Name: הגנום כולו ניתוח באמצעות שבב זיהוי איזופורם ספציפי מטרות גין (וידאו) | JoVE Journal
Uploaded: 2010-07-07T17:00:00.000+00:00
Duration: 11 min 19 s
Description: למדו ניתוח ChIP-Seq לזיהוי מטרות גנום רחב של היסטון דמתילאז KDM5A/JARID1A/RBP2 באמצעות immunoprecipitation כרומטין וריצוף. שיטה זו מאפשרת חקר אינטראקציות חלבון-DNA ורגולציה אפיגנטית.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

עבודה זו נתמכה על ידי 115347-RSG-08-271-01-GMC מ-ACS, ועל ידי CA138631 מענק מ-NIH.

<ol><li>Wang, G. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Haematopoietic+malignancies+caused+by+dysregulation+of+a+chromatin-binding+PHD+finger%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Haematopoietic malignancies caused by dysregulation of a chromatin-binding PHD finger.</a> Nature. 459 (7248), (2009).</li>
<li>Benevolenskaya, E. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Binding+of+pRB+to+the+PHD+protein+RBP2+promotes+cellular+differentiation%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell%22%5BJournal%5D)">Binding of pRB to the PHD protein RBP2 promotes cellular differentiation.</a> Mol Cell. 18 (6), 623-623 (2005).</li>
<li>Lopez-Bigas, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genome-wide+analysis+of+the+H3K4+histone+demethylase+RBP2+reveals+a+transcriptional+program+controlling+differentiation%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell%22%5BJournal%5D)">Genome-wide analysis of the H3K4 histone demethylase RBP2 reveals a transcriptional program controlling differentiation.</a> Mol Cell. 31 (4), 520-520 (2008).</li>
<li>Benevolenskaya, E. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Histone+H3K4+demethylases+are+essential+in+development+and+differentiation%5BTitle%5D)+AND+%22Biochem+Cell+Biol%22%5BJournal%5D)">Histone H3K4 demethylases are essential in development and differentiation.</a> Biochem Cell Biol. 85 (4), 435-435 (2007).</li>
<li>Odom, D. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Control+of+pancreas+and+liver+gene+expression+by+HNF+transcription+factors%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Control of pancreas and liver gene expression by HNF transcription factors.</a> Science. 303 (5662), 1378-1378 (2004).</li>
<li>Guenther, M. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Aberrant+chromatin+at+genes+encoding+stem+cell+regulators+in+human+mixed-lineage+leukemia%5BTitle%5D)+AND+%22Genes+Dev%22%5BJournal%5D)">Aberrant chromatin at genes encoding stem cell regulators in human mixed-lineage leukemia.</a> Genes Dev. 22 (24), 3403-3403 (2008).</li>
</ol>

אין ניגודי אינטרסים הכריז.

הבדלים פונקציונליים בין RBP2 isoforms טרם נקבעו. השתמשנו גישה מקיפה כדי לזהות אזורים גנומית מחויב RBP2 isoforms ולהגדיר את הקטגוריות פונקציונלי כי אזורים אלה מייצגים. זה בוצע על ידי ניתוח שבב Seq ואחריו ניתוח ביואינפורמטיקה רצף המתקבל קורא. RBP2 משנה שאריות ליזין מפוגל על ​​זנבות היסטון. מצאנו כי RBP2 איזופורם גדול המכיל את מודול הכרה איזופורם היסטון מפוגל קטן RBP2 ליזין שחסר זה לאגד המודול אזורים שונים בגנום האנושי (איור 5 א). חשוב לציין, איזופורם ספציפי אזורים אזורים חופפים שייכים גנים עם פונקציות מולקולריים שונים (איור 5 ב). לדוגמה, &quot;הכרומטין מחייב&quot; או &quot;גורם שעתוק מחייבים&quot; פונקציות ניתן לייחס מטרות הגן של איזופורם RBP2 קטן אך לא RBP2 איזופורם גדול (איור 5 ב). על ידי השוואת הגן בפועל קובע שנוצר עבור כל isoforms ו RBP2 איזופורם גדול (מידע לא מוצג), אנחנו יכולים גם להגדיר אם איזופורם גדול הוא גויס במיוחד כדי גנים מסוימים.

רצפים oligonucleotide 2006 Illumina, Inc כל הזכויות שמורות. <ul style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> Sol_PCR_1 רצף 5&#39;-AAT גת ACG מהפקולטה לרוקחות אוכלים ACC ACC GAG ATC TAC ACT CTT TCC CTA CAC GAC GCT CTT CCG ATC-T-3 &quot; </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> Sol_PCR_2 רצף 5&#39;-CAA GCA GAA GAC GGC ATA CGA GCT CTT CCG ATC-T-3 &quot; </li></ul>

הגנום כולו ניתוח באמצעות שבב זיהוי איזופורם ספציפי מטרות ג&#39;ין

Genome-wide Analysis using ChIP to Identify Isoform-specific Gene Targets

גיוס גורמים תעתיק ו epigenetic אל המטרות שלהם היא צעד מפתח בוויסות שלהם. בהשתתפות בולטת בגיוס הם תחומים חלבון אשר נקלטות על ידי שינויים היסטון ספציפיים. תחום אחד כזה הוא homeodomain צמח (PhD), נמצא הכרומטין מחייב כמה חלבונים. RBP2 גורם epigenetic יש מספר תחומים PHD, לעומת זאת, יש להם פונקציות שונות (איור 4). בפרט, בטרמינל C-PHD תחום, נמצא היתוך RBP2 בשעור של לוקמיה אדם, נקשר trimethylated ליזין 4 ב H3 היסטון (H3K4me3) 1. תמליל המתאים איזופורם RBP2 המכיל את בטרמינל C-PHD מצטבר במהלך של בידול promonocytic, לימפומה הנגזרות, U937 תאים לתוך מונוציטים 2. בקנה אחד עם שתי קבוצות של נתונים, הגנום כולו ניתוח הראה כי התמיינות תאים U937, החלבון RBP2 מקבל מקומי לאזורים גנומית מועשר עבור H3K4me3 3. לוקליזציה של RBP2 ביעדים שלה בקורלציה עם ירידה H3K4me3 עקב פעילות RBP2 demethylase היסטון וירידה פעילות תעתיק. לעומת זאת, שני PhDs אחרים RBP2 אינם מסוגלים להיקשר H3K4me3. יש לציין כי C-PHD של הטרמינל תחום RBP2 נעדרת RBP2 קטן איזופורם 4. זה מתקבל על הדעת כי איזופורם קטן RBP2, שאין לה אינטראקציה עם H3K4me3, שונה איזופורם גדול במיקום הגנומי. ההבדל במיקום הגנומי של RBP2 isoforms עשוי להסביר המגוון שנצפתה פונקציה RBP2. באופן ספציפי, RBP2 הוא שחקן קריטי בידול הסלולר בתיווך החלבון רטינובלסטומה (PRB). בהתאם לנתונים אלה, ניתוח הקודמת הגנום כולו, ללא הבחנה בין isoforms, זיהו שתי קבוצות נפרדות של RBP2 גני מטרה: 1) גנים מחויב RBP2 באופן שאינו תלוי בידול; 2) הגנים מחויב RBP2 תוך בידול תלוי בצורה. כדי לזהות הבדלים בין לוקליזציה isoforms הופענו הגנום כולו ניתוח על ידי מיקום Seq שבב. שימוש בנוגדנים המזהים הן RBP2 isoforms לנו ממוקמת כל RBP2 מטרות. בנוסף יש לנו רק לקשור נוגדנים גדול, לא קטן RBP2 איזופורם (איור 4). לאחר זיהוי מטרות איזופורם גדול, אפשר ואז להחסיר אותם מכל RBP2 מטרות כדי לחשוף את מטרות איזופורם קטן. נתונים אלו מראים את התרומה של תחום הכרומטין-אינטראקציה בגיוס חלבון אתרי הקישור שלו בגנום.

כאן אנו מציגים immunoprecipitation הכרומטין (שבב) נוהל לניתוח הגנום כולו מיקום isoforms חלבונים שונים בתחום היסטון מחייב. אנו מיישמים אותו לניתוח שבב Seq לזהות מטרות demethylase היסטון KDM5A/JARID1A/RBP2.

גיוס של גורמים תעתוקיים ואפיגנטיים ליעדיהם הוא שלב מפתח בבקרה עליהם. בולטים במיוחד בתהליך הגיוס הם ה...

המטרה הכללית של הניסוי הבא היא לזהות מטרות גנומיות של KDM5A, הידוע גם כ-RBB2, היסטון דמתילאז. מטרה זו מושגת על ידי הכנת כרומטין מקשיר (cross-linked chromatin) שעובר סוניקציה בשלב השני כדי להפיק מקטעי DNA בגודל המתאים. מקטעי DNA הקשורים ל-RBB2 מופקים באמצעות שיקוע חיסוני (immunoprecipitation) עם נוגדנים ל-RBB2.בשלב הבא, ה-DNA הגנומי שהופק מועשר באמצעות PCR לצורך ריצוף. לבסוף, קריאות קצרות שרוצפו בשיטת Illumina מיושרות באופן ייחודי לגנום האנושי, ופסגות משמעותיות מזוהות ומאושרות לגנים הקרובים ביותר. על מנת לזהות rbbb two target genes, מתקבלים תוצאות המראות תפקודים מולקולריים הקשורים ל-Rrb B two target genes על בסיס זיהוי גנומי של אזורים מועשרים של Rbbb two.שלום, אני מייק. אני מהמעבדה של ד"ר Elizabeth Bencia במחלקה לביוכימיה וגנטיקה מולקולרית באוניברסיטת אילינוי בשיקגו. ואני אלה מהמעבדה לגנומיקה ביו-רפואית בהובלת ד"ר NGA בפארק המחקר הביו-רפואי BARCEL באוניברסיטת PO P fea.ואני דניאל דאל. ואני ויליאם ריכטר. שנינו נמצאים גם במעבדה למיומנויות ב-Benevolence.היום נדגים לכם פרוצדורה של שיקוע חיסוני של כרומטין (chromatin immunoprecipitation) וריצוף. אנו משתמשים בפרוצדורה זו במעבדה שלנו כדי לחקור את אתר הקישור של his dermatologist. בואו נתחיל.כדי להתחיל בהליך זה, גדלו כ-10⁸ תאים עבור כל immunoprecipitation או ip. במקרה זה, לימפומה אוסטאוליטית דיפוזית.תאי U 9 37 משמשים ומושרים לדיפרנציאציה מונוציטית באמצעות TPA למשך 96 שעות לאחר צמיחת התאים; הוסף תמיסת פורמאלדהיד ישירות למצע עד לריכוז סופי של 1%. לאחר מכן, סובב את הבקבוק קצרות והמתן 10 דקות בטמפרטורת החדר. לאחר מכן, שאב את המצע ושטוף את התאים עם 15 milliliters של PBS קר מאוד. חזור על שטיפה זו פעם אחת נוספת.בשלב הבא, הוסיפו ששה מיליליטר של lysis buffer one לכל אחד מהבקבוקים על קרח. לאחר מכן, נערה את הבקבוקים בתנועת נדנוד למשך 20 דקות בטמפרטורה של ארבע מעלות צלזיוס. לבסוף, אספו את התאים באמצעות גורד תאים (cell scrapper) והעבירו אותם למבחנות קוניות של 15 מיליליטר.בשלב זה, ניתן לאחסן את התאים בטמפרטורה של 80- °C. אם התאים היו קפואים, יש להפשיר אותם. לאחר ההפשרה, יש לסובב את התאים בצנטריפוגה ולהיפטר מהנוזל העליון.לאחר מכן, השביה מחדש את התאים ב-six milliliters של lysis buffer two, וטלטל את המבחנות בעדינות בטמפרטורת החדר למשך 10 דקות. חזור על הסבב של הצנטריפוגציה והשביה מחדש את התאים ב-2.5 milliliters של lysis buffer three. לאחר מכן, הכן את התמיסה לסוניקציה על ידי הנחתה בכלי זכוכית עם מי קרח, תוך שימוש בראש מיקרו של Branson 450 sonier המכוון לאמפליטודה של בין 50% ל-60%.בצע סוניקציה לתמיסה בפולס קבוע של 32 שניות וקרר על קרח. חזור על פולסים אלו 10 עד 15 פעמים במשך דקה אחת, לאחר מכן העבר את תכולת המבחנה מעלה ומטה באמצעות פיפטה והעבר אותה למבחנה חדשה. המשך לבצע פולסים וקירור לתמיסה.חמישה פעמים נוספות לאחר הסוניקציה, הוסיפו 10% Triton X 100 לכמות השווה לעשירית מנפח התמיסה. לאחר מכן, העבירו את הליזטים למבחנות צנטריפוגה של 1.5 milliliter, והסדירו את השאריות באמצעות צנטריפוגה מיקרוסקופית לפני ביצוע chromatin immunoprecipitation או chip. שמרו 50 microliters מהליזט התאי כדגימת input.לאחר מכן, שילבנו את ליזט התאים המסונן עם dyna beads הקשורים לנוגדן, שהוכנו מראש כפי שמתואר בפרוטוקול הכתוב. ערבבנו את התערובת, בתוספת דגימת קלט של 50 µL, על נדנדה בטמפרטורה של 4 °C למשך הלילה. שטפנו את החרוזים עם 1 mL של בופר שטיפה.לאחר מכן, השתמש במעמד מגנטי כדי לאסוף את החרוזיים והסר את הנוזל העליון (supernatant). חזור על שטיפה זו שש עד שמונה פעמים. בצע שטיפה סופית עם 1 mL של TE בתוספת 50 mM sodium chloride.סבבו את החרוזים במיקרו-צנטריפוגה לאחר הצנטריפוגציה, ושאבו כל שארית של TE buffer. לאחר מכן, הוסיפו 100 µL של elu buffer לדגימות. בצעו זאת מיד לאחר מכן.דגרו את הדגימות בטמפרטורה של 65 °C למשך 10 עד 15 דקות. שפשפו את המבחנות כנגד מעמד למבחנות של 1.5 ml בכל שתי דקות כדי לשמור על החרוזים בתגליה. אספו את החרוזים באמצעות סנטריפוגציה ומעמד מגנטי והעבירו את ה-SNAT למבחנת PCR.לאחר מכן, הוצא את דגימת הקלט (input) שנשמרה קודם לכן והוסף שלושה נפחים של באפר אלוציה. לבסוף, הכנס את דגימות ה-IP והקלט למחזור תרמי למשך הלילה בטמפרטורה של 65 °C. כדי לבטל את הקשירה הצולבת (cross linkages) למחרת, הוסף נפח אחד של באפר TE לדגימות.לאחר מכן, הוסיפו RNAs A עד לריכוז סופי של 0.2 micrograms per microliter. דגרו את הדגימות בטרמיקלר במשך שעה עד שעתיים בטמפרטורה של 37 degrees Celsius. לאחר הדגירה, הוסיפו proteinase K עד לריכוז סופי של 0.2 micrograms per microliter.לאחר מכן, דגרו את הדגימות במחזור תרמי בטמפרטורה של 55 °C למשך שעתיים. לאחר מכן, בצעו מיצוי של הדגימות פעם אחת באמצעות נפח אחד של פנול. בצעו מיצוי שני של הדגימות באמצעות נפח אחד של תמיסת פנול-כלורופורם-אלכוהול איזואמיל.בסיום, בצעו מיצוי של הדגימות פעם נוספת עם נפח אחד של כלורופורם איזואמיל אלכוהול. לאחר מכן, הוסיפו 30 micrograms של גליקוגן לכל דגימה. כמו כן, הוסיפו נתרן כלוריד עד לריכוז סופי של 0.2 molar ושני נפחים של אתנול לדגימות.דגרו אותם למשך 30 דקות בטמפרטורה של 80- מעלות צלזיוס. לאחר הדגירה, סובבו את הדגימות במצנטריפוגה ושפכו את הנוזל העליון. שטפו את המשקעים ב-500 µL של 75% ethanol, לאחר מכן ייבשו את המשקעים והמיסו אותם מחדש ב-40 µL של מים.כדי לבדוק את גדלי מקטעי ה-DNA שהופקו בתהליך הסוניקציה (SONICATION), טענו חמישה מיקרוגרם של דגימת הקלט המזוקקת לג'ל אגרוז בריכוז 1.8% והריצו את הג'ל. תהליך הסוניקציה אמור להפיק מקטעים בטווח של 150 עד 350 זוגות בסיסים. עם זאת, אם המקטעים אינם נמצאים בטווח זה, יש להתאים את תהליך הסוניקציה על ידי שינוי מספר הפולסים והאמפליטודה לפני הגברת ה-DNA הגנומי.בדוק את הגודל, הריכוז וההעשרה של הדגימות כפי שמתואר בפרוטוקול הכתוב. כדי להתחיל בהגברה של ה-genomic DNA, השג 34 µL מדגימת ה-IP ו-200 ng מדגימת ה-input. בצע הוספת זנב (atail addition) ותיקון, וליגציה של מתאמים למקטעי ה-DNA באמצעות ערכה להכנת דגימות genomic DNA של Illumina, כפי שמתואר בפרוטוקול הכתוב.טהרו את ה-DNA באמצעות ערכה לטיהור PCR מסוג mini lut ולאחר מכן בצעו אלוציה בבופר EB שחומם מראש ל-50 °C. השתמשו ב-23 µL וב-46 µL עבור דגימות ה-IP וה-input DNA בהתאמה. הכינו את תגובת ה-PCR באמצעות 23 µL של DNA עם מתאמים ו-25 µL של fusion, DNA polymerase מהערכה.מיקרוליטר אחד של 20 micromolar של sole PCR one ומיקרוליטר אחד של 20 micromolar של So PCR two. בצע את תגובת ה-PCR כפי שמתואר בפרוטוקול הכתוב. לאחר הגברת ה-PCR, טהר את ה-DNA באמצעות ערכת ה-Qiagen mini loop PCR purification kit.חמם מראש 15 µL של בופר EB ל-50 °C ודלל את ה-DNA; דלל 0.5 µL של הדגימה ביחס של 1:4 ובצע קריאת NanoDrop כדי לטהר את התוצרים המוגברים. הכן ג'ל AGROS בריכוז 1.8% בנפח של 50 mL באמצעות מים בדרגת HPLC, והוסף TAE וברומיד לאחר שה-agros נמס. לאחר מכן, צוק את הג'ל וטען אותו.לאחר הוספת ארבעה µL של loading buffer לדגימות ה-input וה-IP, הרץ את הג'ל ב-120 volts למשך 45 דקות. נתח את הג'ל לאחר ההרצה. התוצאות צריכות להראות כי נוצרו מקטעים בטווח שבין 150 ל-350 base pairs.הם מייצגים מקטעי DNA גנומי באורך שבין 50 ל-250 זוגות בסיסים. בעזרת סכין מנתחים (scalpel), חתוך מהג'ל את האזור המכיל את החומר בטווח של 150 עד 350 זוגות בסיסים. הקפד להימנע מחיתוך של פס האדפטר, הנמצא בערך ב-120 זוגות בסיסים.הפיקו את ה-DNA באמצעות ערכה להפקה מהירה של ג'ל (kayak quick gel extraction kit) לפי הוראות היצרן. ייבשו את הדגימה עד לנפח מדויק של 11 µL ב-speed vac ללא חימום. הסירו 1 µL מהדגימה ומדדו את ריכוז ה-DNA באמצעות ספקטרופוטומטר NanoDrop.לבסוף, זהו תוצרי גנים מועשרים באמצעות מנתח הגנום של Illumina ונתח את אתרי הקישור והגנים המטרה כפי שמתואר בפרוטוקול הכתוב. קואורדינטות גנומיות של אזורי קישור מועשרים שזוהו של חלבון הקישור RB two או RBP two מוצגות בפורמט לפי כרומוזומים. ניתן להציג חפיפות של גני ensemble בכרומוזומים כסמני VAR שחורים.כאן מוצגת התפוסה של כרומוזום 10, כאשר אזורי קישור של rbp two מוצגים כקווים אנכיים. הפאנל האמצעי מציג את כל אזורי הקישור של איזופורמי rbp two בכרומוזום 10, והפאנל התחתון מציג את אזורי הקישור של האיזופורמה הגדולה של rbp two. מידע זה מספק סקירה כללית של תפוסה חופפת וספציפית של איזופורמי RBP two בכרומוזום 10.כאן מוצג מפת חום עם קטגוריות של תפקודי מולקולריים ב-gene ontology או go המועשרות באופן מובהק, עם תיקון של שיעור התגליות השגויות או FDR, בקרב הגנים הקשורים ל-rbp. שני גוונים הנוטים לאדום מעידים על מובהקות סטטיסטית גבוהה. צהוב מעיד על מובהקות סטטיסטית נמוכה, ואפור מעיד על היעדר מובהקות סטטיסטית.ניתוח העשרה מראה את התפקודיים המולקולריים החופפים והספציפיים לאיזופורמים של שני הגנים שהם מטרות של R BP. הרגע הצגנו בפניכם כיצד לזהות אתרי קישור של גורמי שעתוק במהלך הליך זה. חשוב להפיק מקטעי DNA בטווח הגדלים ובתשואה המתאימים.ניתן להשיג זאת על ידי מעקב אחר ההנחיות שלנו במהלך שלב ה-SONICATION. וזהו זה. בהצלחה בניסוייכם ותודה שצפיתם.

genome-wide-analysis-using-chip-to-identify-isoform-specific-gene

Research

JoVE Journal

Biology

ביולוגיה

נקודת השינוי בייס שלנו (BCP) אלגוריתם בונה על התקדמות מדינה-of-the-art בדוגמנות שינוי נקודות באמצעות מודלי מרקוב נסתרים וחייל אותם על הכרומטין immunoprecipitation ניתוח נתוני רצף (ChIPseq). BCP מבצע היטב בסוגי נתונים רחבים וpunctate, אבל מצטיין בזיהוי איים חזקים, לשעתק של העשרת היסטון מפוזרת באופן מדויק.

אלגוריתם רומן ייס שינוי נקודות לניתוח הגנום רחב, של סוגי נתוני ChIPseq מגוונים

בסרטון זה, אנו מדגימים את טכניקת המשקעים החיסוניים של הכרומטין כדי לזהות אתרי קישור חלבונים באזורים ספציפיים של הדנ"א הגנומי של תאים מבשרי אוליגודנדרוציטים באמצעות משקעים חיסוניים סלקטיביים של מקטעי כרומטין הקשורים לחלבון. שיטה זו מסייעת לחקור את האינטראקציה של מספר חלבונים רגולטוריים, כולל גורמי שעתוק המעורבים בבקרת גנים.

משקעים חיסוניים של כרומטין לזיהוי אתרי קישור חלבוני מטרה בדנ"א גנומי

שילוב של immunoprecipitation הכרומטין ורצף אולטרה תפוקה גבוהה (שבב ואילך) יכול לזהות ולמפות DNA חלבונים אינטראקציות בקו רקמה או תא נתון. התווה הוא איך ליצור תבנית באיכות גבוהה עבור סידור שבב שלאחר מכן, תוך שימוש בניסיון עם TCF7L2 גורם השעתוק לדוגמא ירושלים.

דור של תבנית הכרומטין immunoprecipitation איכות גבוהה עבור ה-DNA רצף תפוקה גבוהה (שבב ואילך)

פרוטוקול מתואר המשתמש במבחני Infinium של Illumina לבצע גנוטיפ בקנה מידה גדולה. מבחני אלה יכולים אמין גנוטיפ מיליונים SNPs על פני מאות דגימות DNA בודדות בשלושה ימים. נוצר פעם אחת, יכולים לשמש גנוטיפים הבאים כדי לבדוק לעמותות עם מגוון רחב של מחלות או פנוטיפים שונים.

Infinium Assay עבור יישומי Genotyping SNP בקנה מידה גדולה

מאמר וידאו זה מתאר שיטת microarray מבוסס במבחנה כדי לקבוע את מטרות הגן ואתרי קישור לשני רגולטורים תגובת מערכת רכיב.

שיטת צ&#39;יפ (DAP-שבב) מטוהרת-DNA-זיקה לקביעת מטרות גן לחיידקית שתי מערכות רגולטוריות רכיב

זיהוי מולקולות הקשורות לאזורי עניין גנומיים ספציפיים נדרש כדי להבין את מנגנוני הבקרה של התפקודים של אזורים אלה. פרוטוקול זה מתאר נהלים לביצוע אימון-אופרפריצציה של כרומטין בתיווך מולקולות קשירת DNA (enChIP) לזיהוי חלבונים ו-RNA הקשורים לאזור גנומי ספציפי.

בידוד של אזורים הגנומי ספציפיים וזיהוי של Associated מולקולות על ידי enChIP

גורמים epigenetic יכול לקיים אינטראקציה עם תוכניות גנטית כדי לווסת את ביטוי גנים ולווסת תא B פונקציה. על ידי שילוב חוץ גופית ב B-cell גירוי, לרביעיית-PCR, ו- microRNA בתפוקה גבוהה-רצף וגישות mRNA-רצף, אנחנו ניתן לנתח את אפנון epigenetic הביטוי miRNA וג'ין בתאי B.

הגנום כולו בתיווך ניתוח של HDAC מעכב אפנון של מיקרו Rna ו mRNAs ב B תאים המושרה Undergo מחלקה-מתג ה-DNA רקומבינציה, התמיינות תאים פלזמה

פרוטוקול זה מתאר שימוש קומבינטורית של שבב-seq, 4sU-seq, הכולל RNA-seq ריבוזום פרופיל עבור שורות תאים ותאים הראשי. הוא מאפשר מעקב אחר שינויים בגורם שעתוק כריכה, תמלול דה נובו , עיבוד RNA, מחזור, תרגום לאורך זמן, ומציג את השתלשלות האירועים הכוללת בתאים מופעל ו/או המשתנה במהירות.

ניתוח בזמן אמת של גורם שעתוק כריכה, תמלול, תרגום, מחזור ולהציג אירועים גלובליים במהלך ההפעלה הסלולרית

כתב היד מתאר מבוססי שבב דיגיטלי PCR assay לזהות נדיר CDH1 התעתיק variant (CDH1a) רגילה מוקפאות ורקמות הגידול המתקבל בחולים עם סרטן קיבה.

זיהוי של Variant התעתיק נדיר CDH1 ברקמות מוקפאות סרטן קיבה על ידי מבוססי שבב דיגיטלי PCR

אנו מציגים פרוטוקול כדי לזהות השלכות פונקציונליות של משתנים שאינם קידוד המזוהים על ידי לימודי הגנום הרחב (GWAS) באמצעות אינטראקציות תלת ממדיות של כרומטין.

מיפוי מחלת אלצהיימר משתנים גנים היעד שלהם באמצעות ניתוח חישובית של תצורת כרומטין

מאמר זה מתאר פרוטוקול ChIP-Seq בעל קנה מידה זעיר של אזורי DNA הקשורים לשינוי histone ספציפי (H3K27ac) באמצעות פלטפורמת מטפל בנוזל ChIP, ואחריו הכנת ספריה באמצעות tagmentation. ההליך כולל הערכת בקרה למטרות איכות וכמות וניתן לאמץ אותו לשינויי histone אחרים או גורמי תמלול.

הליך ChIP-Seq חצי-אטומי למחקרים אפיגנטיים בקנה מידה גדול

למדו ניתוח ChIP-Seq לזיהוי מטרות גנום רחב של היסטון דמתילאז KDM5A/JARID1A/RBP2 באמצעות immunoprecipitation כרומטין וריצוף. שיטה זו מאפשרת חקר אינטראקציות חלבון-DNA ורגולציה אפיגנטית.

הגנום כולו ניתוח באמצעות שבב זיהוי איזופורם ספציפי מטרות ג'ין

גלה סרטונים נוספים