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Das Studienprotokoll wurde vom Ethikausschuss der medizinischen Fakultät der Universität Harran genehmigt (Beschluss Nr. HRU/23.12.23; 10. Juli 2023). Aufgrund des rückwirkenden Designs wurde die informierte Einwilligung aufgehoben. Alle Verfahren wurden gemäß den institutionellen Laborstandards durchgeführt. Die in diesem Protokoll verwendeten Forschungswerkzeuge sind in der Materialtabelle aufgeführt.
1. Studiendesign und Patientenauswahl
Die Ergebnisse der Kulturen der unteren Atemwege von Patienten, die zwischen März 2017 und März 2023 in einer Intensivstation für Brustkrankheiten eines Universitätsklinikums eingeliefert wurden, wurden rückwirkend überprüft. Patienten wurden eingeschlossen, wenn COVID-19 weder klinisch noch radiologisch vermutet wurde und die Ergebnisse des SARS-CoV-2-Polymerase-Kettenreaktionstests (PCR) negativ waren. Patienten unter 18 Jahren und solche mit positiven PCR-Ergebnissen wurden ausgeschlossen.
Die Patienten wurden in die Gruppen vor COVID-19 (vor März 2020) und nach COVID-19 (März 2020 und später) nach dem Datum des ersten bestätigten COVID-19-Falls in der Türkei eingeteilt.
2. Probensammlung
Proben der unteren Atemwege umfassten Sputum-, tiefe Trachealaspiration (DTA) und bronchoalveoläre Lavage (BAL) Proben, die unter aseptischen Bedingungen gemäß den Standardpraktiken der Intensivstation entnommen wurden.
Sputum- und DTA-Proben wurden von intubierten und nicht-intubierten Patienten mit sterilen Absaugtechniken entnommen. BAL-Proben wurden während der faseroptischen Bronchoskopie mittels steriler Kochsalzinstillation und anschließend Aspiration entnommen.
3. Vorläufige Probenbegutachtung
Sputum- und DTA-Proben wurden zunächst mittels Gram-Färbung untersucht. Proben galten als geeignet für Kultur, wenn sie mindestens 25 polymorphonukleare Leukozyten und weniger als 10 Plattenepithelzellen pro Niedrigleistungsfeld bei 100-facher Vergrößerung enthielten. Exemplare, die diese Kriterien nicht erfüllten, wurden ausgeschlossen.
4. Kulturverarbeitung
Sputumproben wurden mit einer qualitativen Kulturmethode verarbeitet. Die Proben wurden auf 5 % Schafsblut-Agar, Eosin-Methylenblau-Agar und Schokoladenagar impft, dann aerob bei 37 °C inkubiert und nach 24 und 48 Stunden bewertet. Nur vorherrschende Mikroorganismen, die Wachstum zeigten, die mindestens bis zum zweiten Streaking-Sektor reichten, galten als klinisch signifikant.
DTA- und BAL-Proben wurden mit quantitativen Kulturmethoden verarbeitet. Aliquots wurden auf dasselbe Medium geimpft und unter identischen Bedingungen inkubiert. Wachstumsschwellenwerte von mindestens 100.000 koloniebildenden Einheiten (CFU) pro mL für DTA und mindestens 10.000 CFU pro mL für BAL-Proben wurden als signifikant angesehen.
5. Identifikation von Mikroorganismen
Alle Isolate, die vordefinierte Kriterien erfüllten, wurden mittels matrixunterstützter Laser-Desorptionsionisations-Time-of-Flight-Massenspektrometrie (MALDI-TOF MS) gemäß den Standardlaborverfahren identifiziert.
6. Datenerfassung und -analyse
Demografische Merkmale, Probentypen, Kulturergebnisse, identifizierte Mikroorganismen und Entlassungsergebnisse wurden systematisch erfasst. Die Verteilung der Mikroorganismen wurde zwischen den Vor- und Nach-COVID-19-Perioden verglichen.
7. Statistische Analyse
Statistische Analysen wurden mit SPSS (Version 15.0) und Minitab-Software durchgeführt. Die Normalität kontinuierlicher Variablen wurde mit dem Shapiro-Wilk-Test bewertet. Kategoriale Variablen wurden mit dem Chi-Quadrat-Test verglichen. Eine logistische Regressionsanalyse wurde durchgeführt, um Zusammenhänge zwischen der Verteilung von Mikroorganismen und der Sterblichkeit zu bewerten. Ein p-Wert unter 0,05 galt als statistisch signifikant.