Bien qu’il soit bien connu que la propulsion respiratoire centrale est située dans le tronc cérébral, plusieurs aspects de sa fonction de base, de son développement et de sa réponse aux stimuli restent à comprendre pleinement. Pour surmonter la difficulté d’accès au tronc cérébral chez l’animal entier, l’isolement du tronc cérébral et d’une partie de la moelle épinière est effectué. Cette préparation est maintenue dans le liquide céphalo-rachidien artificiel où les gaz, les concentrations et la température sont contrôlés et surveillés. Le signal de sortie du réseau respiratoire est enregistré par une électrode d’aspiration placée sur la quatrième racine ventrale. De cette manière, les stimuli peuvent être appliqués directement sur le tronc cérébral, et l’effet peut être enregistré directement. Le signal enregistré est lié au signal inspiratoire envoyé au diaphragme via le nerf phrénique, et peut être décrit comme des rafales (environ 8 rafales par minute). L’analyse de ces sursauts (fréquence, amplitude, longueur et aire sous la courbe) permet de caractériser précisément l’effet du stimulus sur le réseau respiratoire. La principale limite de cette méthode est la viabilité de la préparation au-delà des premiers stades postnatals. Ainsi, cette méthode se concentre grandement sur l’étude de l’ensemble du réseau sans les entrées périphériques chez le rat nouveau-né.