Los estudios para comprender la transmisión entre especies de encefalopatías espongiformes transmisibles (EET, enfermedades priónicas) son desafiantes en el sentido de que generalmente se basan en estudios de desafío in vivo en animales largos y costosos. Se han desarrollado una serie de ensayos in vitro para ayudar a medir las barreras de las especies de priones, reduciendo así el uso de animales y proporcionando resultados más rápidos que los bioensayos animales. Aquí, presentamos el protocolo para un ensayo rápido de conversión de priones in vitro llamado ensayo de relación de eficiencia de conversión (CER). En este ensayo, la proteína priónica celular (PrPC) de un cerebro huésped no infectado se desnaturaliza a pH 7,4 y 3,5 para producir dos sustratos. Cuando el sustrato de pH 7.4 se incuba con el agente TSE, la cantidad de PrPC que se convierte en un estado resistente a la proteinasa K (PK) es modulada por la barrera de la especie del huésped original al agente TSE. Por el contrario, la PrPC en el sustrato de pH 3,5 se pliega incorrectamente por cualquier agente TSE. Al comparar la cantidad de proteína priónica resistente a PK en los dos sustratos, se puede hacer una evaluación de la barrera de especies del huésped. Demostramos que el ensayo CER predice correctamente las barreras de especies de priones conocidas de los ratones de laboratorio y, como ejemplo, mostramos algunos resultados preliminares que sugieren que los gatos monteses (Lynx rufus) pueden ser susceptibles al agente de la enfermedad de desgaste crónico del ciervo de cola blanca (Odocoileus virginianus).