Name: Aufbereitung von gefrorenen nicht-menschlichen Primateninseln für die kombinierte Einzelkern-RNA-Sequenzierung und ATAC-Sequenzierung sowie Bulk-Metabolomik (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2024-11-08T12:40:00.000+00:00
Duration: 3 min 39 s
Description: Lernen Sie die Isolation hochwertiger Kerne aus gefrorenen nicht-menschlichen Primateninseln für simultane RNA- und ATAC-Sequenzierung. Dieses Protokoll ermöglicht metabolomische und genomische Analysen aus demselben Material.

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<meta charset="utf8"></head><body>Von der RNA zu den Metaboliten: Multi-Omics-Profiling von nicht-menschlichen Primateninseln

<ol><li>Christensen, A. A., Gannon, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+beta+cell+in+type+2+diabetes%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Diab+Rep%22%5BJournal%5D)">The beta cell in type 2 diabetes.</a> Curr Diab Rep. 19 (9), 81(2019).</li>
<li>Elsakr, J. M., Gannon, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Developmental+programming+of+the+pancreatic+islet+by%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+Dev+Biol%22%5BJournal%5D)">Developmental programming of the pancreatic islet by.</a> Trends Dev Biol. 10, 79-95 (2017).</li>
<li>Salzberg, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Risk+factors+and+lifestyle+interventions%5BTitle%5D)+AND+%22Prim+Care%22%5BJournal%5D)">Risk factors and lifestyle interventions.</a> Prim Care. 49 (2), 201-212 (2022).</li>
<li>Pound, L. D., Kievit, P., Grove, K. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+non-human+primate+as+a+model+for+type+2+diabetes%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Opin+Endocrinol+Diabetes+Obes%22%5BJournal%5D)">The non-human primate as a model for type 2 diabetes.</a> Curr Opin Endocrinol Diabetes Obes. 21 (2), 89-94 (2014).</li>
<li>Kang, R. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-nucleus+RNA+sequencing+of+human+pancreatic+islets+identifies+novel+gene+sets+and+distinguishes+%CE%B2-cell+subpopulations+with+dynamic+transcriptome+profiles%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Med%22%5BJournal%5D)">Single-nucleus RNA sequencing of human pancreatic islets identifies novel gene sets and distinguishes β-cell subpopulations with dynamic transcriptome profiles.</a> Genome Med. 15 (1), 30(2023).</li>
<li>Basile, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Using+single-nucleus+RNA-sequencing+to+interrogate+transcriptomic+profiles+of+archived+human+pancreatic+islets%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Med%22%5BJournal%5D)">Using single-nucleus RNA-sequencing to interrogate transcriptomic profiles of archived human pancreatic islets.</a> Genome Med. 13 (1), 128(2021).</li>
<li>Cabé, C. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High-quality+brain+and+bone+marrow+nuclei+preparation+for+single+nuclei+multiome+assays%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">High-quality brain and bone marrow nuclei preparation for single nuclei multiome assays.</a> J Vis Exp. (202), e65715(2023).</li>
<li>Nuclei from embryonic mouse brain for single cell multiome ATAC + gex sequencing. , Available from: 
 <a target="_blank" href="https://www.10xgenomics.com">https://www.10xgenomics.com</a> (2022).</li>
<li>Elsakr, J. M., Deeter, C., Ricciardi, V., Gannon, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Analysis+of+non-human+primate+pancreatic+islet+oxygen+consumption%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Analysis of non-human primate pancreatic islet oxygen consumption.</a> J Vis Exp. (154), e60696(2019).</li>
<li>Chromium next gem single cell multiome ATAC + gene expression reagent kits user guide. , Available from: 
 <a target="_blank" href="https://www.10xgenomics.com">https://www.10xgenomics.com</a> (2022).</li>
<li>Maruyama, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Extraction+of+aqueous+metabolites+from+cultured+adherent+cells+for+metabolomic+analysis+by+capillary+electrophoresis-mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Extraction of aqueous metabolites from cultured adherent cells for metabolomic analysis by capillary electrophoresis-mass spectrometry.</a> J Vis Exp. (148), e59551(2019).</li>
<li>Ooga, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Metabolomic+anatomy+of+an+animal+model+revealing+homeostatic+imbalances+in+dyslipidaemia%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Biosyst%22%5BJournal%5D)">Metabolomic anatomy of an animal model revealing homeostatic imbalances in dyslipidaemia.</a> Mol Biosyst. 7 (4), 1217-1223 (2011).</li>
<li>Ohashi, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Depiction+of+metabolome+changes+in+histidine-starved+Escherichia+coli+by+CE-TOFMS%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Biosyst%22%5BJournal%5D)">Depiction of metabolome changes in histidine-starved Escherichia coli by CE-TOFMS.</a> Mol Biosyst. 4 (2), 135-147 (2008).</li>
<li>Chiou, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+chromatin+accessibility+identifies+pancreatic+islet+cell+type%E2%80%93+and+state-specific+regulatory+programs+of+diabetes+risk%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Genetics%22%5BJournal%5D)">Single-cell chromatin accessibility identifies pancreatic islet cell type– and state-specific regulatory programs of diabetes risk.</a> Nat Genetics. 53 (4), 455-466 (2021).</li>
<li>Pang, Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Metaboanalyst+6.0%3A+Towards+a+unified+platform+for+metabolomics+data+processing%2C+analysis+and+interpretation%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">Metaboanalyst 6.0: Towards a unified platform for metabolomics data processing, analysis and interpretation.</a> Nucleic Acids Res. , 253(2024).</li>
<li>Willency, J. A., Lin, Y., Pirro, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Targeted+metabolomics+in+human+and+animal+biofluids+and+tissues+using+liquid+chromatography+coupled+with+tandem+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22STAR+Protoc%22%5BJournal%5D)">Targeted metabolomics in human and animal biofluids and tissues using liquid chromatography coupled with tandem mass spectrometry.</a> STAR Protoc. 5 (1), 102884(2024).</li>
<li>Behnke, J. -S., Urner, L. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Emergence+of+mass+spectrometry+detergents+for+membrane+proteomics%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Bioanal+Chem%22%5BJournal%5D)">Emergence of mass spectrometry detergents for membrane proteomics.</a> Anal Bioanal Chem. 415 (18), 3897-3909 (2023).</li>
<li>Ouimet, C. M., D'amico, C. I., Kennedy, R. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Advances+in+capillary+electrophoresis+and+the+implications+for+drug+discovery%5BTitle%5D)+AND+%22Expert+Opin+Drug+Discov%22%5BJournal%5D)">Advances in capillary electrophoresis and the implications for drug discovery.</a> Expert Opin Drug Discov. 12 (2), 213-224 (2017).</li>
<li>Alexandrov, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatial+metabolomics+and+imaging+mass+spectrometry+in+the+age+of+artificial+intelligence%5BTitle%5D)+AND+%22Annu+Rev+Biomed+Data+Sci%22%5BJournal%5D)">Spatial metabolomics and imaging mass spectrometry in the age of artificial intelligence.</a> Annu Rev Biomed Data Sci. 3, 61-87 (2020).</li>
<li>Ewald, J. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Web-based+multi-omics+integration+using+the+analyst+software+suite%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Protoc%22%5BJournal%5D)">Web-based multi-omics integration using the analyst software suite.</a> Nat Protoc. 19, 1467-1497 (2024).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>33 G Injektor für Rattenhirnkanülen</td><td>Protech International</td><td>8IC315IS5SPC</td><td>Für Kanülenkanülen und Inflation der Bauchspeicheldrüse</td></tr><tr><td>Penicillin/Streptomycin Fisher</td><td></td><td>15-140-122</td><td>Für RT-Medien</td></tr><tr><td>FBS</td><td>Millipore/Sigma</td><td>F4135-500ML</td><td>Für RT-Medien</td></tr><tr><td>RPMI 1640</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>11-875-135</td><td>Für RT-Medien</td></tr><tr><td>Collagenase P</td><td>Sigma Aldrich</td><td>11213865001</td><td>Für den Aufschluss der Bauchspeicheldrüse</td></tr><tr><td>Rinder Dnase I</td><td>Sigma Aldrich</td><td>11284932001</td><td>Für RT-Medien und Isolierung</td></tr><tr><td>Dextrose</td><td>Fisher</td><td>D16-1</td><td>Die Endkonzentration beträgt 2,8 mM</td></tr><tr><td>Calciumchlorid</td><td>Fisher</td><td>C4901-500G</td><td>Die Endkonzentration beträgt 0,5 mM</td></tr><tr><td>HEPES</td><td>Gibco</td><td>15630-080</td><td>Final Die Konzentration beträgt 10 mM</td></tr><tr><td>Rinderserumalbumin (BSA) Fraktion 5</td><td>Research Products International</td><td>A30075100</td> Die <td>Endkonzentration beträgt 0,5 mg/ml</td></tr><tr><td>Dulbecco's Modified Eagle Medium</td><td>Gibco</td><td>11966025</td><td>Für die Handernte von Inseln</td>:</tr><tr><td>20x Nuclei Buffer</td>, <td>10X Genomics</td><td>2000153/2000207</td><td></td></tr><tr><td>Digitonin (5%)</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>BN2006</td><td>Digitonin muss möglicherweise auf 65 μg erwärmt werden; C zum Auflösen von weißem Niederschlag</td></tr><tr><td>MACS SmartStrainers (30 & Mikro; M)</td><td>Miltenyi Biotec</td><td>130-098-458</td><td></td></tr><tr><td>MACS BSA Stammlösung (10%)</td><td>Miltenyi Biotec</td><td>130-091-376</td><td></td></tr><tr><td>IGEPAL CA-630</td><td>Sigma Aldrich</td><td>i8896</td><td>Bereiten Sie einen 10%igen Stamm mit MilliQ Wasser</td></tr><tr><td>Trizma Hydrochlorid Lösung, pH 7,5</td><td>Sigma Aldrich</td><td>T2319-1L</td><td></td></tr><tr><td>Natriumchloridlösung, 5 M</td><td>Sigma Aldrich</td><td>S6546-1L</td><td></td> vor</tr><tr><td>Magnesiumchlorid-Lösung, 1 m</td><td>Sigma Aldrich</td><td>M1028-100 ml</td><td></td></tr><tr><td>Sigma Protector Rnase Inhibitor</td><td>Sigma Aldrich</td><td>3335402001</td><td></td></tr><tr><td>DTT</td><td>Research Products International</td><td>D11000-5.0</td><td></td></tr><tr><td>Rnase-freie Einweg-Pellet-Stößel</td><td>Fisher Scientific</td><td>12-141-368</td><td></td></tr><tr><td>Tween 20</td><td>Fisher Bioreagenzien</td><td>BP337-500</td><td>Bereiten Sie eine Brühe von 20 % mit MilliQ Wasser</td></tr><tr><td>Nukleasefreies Wasser</td><td>Promega</td><td>PR-P1193</td><td></td></tr><tr><td>DNA LoBind Röhrchen (5 ml)</td><td>Eppendorf</td><td>30108310</td><td></td></tr><tr><td>Kryoröhrchen (1,5 ml)</td><td>VWR</td><td>20170-225</td><td></td></tr><tr><td>Posi-Click-Röhrchen (0,6 ml)</td><td>Denville</td><td>C-2177</td><td></td></tr><tr><td>Trypanblau (0,4 %)</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>T-10282</td><td></td></tr><tr><td>Doppelkammer-Objektträger für die Zellzählung</td><td>Bio-Rad</td><td>1450011</td><td></td></tr><tr><td>MiiliQ Reinstwassersystem</td><td>Millipore/Sigma</td><td>7003/05/10/15</td><td></td></tr><tr><td>5 kDa Absperrfilter</td><td>HMT Metabolome Technologies</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Interne Standards</td><td>HMT Metabolome Technologies</td><td></td><td></td></tr><tr><td>P10, P20, P200 und P1000 Pipetten</td><td>Eppendorf</td><td>2231000602</td><td></td></tr><tr><td>Pipettenspitzen, 10 & Mikro; L</td><td>VWR</td><td>76322-528</td><td></td></tr><tr><td>Pipettenspitzen, 1000 & Mikro; L</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>21-236-2A</td><td></td></tr><tr><td>Pipettenspitzen, 20 & Mikro; L</td><td>Genesee Scientific</td><td>23-404</td><td></td></tr><tr><td>Pipettenspitzen, 200 & Mikro; L</td><td>USA Scientific</td><td>1120-8810</td><td></td></tr><tr><td>Phasenkontrastmikroskop</td><td>Olympus</td><td>BX41-PH-B</td><td></td></tr><tr><td>Countess II Automatisierter Zellzähler</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>AMQAX1000</td><td></td></tr><tr><td>DPBS (1x)&nbsp;</td><td>Gibco</td><td>14190-144</td><td></td></tr><tr><td>Allegra X-30R Zentrifuge</td><td>Beckman-Coulter</td><td>B06315</td><td></td></tr><tr><td>RNase-ZAP</td><td>Sigma Aldrich</td><td>R2020</td><td></td></tr></tbody></table>

aufbereitung von gefrorenen nicht-menschlichen primateninseln für die kombinierte einzelkern-rna-sequenzierung und atac-sequenzierung sowie bulk-metabolomik

Preparation of Frozen Non-Human Primate Fetal Islets for Combined Single Nuclei RNA-Sequencing and ATAC-Sequencing, and Bulk Metabolomics

Die Qualität der Sequenzierungsergebnisse hängt stark von der Qualität des nuklearen Inputs ab. Kernblebbing und Beschädigung der äußeren Kernmembran führen zu einer RNA- und DNA-Kontamination in der Umgebung, was zu Rauschen in den Daten führt. Ein reiner Kernextrakt weist nur minimale Hinweise auf Zellkerne auf, die mit zytoplasmatischen Komponenten verkapselt sind (Abbildung 2A) oder auf eine Überverdauung, die durch platzende Kerne (Abbildung 2B) belegt wird. Ein idealer Kerneintrag enthält intakte Kerne (Abbildung 2C).
Einzelheiten zur Analyse von Einzelkern-RNA- und ATAC-Sequenzierungsdaten werden an anderer Stelle ausführlich dargelegt 5,14. Repräsentative Cluster von zellulären Populationen aus einer fetalen NHP-Kernpräparation sind in Abbildung 3A mittels UMAP dargestellt. Metabolomics-Daten lassen sich leicht mit Open-Source-Software analysieren, wie zuvor beschrieben15. Generierte Spektren können visualisiert werden, und angereicherte Metaboliten in Inselzellen eines Fötus aus einem mit WSD gefütterten Muttertier können mit denen eines mit CD gefütterten Muttertiers verglichen werden (Abbildung 3B-F).
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66849/66849fig01.jpg"> Abbildung 1: Überblick über das Protokoll für die Isolierung von Zellkernen und zytosolischer Fraktion. Die fetalen Pankreasinseln wurden gelagert und bis zum Tag des Assays bei -80 °C gelagert. Die Zellkerne wurden isoliert und für die Einzelkern-RNA- und ATAC-Sequenzierung verwendet. Die zytosolische Fraktion nach dem ersten Waschen der Kernisolierung wurde für die Kapillarelektrophorese-Massenspektrometrie beibehalten. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66849/66849fig01large.jpg" target="_blank">Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung anzuzeigen.</a>
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66849/66849fig02.jpg"> Abbildung 2: Demonstration der korrekten Eingabe von Kernen in einen Einzelkern-Multiomics-Assay. Beispiele für (A) einen durch Zytoplasma eingekapselten Kern, (B) einen platzenden Kern mit kompromittierter Kernmembran und (C) einen intakten Kern mit abgerundeter Morphologie. Maßstabsbalken: 10 μm. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66849/66849fig02large.jpg" target="_blank">Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung anzuzeigen.</a>
<img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66849/66849fig03.jpg"> Abbildung 3: Repräsentative Daten aus kombinierter Einzelkern-Multiomik und Bulk-Metabolomik. (ein) UMAP-Clustering von zellulären Subtypen innerhalb isolierter fetaler NHP-Inseln basierend auf der Genexpression. Quantitative Abschätzung der glykolytischen Metaboliten, (B) Dihydroxyacetonphosphat und (C) Glycerin-3-phosphat in der zytosolischen Fraktion aus isolierten fetalen NHP-Inseln, wenn das Muttertier mit einer WSD (mWSD) oder einer CD (mCD) gefüttert wurde. Die Ernährung der Mutter kann auch den Stoffwechsel über den (D)-Zitronensäurezyklus (2-Oxoglutarat), den (E)-Aminosäurestoffwechsel (Kreatin) und durch die Veränderung des (F)-zellulären Redoxstatus (Glutathion) in fötalen Inselzellen unterschiedlich regulieren. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66849/66849fig03large.jpg" target="_blank">Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung anzuzeigen.</a>
Tabelle 1: Pufferformulierungen für die Isolierung von Zellkernen. Detaillierte Komponenten von Zellkernen, Lyse, Lyseverdünnung und Waschpuffern sind dargestellt. Falls erforderlich, verdünnen Sie die Reagenzien auf die Stammkonzentration, bevor Sie den Puffer vorbereiten. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66849/66849_Table%201.xlsx" target="_blank">Bitte klicken Sie hier, um diese Tabelle herunterzuladen.</a>

Aufbereitung von gefrorenen nicht-menschlichen Primateninseln für die kombinierte Einzelkern-RNA-Sequenzierung und ATAC-Sequenzierung sowie Bulk-Metabolomik

One challenge in studies using tissue collected from multiple cohorts is avoiding batch effects when preparing for large-scale multi-omic experiments, ...

preparation-frozen-non-human-primate-fetal-islets-for-combined-single

Research

Forschung

JoVE Journal

Developmental Biology

Entwicklungsbiologie

Hier präsentieren wir ein Protokoll, um schnell qualitativ hochwertige Kerne aus dem frischen oder gefrorenen Gewebe für die nachgelagerten massiv parallelen RNA Sequenzierung zu isolieren. Wir enthalten Waschmittel-mechanische und hypotone-mechanische Gewebe Störung und Zelle Lyse Optionen, die für die Isolierung von Kernen verwendet werden können.

Isolierung von Erwachsenen Rückenmark Kerne für massiv parallele Single-Kern-RNA-Sequenzierung

Hier stellen wir ein Protokoll zur Generierung hochwertiger, großflächiger Transkriptomdaten einzelner Zellen aus isolierten menschlichen Pankreasinseln unter Verwendung einer tropfenbasierten mikrofluidischen einzelligen RNA-Sequenzierungstechnologie vor.

Einzellige RNA-Sequenzierung und Analyse menschlicher Pankreas-Inseln

Diese Veröffentlichung beschreibt ein Protokoll zur Isolierung von Kernen aus ausgereiften Adipozyten, zur Reinigung durch fluoreszenzaktivierte Sortierung und zur einzelligen Transkriptomik.

Isolierung von Adipose-Gewebekernen für einzellige Genomanwendungen

Intratumorale Heterogenität ist ein inhärentes Merkmal von Tumoren, einschließlich Gliomen. Wir haben ein einfaches und effizientes Protokoll entwickelt, das eine Kombination aus Puffern und Gradientenzentrifugation verwendet, um einzelne Kerne aus frischem gefrorenem Gliomgewebe für Einzelkern-RNA- und ATAC-Sequenzierungsstudien zu isolieren.

Kernisolierung aus frischen gefrorenen Hirntumoren für Einzelkern-RNA-seq und ATAC-seq

Hier zeigen die Autoren den Nutzen von MULTI-seq für die Phänotypisierung und nachfolgende gepaarte scRNA-seq und scATAC-seq bei der Charakterisierung der transkriptomischen und chromatinischen Zugänglichkeitsprofile in der Netzhaut.

Multiplexe Analyse der retinalen Genexpression und der Chromatinzugänglichkeit mittels scRNA-seq und scATAC-seq

Wir haben eine Methode entwickelt, die menschliche Astrozytenpopulationen aus frisch gefrorenem Gewebe anreichert und isoliert, um sie in nachgelagerten molekularen Analysen zu verwenden.

Isolierung von erwachsenen menschlichen Astrozytenpopulationen aus frisch gefrorenen Kortex mittels fluoreszenzaktivierter Zellkernsortierung

Hier stellen wir ein Protokoll zur Isolierung von Kernen aus schockgefrorenem, archiviertem Lebergewebe für Einzelkern-RNA-seq, ATAC-seq und Gelenk-Multiomics (RNA-seq und ATAC-seq) vor.

Isolierung von Zellkernen aus schockgefrorenem Lebergewebe für Einzelzell-Multiomics

Wir präsentieren ein Protokoll für den Assay von Transposase-zugänglichem Chromatin mit Hochdurchsatz-Sequenzierung (ATAC-seq) speziell an Adipozyten mittels Zellkernsortierung mit Fettgewebe, das aus transgenen Reportermäusen mit nukleärer Fluoreszenzmarkierung isoliert wurde.

Adipozyten-spezifischer ATAC-Seq mit Fettgewebe mittels fluoreszenzaktivierter Zellkernsortierung

Hier stellen wir ein Protokoll vor, das die Präparation von Zellkernen beschreibt. Nach Mikrodissektion und enzymatischer Dissoziation von Herzgewebe in Einzelzellen wurden die Vorläuferzellen eingefroren, gefolgt von der Isolierung von reinen lebensfähigen Zellen, die für die Einzelkern-RNA-Sequenzierung und den Einzelkern-Assay für Transposase-zugängliches Chromatin mit Hochdurchsatz-Sequenzierungsanalysen verwendet wurden.

Zellkernisolierung aus kardialen Vorläuferzellen der Maus für die Erstellung von Epigenom- und Genexpressionsprofilen mit Einzelzellauflösung

Die Studie beschreibt ein einfaches, schnelles und teilautomatisiertes Protokoll zur Isolierung hochwertiger Zellkerne aus gefrorenem Säugetiergewebe für die nachgeschaltete Einzelkern-RNA-Sequenzierung.

Ein einfaches, schnelles und teilautomatisiertes Protokoll für die Isolierung von Einzelkernen aus gefrorenem Säugetiergewebe für die Einzelkernsequenzierung

Die Biologie des intermuskulären Fettgewebes (IMAT) ist aufgrund der begrenzten Zugänglichkeit von menschlichem Gewebe weitgehend unerforscht. Hier präsentieren wir ein detailliertes Protokoll für die Zellkernisolierung und die Bibliotheksvorbereitung von gefrorenen humanen IMAT für die Einzelkern-RNA-Sequenzierung, um die zelluläre Zusammensetzung dieses einzigartigen Fettdepots zu identifizieren.

Isolierung von Zellkernen aus humanem intermuskulärem Fettgewebe und nachgeschaltete Einzelkern-RNA-Sequenzierung

Lernen Sie die Isolation hochwertiger Kerne aus gefrorenen nicht-menschlichen Primateninseln für simultane RNA- und ATAC-Sequenzierung. Dieses Protokoll ermöglicht metabolomische und genomische Analysen aus demselben Material.

Aufbereitung von gefrorenen nicht-menschlichen Primateninseln für die kombinierte Einzelkern-RNA-Sequenzierung und ATAC-Sequenzierung sowie Bulk-Metabolomik (Video) | JoVE Journal

Aufbereitung von gefrorenen nicht-menschlichen Primateninseln für die kombinierte Einzelkern-RNA-Sequenzierung und ATAC-Sequenzierung sowie Bulk-Metabolomik

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