Name: Cartographie des interactions protéine-protéine dysfonctionnelles dans la maladie (Vidéo) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-10-24T13:55:00.000+00:00
Duration: 9 min 39 s
Description: Découvrez la cartographie des interactions protéine-protéine dysfonctionnelles dans les tissus natifs par spectrométrie de masse. Cette méthode sans génie génétique révèle les altérations des réseaux cellulaires liées aux maladies.

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<ol><li>Liu, Z., Miller, D., Li, F., Liu, X., Levy, S. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+large+accessory+protein+interactome+is+rewired+across+environments%5BTitle%5D)+AND+%22Elife%22%5BJournal%5D)">A large accessory protein interactome is rewired across environments.</a> Elife. 9, e62365(2020).</li>
<li>Omranian, S., Nikoloski, Z., Grimm, D. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Computational+identification+of+protein+complexes+from+network+interactions%3A+Present+state%2C+challenges%2C+and+the+way+forward%5BTitle%5D)+AND+%22Comput+Struct+Biotechnol+J%22%5BJournal%5D)">Computational identification of protein complexes from network interactions: Present state, challenges, and the way forward.</a> Comput Struct Biotechnol J. 20, 2699-2712 (2022).</li>
<li>Ginsberg, S. D., Sharma, S., Norton, L., Chiosis, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Targeting+stressor-induced+dysfunctions+in+protein-protein+interaction+networks+via+epichaperomes%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+Pharmacol+Sci%22%5BJournal%5D)">Targeting stressor-induced dysfunctions in protein-protein interaction networks via epichaperomes.</a> Trends Pharmacol Sci. 44 (1), 20-33 (2023).</li>
<li>Nussinov, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Pioneer+in+molecular+biology%3A+Conformational+ensembles+in+molecular+recognition%2C+allostery%2C+and+cell+function%5BTitle%5D)+AND+%22J+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Pioneer in molecular biology: Conformational ensembles in molecular recognition, allostery, and cell function.</a> J Mol Biol. 437 (11), 169044(2025).</li>
<li>Lacoste, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Pervasive+mislocalization+of+pathogenic+coding+variants+underlying+human+disorders%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Pervasive mislocalization of pathogenic coding variants underlying human disorders.</a> Cell. 187 (23), 6725-6741.e13 (2024).</li>
<li>Liu, X., Abad, L., Chatterjee, L., Cristea, I. M., Varjosalo, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mapping+protein-protein+interactions+by+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22Mass+Spectrom+Rev%22%5BJournal%5D)">Mapping protein-protein interactions by mass spectrometry.</a> Mass Spectrom Rev. , (2024).</li>
<li>Luck, K., Sheynkman, G. M., Zhang, I., Vidal, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Proteome-scale+human+interactomics%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+Biochem+Sci%22%5BJournal%5D)">Proteome-scale human interactomics.</a> Trends Biochem Sci. 42 (5), 342-354 (2017).</li>
<li>Greenblatt, J. F., Alberts, B. M., Krogan, N. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Discovery+and+significance+of+protein-protein+interactions+in+health+and+disease%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Discovery and significance of protein-protein interactions in health and disease.</a> Cell. 187 (23), 6501-6517 (2024).</li>
<li>Gonzalez-Avendano, M., Lopez, J., Vergara-Jaque, A., Cerda, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+power+of+computational+proteomics+platforms+to+decipher+protein-protein+interactions%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Opin+Struct+Biol%22%5BJournal%5D)">The power of computational proteomics platforms to decipher protein-protein interactions.</a> Curr Opin Struct Biol. 88, 102882(2024).</li>
<li>Komives, E. A., Chiosis, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Editorial+overview%3A+Protein+networks+in+health+and+disease%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Opin+Struct+Biol%22%5BJournal%5D)">Editorial overview: Protein networks in health and disease.</a> Curr Opin Struct Biol. 90, 102953(2025).</li>
<li>Botticelli, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chemical+cross-linking+and+mass+spectrometry+enabled+systems-level+structural+biology%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Opin+Struct+Biol%22%5BJournal%5D)">Chemical cross-linking and mass spectrometry enabled systems-level structural biology.</a> Curr Opin Struct Biol. 87, 102872(2024).</li>
<li>Chakrabarty, S., Wang, S., Roychowdhury, T., Ginsberg, S. D., Chiosis, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Introducing+dysfunctional+protein-protein+interactome+%28dfppi%29+-+a+platform+for+systems-level+protein-protein+interaction+%28ppi%29+dysfunction+investigation+in+disease%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Opin+Struct+Biol%22%5BJournal%5D)">Introducing dysfunctional protein-protein interactome (dfppi) - a platform for systems-level protein-protein interaction (ppi) dysfunction investigation in disease.</a> Curr Opin Struct Biol. 88, 102886(2024).</li>
<li>Pasala, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Epichaperomes%3A+Redefining+chaperone+biology+and+therapeutic+strategies+in+complex+diseases%5BTitle%5D)+AND+%22RSC+Chem+Biol%22%5BJournal%5D)">Epichaperomes: Redefining chaperone biology and therapeutic strategies in complex diseases.</a> RSC Chem Biol. 6 (5), 678-698 (2025).</li>
<li>Chu, F., Sharma, S., Ginsberg, S. D., Chiosis, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((PTMs+as+molecular+encoders%3A+Reprogramming+chaperones+into+epichaperomes+for+network+control+in+disease%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+Biochem+Sci%22%5BJournal%5D)">PTMs as molecular encoders: Reprogramming chaperones into epichaperomes for network control in disease.</a> Trends Biochem Sci. , (2025).</li>
<li>Chiosis, G., Digwal, C. S., Trepel, J. B., Neckers, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Structural+and+functional+complexity+of+hsp90+in+cellular+homeostasis+and+disease%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Mol+Cell+Biol%22%5BJournal%5D)">Structural and functional complexity of hsp90 in cellular homeostasis and disease.</a> Nat Rev Mol Cell Biol. 24 (11), 797-815 (2023).</li>
<li>Rodina, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+epichaperome+is+an+integrated+chaperome+network+that+facilitates+tumour+survival%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">The epichaperome is an integrated chaperome network that facilitates tumour survival.</a> Nature. 538 (7625), 397(2016).</li>
<li>Rodina, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Systems-level+analyses+of+protein-protein+interaction+network+dysfunctions+via+epichaperomics+identify+cancer-specific+mechanisms+of+stress+adaptation%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Systems-level analyses of protein-protein interaction network dysfunctions via epichaperomics identify cancer-specific mechanisms of stress adaptation.</a> Nat Commun. 14 (1), 26(2023).</li>
<li>Inda, M. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+epichaperome+is+a+mediator+of+toxic+hippocampal+stress+and+leads+to+protein+connectivity-based+dysfunction%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">The epichaperome is a mediator of toxic hippocampal stress and leads to protein connectivity-based dysfunction.</a> Nat Commun. 11 (1), 19(2020).</li>
<li>Joshi, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Pharmacologically+controlling+protein-protein+interactions+through+epichaperomes+for+therapeutic+vulnerability+in+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Commun+Biol%22%5BJournal%5D)">Pharmacologically controlling protein-protein interactions through epichaperomes for therapeutic vulnerability in cancer.</a> Commun Biol. 4 (1), 20(2021).</li>
<li>Bay, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Systems-level+interactome+mapping+reveals+actionable+protein+network+dysregulation+across+the+alzheimer%27s+disease+spectrum%5BTitle%5D)+AND+%22Res+Sq%22%5BJournal%5D)">Systems-level interactome mapping reveals actionable protein network dysregulation across the alzheimer's disease spectrum.</a> Res Sq. , (2025).</li>
<li>Moulick, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Affinity-based+proteomics+reveal+cancer-specific+networks+coordinated+by+HSP90%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Chem+Biol%22%5BJournal%5D)">Affinity-based proteomics reveal cancer-specific networks coordinated by HSP90.</a> Nat Chem Biol. 7 (11), 818-826 (2011).</li>
<li>Kishinevsky, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Hsp90-incorporating+chaperome+networks+as+biosensor+for+disease-related+pathways+in+patient-specific+midbrain+dopamine+neurons%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Hsp90-incorporating chaperome networks as biosensor for disease-related pathways in patient-specific midbrain dopamine neurons.</a> Nat Commun. 9, 15(2018).</li>
<li>Roychowdhury, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Phosphorylation-driven+epichaperome+assembly+is+a+regulator+of+cellular+adaptability+and+proliferation%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Phosphorylation-driven epichaperome assembly is a regulator of cellular adaptability and proliferation.</a> Nat Commun. 15 (1), 8912(2024).</li>
<li>Roychowdhury, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Use+of+native-page+for+the+identification+of+epichaperomes+in+cell+lines%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Use of native-page for the identification of epichaperomes in cell lines.</a> Methods Mol Biol. 2693, 175-191 (2023).</li>
<li>Taldone, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((synthesis%2C+and+evaluation+of+small+molecule+HSP90+probes%5BTitle%5D)+AND+%22Bioorg+Med+Chem%22%5BJournal%5D)">synthesis, and evaluation of small molecule HSP90 probes.</a> Bioorg Med Chem. 19 (8), 2603-2614 (2011).</li>
<li>Meier, F., Park, M. A., Mann, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Trapped+ion+mobility+spectrometry+and+parallel+accumulation-serial+fragmentation+in+proteomics%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell+Proteomics%22%5BJournal%5D)">Trapped ion mobility spectrometry and parallel accumulation-serial fragmentation in proteomics.</a> Mol Cell Proteomics. 20, 100138(2021).</li>
<li>Rappsilber, J., Mann, M., Ishihama, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Protocol+for+micro-purification%2C+enrichment%2C+pre-fractionation+and+storage+of+peptides+for+proteomics+using+stagetips%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Protoc%22%5BJournal%5D)">Protocol for micro-purification, enrichment, pre-fractionation and storage of peptides for proteomics using stagetips.</a> Nat Protoc. 2 (8), 1896-1906 (2007).</li>
<li>Kovalchuk, S. I., Jensen, O. N., Rogowska-Wrzesinska, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Flashpack%3A+Fast+and+simple+preparation+of+ultrahigh-performance+capillary+columns+for+LC-MS%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell+Proteomics%22%5BJournal%5D)">Flashpack: Fast and simple preparation of ultrahigh-performance capillary columns for LC-MS.</a> Mol Cell Proteomics. 18 (2), 383-390 (2019).</li>
<li>Sinitcyn, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Maxdia+enables+library-based+and+library-free+data-independent+acquisition+proteomics%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Maxdia enables library-based and library-free data-independent acquisition proteomics.</a> Nat Biotechnol. 39 (12), 1563-1573 (2021).</li>
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 <a target="_blank" href="https://datashare.biochem.mpg.de/s/qe1IqcKbz2j2Ruf?dir=/DiscoveryLibraries">https://datashare.biochem.mpg.de/s/qe1IqcKbz2j2Ruf?dir=/DiscoveryLibraries</a> (2025).</li>
<li>Rappsilber, J., Ishihama, Y., Mann, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Stop+and+go+extraction+tips+for+matrix-assisted+laser+desorption%2Fionization%2C+nanoelectrospray%2C+and+LC%2FMS+sample+pretreatment+in+proteomics%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Chem%22%5BJournal%5D)">Stop and go extraction tips for matrix-assisted laser desorption/ionization, nanoelectrospray, and LC/MS sample pretreatment in proteomics.</a> Anal Chem. 75 (3), 663-670 (2003).</li>
<li>Meier, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Diapasef%3A+Parallel+accumulation-serial+fragmentation+combined+with+data-independent+acquisition%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Diapasef: Parallel accumulation-serial fragmentation combined with data-independent acquisition.</a> Nat Methods. 17 (12), 1229-1236 (2020).</li>
<li>Lou, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Benchmarking+commonly+used+software+suites+and+analysis+workflows+for+dia+proteomics+and+phosphoproteomics%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Benchmarking commonly used software suites and analysis workflows for dia proteomics and phosphoproteomics.</a> Nat Commun. 14 (1), 94(2023).</li>
<li>Demichev, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dia-pasef+data+analysis+using+fragpipe+and+dia-nn+for+deep+proteomics+of+low+sample+amounts%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Commun%22%5BJournal%5D)">Dia-pasef data analysis using fragpipe and dia-nn for deep proteomics of low sample amounts.</a> Nat Commun. 13 (1), 3944(2022).</li>
<li>Wen, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evaluation+of+DDA+library-free+strategies+for+phosphoproteomics+and+ubiquitinomics+data-independent+acquisition+data%5BTitle%5D)+AND+%22J+Proteome+Res%22%5BJournal%5D)">Evaluation of DDA library-free strategies for phosphoproteomics and ubiquitinomics data-independent acquisition data.</a> J Proteome Res. 22 (7), 2232-2245 (2023).</li>
<li>Bowler-Barnett, E. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Uniprot+and+mass+spectrometry-based+proteomics-A+2-way+working+relationship%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell+Proteomics%22%5BJournal%5D)">Uniprot and mass spectrometry-based proteomics-A 2-way working relationship.</a> Mol Cell Proteomics. 22 (8), 100591(2023).</li>
<li>Demichev, V., Messner, C. B., Vernardis, S. I., Lilley, K. S., Ralser, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dia-nn%3A+Neural+networks+and+interference+correction+enable+deep+proteome+coverage+in+high+throughput%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">Dia-nn: Neural networks and interference correction enable deep proteome coverage in high throughput.</a> Nat Methods. 17 (1), 41-44 (2020).</li>
<li>Wang, T., Digwal, C. S., Alam, A., Chiosis, G. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((script+epichaperomics+-+systems-level+analyses+of+protein-protein+interaction+network+dysfunctions+via+epichaperomics+identify+cancer-specific+mechanisms+of+stress+adaptation%5BTitle%5D)+AND+%22Zenodo%22%5BJournal%5D)">script epichaperomics - systems-level analyses of protein-protein interaction network dysfunctions via epichaperomics identify cancer-specific mechanisms of stress adaptation.</a> Zenodo. , https://doi.org/10.5281/zenodo.7416220 (2022).</li>
<li>Chaperomics_ad_2019. , Chiosislab. 
 <a target="_blank" href="https://github.com/chiosislab/Chaperomics_AD_2019">https://github.com/chiosislab/Chaperomics_AD_2019</a> (2019).</li>
<li>Chaperomics_controllability_2020. , Chiosislab. 
 <a target="_blank" href="https://github.com/chiosislab/Chaperomics_controllability_2020">https://github.com/chiosislab/Chaperomics_controllability_2020</a> (2019).</li>
<li>Alam, A., Wang, T., Chiosis, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cytoscape+files+-+systems-level+analyses+of+protein-protein+interaction+network+dysfunctions+via+epichaperomics+identify+cancer-specific+mechanisms+of+stress+adaptation+%5Bdata+set%5D%5BTitle%5D)+AND+%22Zenodo%22%5BJournal%5D)">Cytoscape files - systems-level analyses of protein-protein interaction network dysfunctions via epichaperomics identify cancer-specific mechanisms of stress adaptation [data set].</a> Zenodo. , https://doi.org/10.5281/zenodo.7433980 (2022).</li>
<li>Kolberg, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((G%3AProfiler-interoperable+web+service+for+functional+enrichment+analysis+and+gene+identifier+mapping+%282023+update%29%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">G:Profiler-interoperable web service for functional enrichment analysis and gene identifier mapping (2023 update).</a> Nucleic Acids Res. 51 (W1), W207-W212 (2023).</li>
<li>Yan, P. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Molecular+stressors+engender+protein+connectivity+dysfunction+through+aberrant+n-glycosylation+of+a+chaperone%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Reports%22%5BJournal%5D)">Molecular stressors engender protein connectivity dysfunction through aberrant n-glycosylation of a chaperone.</a> Cell Reports. 31 (13), 27(2020).</li>
<li>Castelli, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((How+aberrant+n-glycosylation+can+alter+protein+functionality+and+ligand+binding%3A+An+atomistic+view%5BTitle%5D)+AND+%22Structure%22%5BJournal%5D)">How aberrant n-glycosylation can alter protein functionality and ligand binding: An atomistic view.</a> Structure. 31 (8), 987-1004.e8 (2023).</li>
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<li>Guzman, U. H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ultra-fast+label-free+quantification+and+comprehensive+proteome+coverage+with+narrow-window+data-independent+acquisition%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Ultra-fast label-free quantification and comprehensive proteome coverage with narrow-window data-independent acquisition.</a> Nat Biotechnol. 42 (12), 1855-1866 (2024).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>2-mercaptoéthanol</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>M6250</td><td>Toxique, Combustible</td></tr><tr><td>Acétonitrile (ACN) Optima&nbsp ;</td><td>Fisher Scientific & nbsp ;</td><td>A955-1</td><td>Grade LC/MS (Inflammable)</td></tr><tr><td>Milieux de chromatographie d’affinité activée par Affi-Gel 10</td><td>Bio-Rad</td><td>1536099</td><td>Utilisé pour fabriquer des billes de PU et des billes de contrôle (inflammable)</td></tr><tr><td>Bicarbonate d’ammonium (ABC)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>09830-500G</td><td></td></tr><tr><td>Colonne UHPLC Aurora Ultimate 25x75 C18</td><td>IonOpticks</td><td>AUR3-25075C18-CSI</td><td></td></tr><tr><td>Film autoradiographique</td><td>EWEN-PARKER X-RAY CORP</td><td>EBA45</td><td>Alternative à la détection du signal chimiluminescent après Western blot</td></tr><tr><td>Biomasher micro homogénéiseur tissulaire</td><td>DWK Sciences de la vie Kimble</td><td>7496250010</td><td>Utilisé pour homogénéiser les tissus cérébraux gelés pour l’extraction des protéines</td></tr><tr><td>Bleu de bromophénol</td><td>Bioréactif de Fisher</td><td>BP115-25</td><td></td></tr><tr><td>Centrifugeuse pour tubes de 1,5 mL</td><td>Eppendorf</td><td>5424</td><td></td></tr><tr><td>Centrifugeuse pour tubes de 1,5 mL &nbsp ;</td><td>Eppendorf</td><td>5417R</td><td>Avec contrôle de la température</td></tr><tr><td>Centrifugeuse pour tubes de 15 à 50 mL</td><td>Eppendorf</td><td>5810R</td><td>Utilisation pour les tubes coniques</td></tr><tr><td>Système d’imagerie ChemiDoc MP</td><td>Bio-Rad</td><td>17001402</td><td>Utilisé pour la densitométrie gel/blot</td></tr><tr><td>Four à colonnes</td><td>Sonation GmBH, Allemagne</td><td>ES071/ES072</td><td>Maintient la colonne nanoLC à 50 &degrés ; C pour une rétention constante</td></tr><tr><td>Tubes coniques (15 mL)</td><td>Fisher Scientific</td><td>352096</td><td></td></tr><tr><td>Billes de contrôle</td><td>Laboratoire de chiose</td><td>N/A</td><td>Taldone et al. (PMID :&nbsp ; 21459002)</td></tr><tr><td>Coloration Coomassie G-250 (Bio-sûre)</td><td>Bio-Rad</td><td>1610786</td><td></td></tr><tr><td>Tubes Eppendorf sombres (1,5 mL)</td><td>USA Scientific</td><td>1415-2507</td><td></td></tr><tr><td>Dithiothréitol (TDT)</td><td>Roche</td><td>10197777001</td><td>Irritant</td></tr><tr><td>Facile nLC 1000</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>Facile nLC 1000</td><td>Système LC utilisé avec Q Exactive HF</td></tr><tr><td>Disques d’extraction en phase solide Empore</td><td>Compagnie 3M</td><td>2215-C18 (Octadécyle)</td><td>Utilisé pour préparer les StageTips pour le désalage des peptides ; Activé avec du méthanol à 100 %</td></tr><tr><td>Kit de chimiluminescence améliorée (ECL)</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>32209</td><td></td></tr><tr><td>Tubes d’Eppendorf (1,5 mL)</td><td>Fisher Scientific</td><td>05-408-129</td><td></td></tr><tr><td>Acide formique (FA) Optima&nbsp ;</td><td>Fisher Scientific</td><td>A117-10X1AMP</td><td>Grade LC/MS</td></tr><tr><td>g :Profiler (e111_eg58_p18_f463989d)</td><td>Groupe BIIT - Tartu & Uuml ; likool</td><td>https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/gost</td><td>Enrichissement des voies</td></tr><tr><td>Glycérol</td><td>Bioréactif de Fisher</td><td>BP229-1</td><td>Grade en biologie moléculaire</td></tr><tr><td>Glycine</td><td>Bioréactif de Fisher</td><td>BP381-5</td><td>Poudre cristalline</td></tr><tr><td>Anticorps secondaire conjugué HRP de la chèvre (RRID : AB_2619742)</td><td>Sothern Biotech</td><td>1030-05</td><td>Secondaire pour l’anticorps H90-10</td></tr><tr><td>Anticorps secondaire conjugué HRP anti-lapin de chèvre (RRID : AB_2632593)</td><td>Sothern Biotech</td><td>4010-05</td><td>Secondaire pour le HSP90 et alpha ; et anticorps HOP</td></tr><tr><td>Anticorps secondaire conjugué HRP anti-rat de chèvre (RRID : AB_2716837)</td><td>Sothern Biotech</td><td>3030-05</td><td>Secondaire pour l’anticorps HSC70</td></tr><tr><td>Vibrateur orbital chauffé</td><td>Eppendorf</td><td>ThermoMixer C (2231001127)</td><td></td></tr><tr><td>HeLa protéine digérer standard-Pierce</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>88329</td><td>Utilisation pour l’évaluation du contrôle qualité LC-MS</td></tr><tr><td>Anticorps HOP (RRID : AB_10828378)</td><td>Signalisation cellulaire</td><td>5670</td><td>Pour le contrôle qualité des billes en PU</td></tr><tr><td>Anticorps HSC70 (RRID : AB_10617277)</td><td>Enzo</td><td>SPA-815</td><td>Pour le contrôle qualité des billes en PU</td></tr><tr><td>Anticorps HSP90 (H90-10) (RRID : AB_854214)</td><td>StressMarq</td><td>SMC-107</td><td>Pour le contrôle qualité des billes en PU</td></tr><tr><td>Anticorps HSP90 alpha (RRID : AB_303423)</td><td>Abcam</td><td>Ab2928</td><td>Pour la normalisation conformément à la section 1.2</td></tr><tr><td>Lignée cellulaire humaine : ASPC1 (RRID :CVCL_0152)</td><td>ATCC</td><td>CRL-1682</td><td>Ligne cellulaire de contrôle, épichaperome faible / chaperon élevé</td></tr><tr><td>Lignée cellulaire humaine : MDA-MB-468 (RRID : CVCL_0419)</td><td>ATCC</td><td>HTB-132</td><td>Lignée cellulaire contrôle, épichaperome high / chaperone high</td></tr><tr><td>ImageJ (v1.54p)</td><td>Wayne Rasband</td><td>https://imagej.net/ij/</td><td>Densitométrie</td></tr><tr><td>Iodoacétamide (IAA)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>I1149-5G</td><td>Toxique</td></tr><tr><td>Tubes microcentrifuges à faible liaison aux protéines</td><td>Sarstedt</td><td>72.706.600</td><td></td></tr><tr><td>Protéase Lys-C</td><td>Proméga&nbsp ;</td><td>VA1170</td><td>Grade LC/MS</td></tr><tr><td>Chlorure de magnésium</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>63068</td><td>Grade en biologie moléculaire</td></tr><tr><td>MaxQuant (v2.1.1.0)</td><td>Institut Max-Planck de biochimie</td><td>https://www.maxquant.org/</td><td>Flux de travail MaxDIA pour l’identification peptide/protéine et la quantification sans marqueur basée sur l’intensité</td></tr><tr><td>Méthanol</td><td>Fisher Chemical</td><td>A454-4</td><td>Grade HPLC, inflammable, toxique</td></tr><tr><td>Mini comprimé cocktail inhibiteur de protéase (Complet)</td><td>Roche</td><td>4693124001</td><td></td></tr><tr><td>Mini cellule de transfert électrophorétique Trans Blot</td><td>Bio-Rad</td><td>1703930</td><td></td></tr><tr><td>Réservoir d’électrophorèse mini-gel & nbsp ;</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>A25977</td><td>Utilisation pour les gels préfabriqués Novex</td></tr><tr><td>Cellule d’électrophorèse verticale tétra-PROTEAN Mini-PROTEAN &nbsp ;</td><td>Bio-Rad</td><td>1658004</td><td>Utilisé pour les gels protéiques préfabriqués mini-PROTÉENS ou les gels moulés à la main</td></tr><tr><td>Mini-PROTEAN&nbsp ; Gels protéiques préfabriqués TGX (4&ndash ; 20%)</td><td>Bio-Rad</td><td>4561094</td><td></td></tr><tr><td>NanoDrop</td><td>Agilent</td><td>BioTek Synergy H1</td><td>Utilisé pour estimer la concentration de peptides avant l’injection de LC-MS</td></tr><tr><td>NanoElute 2</td><td>Bruker</td><td>https://flextra.hu/images/keszulekek/daltonics/nanoelute-brosura_eng.pdf</td><td>Utilisation dans le flux de travail diaPASEF</td></tr><tr><td>Source Nanospray Flex</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>ES071</td><td>Pour le couplage ESI du nanospray</td></tr><tr><td>Nouvel objectif PicoTip Emmiter/PicoFrit SELF/P</td><td>New Objective Inc.</td><td>PF360-75-10-N-5</td><td>Rempli de boue C18 jusqu’à 20 cm de longueur</td></tr><tr><td>Membrane de nitrocellulose</td><td>Cytiva Amersham</td><td>10600006</td><td></td></tr><tr><td>Lait sec écrémé</td><td>Laboratoire scientifique</td><td>M0841</td><td></td></tr><tr><td>Gels préfabriqués Novex 8 % Tris-Glycine</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>XP00080BOX</td><td></td></tr><tr><td>NP-40</td><td>Roche</td><td>11754599001</td><td></td></tr><tr><td>Solution physiologique tamponnée au phosphate (PBS)</td><td>Gibco</td><td>10010023</td><td></td></tr><tr><td>Comprimé cocktail d’inhibiteur de phosphatase PhosSTOP</td><td>Roche</td><td>4906837001</td><td></td></tr><tr><td>Kit de test protéique Pierce BCA</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>23225</td><td></td></tr><tr><td>Contenants en plastique</td><td>Fisher Scientific</td><td>FB0875711A</td><td></td></tr><tr><td>Oscillateur à plateforme</td><td>Corning</td><td>6705</td><td></td></tr><tr><td>Chlorure de potassium</td><td>Bioréactif de Fisher</td><td>BP366-1</td><td>Cristaux blancs</td></tr><tr><td>Alimentation universelle PowerPac</td><td>Bio-Rad</td><td>1645070</td><td></td></tr><tr><td>Protéines Kaléidoscopes Protéines Préneinées Precision Plus</td><td>Bio-Rad</td><td>1610375</td><td></td></tr><tr><td>Comptes de PU-perles</td><td>Laboratoire de chiose</td><td>N/A</td><td>Taldone et al. (PMID :&nbsp ; 21459002)</td></tr><tr><td>Spectromètre de masse HF exactif Orbitrap Q</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>https://assets.thermofisher.com/TFS-Assets/CMD/brochures/BR-64052-LC-MS-Q-Exactive-HF-Orbitrap-BR64052-EN.pdf</td><td>Utilisation pour le DIA-MS</td></tr><tr><td>ReproSil-Pur 120 C18-AQ, 3 & micro ; m</td><td>Dr. Maisch GmbH, Allemagne</td><td>R13.aq</td><td>des milieux siliciformes pour la séparation des peptides ; Suspension de poudre/méthanol (1:3, v/v)</td></tr><tr><td>Unité de rotation (rotateur bout sur bout)</td><td>Barnstead&nbsp ; International</td><td>400110</td><td></td></tr><tr><td>Cartouches Sep-Pak C18 (100 mg)</td><td>Waters Corporation</td><td>WAT023590</td><td></td></tr><tr><td>Dodécyle sulfate de sodium (SDS)</td><td>Bioréactif de Fisher</td><td>BP166-500</td><td>Grade d’électrophorèse</td></tr><tr><td>Sonicator</td><td>Branson</td><td>2510</td><td></td></tr><tr><td>Lecteur de microplaques multimodes SpectraMax Paradigm</td><td>Dispositifs moléculaires</td><td>Paradigme SpectraMax</td><td></td></tr><tr><td>Spectronaut</td><td>Biognosys</td><td>https://biognosys.com/software/spectronaut/</td><td>Flux de travail directDIA</td></tr><tr><td>Concentrateur SpeedVac</td><td>Thermo Fisher Scientific & nbsp ;</td><td>Savant SPD111V</td><td></td></tr><tr><td>Vide d’aspiration</td><td>Santé Cardinale</td><td>CDL-65651-320</td><td></td></tr><tr><td>Spectromètre de masse TimsTOF HT</td><td>Bruker</td><td>https://www.bruker.com/en/products-and-solutions/mass-spectrometry/timstof/timstof-ht.html</td><td>Utilisé pour l’analyse diaPASEF</td></tr><tr><td>Optima de l’acide trifluoracétique (TFA)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>T6508-10AMP</td><td>Qualité LC/MS (Corrosive, combustible)</td></tr><tr><td>Tris</td><td>Bioréactif de Fisher</td><td>BP152-5</td><td>Poudre cristalline ; Grade en biologie moléculaire</td></tr><tr><td>Tris, pH 6,8 (1 M)</td><td>Teknova</td><td>T1068</td><td></td></tr><tr><td>Tris, pH 7,5 (1 M)</td><td>Bioréactif de Fisher</td><td>BP1757-500</td><td>Grade en biologie moléculaire</td></tr><tr><td>Tampon saline tris-tamponné (20x TBS)</td><td>VWR, sciences de la vie</td><td>97064-338</td><td></td></tr><tr><td>Tris-Glycine-SDS (TGS 10x) fonctionnant avec gel buffer</td><td>Bioréactif de Fisher</td><td>BP13414</td><td>Électrophorèse</td></tr><tr><td>Trypsine & nbsp ;</td><td>Promega</td><td>V5111</td><td>Grade de séquençage</td></tr><tr><td>Trypsine Gold</td><td>Promega</td><td>V5280</td><td></td></tr><tr><td>Préadolescent 20</td><td>Bioréactif de Fisher</td><td>BP337-100</td><td></td></tr><tr><td>Urée</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>U0631-500G</td><td></td></tr><tr><td>Tourbillon</td><td>Fisher Scientific</td><td>02-215-414</td><td></td></tr><tr><td>Eau</td><td>Fisher Scientific</td><td>W6-1</td><td>Grade LC/MS</td></tr></tbody></table>

cartographie des interactions protéine-protéine dysfonctionnelles dans la maladie

Mapping Dysfunctional Protein-Protein Interactions in Disease

Cartographie des interactions protéine-protéine dysfonctionnelles dans la maladie

Protein-protein interaction (PPI) networks are dynamically remodeled in disease, yet most systems biology approaches focus on changes in protein ...

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Neuroscience

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Les séquences de protéines synthétiques basées sur des motifs consensus ignorent généralement les résidus co-évolutifs, qui impliquent des dépendances interpositionnelles (IPD).  Les IPD peuvent être essentiels à l’activité, et les conceptions qui ne les tiennent pas compte peuvent entraîner des résultats sous-optimaux.  Ce protocole utilise StickWRLD pour identifier les IPD et aider à éclairer la conception rationnelle des protéines, ce qui se traduit par des résultats plus efficaces.

Optimisation des protéines synthétiques: Identification des dépendances interposition indicatrice constructivement et / ou les résidus fonctionnellement liées

Le contrôle de l’expression des protéines est non seulement essentiel à chaque organisme vivant, mais constitue également une stratégie importante pour étudier les fonctions des protéines dans des modèles cellulaires. Le protocole présenté montre l’application de l’interférence des anticorps dans les cellules de mammifères, y compris les neurones primaires de l’hippocampe, et démontre l’utilisation de reconstructions tridimensionnelles dans l’étude de la fonction des protéines.

Etudier la fonction des protéines et le rôle de Altered Expression des protéines par les interférences des anticorps et des reconstructions tridimensionnelles

Ce rapport décrit des protocoles pour mesurer les taux de dégradation des protéines mal repliées par transfert Western ou par des tests basés sur la fluorescence. Les méthodes peuvent être appliquées à l’analyse d’autres protéines mal repliées et au criblage à haut débit.

Des dosages pour la dégradation des protéines mal repliées dans des cellules

Ce protocole énonce les procédures expérimentales afin de caractériser le génome des changements dans les concentrations des modifications post-traductionnelles des histones (PTM) survenant dans le cadre de la surexpression de protéines associées à la SLA et la maladie de Parkinson dans Modèles de Saccharomyces cerevisiae . Après la séparation de SDS-PAGE, niveaux PTM histones individuelles sont détectés avec une modification spécifique des anticorps par Western Blot.

Caractériser l’Histone modifications post-traductionnelles levure neurodégénératives Proteinopathy modèles

L'objectif de ce protocole est de décrire la conception et la performance d'expériences in vivo dans Drosophila melanogaster pour évaluer les conséquences fonctionnelles des variantes génétiques rares associées aux maladies humaines.

Étude fonctionnelle In Vivo des variantes humaines rares associées à la maladie utilisant la drosophile

Le déclin protéostatique est une caractéristique du vieillissement, facilitant l’apparition de maladies neurodégénératives. Nous décrivons un protocole pour mesurer quantifiablement la protéostase dans deux tissus différents de Caenorhabditis elegans par l’expression hétérologue de répétitions de polyglutamine fusionnées à un rapporteur fluorescent. Ce modèle permet une analyse génétique in vivo rapide de la protéostasie.

Quantification du déclin protéostatique spécifique aux tissus chez Caenorhabditis elegans

Pour étudier les interactions chaperon-chaperon et chaperone-substrat, nous effectuons des écrans d’interaction synthétique chez Caenorhabditis elegans en utilisant l’interférence ARN en combinaison avec des mutations légères ou une sur-expression des chaperons et surveillons le dysfonctionnement protéique spécifique des tissus au niveau de l’organisme.

Utilisation de Caenorhabditis elegans pour dépister les interactions tissulaires spécifiques des chaperons

Un protocole informatique, CaseOLAP LIFT, et un cas d’utilisation sont présentés pour étudier les protéines mitochondriales et leurs associations avec les maladies cardiovasculaires telles que décrites dans les rapports biomédicaux. Ce protocole peut être facilement adapté pour étudier les composants cellulaires et les maladies sélectionnés par l’utilisateur.

Une approche par graphe de connaissances pour élucider le rôle des voies organellaires dans la maladie via des rapports biomédicaux

Nous utilisons la magnétoencéphalographie (MEG) et l'électroencéphalographie (EEG) pour cartographier les zones du cerveau impliquées dans le traitement de simples stimuli sensoriels.

Cartographie fonctionnelle avec MEG et EEG simultanée

Une des caractéristiques pathologiques de la MA est la formation de plaques amyloïdes β protéines neuritique positif. Dans ce protocole, nous décrivons deux méthodes pour détecter les plaques séniles dans le modèle de souris transgéniques AD: détection immunohistochimique utilisant la méthode ABC et DAB et détection par fluorescence en utilisant la méthode de coloration thioflavine S.

La détection de plaques séniles dans le modèle d&#39;Alzheimer La maladie de la souris

Découvrez la cartographie des interactions protéine-protéine dysfonctionnelles dans les tissus natifs par spectrométrie de masse. Cette méthode sans génie génétique révèle les altérations des réseaux cellulaires liées aux maladies.

Cartographie des interactions protéine-protéine dysfonctionnelles dans la maladie

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