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1. Herstellung von GST und Nanopartikel (NP) Konjugate
- GST-TCO Zubereitung:
- Hinzufügen 8 ul TCO-NHS-Lösung (50 mM in DMSO) und 100 &mgr; l GST (1 mg / ml in PBS) hinzugefügt und bei RT für 1 Stunde.
- Überschüssiges Reagens unter Verwendung einer Zeba Spin Entsalzungssäule. Das zurückgewonnene Filtrat, das das GST-TCO-Konjugat wird bei 4 ° C vor der Verwendung gelagert.
- GST-Tz Zubereitung:
- Sie 6 ul Tz-NHS-Lösung (25 mM in DMF) und 75 &mgr; l GST (1 mg / ml in PBS) hinzugefügt und bei RT für 1 Stunde.
- Verdünne das Reaktionsgemisch mit 25 &mgr; l PBS und Reinigung unter Verwendung einer Spin-Säule entsalzt. Das Filtrat, das das GST-Tz-Konjugat wird bei 4 ° C vor der Verwendung gelagert.
Hinweis: Massenanalysen (MALDI-TOF) zeigt, dass im Durchschnitt ~ 10 Tz oder TCO-Moleküle wurden an GST konjugiert. - NP-TCO Zubereitung:
- 100 l TCO-NHS-Lösung (50 mM in DMSO), um150 ul aminierten Nanopartikel (NP-NH 2, 8,7 mg Fe / ml in PBS, 3 nm Eisenkern ~ 8.000 Fe / NP) und schüttelt bei RT für 1 Stunde.
- Entfernen überschüssiger Reagenzien durch Gelfiltration unter Verwendung einer NAP-10-Säule mit PBS-Puffer eluiert. Sammeln Sie die farbigen Bande, die das NP-TCO Produkt.
- Das Filtrat wird bis zu einem Endvolumen von ~ 150 &mgr; l unter Verwendung einer Filterzentrifuge (100 K MWCO).
- Dann werden 50 ul Bernsteinsäureanhydrid (0,1 M in DMSO) mit dem NP-TCO-Lösung und Schütteln bei RT für 1 h (anhydrid mit den verbliebenen Amine terminalen Carbonsäuren reagiert. Dies verhindert unspezifische Wechselwirkungen mit dem Dextran-Oberfläche).
- Reinige den NP-TCO-Produkts mit Hilfe einer NAP-10-Säule, wobei mit PBS. Bewahren Sie die Lösung von NP-TCO bei 4 ° C vor der Verwendung.
2. Oberflächenvorbereitung
Alle Oberflächen-Plasmonresonanz-Tests werden auf einem Biacore T100 Gerät (GE Healthcare) durchgeführt, bei25 ° C unter Verwendung eines CM5-Sensorchip und P-PBS als Laufpuffer, sofern nicht anders vermerkt. Biacore Steuer-und Auswerte-Software mit dem Gerät geliefert werden, zum Aufbau von Versuchen und Analyse von Daten beschäftigt. Zwei Betriebsarten, Anwendungs Assistenten und Handlauf für die Oberflächenvorbereitung und-überwachung auf dem Chip-Capture-Cycloaddition verwendet werden. Die Methode builder-Modus wird für die Einrichtung umgekehrter Orientierung und Bindungsexperimente zur Messung Cycloaddition Reaktionsraten verwendet werden. Daten sind doppelt Referenz subtrahiert und kinetische Analysen werden mit einem 1:1 Langmuir Bindungsmodell durchgeführt.
- Verwenden Sie den Assistenten Vorlage Amin Immobilisierung und wählen Immobilisierung auf Flusszellen 1 (Referenz) und 2 (Nachweis). Verfahren zum Modifizieren Amin Oberfläche Carboxylgruppen durch Injektion einer 1:1-Lösung von 0,4 M EDC aktivieren: 0,1 M NHS für 480 Sekunden bei einer Flussrate von 10 &mgr; l / min. Stellen Sie die Injektion von Ethanolamin zu verbleibenden aktivierten Ester bis 420 sec Kontaktzeit bei stilleneine Durchflussrate von 10 &mgr; l / min.
- Eingangs Ligand Name, anti-GST (18 &mgr; g / ml in Acetatpuffer, pH 5,0) eingestellt, und für eine Kontaktzeit von 420 Sekunden bei einer Flussrate von 10 &mgr; l / min injiziert.
- Zeigen Lösung erforderlich Fläschchen in Reagenzhalter 2 dafür, dass die Positionen mit der Inhaltsliste übereinstimmen. Speichern und starten Immobilisierung.
Hinweis: Das Ausführen des Assistenten Immobilisierung auf diese Weise führt in anti-GST Immobilisierung Ebenen im Bereich von ~ 14.000 bis 17.000 RU. - Bearbeiten Sie die Immobilisierung Assistenten, um nur zu injizieren GST-Liganden (20 ug / ml)-Lösung für 420 s bei 5 ul / min über Referenzflusszelle ein.
3. Überwachung On-Chip-Capture-Cycloaddition funktionalisierter Moleküle
- Überwachung On-Chip-Capture-Cycloaddition in Echtzeit (Abbildung 2).
- Zeigen GST-TCO (20 ug / ml), Tz-BnNH 2 (10 uM) und Regeneration (10 mM Glycin, pH = 2,0)-Lösung in Ampullen Reagenzhalter 2. Wählen Sie den Mannmanuelle run-Methode, stellen Sie die Durchflussmenge bis 5 ml / min und Strömungspfad zu Zelle 2 fließen.
- Inject Lösung von GST-Gesamtbetriebskosten für 420 sek.
- Inject Lösung von Tz-BnNH 2 für 600 Sekunden.
- Generieren Sie die Oberfläche mit zwei Injektionen von 30 Sekunden Regenerationslösung.
- Überwachen on-Chip-Montage von Mehrkomponentenstrukturen in Echtzeit (Fig. 3):
- Platzieren GST-Tz (20 ug / ml), NP-TCO (100 ug Fe / ml), Tz-BnNH 2 (10 &mgr; M) und die Regeneration (10 mM Glycin, pH = 2,0) Lösung in Ampullen Reagenzienrack 2. Wählen Sie das Instrument Handlauf-Methode das Durchflussmenge bis 5 ml / min und der Strömungspfad zu Zelle 2 fließen.
- Spritzen Sie eine Lösung von GST-Tz 60 Sekunden.
- Spritzen Sie eine Lösung von NP-TCO für 60 Sekunden.
- Spritzen Sie eine Lösung von Tz-BnNH 2 für 60 Sekunden.
- Generieren Sie die Oberfläche mit zwei Injektionen von 30 Sekunden Regenerationslösung.
4. MONITORING Immobilisierung Dichte und Bestimmung von Cyclo Preise
- Charakterisierung von niedermolekularen Cycloaddition Raten (Abbildung 4).
- Wählen neuen Verfahren und Eingabe allgemeinen Parameter. In der Testschritte Panel einen neuen Schritt an und nennen Sie es Sample. Stellen Sie den Zweck und Schließen Basis-Einstellungen zu probieren.
- In der Platte Zyklustypen erstellen einen neuen Zyklus Schritt und setzen Sie die folgenden Befehle, Capture-, Probe, Regeneration 1 und 2 Regeneration.
- Wählen Sie den Befehl Capture-, Eingabe-Ligand-Namen (GST-TCO, 20 pg / ml), der Kontaktzeit 120 s bei 5 ml / min eingestellt und Strömungspfad: Zweiter. Wählen Sie den Befehl Muster; Eingang 180 Sek. Kontaktzeit, 60 Sek. Dissoziation Zeit, 30 ml / min Volumenstrom und Strömungspfad gesetzt: Beides. Wählen Sie den Befehl Regeneration 1, Eingang Regenerationslösung Namen (10 mM Glycin-HCl pH 2,0), der Kontaktzeit von 30 Sekunden bei 30 ml / min eingestellt und Strömungspfad: Zweiter. Wiederholen Sie den Befehl für 2 Regeneration.
- Wählen Sie Setup ausführen und Strömungspfad zu: 2-1. Wählen nächste und füllen Beispielliste mit Analyt-Lösung (Tz-BnNH 2) und Konzentrationsreihe (0,3-10 uM, 1:2 Verdünnung). Wählen Sie neben Position Panel Rack. Platz-Lösung in Ampullen Reagenzhalter 2 und Verdünnungsreihe in 96-Well-Platte dafür, dass die Positionen mit der Inhaltsliste übereinstimmen. Sparen Methodenvorlage und starten Bindungsassay. Bindungsdaten und kinetische Analyse sind in Fig. 4 gezeigt.
- Charakterisierung von NP-Cycloaddition Raten (Abbildung 4).
- Öffnen Sie die gespeicherte Methodenvorlage von oben und ändern Sie die folgenden Parameter. Wählen Sie das Aufnahmefenster; Änderung Ligand Namen GST-Tz, 20 ug / ml. Wählen Sie die Mustertafel; Änderung Kontaktzeit auf 120 Sekunden Kontaktzeit und Dissoziation Zeit, um 120 Sekunden.
- Wählen Sie die Beispielliste, ändern Analyten NP-TCO und Konzentrationsreihe (7-224 nM, Verdünnung 1:2). Platz-Lösung in Ampullen Reagenzhalter2 und Verdünnungsreihe in 96-Well-Platte dafür, dass die Positionen mit der Inhaltsliste übereinstimmen. Sparen Methodenvorlage und starten Bindungsassay. Bindungsdaten und kinetische Analyse sind in Fig. 4 gezeigt.
5. Die Messung der Bindung von FKBP12 immobilisiert AP1497
Umgekehrt Orientierung Bindungsstudien beschäftigen FKBP12 als Analyt und Verbindung AP1497 als immobilisierte Liganden (Abbildung 5). Die allgemeine Methode für diesen Test ist wie folgt mit der Methode Builder-Tool einstellen:
- Wählen neuen Verfahren und Eingabe allgemeinen Parameter. In der Testschritte Platte erstellen und benennen Capture-, Muster-und Regenerationsschritte. Wählen entsprechenden Zweck und Schließen Basis-Einstellungen.
- Wählen Zyklustypen Platte und erstellen 3-Zyklus vor: Capture-, Probe-und Regeneration.
- Legen Sie die Capture-Befehl zweimal unter Capture-Schritt-Zyklus. Wählen Sie das Capture-1-Panel und wählen Sie Capture-Lösung als variable, gesetzt Kontaktzeit auf 300 s bei einer Strömungsgeschwindigkeit von 5 ml / min eingestellt und Strömungspfad: Zweiter. Wählen Sie das Capture-2-Panel und wählen Sie Capture-Lösung, wie variabel, bei einer Flussrate von 5 ml / min eingestellt und Strömungspfad gesetzt Kontaktzeit 250 Sek.: Zweiter.
- Legen Sie die Probe unter dem Befehl Musterzyklusschritt. Wählen Sie die Mustertafel; Satz Kontaktzeit auf 60 sec, Dissoziation Zeit auf 200 s bei einer Strömungsgeschwindigkeit von 30 ml / min eingestellt und Strömungspfad: Beides.
- Setzen Sie den Befehl Regeneration zweimal unter der Regeneration Zyklusschritt. Wählen Sie die Regeneration ein Tafel; Eingangsregenerationslösung Namen (10 mM Glycin-HCl pH 2,0), der Kontaktzeit von 30 Sekunden bei 30 ml / min eingestellt und Strömungspfad: Zweiter. Wiederholen Sie das gleiche für die Regeneration 2-Panel.
- Wählen Sie Setup ausführen und Strömungspfad zu: 2-1. Wählen nächste und Input-Capture-Lösung Namen (GST-TCO und AP1497-Tz), Probennamen (FKBP12), Konzentrationsreihe (0,020 bis 5 g / ml, Verdünnung 1:2) und MW (13.000). Platz-Lösung in Ampullen reAgent Rack 2 und Verdünnungsreihe in 96-Well-Platte dafür, dass die Positionen mit der Inhaltsliste übereinstimmen. Sparen Methodenvorlage und starten Bindungsassay. Kinetischen Analysedaten sind in Fig. 5 gezeigt.
6. Die Messung der Bindung von FKBP12 an AP1497 an immobilisiertes NPs angebaute
Das allgemeine Verfahren zur Immobilisierung von Nanopartikeln, kleines Molekül Derivatisierung und FKBP12-Bindungstest wird wie folgt mit der Methode Builder-Tool-Set-up:
- Öffnen Sie die gespeicherte Methodenvorlage von oben und ändern. Legen Sie eine zusätzliche Capture-Befehl unter Capture-Schritt-Zyklus. Wählen Sie das Capture-1 Tafel; deaktivieren Capture-Lösung als Variablenname und Capture-Lösung 1 (GST-Tz). Set Kontaktzeit bis 60 s bei einer Strömungsgeschwindigkeit von 5 ml / min eingestellt und Strömungspfad zum Zweiten. Wählen Sie das Capture-2-Panel, deaktivieren Sie Capture-Lösung als Variablenname und Capture-Lösung 2 (NP-TCO). Satz Kontaktzeit auf 90 s bei einer Fließgeschwindigkeit von 5 &mgr; l / min undgesetzt Strömungspfad auf den zweiten. Wählen Sie das Capture-3-Panel; deaktivieren Capture-Lösung als Variablenname und Capture-Lösung 3 (AP1497-Tz). Set Kontaktzeit auf 180 s bei einer Strömungsgeschwindigkeit von 5 ml / min eingestellt und Strömungspfad zum Zweiten.
- Wählen Sie Setup ausführen und Strömungspfad zu: 2-1. Wählen Sie zweimal auf Weiter. Platz-Lösung in Ampullen Reagenzhalter 2 und Verdünnungsreihe in 96-Well-Platte dafür, dass die Positionen mit der Inhaltsliste übereinstimmen. Sparen Methodenvorlage und starten Bindungsassay. Kinetischen Analysedaten sind in Fig. 5 gezeigt.