ya da benzer, otomatik boyama ile de yapılabilir</td></tr><tr><td>Antikor Pansitokeratin</td><td>Abcam</td><td>ab9377</td><td>Şekil 4'te 1:50'de kullanılmıştır</td></tr><tr><td>Reagent PBS (isteğe bağlı)</td><td>Fisher Scientific</td><td>AAJ61196AP</td><td></td></tr><tr><td>Instrument PhenoImager</td><td>Akoya</td><td></td><td>Yazılımda yer alan çoklu spektral tam slayt görüntüleme ve gemi spektral karıştırmama</td></tr><tr><td>Reagent ProLong Gold Antifade</td><td>Fisher Scientific</td><td>P36961</td><td>Ya da benzer sulu montaj malzemeleri</td></tr><tr><td>Antibody ProSP-C n-terminal (ProSPC)</td><td>Yedi Tepe Biyoreagentleri</td><td>WRAB-9337</td><td>Şekil 4'te 1:250'de kullanılmıştır</td></tr><tr><td>Antikor REJİ</td><td>R& D</td><td>MAB1179</td><td>Şekil 1 ve 2'de 1:50'de kullanılmıştır</td></tr><tr><td>Reagent Reaksiyon tamponu</td><td>Roche</td><td>NC1895692</td><td>Ventana autostainer ile kullanım için</td></tr><tr><td>Antikor SARS-CoV-2-N</td><td>Hücre Sinyalizasyonu</td><td>68344</td><td>Şekil 2'de 1:1000'de kullanılmıştır</td></tr><tr><td>Slide TOMO Adhezion CC Mikroskop Slaytları-WH</td><td>Avantik</td><td>SKUSL6519-1</td><td>Eğer doku yapışması endişe kaynağıysa,</td></tr><tr><td>Instrument Ventana Discovery Ultra</td><td>Roche</td><td></td><td>Metinde "Autostainer 2" olarak anılır. Tüm ilgili reaktiflerin de mevcut olduğundan emin olun, boyama kutuları ve toplu çözümler dahil.</td></tr><tr><td>Reagent Yıkama tamponu</td><td>Leica Biosystems</td><td>AR9590</td><td>Leica Bond otomatik boyama cihazı ile kullanım için</td></tr><tr><td>Reagent Su</td><td>Fisher Scientific</td><td>15-230-147</td><td>DI en iyisidir, millipore değil</td></tr><tr><td>Tool Su Banyosu</td><td>Leica Biosystems</td><td>140607020C1</td><td>Ya da benzeri</td></tr></tbody></table>

yinelemeli ağartma, Çekirdek tesisler için boyama otomasyonu kullanımıyla Çeşitliliği artırıyor

Iterative Bleaching Extends Multiplicity with Use of Staining Automation for Core Facilities

Yinelemeli Ağartma, Çekirdek Tesisler için Boyama Otomasyonu Kullanımıyla Çeşitliliği Artırıyor

Iterative Bleaching Extends Multiplicity (IBEX) is a highly sensitive tyramide signal amplification (TSA)-based multi-round fluorescence imaging technique ...

iterative-bleaching-extends-multiplicity-with-use-staining-automation

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

İmmünoloji ve Enfeksiyon

Kitlesel paralel DNA dizileme teknolojilerine dayalı genom dizilimleri genellikle oldukça parçalıdır. Fiziksel kromozom haritalarının geliştirilmesi, genom dizilimlerini potansiyel olarak iyileştirebilir. Burada, fiziksel harita geliştirme verimliliğini önemli ölçüde artıran kromozom hazırlama, floresan in situ hibridizasyon ve görüntüleme yöntemlerine yönelik yenilikçi yaklaşımları sunmaktayız.

Otomatik kullanarak Kromozomlar Yüksek throughput Fiziksel Haritalama<em&gt; In situ</em&gt; Hibridizasyon

Bu el yazmasında, mineralize dokuların donmuş kesitleri üzerinde birkaç tur floresan görüntülemeden çoklu yanıt ölçümlerinin hizalanmış kompozit görüntülerini üretmek için yüksek verimli, yarı otomatik bir kriyohistoloji platformu sunuyoruz.

Yüksek Verim, Mineralize Dokuların Çoklu Resim Cryohistology

Detaylı bir iletişim kuralı için bir altı-marker multiplex ayirt panel en iyi duruma getirilmiş ve gerçekleştirilen, daha tutarlı sonuçlar ve daha kısa işlem süresi için bir otomatik stainer kullanarak. Bu yaklaşım doğrudan IMMUNO-Onkoloji araştırmalar amaçlı herhangi bir laboratuvar tarafından adapte edilebilir.

IMMUNO-Onkoloji araştırmalar Formalin sabit Karsinomu doku örnekleri Multiplex ayirt Panel otomatik

Sonra hücreleri ile photobleaching deneyler canlı Floresans kurtarma için kapsamlı ve pratik iletişim kuralı açıklar. Her ne kadar sarı floresan protein etiketli p62 aggresome benzeri indüklenen yapılarda hareketliliğini ölçmek için kullanılan protokol, çeşitli mikroskobu sistemleri ve floresan proteinler için uygulanabilir.

Photobleaching, sarı floresan Protein etiketli p62 indüklenen Aggresome benzeri yapılarda sonra Floresans kurtarma

Biz dondurulmuş dokularda multispektral görüntüleme gerçekleştirmek için hızlı bir boyama yöntemi açıklar.

Dondurulmuş Doku Kesitlerinin Multispektral Floresan Görüntülemesi için Hızlı Bir Yöntem

Bu rapor, otomatik bir slayt boyayıcı üzerinde multipleks immünofloresan (mIF) testleri için otomatik bir protokolü açıklar. Translasyonel araştırmalarda çok sayıda doku slaytında özel mIF tahlilleri için ideal olan standart yüksek verimli doku otomatik boyalayıcıları ve tam slayt floresan görüntüleyiciler üzerinde uzamsal proteomiklerin yüksek tekrarlanabilirliğini gösterir.

Translasyonel Araştırmalar için Yüksek Verimli Otomatik Multipleks İmmünofloresan Testleri

Yinelemeli ağartma-uzatma-çoğullama (IBEX) ve ticari bir nükleotid etiketleme testinin (Click-iT EdU) kombinasyonu, sabit donmuş murin dokusu kesitlerinde oldukça dinamik süreçlerde bölünen hücre tiplerinin saptanmasını ve sınıflandırılmasını sağlar. Ayrıca, yeni bir açık kaynaklı görüntü işleme hattı, yüksek verimli görüntü elde etme ve analiz sağlar.

Doku Örneklerinde Cilt Hücresi Fenotiplerini ve Proliferasyon Durumlarını Değerlendirmek için Yüksek Verimli Görüntüleme ve Analiz İş Akışı

Bu makale, peritoneal metastazların üç boyutlu mimarisini karakterize etmek için optimize edilmiş bir multipleks immünofloresan protokolünü açıklamaktadır.

Yinelemeli Beyazlatma Genişletilmiş Çokluk Yaklaşımı kullanılarak tümör taşıyan dokunun üç boyutlu görüntülenmesi

Manuel IBEX yöntemi ile düşük maliyetli, çok yönlü bir foto ışınlama tekniğinin uygulanması, önemli doğal otofloresan ile insan dokusunun en iyi şekilde görüntülenmesini sağlar. Bu protokol, ters çevrilmiş bir mikroskop, yaygın olarak bulunan reaktifler ve görüntü hizalama ve işleme için açık kaynaklı yazılım kullanılarak arşivlenmiş klinik örneklerden çoğullanmış, tam slayt görüntülerinin nasıl elde edileceğini ayrıntılarıyla açıklar.

Yinelemeli Beyazlatma için Optimize Edilmiş İş Akışı, Yüksek Otofloresan Klinik Numunelerin Çok Yönlü Görüntülemesini Genişletir

Spektral Yinelemeli Ağartma Çoklamayı Genişletir (IBEX), spesifik olmayan bağlanmayı en aza indirmek için heparin blokajı ekleyerek ve otofloresansı bastırmak için hesaplamalı karıştırma ile spektral algılamadan yararlanarak temel IBEX tekniğini temel alır. Bu yaklaşım, arka plan kaynaklarını azaltırken görüntü elde etmeyi hızlandırır ve sağlam, çok yönlü, yüksek parametreli uzamsal proteomik analizlere olanak tanır.

Spesifik Olmayan Doku Floresansını En Aza İndirmek için Spektral Konfokal Mikroskopi Kullanılarak Yüksek Pleks Görüntüleme

Keşfedin IBEX yöntemini otomatik doku boyama cihazları ve tiramid sinyal amplifikasyonu kullanarak sinirbiliminde görüntüleme kalitesini artırmak için. Bu yöntem tekrarlanabilirliği ve duyarlılığı önemli ölçüde iyileştirir.

Yinelemeli Ağartma, Çekirdek Tesisler için Boyama Otomasyonu Kullanımıyla Çeşitliliği Artırıyor

Daha fazla video keşfet