Mapping mRNA Ends with RACE

RACE, or Rapid Amplification of cDNA Ends, is a PCR-based method used to find the full length of an mRNA transcript. It extends cDNA to either the 3' end or the 5' end, even when the full sequence is not already known. Because it focuses on one end of a transcript, it is also called one-sided or anchored PCR.

通常、新規のmRNAでは、その完全な配列の一部のみが知られています。mRNAの末端に欠けているヌクレオチド配列は、Rapid Amplification of cDNA Ends(RACE)と呼ばれるPCRベースの方法を使用して決定できます。

真核生物では、成熟したmRNAは両端に独特の構造的特徴を持っています。5プライム末端では、ほとんどの末端にメチル化グアノシン残基があり、5プライムから5プライムの三リン酸結合を介してmRNAに結合しています。これは、ファイブプライムキャップとも呼ばれます。3プライムエンドでは、ほとんどの真核生物は、ポリ(A)テールと呼ばれる20〜250のアデニル酸残基のテールを持っています。

さて、mRNA内のどこかで小さなセグメントの塩...