Name: Stereo-seq ile Türden Bağımsız Transkriptomların Kapsamlı Uzamsal Profili (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-10-31T13:00:00.000+00:00
Duration: 10 min 22 s
Description: Öğrenin, Stereo-seq ile formalin sabitli parafin gömülü doku kesitlerinden konak, viral, fungal ve mikrobiyom RNA'larının yüksek çözünürlüklü uzamsal transkriptomik profillemesini. Bu yöntem, doku mimarisini koruyarak çeşitli transkriptomların haritalanmasını sağlar.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

playerTrialDesktop

<ol><li>Ferri-Borgogno, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((metabolic%2C+and+subcellular+mapping+of+the+tumor+immune+microenvironment+via+3D+targeted+and+non-targeted+multiplex+multi-omics+analyses%5BTitle%5D)+AND+%22Cancers+%28Basel%29%22%5BJournal%5D)">metabolic, and subcellular mapping of the tumor immune microenvironment via 3D targeted and non-targeted multiplex multi-omics analyses.</a> Cancers (Basel). 16 (5), 846(2024).</li>
<li>Lähnemann, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Eleven+grand+challenges+in+single-cell+data+science%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Biol%22%5BJournal%5D)">Eleven grand challenges in single-cell data science.</a> Genome Biol. 21 (1), 31(2020).</li>
<li>Molla Desta, G., Birhanu, A. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Advancements+in+single-cell+RNA+sequencing+and+spatial+transcriptomics%3A+transforming+biomedical+research%5BTitle%5D)+AND+%22Acta+Biochim+Pol%22%5BJournal%5D)">Advancements in single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics: transforming biomedical research.</a> Acta Biochim Pol. 72, 1-12 (2025).</li>
<li>Fang, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Computational+approaches+and+challenges+in+spatial+transcriptomics%5BTitle%5D)+AND+%22Genomics+Proteomics+Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">Computational approaches and challenges in spatial transcriptomics.</a> Genomics Proteomics Bioinformatics. 21 (1), 24-47 (2023).</li>
<li>Chen, G., Ning, B., Shi, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+RNA-seq+technologies+and+related+computational+data+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Genet%22%5BJournal%5D)">Single-cell RNA-seq technologies and related computational data analysis.</a> Front Genet. 10, 317(2019).</li>
<li>Burja, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+optimized+tissue+dissociation+protocol+for+single-cell+RNA+sequencing+analysis+of+fresh+and+cultured+human+skin+biopsies%5BTitle%5D)+AND+%22Front+Cell+Dev+Biol%22%5BJournal%5D)">An optimized tissue dissociation protocol for single-cell RNA sequencing analysis of fresh and cultured human skin biopsies.</a> Front Cell Dev Biol. 10, 882114(2022).</li>
<li>Yu, X., Abbas-Aghababazadeh, F., Chen, Y. A., Fridley, B. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Statistical+and+bioinformatics+analysis+of+data+from+bulk+and+single-cell+RNA+sequencing+experiments%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Statistical and bioinformatics analysis of data from bulk and single-cell RNA sequencing experiments.</a> Methods Mol Biol. 2194, 143-175 (2021).</li>
<li>Ma, Y., Zhou, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatially+informed+cell-type+deconvolution+for+spatial+transcriptomics%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Spatially informed cell-type deconvolution for spatial transcriptomics.</a> Nat Biotechnol. 40 (9), 1349-1359 (2022).</li>
<li>Zhou, Z., Zhong, Y., Zhang, Z., Ren, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatial+transcriptomics+deconvolution+at+single-cell+resolution+using+Redeconve%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Spatial transcriptomics deconvolution at single-cell resolution using Redeconve.</a> Nat Commun. 14 (1), 428(2023).</li>
<li>Wei, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatial+charting+of+single-cell+transcriptomes+in+tissues%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Spatial charting of single-cell transcriptomes in tissues.</a> Nat Biotechnol. 40 (8), 1190-1199 (2022).</li>
<li>Cheng, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatially+resolved+transcriptomics%3A+a+comprehensive+review+of+their+technological+advances%2C+applications%2C+and+challenges%5BTitle%5D)+AND+%22J+Genet+Genomics%22%5BJournal%5D)">Spatially resolved transcriptomics: a comprehensive review of their technological advances, applications, and challenges.</a> J Genet Genomics. 50 (9), 625-640 (2023).</li>
<li>To, A., Yu, Z., Sugimura, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Recent+advancement+in+the+spatial+immuno-oncology%5BTitle%5D)+AND+%22Semin+Cell+Dev+Biol%22%5BJournal%5D)">Recent advancement in the spatial immuno-oncology.</a> Semin Cell Dev Biol. 166, 22-28 (2025).</li>
<li>Chen, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatiotemporal+transcriptomic+atlas+of+mouse+organogenesis+using+DNA+nanoball-patterned+arrays%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Spatiotemporal transcriptomic atlas of mouse organogenesis using DNA nanoball-patterned arrays.</a> Cell. 185 (10), 1777-1792.e21 (2022).</li>
<li>McKellar, D. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatial+mapping+of+the+total+transcriptome+by+in+situ+polyadenylation%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Spatial mapping of the total transcriptome by in situ polyadenylation.</a> Nat Biotechnol. 41 (4), 513-520 (2023).</li>
<li>Kuemmerle, L. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Probe+set+selection+for+targeted+spatial+transcriptomics%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Probe set selection for targeted spatial transcriptomics.</a> Nat Methods. 21 (12), 2260-2270 (2024).</li>
<li>Gong, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((an+efficient+and+accurate+data+analysis+workflow+for+stereo-seq+spatial+transcriptomics%5BTitle%5D)+AND+%22Gigabyte%22%5BJournal%5D)">an efficient and accurate data analysis workflow for stereo-seq spatial transcriptomics.</a> Gigabyte. 2024, 1-12 (2024).</li>
<li>Zhou, Y., Jia, E., Pan, M., Zhao, X., Ge, Q. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Encoding+method+of+single-cell+spatial+transcriptomics+sequencing%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Biol+Sci%22%5BJournal%5D)">Encoding method of single-cell spatial transcriptomics sequencing.</a> Int J Biol Sci. 16 (14), 2663-2674 (2020).</li>
<li>Patel, P. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Reliability+and+performance+of+commercial+RNA+and+DNA+extraction+kits+for+FFPE+tissue+cores%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Reliability and performance of commercial RNA and DNA extraction kits for FFPE tissue cores.</a> PLoS One. 12 (6), e0179732(2017).</li>
<li>Zhao, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Stereo-seq+V2%3A+Spatial+mapping+of+total+RNA+on+FFPE+sections+with+high+resolution%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Stereo-seq V2: Spatial mapping of total RNA on FFPE sections with high resolution.</a> Cell. , (2025).</li>
<li>Russell, A. J. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Slide-tags+enables+single-nucleus+barcoding+for+multimodal+spatial+genomics%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Slide-tags enables single-nucleus barcoding for multimodal spatial genomics.</a> Nature. 625 (7993), 101-109 (2024).</li>
<li>Stenbeck, L., Taborsak-Lines, F., Giacomello, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enabling+automated+and+reproducible+spatially+resolved+transcriptomics+at+scale%5BTitle%5D)+AND+%22Heliyon%22%5BJournal%5D)">Enabling automated and reproducible spatially resolved transcriptomics at scale.</a> Heliyon. 8 (6), e09651(2022).</li>
<li><a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22Vol.+Rev+A%22">Vol. Rev A</a>. , 10X Genomics. Pleasanton, CA. (2022).</li>
<li>Su, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatial+multi-omics+sequencing+for+fixed+tissue+via+DBiT-seq%5BTitle%5D)+AND+%22STAR+Protoc%22%5BJournal%5D)">Spatial multi-omics sequencing for fixed tissue via DBiT-seq.</a> STAR Protoc. 2 (2), 100532(2021).</li>
<li>Stickels, R. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Highly+sensitive+spatial+transcriptomics+at+near-cellular+resolution+with+Slide-seqV2%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Highly sensitive spatial transcriptomics at near-cellular resolution with Slide-seqV2.</a> Nat Biotechnol. 39 (3), 313-319 (2021).</li>
<li>Groelz, D., Viertler, C., Pabst, D., Dettmann, N., Zatloukal, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Impact+of+storage+conditions+on+the+quality+of+nucleic+acids+in+paraffin+embedded+tissues%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Impact of storage conditions on the quality of nucleic acids in paraffin embedded tissues.</a> PLoS One. 13 (9), e0203608(2018).</li>
<li>Yi, Q. Q., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effect+of+preservation+time+of+formalin-fixed+paraffin-embedded+tissues+on+extractable+DNA+and+RNA+quantity%5BTitle%5D)+AND+%22J+Int+Med+Res%22%5BJournal%5D)">Effect of preservation time of formalin-fixed paraffin-embedded tissues on extractable DNA and RNA quantity.</a> J Int Med Res. 48 (6), 030006052093125(2020).</li>
<li>Eccher, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Pathology+laboratory+archives%3A+Conservation+quality+of+nucleic+acids+and+proteins+for+NSCLC+molecular+testing%5BTitle%5D)+AND+%22J+Pers+Med%22%5BJournal%5D)">Pathology laboratory archives: Conservation quality of nucleic acids and proteins for NSCLC molecular testing.</a> J Pers Med. 14 (4), 333(2024).</li>
<li>Chen, T. Y., You, L., Hardillo, J. A. U., Chien, M. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatial+transcriptomic+technologies%5BTitle%5D)+AND+%22Cells%22%5BJournal%5D)">Spatial transcriptomic technologies.</a> Cells. 12 (16), 2042(2023).</li>
<li>Wang, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((RNAscope%5BTitle%5D)+AND+%22J+Mol+Diagn%22%5BJournal%5D)">RNAscope.</a> J Mol Diagn. 14 (1), 22-29 (2012).</li>
<li>Merritt, C. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multiplex+digital+spatial+profiling+of+proteins+and+RNA+in+fixed+tissue%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Multiplex digital spatial profiling of proteins and RNA in fixed tissue.</a> Nat Biotechnol. 38 (5), 586-599 (2020).</li>
<li>Janesick, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High+resolution+mapping+of+the+tumor+microenvironment+using+integrated+single-cell%2C+spatial+and+in+situ+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">High resolution mapping of the tumor microenvironment using integrated single-cell, spatial and in situ analysis.</a> Nat Commun. 14 (1), 3602(2023).</li>
<li>You, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Systematic+comparison+of+sequencing-based+spatial+transcriptomic+methods%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Systematic comparison of sequencing-based spatial transcriptomic methods.</a> Nat Methods. 21 (9), 1743-1754 (2024).</li>
<li>Chen, K. H., Boettiger, A. N., Moffitt, J. R., Wang, S., Zhuang, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatially+resolved%2C+highly+multiplexed+RNA+profiling+in+single+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Spatially resolved, highly multiplexed RNA profiling in single cells.</a> Science. 348 (6233), aaa6090(2015).</li>
<li>Wang, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Three-dimensional+intact-tissue+sequencing+of+single-cell+transcriptional+states%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Three-dimensional intact-tissue sequencing of single-cell transcriptional states.</a> Science. 361 (6400), eaat5691(2018).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>1.5 mL santrifüj tüpleri düzenli DNAse/RNAse</td><td>Thermo Fisher Scientific / Invitrogen</td><td>3456</td><td>Reaktifleri karıştırmak için (diğer bantlar sorun yok)&nbsp;</td></tr><tr><td>%100 etanol</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>E7023</td><td>Moleküler derecesi</td></tr><tr><td>15mL Konik Steril Polipropilen Santrifüj Tüpleri</td><td>Thermo Fisher Scientific / Invitrogen</td><td>339650</td><td>Aliquots&nbsp için kullanılır;</td></tr><tr><td>20x Konsantre & nbsp; Tuzlu Sodyum Sitrat (SSC) Tamponu</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>S6639-1L</td><td>Lekeleme için 5 kat SSC, yıkama basamakları ve örtü çıkarma için 1 kez SSC yapıyordum.</td></tr><tr><td>2100 Biyoanalizör cihazı</td><td>Çevik</td><td>İndirimli</td><td>Enstitür: Biyoanalizör</td></tr><tr><td>3 Kuyu Odası, çıkarılabilir</td><td>İbidi</td><td>80381</td><td>Rehidrasyon ve metanol fiksasyonu sırasında hacimleri azaltmak için silikon odası.</td></tr><tr><td>405nm UV Işık Kaynağı</td><td>Çeşitli</td><td>Yok</td><td>UV reçinesinin kürlenmesi için</td></tr><tr><td>50mL Konik Steril Polipropilen Santrifüj Tüpleri</td><td>Thermo Fisher Scientific / Invitrogen</td><td>339652</td><td>Aliquotlar ve deparafinizasyon için kullanılır&nbsp;</td></tr><tr><td>%70 Steril İzopropanol Alkol</td><td>Texwipe&nbsp;</td><td>TX3270</td><td>Yüzey dekontaminasyonu ve nbsp için;</td></tr><tr><td>Agilent Yüksek Duyarlılık DNA Kiti</td><td>Çevik</td><td>5067-4626</td><td>cDNA ve kütüphanelerin biyoanalizör karakterizasyonu için</td></tr><tr><td>Agilent RNA 6000 Pico Kiti</td><td>Çevik</td><td>5067-1513</td><td>RNA'nın Biyoanalizör karakterizasyonu için</td></tr><tr><td>Alüminyum folyo</td><td>Çeşitli</td><td>Yok</td><td>SsDNA boyama sırasında kaydırmayı kapatmak için.</td></tr><tr><td>Beckman Coulter SPRIselect</td><td>Beckman Coulter Yaşam Bilimleri&nbsp;</td><td>B23317/B23318/B23319</td><td>SPRI Boncuklar cDNA ve Kütüphane Temizliği</td></tr><tr><td>Çamaşır suyu</td><td>Çeşitli</td><td>Yok</td><td>Çalışma istasyonunu temizlemek, mikrobiyom kontaminasyonunu temizlemek</td></tr><tr><td>CONSTIX Mühürlü Köpük Sürüntüleri</td><td>Contec</td><td>19161023</td><td>Hassas reçine temizliği için</td></tr><tr><td>Kapak Kayışı</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>BR470045-2000EA</td><td></td></tr><tr><td>Kurutucu Paketler</td><td>Çeşitli</td><td>Yok</td><td>RNase içermeyen, tozsuz kurutucu paketler.</td></tr><tr><td>Tek Kullanımlık Yüz Maskesi</td><td>Thermo Fisher Scientific / Invitrogen</td><td>12-888-001</td><td>Koruma, RNA kontaminasyonu ve & sterillik&nbsp;</td></tr><tr><td>DNA Silme Silme Süpürgeleri</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>L9060-250EA</td><td>Yüzeyleri silerek dekontaminasyon (ıslak mendiller)</td></tr><tr><td>DNA LoBind Tüpleri 1.5mL</td><td>Eppendorf&nbsp;</td><td>22431021</td><td>cDNA toplama ve kütüphane amplifikasyon sonrası için kullanılır.</td></tr><tr><td>DNA LoBind Tüpleri 2mL</td><td>Eppendorf&nbsp;</td><td>22431048</td><td>Amplifikasyondan önce cDNA toplamak için kullanılır.</td></tr><tr><td>DNBSEQ OneStep DNB Üretim Reaktif Kiti</td><td>Tam Genomik</td><td>940-001891-00</td><td>DNA nanotopu (DNB) hazırlama ve amplifikasyonu için reaktifler</td></tr><tr><td>DNBSEQ-T7RS Temizlik Reaktüsü Kiti</td><td>Tam Genomik</td><td>940-001903-00</td><td>Dizeleme tamamlandıktan sonra yıkama kartuşu</td></tr><tr><td>DNBSEQ-T7RS DNB Yük Reaktif Kiti</td><td>Tam Genomik</td><td>940-001894-00</td><td>DNB'leri akış hücresine yüklemek için reaktifler ve plaka</td></tr><tr><td>DNBSEQ-T7RS Dizileme Akış Hücresi</td><td>Tam Genomik</td><td>940-001902-00</td><td>1 şerit/akış hücresi</td></tr><tr><td>DNBSEQ-T7RS Stereo-seq görselleştirme reaktif kiti</td><td>Tam Genomik</td><td>940-001893-00</td><td>Dizileme için kartuş ve reaktifler.</td></tr><tr><td>DNBSEQ-T7RS sistemi</td><td>Tam Genomik</td><td></td><td>Bu stereo-seq görselleştirme seti, DNBSEQ teknolojisini kullanır. Bir dizileme çalışması, bir DNA çapının hibridizasyonuyla başlar, ardından bir floresan prob DNA Nanotopuna (DNB) kombinatoryal prob ankraj dizileme (cPAS) kimyası kullanılarak bağlanır. Son olarak, yüksek çözünürlüklü görüntüleme sistemi floresan sinyali yakalar. Optik sinyalin dijital işlenmesinden sonra, sequencer yüksek kaliteli ve doğru dizileme bilgisi üretir.</td></tr><tr><td>Tozdan Temizlenen Sıkıştırılmış Hava</td><td>Matin</td><td>M-6318</td><td>Bu markayı veya benzer itici yakıta sahip birini kullanmak önemlidir;</td></tr><tr><td>Edge-Rite Mikrotom Bıçakları</td><td>Thermo Fisher Scientific / Invitrogen</td><td>4280L</td><td>Histoloji - Örnekler kesitlenirken kullanılır</td></tr><tr><td>Patlamaya dayanıklı Dondurucu</td><td>Çeşitli</td><td>Yok</td><td>Metanolü metanol fiksasyon aşamasından önce ve sırasında soğutmak için.</td></tr><tr><td>Histoloji Fırçaları</td><td>Çeşitli</td><td>Yok</td><td>Histoloji - Örnekler kesitlenirken kullanılır</td></tr><tr><td>Hidroklorik asit</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>2104-50ML</td><td>Premuliablizasyon enzimini 0.01 N HCl (pH 2) içinde seyreltmek için. HCl çözeltisi için standart stok konsantrasyonu 0.1 N'dir. </td></tr><tr><td>Görüntüleme Sistemi</td><td>çeşitli</td><td>Yok</td><td>GC Stomics İmajlayıcısı, Lecia, Evo Revolution</td></tr><tr><td>Invitrogen RNaseZap RNase Dekontamminasyon Çözeltisi</td><td>Thermo Fisher Scientific / Invitrogen</td><td>AM9780</td><td>Çalışma istasyonunun temizlenmesi, RNA kontaminasyonunun giderilmesi</td></tr><tr><td>Kimtech Hassas Görev Silecekler&nbsp;</td><td>Kimtech</td><td>34155</td><td>Kuru banklar, ekipmanlar, pipetler vb.</td></tr><tr><td>Labrak önlüğü</td><td>Çeşitli</td><td>Yok</td><td>Kişisel Koruma Ekipmanı (PPE)</td></tr><tr><td>Lens Kağıdı</td><td>Thermo Fisher Scientific / Invitrogen</td><td>11-997</td><td>Slaytları başlamadan kurutmak için çeşitli çalışmalar</td></tr><tr><td>Lookout DNA Silme Mendilleri</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>L9060</td><td>Çalışma istasyonunun temizlenmesi, PCR kontaminasyonunun giderilmesi</td></tr><tr><td>Magentik Ayırma Rafı 5uL - 0.2&nbsp;</td><td>Permagen Labware</td><td>MSRLV08</td><td>PCR tüplerinde boncuk ayrılması için</td></tr><tr><td>Magjet Rafı 12x1.5 mL</td><td>Thermo Fisher Scientific / Invitrogen</td><td>MR02</td><td>1.5 mL tüplerde boncuk ayrımı için</td></tr><tr><td>Manuel Döner Mikrotom</td><td>Leica</td><td>RM2235</td><td>Histoloji - Örnekler kesitlenirken kullanılır</td></tr><tr><td>Metanal &ge; %99,9 immünofloresans ve HPLC için uygundur</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>34860</td><td>Fiksasyon için (HPLC derecesinde olmalı)</td></tr><tr><td>Mikro-diseksiyon pensepleri</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>F4142-1EA</td><td>Histoloji - Örnekler kesitlenirken kullanılır</td></tr><tr><td>Mikropipet</td><td>Çeşitli</td><td>Yok</td><td></td></tr><tr><td>Moleküler Derece Nukleazsız Su, DPEC Arındırılmış Su</td><td>Çeşitli</td><td>Yok</td><td>Boncukların seyreltilmesi ve elüasyonu</td></tr><tr><td>Nitril Eldivenler</td><td>Çeşitli</td><td>Yok</td><td>PPE</td></tr><tr><td>Fırın</td><td>Çeşitli</td><td>Yok</td><td>Cips pişirmek</td></tr><tr><td>PCR 0.2 mL tüpler ve bağlı kapaklar</td><td>Çeşitli</td><td>Yok</td><td>PCR uygulamaları için</td></tr><tr><td>PCR örtüleri&nbsp;</td><td>Çeşitli</td><td>Yok</td><td>Verilen kapakta yapıştırıcı zayıfsa değiştirme</td></tr><tr><td>PCR Hood & Hood İş Istasyonu</td><td>Mystaire</td><td>MY-PCR24-010</td><td>Pre-PCR (RNA'dan cDNA'ya) adımları için</td></tr><tr><td>pH Ölçer</td><td>Çeşitli</td><td>Yok</td><td>HCl pH'ı doğrulamak için pH Metre.</td></tr><tr><td>Poli-L-Lizin çözümü</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>A005-C</td><td>Doku yapışmasını çipe artırmak için isteğe bağlı</td></tr><tr><td>Qubit 4 Fluorometre</td><td>Thermo Fisher Scientific / Invitrogen</td><td>Q33226</td><td>Uyarı; DNA nicelik ölçümü</td></tr><tr><td>Kubit dsDNA Niceliklendirme Testi Kitleri</td><td>Thermo Fisher Scientific / Invitrogen</td><td>Q32851</td><td>cDNA ve kütüphane niceliklerini ölçmek için</td></tr><tr><td>Kubit ssDNA Analiz Kiti</td><td>Thermo Fisher Scientific / Invitrogen</td><td>Q10212</td><td>ssDNA boyama (Sadece kullanılan boya kullanıldı)</td></tr><tr><td>RNAs-sız Buz Bloğu</td><td>Çeşitli</td><td>Yok</td><td>Histoloji - Örnekler bölümlenirken, blokları hidratlamak için kullanılır</td></tr><tr><td>RNaseZap RNase Dekontekromasyon Çözeltisi</td><td>Thermo Fisher Scientific / Invitrogen</td><td>AM9782</td><td>RNAları yok eden yüzey dekontaminasyon çözümü</td></tr><tr><td>RNeasy FFPE Kiti</td><td>Qiagen</td><td>73504 & 19093</td><td>RNA Çıkarımı & İçin DV200 ölçümü&nbsp;</td></tr><tr><td>Ultra Beyaz Reçine Heykel</td><td>Siraya Tech</td><td>Yok</td><td>Yüksek sıcaklığa dayanıklı UV kürlenebilir reçine</td></tr><tr><td>Stereo-seq 16 Barkod Kütüphanesi Hazırlık Kiti</td><td>STOmics / Tam Genomik</td><td>111KL160</td><td>Stereo-seq OMNI FFPE Kütüphanesi oluşturmak için</td></tr><tr><td>Stereo-seq FFPE Aksesuar Kiti</td><td>STOmics / Tam Genomik</td><td>310AK002</td><td>211SN114 kitinin uzamsal OMNI aksesuar parçaları</td></tr><tr><td>Stereo-seq N-chip Slide (1cm x 1cm)</td><td>STOmics / Tam Genomik</td><td>210CN114</td><td>211SN114 kitinin uzaylı OMNI çipi parçası</td></tr><tr><td>Stereo-seq PCR Adaptörü&nbsp;</td><td>STOmics / Tam Genomik</td><td>301AUX001</td><td>PCR hibridizasyon adımları için PCRmax Situ Hibridizasyon Adaptörüne benzer üç uyacak şekilde değiştirilmiş</td></tr><tr><td>Stereo-seq Transkriptomika N Kit</td><td>STOmics / Tam Genomik</td><td>211KN114</td><td>211SN114 kitinin uzamsal OMNI regent parçası</td></tr><tr><td>Cerrahi Tasarım Genel Amaçlı Endüstriyel Jilet</td><td>Thermo Fisher Scientific / Invitrogen</td><td>13-812-236</td><td>Histoloji - Örnekler kesitlenirken kullanılır</td></tr><tr><td>TE Tampon Çözeltisi pH 8.0</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>8890</td><td>cDNA ve kütüphanelerin elütasyonu için</td></tr><tr><td>Termal Döngüleyiciler</td><td>BioRad / çeşitli</td><td>1861096 /12015392 / çeşitli</td><td>Manuel kapaklı veya derin kuyu seçenekleri olan PCR makinesi (T100 Termal Döngücü / PTC Tempo, Derin Kuyu Termal Döngücü vb.)</td></tr><tr><td>Thermo Scientific Orion All-in-One pH Tampon Kitleri</td><td>Thermo Fisher Scientific / Invitrogen</td><td>13-624-500</td><td></td></tr><tr><td>Doku Flotasyon Banyosu - Dijital XH-1003</td><td>Prömiyer</td><td>NC0779538</td><td>Histoloji - Örnekler kesitlenirken kullanılır</td></tr><tr><td>UV koruyucu gözlükler</td><td>Çeşitli</td><td>Yok</td><td>UV kürleme sırasında güvenlik için</td></tr><tr><td>Ksilen</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>247642</td><td>Deparafinizasyon için</td></tr></tbody></table>

stereo-seq ile türden bağımsız transkriptomların kapsamlı uzamsal profili

Comprehensive Spatial Profiling of Species-agnostic Transcriptomes via Stereo-seq

Stereo-seq ile Türden Bağımsız Transkriptomların Kapsamlı Uzamsal Profili

The spatial composition of cells within the host, as well as the bacteria or viral loads within the tissue, can impact the interaction of cell types and ...

comprehensive-spatial-profiling-species-agnostic-transcriptomes-via

Research

JoVE Journal

Cancer Research

Kanser Araştırmaları

Bu video, in ovo elektroporasyon ile transfeksiyon sonrası diseke civciv embriyonik omurilik örnekleri üzerinde tüm transkriptom analizi yapmak için temel adımları göstermektedir.

Electroporated Chick Embriyonik Omurilik Diferansiyel Gen İfade RNA Sıra Analizi

RNA-sıralama ve biyoinformatik analizler fare EMLcells Lin-CD34 + ve Lin-CD34 alt gruplarda anlamlı ve farklı şekilde ifade transkripsiyon faktörleri tanımlamak için kullanılmıştır. Bu transkripsiyon faktörleri kendini sürekli yenileyen Lin-CD34 + ve kısmen farklılaşmış Lin-CD34 hücreleri arasındaki geçiş belirlenmesinde önemli rol oynayabileceğine.

RNA dizileme Analizi ile EML Hematopoetik Öncü Hücreler Self-yenileme ve farklılaşma Düzenlenmesi Anahtar Faktörler belirlenmesi

Bu protokol, acemi biyoinformatikçiler için karşılaştırmalı bir de novo transkriptom derlemesi ve açıklama iş akışını ana hatlarıyla belirtir. İş akışı tamamen CyVerse aracılığıyla ücretsiz olarak kullanılabilir ve Veri Deposu ile bağlanır. Komut satırı ve grafik kullanıcı arayüzleri kullanılır, ancak gereken tüm kodlar kopyalanıp yapıştırılabilir.

CyVerse Kaynaklarını Kaldıracak<emDe Novo</em&gt; Yetersiz Üretilmiş (Model Olmayan) Organizmaların Karşılaştırmalı Transkriptomikleri

Bu iletişim kuralı ChIP-seq, 4sU seq, toplam RNA-seq ve hücre satırları ve Primer hücre için profil oluşturma ribozom Kombinatorik kullanımını açıklar. Transkripsiyon faktörü de novo transkripsiyon, RNA işlenmesi, ciro ve çeviri zamanla, bağlama ve olayların genel gidişatı harekete geçirmek ve/veya hızla değişen hücrelerde görüntüleme izleme değişiklikleri sağlar.

Gerçek zamanlı analiz bağlama, transkripsiyon, çeviri ve ciro hücresel etkinleştirme sırasında küresel olayları görüntülemek üzere transkripsiyon faktörü

Burada fare embriyonik dokularında gen ekspresyonunu profillemek için çok katlı tek hücreli mRNA dizileme yöntemi ni sunduk. Damlacık tabanlı tek hücreli mRNA dizileme (scRNA-Seq) yöntem çoklama stratejileri ile birlikte aynı anda birden fazla örnekten tek hücre profili olabilir, hangi önemli ölçüde reaktif maliyetlerini azaltır ve deneysel toplu etkileri en aza indirir.

Fare Embriyonik Hücrelerinin Çok katlı Tek Hücreli mRNA Sıralama Analizi

Burada, yazarlar fenotipleme için MULTI-seq'in ve daha sonra retinadaki transkriptomik ve kromatin erişilebilirlik profillerini karakterize etmede eşleştirilmiş scRNA-seq ve scATAC-seq'in faydasını göstermektedir.

scRNA-Seq ve scATAC-Seq Kullanarak Retinal Gen Ekspresyonu ve Kromatin Erişilebilirliğinin Multipleks Analizi

Burada sunulan protokol, RNA dizilimi transkriptom verilerini ham okumalardan fonksiyonel analize analiz etmek için kalite kontrolü ve gelişmiş istatistiksel analitik yaklaşımlara yönelik ön işleme adımları da dahil olmak üzere eksiksiz bir işlem hattını açıklar.

Konak-Patojen Etkileşimlerini Araştırmak için Yüksek Verimli Transkriptom Analizi

Burada, tümör mikro ortamını daha iyi karakterize etmek ve spesifik hücre popülasyonlarını tanımlamak için Spatial Omics teknolojileri için ilgi çekici bölgelere (ROI'ler) ince ayar yapmak için bir protokol açıklıyoruz. Proteomik testler için, otomatik özelleştirilmiş protokoller ROI seçimine rehberlik edebilirken, transkriptomik tahliller 50 μm kadar küçük ROI'ler kullanılarak ince ayarlanabilir.

Dokuda Protein ve RNA Ekspresyonunun Uzamsal Profillemesi: Sanal Mikrodiseksiyona İnce Ayar Yapmaya Bir Yaklaşım

Bu protokol, kamuya açık veri edinimi ve Seurat tabanlı kalite kontrolden başlayarak entegrasyon, mekânsal özellik tespiti, hücre tipi dekonvolsiyonu, ilgi bölgesi anotasyonu ve hücre-hücre iletişimi analizine kadar uzanan, şeffaf yürütmeyi destekleyen pratik kontrol noktalarıyla birlikte, mekânsal transkriptomik verilerin analizi için tekrarlanabilir bir iş akışı sunmaktadır.

Siyasal Transkriptomik Veri Analizi İçin Pratik Bir İş Akışı: Veri Eldesinden İleri Analizlere

Bu çalışma, bir doku kesitinin doğrudan uzamsal barkodlamasını tek hücreli çoklu analiz ile birleştiren bir uzamsal Trekker–CUT&amp;Tag çoklu protokolü sunmaktadır. Bu yaklaşım, gen ekspresyonunun ve histon H3K27ac modifikasyonunun aynı anda mekansal olarak çözülen tek hücreli profillenmesini sağlar ve doku mikroanatomisi bağlamında gen düzenlemesine mekanik içgörüler sunar.

Donmuş doku kesitlerinde transkriptom ve epigenomik hedeflerin mekansal çözülmüş, entegre tek hücreli multiomik profillenmesi

Öğrenin, Stereo-seq ile formalin sabitli parafin gömülü doku kesitlerinden konak, viral, fungal ve mikrobiyom RNA'larının yüksek çözünürlüklü uzamsal transkriptomik profillemesini. Bu yöntem, doku mimarisini koruyarak çeşitli transkriptomların haritalanmasını sağlar.

Stereo-seq ile Türden Bağımsız Transkriptomların Kapsamlı Uzamsal Profili

Daha fazla video keşfet