December 26th, 2011
一个活跃状态激动剂的亲和力常数估算方法( K B K B根据构受体激活是否是可测量的。我们的方法适用于各种反应受体激活下游。
该程序的总体目标是通过分析受体的浓度反应曲线来估计激动剂对受体活性状态的相对亲和力常数 KB。这是通过首先测量一组激动剂的浓度反应曲线来实现的,以在 G 蛋白偶联受体处引发反应。该程序的下一步是使用非线性回归分析估计激动剂的 eemax 和 EC 50 值。
然后,这些值用于计算涉及作模型的后续非线性回归分析的初始参数估计值。作为最后一步,使用其浓度响应曲线的全局非线性回归分析获得激动剂对受体活性状态的亲和力常数的相对估计。最终使用作模型的修改形式,激动剂对受体活性状态相对于另一种激动剂的亲和力常数可以通过对其浓度响应曲线的全局非线性回归分析来估计。
这种方法可以帮助回答药物发现领域的关键问题,例如激动剂对特定信号通路是否具有选择性?一般来说,由于数学分析的细节,刚接触这种方法的人会很挣扎。为了估计相对激动剂 KB 值,需要一系列至少两条激动剂浓度响应曲线。
关于此类实验的注意事项的讨论可以在书面实验方案中找到。获得响应曲线后,从在每种浓度的激动剂存在下测得的基础响应中减去基础响应,开始将浓度响应实验的数据输入到数据表中。在 Prism 软件中,所有对数激动剂浓度都输入到标有 X 的列下,似乎具有最大响应或 eax 值的激动剂的响应测量值被输入到 A 列中,其他激动剂的响应测量值被输入到相邻的字母列中。
将浓度响应曲线的重复测量值输入到给定字母列的子列中。选择绘制数据的图形表,然后选择分析以使用可变斜率方程通过非线性回归分析来分析数据,将参数 bottom 约束为零并执行回归分析。记录参数 top 并记录 EC 50,用于计算初始参数估计值。
要计算初始参数估计值,请将观察到的 log tau K 分配给标准激动剂的负 log EC 50 值。接下来,计算每种测试激动剂的对数 RAI 值,作为量的对数,该量由测试激动剂的 eemax 值乘以标准激动剂的 EC 50 的乘积除以标准激动剂的 emax 值乘以测试激动剂的 EEC 50 的乘积组成。在这个方程中,标准激动剂的参数用撇号表示。
然后将测试激动剂的对数亲和力 Constance 分配给它们各自 EC 值的负对数。将数据输入到 Prism 中后,确保将具有最大 EMAX 值的激动剂的数据输入到 A 列中,该激动剂现在被指定为标准,而其他激动剂被指定为测试激动剂。接下来,在多行上输入用户定义的方程对数,RAI into prism
。在这种情况下,用户定义的方程总共涉及五个激动剂。输入锁 R 的初始参数估计值和测试激动剂的亲和力 Constance。M sis 被分配了标准激动剂的 EMAX 值,M 被分配了 1 的值。
现在输入测试激动剂的 log RAI 值的初始参数估计值。通过将 log K 限制为 1 到 0,并将 log GR、m、sis 和 M 设置为所有数据集的共享值来应用参数约束。接下来,启动非线性回归分析。
结果产生测试激动剂的 log K 观察到的 log K 和 log RAI 值,用于以倒摩尔单位的绝对单位估计激动剂 KB 值,使用表现出组成型受体活性的基于细胞的体外测定。选择激动剂并按照书面方案中的描述设计实验。计算组成型受体活性和对每种激动剂浓度的反应,作为测量的反应减去细胞中的基础反应,未转染受体,此处显示对以这种方式计算的信号通路的各种激动剂的反应,表现出非常低的组成型活性用于初步分析。
首先,按照非本构性活动所述将数据输入到 prism 中。接受。此外,在对应于负 20 对数激动剂浓度的行中的相应字母列中输入由组成型受体活性引起的响应。这里输入一个大的负对数以近似激动剂浓度为零。
像以前一样分析数据,但对于构成性活动,应约束参数 bottom,以便为所有数据集共享。记录共享参数以及每个激动剂的参数 top 和 log EC。在单独的实验中确定标准激动剂的对数亲和力一致性后,计算每个部分测试激动剂的 log K 观察值的初始估计值作为表达式的对数,该表达式由标准激动剂和测试激动剂的 emax 值之间的差除以 EC 50 的乘积和标准激动剂的 eemax 值之间的差值组成反应。
计算每种激动剂的 log KB 的初始估计值和 log T cis 的初始估计值以估计激动剂 KB 值。将数据输入到 Prism 中,然后输入用户定义的方程。将 KB 记录到几行棱镜中,如此处所示,用于两种激动剂的条件。
接下来,通过输入每种激动剂的亲和力姿态来输入初始参数估计值。log T sis 估计值、M sis 估计值和 M 估计值 M sis 被分配标准激动剂的 EMAX 值,M 被分配值 1。最后,输入 log kb 的初始估计值。
通过将 log K 限制为其先前确定的值,并将 log T sis、m sis 和 M 设置为所有数据集的共享值来应用参数约束。启动非线性回归分析。结果产生标准激动剂的 log KB、观察到的 log K 和部分激动剂的 log KB 值。
系统的最大响应、游离受体复合物的 log T cys 值以及此处所示的作模型中的换能器斜率因子是毒蕈碱激动剂诱导的中国仓鼠卵巢细胞中的磷酸肌醇水解,稳定表达 M 三种毒蕈碱受体。在该测定中测量选定的毒蕈碱激动剂的浓度反应曲线,并按照此处所述分析数据,以估计每种激动剂相对于 Oxo Tremaine M 的 KB 值。显示了 kabale、斜倚、毛果芸香碱和 McNeil 的对数 RAI 估计值。
A 3, 4 3.确定了系统最大响应和传感器斜率因子的相应估计值。对于所示的每种激动剂,还发现了激动剂的 log K 观察值。
以下是毒蕈碱激动剂刺激 HC 2 93 细胞中磷酸肌醇水解的实验结果。稳定表达 M 三种毒蕈碱受体的 G α 15 瞬时表达导致基础磷酸肌醇水解增加,这归因于组成型受体活性。分析数据以估计 Oxo Tremaine M 和 MacNeil, A 3 43 的对数 KB 值。
理论曲线表示回归方程对数据的最小二乘拟合。显示了 Oxo Tremoring M 和 McNeil, A 3 43 的对数 KB 估计值。还确定了 McNeil A 3 43 的 K 观测值的估计值。
一旦掌握,如果作得当,这种数据分析技术可以在几分钟内完成。观看此视频后,您应该很好地了解如何从激动剂的浓度响应曲线中估计相对和实际 KB 值,以在 G 蛋白偶联受体的信号通路的信号通路下游引发响应。
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本文描述了一种估算G蛋白耦联受体活动状态下的激动剂亲和常数(Kb)的方法。该方法通过分析浓度反应曲线来推导Kb的测量值。
Quantifying agonist affinity for the active state of GPCRs enables precise target validation and mechanistic de-risking in early drug discovery. This method supports predictive confidence in lead identification by distinguishing agonist efficacy and selectivity across signaling pathways. It informs portfolio triage by providing quantitative, receptor-level data that reduce ambiguity in mechanistic hypotheses.
The method integrates into the discovery continuum from early target validation through lead identification to preclinical profiling, particularly for GPCR-targeted programs.