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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
时间和空间上的基因表达分析在功能基因组学的重要作用。全挂载杂交
蚊子是一套不同的病原体,包括虫媒病毒,原虫和线虫的媒介。在组织中的蚊子宿主和病原体相互作用,参与繁殖器官的极大兴趣战略,以减少蚊子传播的疾病传播和破坏卵的发育表达的转录和基因调控的研究。已经有许多工具时空和组织特异性基因表达调控的研究和验证。在这里,我们描述了已开发的协议,以获取空间信息,从而提高我们了解特定基因的表达和他们的产品积累。描述的协议已被用来验证的表达和蚊子传播的病原体传播有关的组织,如女性的唾液腺,以及卵巢和胚胎细胞内的车厢,确定誊积累模式,重新晚蚊子的繁殖和发展。
下列程序代表一个优化的方法,在协议中的各项步骤的效率提高没有特定目标的杂交信号的损失。 RNA探针的制备准则,软组织的解剖和一般的固定和杂交过程描述在A部分,B部分详细而具体步骤的收集,固定,预杂交和杂交蚊子胚胎中
答:软组织原位杂交 :蚊子的唾液腺和卵巢
表1列出下列程序所需的解决方案和缓冲区的食谱。
1。 RNA探针的制备及质量分析
2。解剖蚊子的唾液腺和卵巢
3。固定术
4。杂交
5。核糖核酸酶的治疗
6。抗体孵育
7。碱性磷酸酶染色
8。甘油安装
B.蚊子胚胎原位杂交
在蚊子胚胎原位杂交所需的解决方案和缓冲区描述( 见表1)。固定和杂交过程,这里已被修改,从thosé首先报道冈比亚按蚊 ,5,6 埃及伊蚊和致倦库蚊 。
1。胚胎收集
2。 dechorionation,固定,Endochori在中断
3。去皮
4。蛋黄的澄清
5。固定和原位杂交
固定和杂交原位程序协议A节中所描述的是相同的
C.代表结果
这里描述的在原位协议杂交,结果表明彩色染色模式的目标mRNA的存在和定位。重要的是要强调的是,不能用原位杂交确定转录丰度的相对水平。杂交结果是根据特定的基因在杂交过程中使用的探头,在杂交组织的靶mRNA,探针浓度,杂交温度以及丰富的依赖。杂交,反义组织的比较和相应的感基因探针,使可能的染色模式的准确解释。
雌性伊蚊埃及伊蚊基因探针目标amylase1(AAEL006719),D7s2(AAEL006423),D7L2(AAEL006424)表明这些记录在外侧近端,远端外侧积累唾液腺整个安装原位杂交和远端1全装三个蚊种的卵巢外侧/内侧叶,分别为( 图8)。杂交基因探针,针对各自的直系成绩单奥斯卡( 图9)。7,8杂交整个安装胚胎原位AE的。埃及斑蚊,安。冈比亚和CX。倦了,用反义RNA探针,针对各自的蚊子奥斯卡的直系成绩单( 图10)。7,8
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图1。杂交后的示意图安装设置。

图2。 Kimwipe拖把准备用于安装在样品。一个Kimwipe组织扭紧紧地产生细尖的拖把,以吸收多余的安装介质从样品和幻灯片。

图3。原理的Saatilene网dechorionation渔获管。一)50毫升聚苯乙烯锥管底部被切断,产生一个空心管长4.5厘米,两端开口。锥形管的盖子,允许液体通过一个6.5厘米2平方米Saatilene网片洗净切出一个圆形开口是。每英寸330线程,34微米直径的螺纹丝网保留蚊子胚胎。 b)肛门embled赶上管。

图4。 埃及伊蚊和冈比亚按蚊卵,前后dechorionation。) 埃及伊蚊卵前dechorionation。网格状exochorion首先在于黑endochorion,使鸡蛋质感的外观(插图扩大)。继拆除exochorion,只有平稳和抛光endochorion仍然(B和插图扩大)。 c) 冈比亚按蚊卵之前dechorionation。如彩车exochorion结构是可见的(箭头)。 d)顺利和抛光表面的endochorion可见光后dechorionation。酒吧= 100微米。

图5。的AE固定和endochorion的中断的一系列连续的步骤。 A) 埃及斑蚊卵倾斜的正面视图和B)横向视图闪烁小瓶含AE。埃及伊蚊卵期间固定和endochorion中断的顺序步骤。蒸馏水1)胚胎。 2)胚胎漂浮在上正庚烷相和较低的水相之间的相间。 3)以下的固定的胚胎包一起在一个圆形肿块。胚胎留在庚和固定液阶段之间的相间。 4)治疗后,用开水和冰孵化,正庚烷相变得稍微不透明。 5)具有破坏endochorions的胚胎庚相之间的不透明和透明的甲醇相相间。

图6。固定AE endochorion中断。埃及斑蚊卵 。一)后立即精力充沛,庚烷和甲醇相纷飞,泡沫的形成和破坏的endochorion可以可视化。乙)Followi吴五分钟的潜伏期,在室温下。

图7。蚊卵,破坏和拆除endochorion。AE鸡蛋。埃及伊蚊 (A) 一个。冈比亚 (B)和CX。倦 (c)以下的固定和破坏的endochorion。白色,半透明的胚胎可以看出内破获endochorion。搬迁后的endochorion,AE半透明的胚胎。埃及斑蚊 (D) 一个。冈比亚 (E)和CX。倦 (女)都清晰可见。酒吧= 100微米。

图8。 在三个基因表达在不同肺叶的整个安装,女AE原位杂交。埃及伊蚊唾液腺 。染色是本地化和积累amylase1(AAE指示 L006719)(A)D7s2(AAEL006423)(B)和D7L2(AAEL006424)(乙)。酒吧= 100微米。

图9。蚊子奥斯卡整个安装蚊子的卵母细胞和护士细胞反义RNA探针原位杂交 。第四阶段的卵母细胞(OOC)解剖从一个卵巢。冈比亚 (一),AE。埃及伊蚊 (B)和CX。倦 (C)和RNA靶向各自的蚊子奥斯卡基因探针杂交。初级卵泡与左前导向。染色后极(蓝色箭头)显示累计奥斯卡基因。中学(F2)和三级(F3)毛囊和染色(黑色箭头)指示护士细胞的细胞质(NCC)在奥斯卡mRNA的积累。染色护士细胞核(NCN)被排除。酒吧= 50微米。
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图10。蚊子奥斯卡整个安装蚊子胚胎反义RNA探针原位杂交 。胚胎是在左前导向。 一个阶段的胚胎细胞胚。冈比亚 (A)和CX。倦 (三)与各自的蚊种具体奥斯卡 RNA探针杂交。 B)合胞体胚盘阶段AE。埃及伊蚊胚胎杂交的RNA探针定位AE。埃及伊蚊奥斯卡成绩单。染色是明显的,在所有胚胎后极细胞,说明在这些细胞中的蚊子奥斯卡基因的定位和积累。酒吧= 50微米。

表1。甲醛凝胶电泳,固定和原位杂交的解决方案和缓冲区。
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表2。发展的事件和相应的蚊子胚胎发育过程中的连续阶段的形态学观察。

表3。摘要预杂交的步骤,为各种组织类型的主要区别。
作者有没有披露。
时间和空间上的基因表达分析在功能基因组学的重要作用。全挂载杂交
作者想感谢在发展杂交意见玛丽卡·沃尔特斯的协议进行讨论冈比亚按蚊的胚胎,随后调整和修改开发协议, 在这里介绍杂交原位杂交在软组织和尤里Goltsev的原位方法伊蚊和致倦库蚊胚胎原位 。我们也承认亚当·PARE和大卫Kosman的有益建议。我们感谢奥斯瓦尔多Marinotti科学讨论和编辑的协议文本。
| 试剂名称 | 公司 | 目录编号 | 评论(可选) |
| 0.5 M的EDTA | Ambion公司 | AM9261 | |
| 1M的Tris-盐酸 | Ambion公司 | AM9855G | pH值8.0 |
| 10X PBS | Ambion公司 | AM9625 | |
| 20X SSC的 | Ambion公司 | AM9763 | |
| 1.5毫升microfuge管 | Ambion公司 | AM12400 | 少不透明艾滋病可视化样品比标准管; |
| 甲酰胺 | Ambion公司 | AM9342 | 储存在4°C间 |
| DEPC水 | Ambion公司 | AM9932 | |
| 蛋白酶K | Ambion公司 | AM2546 | |
| 5.25%次氯酸钠 | 奥斯汀 | 一个-1品牌 | |
| T3 RNA聚合酶加 | Ambion公司 | AM2733 | 储存在-20°C |
| T7 RNA聚合酶 | Ambion公司 | AM2082 | 储存在-20°C |
| 95%的乙醇 | Fisher Scientific则 | AC61511-0040 | |
| fisherbrand一次性聚乙烯转移移液器 | Fisher Scientific则 | 13-711-7M | |
| 37%的甲醛 | Fisher Scientific则 | F79-500 | |
| 高效液相色谱级甲醇 | Fisher Scientific则 | A452-1 | |
| 氯化镁 | Fisher Scientific则 | 的M87-500 | |
| 显微镜盖玻片 | Fisher Scientific则 | 12-542A | 18×18毫米 |
| 正庚烷 | Fisher Scientific则 | H350-1 | |
| 对二甲苯 | Fisher Scientific则 | O5082-500 | |
| 耐热9点板 | Fisher Scientific则 | 13-748B | 100x85毫米 |
| 氯化钠 | Fisher Scientific则 | AC32730-0025 | |
| 氢氧化钠 | Fisher Scientific则 | SS255-1 | |
| superfrost / PLUS载玻片 | Fisher Scientific则 | 12-550-15 | 25x75X1.0毫米 |
| davlyn红清除班轮发块磁带 | 头发直 | RED-75R12 | 聚/皮肤基料在0.75×12码胶带辊 |
| 一Sequening TOPOTA克隆试剂盒射击十佳化学主管大肠杆菌大肠杆菌 | Invitrogen公司 | K457501 K457540 | 20个反应 40反应 |
| 超声波处理的鲑鱼精子DNA | Invitrogen公司 | 15632-011 | 储存在-20°C |
| 抗地高辛-AP Fab片段 | 罗氏应用科学部 | 1093274 | 储存在4°C间 |
| 辛RNA的标签混合 | 罗氏应用科学部 | 1277073 | 储存在-20°C |
| NBT / BCIP原液 | 罗氏应用科学部 | 1681451 | 储存在4°C间 |
| 西方封锁试剂 | 罗氏应用科学部 | 11921673001 | 储存在4°C间 |
| saatilene高新技术涤纶网眼(330.130) | 纱帝打印 | 330.34俄勒冈十五分 | 330线程/英寸,螺纹直径34微米,橙色 |
| 甘油 | 西格玛 | G6279-1 | 在PBT的70% |
| 肝素钠盐 | 西格玛 | H3393 | |
| 吐温20 | 西格玛 | P1379-500 | |
| 37%的甲醛 | 特德·佩拉 | 18508 | 10毫升分装在琥珀色安瓿 |
| 16盎司。有盖的单独纸容器 | 纸业公司 | SOLOKH16AJ8000 | |
| 硼硅玻璃scintillat离子小瓶独立的螺丝帽 | VWR国际 | 66022-128 | 20毫升500例 |
| 密封的气泡包裹元胞衬垫材料 | VWR国际 | 500018-081 | 10英尺/辊0.188英寸厚 |
| 鸡血清 | 无论是从翼静脉或从少年鸡的心脏穿刺收集全血。在37°C孵育1小时,直到血液凝固,然后置于冰上30分钟。收集的血清离心10分钟在3000 XG。上清液(澄清血清)收集并储存在-20°C,直到使用。 |
表4。表具体原位杂交试剂和设备。