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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
표면 강화 라만 점멸의 분석이이 프로토콜에 설명 합니다 전원 법을 사용 하 여 실버 표면에 단일 분자의 랜덤 워크 인 비 산.
nanoaggregate 접속점에 단일 분자에서 관찰 표면 강화 된 라만 산란 (SERS) 점멸 합니다. 여기, 프로토콜 관련 활동을 준비 하는 방법에 선물 된다 nanoaggregate 실버, 미세한 이미지에서 특정 깜박이 명소의 비디오를 기록 하 고 깜박이 통계 분석. 이 분석에서 전원 법률 그들의 지속 시간에 상대적인 밝은 이벤트에 대 한 확률 분포를 재현합니다. 어두운 이벤트에 대 한 확률 분포는 지 수 함수 전원 법으로 적합 하다. 전원 법의 매개 변수는 모두 밝고 어두운 상태에서 분자 동작을 나타냅니다. 랜덤 워크 모델 및 전체 실버 표면에서 분자의 속도 추정 될 수 있습니다. 평균, 자기 상관 함수 및 슈퍼 해상도 관련 이미지를 사용 하는 경우에 추정 하는 것이 어렵습니다. 점멸의 기원만이 분석 방법에 의해 확인할 수 없습니다 때문에 미래에 전원 법 분석 스펙트럼 이미징, 함께 결합 되어야 합니다.
표면 강화 라만 산란 (SERS) 고귀한 금속 표면에서 고감도 라만 분광학 이다. 금속 표면에 단일 분자의 정보를 조사 수 이후 기능적인 그룹 분자에서 진동 모드를 통해 날카로운 피크 위치에 따라 분자 구조에 대 한 자세한 정보를 제공 하는 라만 스펙트럼 관련1,2,3을 사용 하 여. 단일 분자 수준에서 흡착과 실버 nanoaggregate에서 깜박이 신호 관찰1,2,3,,45,6, 7 , 8 , 9 , 10 , 11 , 12 , 13 , 14 , 15 , 16, 그리고 스펙트럼 변동1,2,3,,45,6,7,8, 9,10,11,12,,1314. 깜박임 무작위로 나노미터 크기의 nanoaggregate 접속점에 향상 된 전자기 (EM) 필드 밖으로 이동 하는 단일 분자에 의해 유도 될 수 있다. 따라서, 점멸 SERS 농도 및 bi 분석2,,317의 포아송 분포를 사용 하는 기술에 비해 단일 분자 검출에 대 한 간단한 증거를 간주 됩니다. 그러나, 강하게 Ag 표면에 분자 행동에 달려 있습니다, 깜박이 변동 스펙트럼의 상세한 메커니즘은 아직도 논란이 있습니다.
이전 학문에서는, 점멸 관련 분석 된 고 확산 계수는 향상 된 EM 필드12,13,14 밖으로 이동 하는 분자의 농도 계산할 수 있습니다 자기 상관 함수를 사용 하 여 . 또한, 불안정 총 강도 나타내는 정규화 된 표준 편차 점수는 신호15시간 프로필에서 파생 되었습니다. 그러나, 이러한 분석 방법 몇 가지 분자의 동작에 따라 수 있습니다. 반면, 깜박이 SER의 슈퍼 고해상도 이미징, 향상 된 EM 필드에 단일 분자 동작 확인 된16될 수 있습니다. 그러나, 이러한 기술은 향상 된 EM 필드에만 이러한 매개 변수를 얻을 수 있습니다. (예를 들어, 깜박이 SERS)에서 넓은 범위 내 단일 분자의 임의의 동작 전원 법 보다는 평균4,,56,7,8로 대표 될 수 있다 ,,910,11, 단일 반도체 양자 점 (QD)18,19의 점멸 형광 비슷합니다. 전원 법 분석4,5,6,7,,89,10,11, 분자 동작을 사용 하 여 (향상 된 EM 필드)에 밝은 상태와 어두운 상태10;에서 예상할 수 있는 즉, 전체 실버 표면 분자의 행동은 추정 될 수 있습니다.
이 기술에 대 한 실버 콜 로이드 nanoaggregates는 사용된4,5,6,7,,89,,1011. 이러한 nanoaggregates 그들은 특정 한 파장에 흥분 하는 때 강력 하 게 향상 된 전자기 필드를 영향을 미칠 다양 한 지역화 된 표면 플라스몬 공명 (LSPR) 밴드를 표시 합니다. 따라서, 관련 액티브 실버 나노 콜 로이드 서 스 펜 션, 그리고 일부 데이터에 존재 하는 즉시 얻을 수 있습니다. 특정 크기, 모양, 그리고 준비는 간단한 nanostructures의 경우 SER 점멸의 LSPR 의존 다른 의존7;을 숨길 수 있는 즉, LSPR에 좋은 소식이 나 나쁜 nanostructure 사용 하는 경우 매개 변수 상수, 되며 다른 의존 따라서 숨겨져 있을 것 이다. 전원 법 분석 실버 콜 로이드 nanoaggregates4,,56,7,8, 에서 깜박이 관련의 다양 한 종속성을 발견 하는 데 사용 되었습니다. 9 , 10 , 11.
1. 샘플 준비
2입니다. 점멸은 나노 입자의 관찰
3입니다. 깜박이 SER의 분석
)는 전원 법 지 수 α에에 깜박이 자리 특정 추론할. P에(t)는으로 장착 하는 경우
, 그림 4A에 점선으로 표시 된 것 처럼 장착된 라인 P(t)의 값이 작은 플롯에서 일탈.
는 전원 법 지 수 α오프 와는 잘림 시간 τ 동일한 점멸에서 자리를 추론할. P오프(t)는으로 장착 하는 경우
, 맞춤된 곡선 P오프(t)의 값이 작은 플롯에서 성적이 상자.그림 111에서 같이 폴 리-L-리 신 1.2 프로토콜에 의해 준비와 함께 실버 nanoaggregates에서 관련 및 표면 강화 된 형광 색된 점멸 명소 관찰 된다. 반면에, SERS에서 단조로운 색된 점멸 명소 프로토콜 1.37,8,,910에 의해 준비 된 염료 분자와 실버 nanoaggregates에 대 한 관찰 되었다. "부정적인" 결과의 두 가지 유형이 있다: 지속적인 결과, 또는 아무 관련은 관찰 결과. 전 고 후자의 결과 각각 콜 로이드 실버 표면에 분자의 높은 또는 낮은 농도 의해 발생할 수 있습니다.
단일은 nanoaggregate에서 신호는 그림 2B와 같이 다양 한 시간에 다양 한 농도 보여줍니다. 이것은 단일 QD의 점멸 형광에서 다른입니다. 형광 강도의 히스토그램 표시 밝고 어두운 상태18를 대표 하는 두 가지 봉우리. 긴 범위 시간 프로필 그림 34처럼 짧은 범위에 그것의 확장와 비슷합니다. 이 라고 ' 자기 유사성 ' 또는 '프랙탈'; 즉, 개체의 특징은 그들의 길이 스케일 확장 되 면 비슷한 간주 됩니다.
로그-로그 그래프에서 밝고 어두운 이벤트에 대 한 확률 분포가 그려집니다 그들의 기간에 대 한 선 및 곡선, 각각, 그림 4 (단일 QD에서 깜박이) 반대19참조. 그래프에서 선의 기울기는 전원 법 지 수에 해당합니다. 반면, 짧은 자르기 시간 짧은 꼬리에 어두운 상태에 대 한 전원 법 잘린다는 사실에서 추론 이다. 어두운 관련 이벤트에 대 한 확률 분포는 때때로 전원 법 보다는 지 수 함수에 의해 적합 하다. 즉, 큰 오류가 매우 긴 잘림 번은 파생된9,10. 그러나, 그건 "부정적인" 결과 지 수 함수 전원 법 어두운 관련 이벤트에 대 한 확률 분포를 재현할 수 없습니다.
전원 법 지 수 α온/오프 및 잘림 시간 τ 그림 5에 표시 된 대로 개별 실버 나노 쇼에서 다양 한 값을 추론. 많은 전원 법 지 수에서 표준 오차와 평균 파생 이며 다양 한 조건에서 다른 값과 비교 합니다. 자르기 번의 경우 평균 보다는 중앙값 비교에 적합 수 있습니다. 다행히도, 약 12 깜박이 관광 명소 비디오에서 동시에 관찰 될 수 있기 때문에 데이터의 과다 점멸의 여러 동영상에서 얻을 수 있습니다.

그림 1: 깜박이 SERS의 대표 이미지. 여러 가지 빛깔된 깜박이 명소와 폴 리-L-리 신 실버 nanoaggregates에서 관찰 된다. 눈금 막대 = 10 µ m. 이것은 긴 패스를 통해 컬러 CCD 카메라 결합 거꾸로 현미경으로 찍은 필터 (보충 자료의 그림 S1 에서 해당 비디오 동영상 참조). 이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭 하십시오.

그림 2: 신호 강도에서 깜박이 자리. 의 (A) 대표 시간 프로필 (B) 그 기준선은 빼서 어두운 영역에서 시간 프로필 및/또는 다항식 함수를 통해 피팅 평평 하 게 되어 시간 프로필. 화학의 왕 사회8에서 허가로 재현. (C) 확대의 광장 (B), 즉, 시간 프로필의 기준선. (D) 기준 포인트의 농도의 도식 밀도. 이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭 하십시오.

그림 3: 자리에서 점멸 신호 강도 및 밝고 어두운 이벤트 (수평 라인)의 정의 대 한 임계값의 대표적인 시간 프로필. 이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭 하십시오.

그림 4: 깜박이 반점 그들의 기간에 대 한 플롯에 대 한 대표적인 확률 분포. (A) 밝은 이벤트에 대 한 확률 분포는 로그-로그 그래프에 그들의 기간에 대 한 플롯. 견고 하 고 점선 라인 로그10P(t)으로 방정식을 사용 하 여 결과 적합 = 로그10(
)와 P에(t) =
, 각각. (B) 어두운 이벤트에 대 한 확률 분포는 로그-로그 그래프에 그들의 기간에 대 한 플롯. 그들은 지 수 함수 전원 법률에 의해 주어진 곡선으로 장착 될 수 있습니다. 이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭 하십시오.

그림 5: 전원 법에서 파생 된 매개 변수의 대표적인 히스토그램. (A) 히스토그램 밝은 이벤트에 대 한 전원 법 지 수. 어두운 이벤트에 대 한 전원 법 지 수 (B) 히스토그램. (C) 자르기의 히스토그램 어두운 이벤트에 대 한 전력 지 수 함수 법 회. 이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭 하십시오.

그림 S1: 깜박이 SER의 대표적인 영화. 여러 가지 빛깔된 깜박이 명소와 폴 리-L-리 신 실버 nanoaggregates에서 관찰 된다. 이 50 µ m × 40 µ m의 영역을 커버 하 고 긴 패스 필터를 통해 컬러 CCD 카메라 결합 거꾸로 현미경으로 찍은. 이 비디오를 보려면 여기 클릭 하십시오 (다운로드 오른쪽 클릭.)

그림 S2: 폴 리-L-리 신 또는 NaCl의 추가 의해 형성 된은 nanoaggregate의 대표 스캐닝 전자 현미경 이미지. 이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭 하십시오.

그림 S3: thiacarbocyanine 분말에 대 한 기존의 라만 스펙트럼 및 thiacarbocyanine와 단일 실버 nanoaggregate에서 대표 임시 요동 SERS 스펙트럼. 화학의 왕 사회8에서 허가로 재현. 이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭 하십시오.
| 이벤트 | 시작 시간/s | 끝 시간/s | 기간/s |
| 어두운 | 0.0000 | 3.5476 | 3.5476 |
| 밝은 | 3.5476 | 4.0981 | 0.5505 |
| 어두운 | 4.0981 | 5.8720 | 1.7738 |
| 밝은 | 5.8720 | 5.9331 | 0.0612 |
| 어두운 | 5.9331 | 6.3613 | 0.4282 |
| 밝은 | 6.3613 | 6.4836 | 0.1223 |
| 어두운 | 6.4836 | 6.6671 | 0.1835 |
| 밝은 | 6.6671 | 6.7895 | 0.1223 |
| 어두운 | 6.7895 | 7.0341 | 0.2447 |
| 밝은 | 7.0341 | 7.0953 | 0.0612 |
| 어두운 | 7.0953 | 8.3798 | 1.2845 |
| 밝은 | 8.3798 | 8.4409 | 0.0612 |
| 어두운 | 8.4409 | 8.6856 | 0.2447 |
| 밝은 | 8.6856 | 8.7468 | 0.0612 |
| 어두운 | 8.7468 | 9.6643 | 0.9175 |
| 밝은 | 9.6643 | 9.9089 | 0.2447 |
| 어두운 | 9.9089 | 9.9701 | 0.0612 |
| 밝은 | 9.9701 | 10.3371 | 0.3670 |
| 어두운 | 10.3371 | 10.3983 | 0.0612 |
표 1: 어둡거나 밝은 이벤트, 이벤트 시작 시간, 종료 시간 이벤트 및 이벤트 기간 대표 테이블. 이 그림 3에서 파생 되었다.
| 기간/s | 롤 이벤트의 | 합계 | (Summation)/(Duration) | 확률 분포/s-1 |
| 0.0612 | 102 | 205 | 3351.5791 | 0.64494 |
| 0.1223 | 41 | 103 | 841.9821 | 0.16202 |
| 0.1835 | 18 | 62 | 337.8828 | 0.06502 |
| 0.2447 | 9 | 44 | 179.8408 | 0.03461 |
| 0.3058 | 4 | 35 | 114.4442 | 0.02202 |
| 0.3670 | 3 | 31 | 84.4707 | 0.01626 |
| 0.4282 | 3 | 28 | 65.3967 | 0.01258 |
| 0.4893 | 4 | 25 | 51.0911 | 0.00983 |
| 0.5505 | 1 | 21 | 38.1481 | 0.00734 |
| 0.6117 | 1 | 20 | 32.6983 | 0.00629 |
| 0.6728 | 5 | 19 | 28.2395 | 0.00543 |
| 0.7340 | 2 | 14 | 19.0740 | 0.00367 |
| 0.9786 | 1 | 12 | 12.2619 | 0.00236 |
| 1.0398 | 1 | 11 | 10.5789 | 0.00204 |
| 1.1621 | 2 | 10 | 8.6048 | 0.00166 |
| 1.3456 | 1 | 8 | 5.9452 | 0.00114 |
| 1.4068 | 1 | 7 | 4.9758 | 0.00096 |
| 1.9573 | 1 | 6 | 3.0655 | 0.00059 |
| 2.0796 | 1 | 5 | 2.4043 | 0.00046 |
| 2.2631 | 1 | 4 | 1.7675 | 0.00034 |
| 2.4466 | 1 | 3 | 1.2262 | 0.00024 |
| 2.8136 | 1 | 2 | 0.7108 | 0.00014 |
| 2.9359 | 1 | 1 | 0.3406 | 0.00007 |
표 2: 기간, 이벤트 각 기간, 긴 기간에 대 한 이벤트의 수의 합계에 대 한 합계를 각 기간 및 그들의 표준화 된 확률 분포를 나눈 수의 대표적인 테이블.
저자는 공개 상관이 있다.
표면 강화 라만 점멸의 분석이이 프로토콜에 설명 합니다 전원 법을 사용 하 여 실버 표면에 단일 분자의 랜덤 워크 인 비 산.
저자는이 작품의 그들의 유익한 토론에 대 한 교수부터 Y. 오자키 (간사이 학원 대학) 및 박사 T. 이토 (국립 연구소의 첨단 산업 과학 및 기술)을 감사합니다. 이 작품의 교육부, 문화, 스포츠, 과학, 및 기술 (No. 16 K 05671)에서 KAKENHI (선진적인 과학 연구 c)에 의해 지원 되었다.
| 질산은, 99.8% | Wako | 194-00832 | |
| 구연산 삼나트륨 이수화물, 99. | %Wako | 191-01785 | |
| 폴리-L-라이신 수용액, 0.1% | Sigma-Aldrich | P8920 | |
| 3,3'-디술포프로필티아시아닌 트리에틸아민 | Hayashibara Biochemical Laboratories | NK-2703 | 티아시아닌 염료 |
| 의 일종3,3'-디에틸-5,5'-디클로로-9-메틸티아카르보시아닌 요오드염 | 하야시바라 생화학 연구소 | SMP-9 | 티아카로보시아닌 염료의 일종 |
| 염화나트륨, 99.5% | Wako | 191-01665 | |
| Dimroth 콘덴서 | 이와키 | 61-9722-22 | AS ONE |
| 마그네틱 교반기 | Corning | DC-420D | |
| 오일 배 | 스어드밴텍 | OS-220 | |
| 유리판 | Matsunami | S-1112 | 현미경 슬라이드 |
| 송풍기 | Hozan | Z-288 | 에어 더스터 |
| 리퀴드 블로커 펜 | Daido Sangyo | LIQUID BLOCKER (Super Pap Pen). 면역조직화학 응용을 위해 설계된 즉시 사용 가능한 소수성 장벽 펜 | |
| 반전 현미경 | Olympus | IX-70 | |
| 대물 렌즈 | Olympus | LCPlanFl 60× | 북미 0.7 |
| 암시야 콘덴서 | Olympus | U-DCD | NA 0.8– 0.92 |
| 냉각 디지털 CCD 카메라 | Hamamatsu | ORCA-AG | 소프트웨어로 제어 |
| 냉각 디지털 CCD 카메라 | Hamamatsu | AquaCosmos | 소프트웨어는비디오의 깜박이는 지점에서 시간 프로필을 유도하는 데에도 사용됩니다. |
| 컬러 CCD 카메라 | ELMO | TNC-C920 | 분석에 사용되지 않음 |
| DPSS 레이저 | RGB 레이저 시스템 | NovaPro532-75 | λ = 532 nm; 60 mW (600 W/cm2의 전력 밀도에 해당) |
| 간섭 필터 | Semrock | LL01-532-12.5 | |
| 롱 패스 필터 | Semrock | BLP01-532R-25 | |
| 밝기/어두운 이벤트의 구별 및 계산을 위한 소프트웨어 | C++에 의해 프로그래밍 | 된홈 메이드 | |
| 멱법칙에 의한 피팅을 위한 소프트웨어 | LightStone | Origin6.1 |