Application de la chimioinformatique pour développer une base de données de méthodes analytiques consultable

Nous voulons créer un moyen facile pour les scientifiques de l’EPA de trouver des méthodes d’analyse à partir de ressources distribuées afin que nos scientifiques puissent passer moins de temps à parcourir Internet, et à la place avoir une ressource organisée intégrée dans notre système informatique chimique existant. Ce que nous avons construit est essentiellement un système de gestion de documents léger qui associe ces documents aux substances chimiques extraites. En conséquence, des milliers de méthodes d’analyse peuvent être recherchées à l’aide de différents identificateurs chimiques pour trouver des méthodes déjà appliquées pour détecter ces produits chimiques. Il n’existe pas d’autre base de données en ligne gratuite de méthodes analytiques que la communauté puisse rechercher pour obtenir soit une méthode analytique de référence existante pour un produit chimique, soit un bon ensemble de conditions de départ pour une méthode particulière. Ce protocole enseigne au lecteur comment utiliser AMOS pour récolter des données utiles à son travail de développement de méthodes. Nous avons beaucoup appris sur la façon de récolter et d’intégrer les données des méthodes analytiques dans notre base de données et notre application. En agrégeant ces milliers de documents et en les mettant en correspondance avec les substances chimiques associées, nous disposons désormais d’un excellent ensemble de données pour explorer l’utilisation de ces documents et augmenter un vaste modèle d’IA linguistique que les scientifiques peuvent interroger.

[Narrateur] Pour commencer, allez dans le champ de texte en haut à gauche de la barre de navigation ou dans le champ de recherche sur la page d’accueil et entrez un nom de substance, un numéro de registre CAS, InChIKey ou un identificateur de substance DSSTox. Appuyez sur Entrée ou cliquez sur Rechercher pour exécuter la recherche. Sélectionnez une ligne dans la table résultante pour afficher l’enregistrement associé sur le côté droit de la page. Pour effectuer une recherche par lots, entrez une liste d’identificateurs de substance DSSTox dans le champ de données d’entrée, en plaçant un identificateur par ligne. Utilisez les cases à cocher sous Options de recherche pour filtrer les résultats ou ajouter des informations supplémentaires aux enregistrements. Cliquez sur la recherche au bas de la page pour générer et télécharger un fichier tableur qui répertorie les informations sur tous les enregistrements de la base de données associés à une liste donnée de substances. Une fois la recherche terminée, cliquez sur Recherches supplémentaires, puis sur Recherche de structure de similarité. Entrez l’identificateur de substance, réglez la similarité minimale de la substance du filtre sur 0,8 et cliquez sur Rechercher pour obtenir une table à onglets. Ensuite, sélectionnez une ligne dans le tableau pour afficher une comparaison structurelle entre la substance recherchée et celle sélectionnée dans le tableau. Pour effectuer une recherche dans le classifieur, sélectionnez le premier niveau de classification à l’aide du champ situé en haut de la page. Ensuite, cliquez sur le bouton situé sous le champ pour afficher la liste des classifications du niveau suivant. Répétez ce processus pour les deuxième et troisième niveaux, en sélectionnant à chaque fois une classification et en cliquant sur le bouton pour continuer. Après avoir sélectionné le quatrième niveau, cliquez sur le bouton ci-dessous pour lancer la recherche et répertorier toutes les substances qui appartiennent aux quatre niveaux sélectionnés de la classification du classificateur. Recherchez dans la base de données toutes les fiches d’information et les méthodes en effectuant une recherche dans une liste de méthodes et une recherche dans les fiches d’information. Une fois la table des résultats chargée, utilisez les champs de saisie en haut de chaque colonne pour filtrer les données par champs spécifiques. Pour effectuer une recherche dans le spectre de masse, entrez une plage de masse pour la substance cible en Daltons, ainsi qu’une marge d’erreur en Daltons ou en parties par million. Définissez la valeur de la fenêtre pour la similarité maximale à 0,05 Dalton. Choisissez une méthodologie, soit chromatographie en phase gazeuse-spectrométrie de masse, soit chromatographie liquide-spectrométrie de masse. Entrez le spectre de masse sous la forme d’une liste de paires masse-charge et d’intensité. Après avoir rempli tous les champs, cliquez sur le bouton Rechercher pour récupérer une liste de correspondances de spectre de masse à partir de la base de données en fonction du spectre fourni par l’utilisateur. Sélectionnez une ligne dans la table résultante pour l’affichage spectral. Maintenant, pour visualiser la classification de l’utilisation fonctionnelle, utilisez le champ Classes de recherche pour rechercher la liste des classes d’utilisation fonctionnelle. Survolez le nom d’une classe dans la liste pour mettre en surbrillance le nœud correspondant dans le graphique. Si vous explorez le graphique directement, passez la souris sur un nœud pour afficher une brève description de la classe et mettre en évidence les classes parentes ou enfants directes pour ce nœud. Un graphique ternaire du sol classant les types de texture en fonction des proportions d’argile, de limon et de sable avec des zones étiquetées, telles que l’argile, le limon et le limon sableux, est présenté ici. Cet outil de classification a permis aux utilisateurs d’AMOS de relier les types de texture de sol à des fiches d’information, des méthodes analytiques et des spectres expérimentaux pertinents, facilitant ainsi des flux de travail efficaces, des données de composition aux recherches ciblées de substances basées sur des classifications fonctionnelles.