वर्णित ब्याज और लेबल मुक्त द्रव्यमान स्पेक्ट्रोमेट्री के दिए गए प्रोटीन के इम्यूनोफिनिटी संवर्धन का उपयोग करके परमाणु उपसे्युलर अंश से प्रोटीन इंटरैक्शन भागीदारों की पहचान करने के लिए एक प्रोटेओमिक्स वर्कफ्लो है। कार्यप्रवाह में उपसेलर आंशिकता, इम्यूनोप्रिसिपेटेशन, फिल्टर एडेड नमूना तैयार करना, ऑफलाइन सफाई, मास स्पेक्ट्रोमेट्री और डाउनस्ट्रीम बायोइन्फॉर्मेटिक्स पाइपलाइन शामिल है।