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Articles by Anna-Carina Jungkamp in JoVE
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PAR剪辑 - 一个方法来确定全转录组学，RNA结合蛋白的结合位点
1Howard Hughes Medical Institute, Laboratory of RNA Molecular Biology, Rockefeller University, 2Berlin Institute for Medical Systems Biology, Max-Delbrück-Center for Molecular Medicine, 3Biozentrum der Universität Basel and Swiss Institute of Bioinformatics (SIB), 4Biozentrum der Universität Basel and Swiss Institute of Bioinformatics (SIB), 5Genomics Resource Center, Rockefeller University
RNA转录受到广泛的是由众多的反式作用的RNA结合蛋白（限制性商业惯例）介导的转录后调控。在这里，我们提出了一个普及的方法，准确地确定和一个转录大规模RNA结合位点的限制性商业惯例。
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转录过程全由 PAR 剪辑 RNA 结合蛋白和 MicroRNA 目标站点的标识。
RNA 誊本是转录后基因监管涉及数以百计的 RNA 结合蛋白 (限制性商业惯例) 和含有 microRNA 的核糖核蛋白复合物 (miRNPs) 表示单元格类型的依赖方式。我们开发的基于单元格的交联方法来确定在高分辨率和转录组全细胞的限制性商业惯例和 miRNPs 的结合点。交联站点中编写从 immunopurified RNPs 4 thiouridine 治疗细胞扩增胞苷过渡到胸苷所发现。我们几个的密集研究的限制性商业惯例和 miRNPs，包括 PUM2、 QKI、 IGF2BP1 3、 戈/EIF2C1-4 和 TNRC6A C.确定的结合位点和规管的后果我们的研究显示这些因素绑定成千上万的站点包含定义的序列图案为 exonic 与内含子或编码与翻译有不同喜好谈话内容区域。跨转录过程结合位点的精确映射将迅速新兴数据之间的个人和这些变化如何贡献复杂遗传疾病的遗传变异的解释的关键。
TatB 函数作为折叠达前体蛋白的寡聚绑定站点。
含有双精氨酸的信号序列调解折叠蛋白质的跨膜运输。致病性大肠杆菌的同源双精氨酸易位 (达) 机械包括塔塔、 TatB 和 TatC 的膜蛋白。而达信号肽 TatB 和 TatC 所承认的了解甚少的成熟、 折叠部分达前体蛋白分子接触。我们有照片交叉链接放入达衬底预计表面暴露或隐藏在核心的折叠的蛋白质中的站点。针对这些变体的膜囊泡达机器，表面暴露的所有网站被都发现在 TatB 靠近。相应地，纳入到 TatB 交联显示多个前体绑定站点中预测跨膜和 TatB 的两亲性螺旋。大加合物的 TatB 联系一个前体分子的低聚物，还获得指示。达培养基对 TatB 交联所需完整双精氨酸信号肽，跨膜移位后消失了。我们集体的数据都符合 TatB 形成短暂可容纳折叠的达前体的寡聚绑定站点。
体内和全转录的 RNA 结合蛋白目标站点的标识。
动物分泌受数以百计的 RNA 结合蛋白 (限制性商业惯例)。确定限制性商业惯例的目标是了解其功能的关键。最近的方法，PAR-剪辑前沉淀, 单元格中使用到目标 RNAs 交联的限制性商业惯例的 photoreactive 核苷。在这里，我们建立 iPAR-剪辑 （体内 PAR-剪辑） 核苷酸的分辨率，确定政府物流服务署-1，阻遏守恒、 生殖具体转化物线虫中转录过程全结合位点。我们确定了 439 重现目标 mRNAs 和 iPAR 剪辑表现出色的动态范围的目标检测。政府物流服务署 1 组合式、 蛋白但不是表达的 439 目标后均有专门增高，演示功能。最后，我们发现强烈保守政府物流服务署 1 绑定站点附近的靶基因的启动子。这些网站是体外的功能，可能赋予强烈镇压体内。我们建议政府物流服务署 1 交互翻译机械附近开始密码子，在真核细胞中的基因调控所以远-未知模式。
