אמא הוא חלבון ייחודי הקשור Magnetosome אשר הוצגה להיות מעורב ההפעלה magnetosome. כאן אנו מציגים את הפרוטוקול טיהור של אמא המחיקה מוטציה (MamAΔ41) מ<em> מ magneticum</em> השגריר-1.
חיידקים Magnetotactic מהווים קבוצה מגוונת של מיקרואורגניזמים ימיים המסוגלים להתמצא עצמם לאורך שדות geomagnetic. התנהגות זו הוא האמין סיוע בחיפוש אחר בסביבה מתאימה<em> (1)</em>. יכולת זו היא שמעניקה magnetosome, אברון subcellular שמורכבת הרכבה לינארית שרשרת של כל השומנים שלפוחית מסוגל biomineralize ולתחום ~ 50 ננומטר של גביש מגנטיט או greigite. רכיב עקרון magnetosome כי הוצגה להידרש להקמת שלפוחית פונקציונלי היא אמא. אמא הוא נרחב ביותר magnetosome הקשורים חלבון שהוא אחד magnetosome הקשורים חלבונים מאופיין ביותר<em> In vivo</em><em> (2-6)</em>. מאמר זה מתמקד טיהור של אמא, אשר אף נחקר<em> In vivo</em>, או פרטים לא תפקודית מבנית ברורה זוהו על זה. ביואינפורמטיקה ניתוח הציע כי אמא היא לחזור טטרה tricopeptide (TPR) המכיל חלבון. TPR הוא מוטיב מבני גילו כחלק כזה או להרכיב של קיפול גדול יותר במגוון רחב של חלבונים, היא משמשת כתבנית חלבונים אינטראקציות ומתווך רב חלבון מתחמי<em> (7)</em>. TPRs מעורבים משימות חיוני לתהליכים רבים בתא אוקריוטים אברון מסלולים חיידקים רבים<em> (8-14).</em> על מנת להבין את אמא, TPR ייחודי המכיל חלבון, חלבונים מטוהרים נדרש כשלב ראשון. במאמר זה, אנו מציגים את הפרוטוקול טיהור עבור יציבה אמא המחיקה מוטציה (MamAΔ41) מ<em> מ magneticum</em> השגריר-1.
טיהור חלבון היא הצעד העיקרי כל החלבונים או הביוכימיות מחקרים מבניים. מאז החלבון הוא ייחודי עם ההתנהגות שלו, צריך להגדיר את המאפיינים שלו ולשנות טיהור שלה בהתאם. היעד חלבון יש לנתח כצעד ראשון לקראת טיהור שימוש בכלים לביואינפורמטיקה. הם משמשים כדי לחשב את נקודת iso חשמל?…
אנו מכירים ד"ר אמיר אהרוני על תמיכתו וגאולה דוידוב, נועם גרימברג חן גוטמן עצה והערותיהם.
Material Name | Type | Company | Catalogue Number | Comment |
---|---|---|---|---|
French Press | Equipment | Thermo scientific | FA-078A | |
Pressure cell | Equipment | Thermo scientific | FA-032 | |
Ultra-centrifuge | Equipment | Sorvall | Discovery 90SE | |
Rottor | Equipment | Beckman | Ti60 | |
Ultra-centrifuge tubes; PC-Bottle+Cap Assay 26.3ml | Equipment | Beckman | BC-355618 | |
2.5cm diameter, Glass Econo-Column Chromatography Columns | Equipment | BioRad | 737-2521 | |
Ni-NTA His Bind resin | Equipment | Novagen | M0063428 | |
Spectrophotometer | Equipment | Amersham Biosiences | Ultraspec 2100 pro | |
Quartz cuvette | Equipment | Hellma | 104-QS | |
Fast Performance Liquid Chromatography- AKTA purifier 10 | Equipment | GE Healthcare Biosciences | 28-4062-64 | |
Ion exchange column – MonoQ 4.6/100 PE | Equipment | GE Healthcare Biosciences | 10025543 | |
Size exclusion pre-packed column-HiLoad 26/60 Superdex 200 | Equipment | GE Healthcare Biosciences | 17-1071-01 | |
Centricon – Vivaspin15 – 10,000 MWCO | Equipment | Sartorius Stedim Biotech GmbH | VS1501 | |
Table centrifuge | Equipment | Thermo scientific | IEC CL30R | |
MALDI-TOF | Equipment | Bruker Daltonics | Reflex IV | |
Tris-HCl (hydrotymethyl) aminomethane | Reagent | BioLab | 20092391 | |
Sodium Chloride | Reagent | FRUTROM | 235553470 | |
Imidazole | Reagent | Alfa Aesar | 288-32-4 | |
EDTA free protease inhibitors cocktail | Reagent | Sigma | P-8849 | |
Dnase I (Deoxyribonuclease I) | Reagent | Sigma | DN-25 | |
Bovine Thrombin | Reagent | Fisher BioReagents | BP25432 | |
Glycine | Reagent | BioLab | 07132391 | |
Soudim Dodecyl Sulfate (SDS) | Reagent | BioLab | 19822391 | |
Beta-mercaptoethanol | Reagent | Sigma | M-3148 | |
InstantBlue | Reagent | Expedeon | 1SB01L | |
PageRuler Prestained Protein Ladder | Reagent | Fermentas | SM0671 |