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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
Nous décrivons l'utilisation de perfluorodécaline comme un moyen d'infiltration de montage. C'est une méthode simple pour améliorer la profondeur de l'imagerie dans
Le problème de l'acquisition d'images haute résolution en profondeur dans des échantillons biologiques est largement reconnue 1. Dans l'air rempli de tissus tels que le mésophylle spongieux des feuilles des plantes ou des poumons de vertébrés autres difficultés proviennent de plusieurs transitions de l'indice de réfraction entre les composants cellulaires, entre les cellules et espaces aériens et entre les tissus biologiques et le reste du système optique. Par ailleurs, les inadéquations indice de réfraction conduire à une atténuation de l'excitation et d'émission du signal fluorophore en microscopie à fluorescence. Nous décrivons ici l'application du perfluorocarbone, perfluorodécaline (VFI), comme un moyen d'imagerie infiltrante qui améliore optiquement microscopie confocale à balayage laser (LSCM) de l'échantillon d'imagerie en profondeur, sans recourir à des augmentations d'endommager la puissance du laser et a un impact minimal sur physiologiques 2. Nous décrivons le protocole d'utilisation des VFI avec le tissu des feuilles d'Arabidopsis thaliana, ce qui est optiquement complexes en raison de sesstructure (figure 1). PFD a un certain nombre d'attributs qui le rendent approprié pour cet usage 3. L'indice de réfraction du VFI (1,313) est comparable à celle de l'eau (1,333) et est proche de celui de cytosol (environ 1,4) que l'air (1.000). En outre, les VFI sont facilement accessibles, non fluorescentes et est non toxique. La faible tension de surface du VFI (19 dynes cm -1) est plus faible que celle de l'eau (72 dynes cm -1) et également inférieur à la limite (25 - 30 cm Dyne -1) pour la pénétration stomatique 4, ce qui lui permet d'inonder les espaces aériens mésophylle spongieux sans l'application d'un vide potentiellement destructeurs ou d'un tensioactif. Enfin et surtout, VFI a une grande capacité à dissoudre le CO 2 et O 2, qui permet l'échange de gaz pour être maintenu dans le tissu inondées, minimisant ainsi l'impact physiologique sur l'échantillon. Ces propriétés ont été utilisées dans différentes applications qui incluent la respiration partielle liquides et pulmonaires inflationtion 5,6, la chirurgie 7, 8 du sang artificiel, l'oxygénation de la croissance des médias 9, et les études de la formation de cristaux de glace dans les plantes 10. Actuellement, il est courant de monter des tissus dans l'eau ou tampon aqueux pour l'imagerie confocale en direct. Nous considérons que l'utilisation des VFI comme un milieu de montage représente une amélioration sur la pratique existante et permet la préparation simple de vivre ensemble des échantillons de feuilles pour l'imagerie.
Le protocole donné ci-dessous décrit une méthode simple pour l'utilisation de VFI comme un moyen de montage d'infiltration dans des feuilles d'Arabidopsis thaliana, mais nous prévoyons que cette méthode peut être utilisée dans une variété d'applications où l'imagerie aérienne tissus riches est souhaitée.
1. Échantillons de feuilles de montage dans un VFI
2. Les résultats représentatifs:
L'inspection microscopique des échantillons de feuilles VFI-incubées montre que la majorité des espaces aériens sont inondées. La figure 2 (b) montre espaces inondés recombinante GFP en suspension dans un VFI. Il est évident que la feuille est inondé par incubation avec un VFI, mais que des poches occasionnelles d'air peuvent subsister. L'eau n'inonde pas les feuilles dans ces conditions. LSCM des échantillons incubés et monté dans un ir, l'eau ou VFI VFI montre donne un avantage sur l'eau et l'air dans la profondeur de l'imagerie possible (figure 3). L'exemple donné dans la figure 3 montre Arabidopsis air, l'eau et des VFI montés laisse exprimer cytosolically localisée Vénus, une variante de la YFP 11 qui est exprimé de façon constitutive sous le promoteur 35S. Nous pouvons voir une multiplication par 2 environ augmentation de la profondeur de l'imagerie en comparant VFI et de l'eau. Il faut noter, cependant, que l'amélioration précise vu lors de l'utilisation VFI varie avec l'ouverture numérique de la lentille et le type de tissu utilisé. Nous avons vu le streaming cytoplasmique et l'allongement des poils racinaires de plants traités VFI, chaque indicatif de plantes saines. En outre, nous avons montré que les deux Fv / Fm, une mesure du fonctionnement photosynthétique des plantes 12 reste dans des limites tolérables sur des périodes utilisées dans l'imagerie.
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Figure 1. La complexité des feuilles des végétaux et des implications optiques
Représentation schématique montrant les caractéristiques anatomiques de l'A. feuilles thaliana par rapport à l'optique de mettre en place. Les abréviations utilisées sont obj. = Lentille d'objectif, imm. Liquide d'immersion =, couv. = Lamelle, mnt. = Milieu de montage, couper. = Cuticule, ad. ep. = Épiderme adaxiale, st. = Pores stomatiques, sp. = Mésophylle spongieux, comme = espace aérien, mon pote. = Mésophylle palissade, vb = faisceau vasculaire, ad. ep. L'épiderme = adaxiale. Les parois cellulaires sont indiquées par des lignes noires.

Figure 2. VFI pénètre facilement des feuilles d'Arabidopsis
(A) Feuilles incubés dans l'air, l'eau ou un VFI pendant 5 minutes et imagée en utilisant un Leica DCF3000FX appareil photo numérique avec un microscope Leica MZ16F (Leica Microsystems (RU) Ltd, Milton-Keynes, Royaume-Uni). Le logo a été imprimé sur JoVE film d'acétate et illuminé BOFm au-dessous d'une boîte à lumière. Le temps d'exposition était de 89 ms et toutes les images ont été collectées et traitées de manière identique. Barres d'échelle représentent de 2 mm.
(B) VFI portant recombinant purifié la protéine fluorescente verte (GFP) délimite espaces aériens in vivo. GFP est faux de couleur verte et rouge est utilisé pour montrer l'auto-fluorescence chlorophyllienne, qui délimite les cellules du mésophylle. (Figure 2 (b) reproduit avec la permission et plein de détails techniques disponibles dans Littlejohn et al. 2010 2). Barres d'échelle représentent 25 m.

Figure 3. VFI améliore l'imagerie confocale dans les feuilles
Images montrant LSCM cytoplasme localisée Venus de fluorescence (vert) et autofluorescence chlorophylle (rouge) chez A. thaliana intacte feuilles imagé dans l'air, l'eau ou de VFI. Longueur d'onde d'excitation était de 514 nm et d'émission de fluorescence a été enregistré à 518 nm 604 nm pour Vénus et 657 nm au679 nm pour les chloroplastes. Chaque panneau est une seule section confocale prises à partir d'un Z-stack de 11 images acquises confocale à intervalles de 5 um. Ils ont été extraites d'une pleine Z-stack de 59 images acquises à intervalles de 1 um, qui ont été utilisés pour produire des films supplémentaires. Les mesures de profondeur sont donnés par rapport à la surface de l'épiderme. Images représentant, qui ont été traitées de façon identique, sont affichées. Les détails expérimentaux tels que les paramètres de microscope sont identiques à ceux trouvés dans Littlejohn et al. 2010 2. Barres d'échelle représentent 20 um.
Pas de conflits d'intérêt déclarés.
Nous décrivons l'utilisation de perfluorodécaline comme un moyen d'infiltration de montage. C'est une méthode simple pour améliorer la profondeur de l'imagerie dans
Les auteurs tiennent à remercier le professeur Nicholas Smirnoff de l'Université d'Exeter, pour ses conseils et de l'Université de l'installation de bio-imagerie Exeter. Le financement a été fourni par la biotechnologie et sciences biologiques au Royaume-Uni Conseil de recherches (subvention de référence BB/E002682/1).
| Nom du réactif | Société | Numéro de catalogue | Commentaires |
| Perfluorodecalin | Produits chimiques F2 | N / A | Téléphone à l'ordre. |
| Caroline observation Gel | Lames biologique | 13-2700 |