新冠肺炎大流行前后重症监护病房患者下呼吸道细菌分离株的变化

摘要

本文介绍了一种回顾性微生物学方案，用于分析重症监护病房患者的下呼吸道标本，包括培养处理、基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（MALDI-TOF MS）鉴定，以及比较新冠肺炎疫情前后新冠病毒检测阴性患者中细菌病原体分布的差异。

摘要

为比较 COVID-19 大流行前后重症监护病房中 COVID-19 阴性患者下呼吸道标本分离细菌病原体的分布情况，回顾性分析了入住某大学医院呼吸疾病重症监护病房患者的培养结果。纳入无临床或影像学怀疑 COVID-19 且 PCR 检测结果为阴性的患者，并根据 2020 年 3 月为界将其划分为大流行前组和大流行后组。标本接种于 5% 羊血琼脂、伊红美蓝琼脂和巧克力琼脂平板，于 37 °C 培养 24–48 小时后进行评估。仅当微生物在至少第二划线区域形成优势生长时，才认定其具有临床意义。共纳入 1,665 例患者，其中 48.9% 的样本检出微生物生长，大多数样本来自大流行前时期。 鲍曼不动杆菌 是两个时期中分离率最高的微生物。Logistic 回归分析显示，肺炎克雷伯菌的检出率降低， 铜绿假单胞菌，以及 金黄色葡萄球菌 （比值比 ≈0.3），以及 大肠杆菌 （优势比≈0.4）。新冠疫情期间的病死率也较低，但在出院类型方面未观察到显著差异。总体病原体多样性在不同时期间保持相似；然而，自疫情开始后，部分细菌的检出率有所下降。这些发现可能反映了疫情期间感染控制措施的变化，但由于本研究为回顾性设计，且缺乏对相关影响因素的直接测量，因此无法确立因果关系。

引言

下呼吸道感染（LRTIs）包括气道的炎症性疾病，如支气管炎、支气管扩张症、细支气管炎、肺脓肿、胸腔积液和肺炎¹。这些感染是住院患者发病和死亡的重要原因，在重症监护病房（ICU）等高危医疗环境中具有显著风险²。LRTIs约占医院获得性感染的10%–25%，在ICU患者中的报告死亡率介于22%至71%之间^3,4。其病原体可为细菌、病毒或真菌，常见的致病菌包括Klebsiella pneumoniae、Pseudomonas aeruginosa、Acinetobacter baumannii、Streptococcus pneumoniae和Staphylococcus aureus⁵。革兰阴性杆菌如Escherichia coli、K. pneumoniae、Serratia marcescens、P. aeruginosa、Acinetobacter spp.和Enterobacter spp.常与迟发性医院获得性LRTIs相关，通常与长期住院及口咽部定植增加有关

方案

本研究方案已获得哈兰大学医学院伦理委员会批准（决议编号：HRU/23.12.23；2023年7月10日）。由于本研究为回顾性设计，免除了知情同意要求。所有操作均依照机构实验室标准进行。本方案中使用的研究工具列于材料表中。

1. 研究设计与患者选择

回顾性分析2017年3月至2023年3月期间入住某大学医院呼吸疾病重症监护病房患者的下呼吸道培养结果。纳入临床或影像学上未怀疑新型冠状病毒肺炎（COVID-19）且严重急性呼吸综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）聚合酶链式反应（PCR）检测结果为阴性的患者。排除年龄小于18岁及PCR检测结果为阳性的患者。

根据土耳其首例确诊的 COVID-19 病例日期，将患者分为 COVID-19 前（2020 年 3 月之前）和 COVID-19 后（2020 年 3 月及之后）两组。

2. 标本采集

下呼吸道标本包括痰液、深部气管吸出物（DTA）和支气管肺泡灌洗液（BAL）样本，均按照重症监护病房（ICU）临床常规操作在无菌条件下采集。

采用无菌吸痰技术，从已插管和未插管....

结果

研究人群的年龄范围为18至103岁，平均年龄为68.95 ± 15.00岁。女性占34.4%（n = 572），男性占65.6%（n = 1093）。总体而言，42.3%（n = 704）的患者出院，而死亡率为57.7%。在培养物中检测到微生物生长的比例为48.9%（n = 815），而未观察到生长的比例为51.1%（n = 850）。

标本类型包括痰液（45.6%，n = 759）、DTA（41.9%，n = 698）和支气管肺泡灌洗液（BAL）（12.5%，n = 208）。最常分离到的微生物是Acinetobacter baumannii（21.5%，n = 358）。共有1111份标本（66.7%）在新冠前时期收集，554份（33.3%）在新冠后时期收集。人口学和临床特征总结于表1中。

在 COVID-19 前后时期之间，标本类型分布未观察到显著差异。然而，两个时期之间的微生物分布存在显著差异（p < 0.001）。COVID-19 前期的微生物检出率（73.7.......

讨论

重症监护病房中发生的感染与高发病率和高死亡率相关，明确致病微生物对于制定有效的预防和治疗策略至关重要^1,7。本研究评估了在一家呼吸疾病重症监护病房（ICU）中六年期间分离出的下呼吸道病原体，并比较了新冠（COVID-19）流行前与流行后的病原体分布情况。与既往报道一致，A. baumannii 在两个时期均为最常分离到的病原体，进一步支持其作为ICU相关主要微生物的公认地位^11,13,14。

多项在 COVID-19 大流行之前开展的研究已确定A. baumannii是重症监护室（ICU）环境中下呼吸道感染的主要病因^2,3

材料

本文使用的材料清单

姓名	公司	目录编号	评论
支气管肺泡灌洗采集套装	不适用	不适用	用于BAL标本采集
巧克力琼脂	RTA	不适用	呼吸道标本的培养基
深部气管吸痰导管	不适用	不适用	用于DTA标本采集
伊红美蓝琼脂	RTA	不适用	革兰阴性菌的选择性培养基
革兰染色试剂	不适用	不适用	用于初步显微镜检查
培养箱（37 ºC）	不适用	不适用	用于培养物孵育
MALDI-TOF MS系统（VITEK MS）	bioMérieux	不适用	用于细菌鉴定
MALDI-TOF MS基质溶液	bioMérieux	不适用	根据制造商’说明使用
绵羊血琼脂（5%）	RTA	不适用	主要培养基