ITS2 데이터베이스

내부 전사 스페이서 2 리보솜 유전자 또는 I TS 2는 분자 계통학에서 가장 중요한 마커 중 하나입니다. 지난 20년 동안의 연구는 주로 계통발생학적 재구성을 위해 I Ts 두 염기서열을 활용하는 데 중점을 두었습니다. 그러나 I TS 2 의 2 차 구조는 여러 가지 이유로 인해 계통 발생 추론 분야에서 점점 더 많이 사용되고 있습니다.

2차 구조 분석은 이 마커의 분류학적 적용 가능성을 확장하는 반면, 빠르게 진화하여 매우 가변적인 I TS 두 서열은 주로 종 수준 이하의 계통발생학적 분석에 적합합니다. 구조 정보를 추가하면 4가지 특성으로 구성된 강력하게 보존된 I ts 2 2 차 구조로 인해 더 높은 분류학적 순위에서 동시에 분석할 수 있습니다. 따라서, 2차 구조 분석의 결과는 1차 염기서열에서 얻은 계통발생학적 분해능을 향상시킬 수 있습니다.

친애하는 동료 여러분, 환영합니다, 제 이름은 Matthias Wolf입니다. 저는 지금 약 8년 동안 I ts two proof에서 일하고 있습니다. 저는 독일 뷔르츠부르크 대학(University of Wurzburg)의 바이오 센터(bio center)의 생물정보학과에서 일하고 있습니다.

오늘 우리는 I ts two 데이터베이스를 사용하는 방법에 대한 작은 영화를 소개하고자합니다. 안녕하세요, 저는 추입니다. 그 영화의 이유는 I Ts two 데이터베이스가 실제로 저장을 위한 데이터베이스일 뿐만 아니라 계통 발생 분석을 개선할 수 있는 많은 도구를 제공하기 때문입니다.

이 동영상에서는 이러한 도구를 사용하는 방법과 이러한 모든 도구를 함께 연결하는 방법을 보여 드리고자 합니다. 맞는. I Ts 두 시퀀스의 묘사는 구조 예측에 중요할 수 있습니다. 따라서 숨겨진 마크오프 모델 기반 주석에 대한 웹 기반 인터페이스가 구현되었습니다.

I Ts 두 시퀀스에 대한 올바른 주석을 얻으려면 웹 사이트 상단의 시퀀스 편집기에 붙여 넣을 수 있습니다. 이는 계획의 예제 시퀀스를 로드하여 입증됩니다. 시퀀스 편집기 자체는 I TS 두 시퀀스가 유효한지 여부를 확인하고 오류 메시지를 출력합니다.

예를 들어, PAC가 아닌 문자를 사용하는 경우 올바른 HMM을 선택한 후 각 5.8초 및 28개의 SRNA에 주석을 클릭하여 프로세스를 시작할 수 있습니다.이는 프로그램이 제거되고 그 사이에 위치한 올바르게 주석이 달린 두 개의 시퀀스는 그대로 둡니다. 결과적으로, 구분 된 I TS 두 개의 시퀀스뿐만 아니라 5.8 s 및 28 S-R-R-N-A의 예측된 하이브리드가 표시됩니다. 새로 유지된 I ts 2개의 서열에 대한 주석 후 HMM 어노테이션 정확도의 확인으로서, 2차 구조는 두 가지 수단에 의해 결정될 수 있다.

첫 번째 예측은 템플릿으로 사용되는 데이터베이스의 전체 시퀀스 및 구조 세트를 사용하여 상동성 모델링에 의해 수행될 수 있습니다. 주석이 달린 구조를 예측하려면 두 개의 시퀀스 클릭 예측 구조를 예측합니다. 오른쪽 두 시퀀스가 일반적인 두 개의 2차 구조로 직접 접힐 수 있는 경우 결과가 즉시 표시됩니다.

이제 여러 옵션 중에서 선택하여 데이터 풀에 추가하는 것을 포함하여 시퀀스 구조를 추가로 처리할 수 있습니다. 만약 당신의 권리가, 두 개의 시퀀스를 직접 접을 수 없다면, 데이터베이스에 대한 폭발 검색이 수행됩니다. 결과 페이지에는 각 플라스틱에 대한 상동성 모델링을 템플릿으로 포함하여 최고의 폭발 적중이 표시됩니다.

더하기 기호 세부 정보를 클릭하면 원하는 시퀀스 구조 쌍을 선택하고 추적 및 드롭으로 또는 마우스 오른쪽 버튼을 클릭하여 컨텍스트 메뉴를 사용하여 데이터 풀에 추가할 수 있습니다. 두 번째 방법은 보조 구조를 템플릿으로 포함하여 하나 이상의 시퀀스를 수동으로 입력하여 가장 적합한 보조 구조를 쿼리 시퀀스로 전송하는 것입니다. 이는 여러 템플릿에 대한 예제 파일을 로드하여 입증됩니다.

Predict best templates(최상의 템플릿 예측)를 클릭하면 기본 설정으로 상동성 모델링을 수행할 수 있습니다. 상동성 모델링 프로그램은 모든 구조에 대해 모두를 계산하고 최상의 쿼리 템플릿 조합을 표시합니다. 결과 테이블에서 보조 구조를 성공적으로 사용하여 하나 또는 여러 쿼리 시퀀스를 모델링할 수 있는 템플릿을 확인할 수 있습니다.

다시 말하지만, 완전한 상동성 모델링 접근 방식은 I TS two와 독립적이므로 더하기 기호를 클릭하여 결과에 대한 세부 정보를 열 수 있습니다. 알려진 구조를 가진 상동 분자가 주어진 모든 RNA의 2차 구조를 예측하는 데 사용할 수 있습니다. 또한 결과 시퀀스 구조 쌍은 드래그 및 tr 당 또는 마우스 오른쪽 버튼을 클릭하여 열리는 컨텍스트 메뉴를 통해 데이터 풀에 추가 할 수 있습니다.

전체 구조 외에도 세 번째 나선의 정점 앞에 있는 A-U-G-G-U 시퀀스와 두 번째 나선에서 일치하지 않는 회음부 피라미드와 같은 보존된 동기가 I TS two에 대해 설명되었습니다. 이 UU 불일치는 두 가지 동기로 둘러싸여 있는데, 하나는 나선 2의 왼쪽에, 다른 하나는 나선 2와 3 사이의 오른쪽에 있으며, 추가적인 삼중 A 뉴클레오티드가 있습니다. 이러한 시퀀스 동기를 hms로 변환했으므로 이제 관심 있는 시퀀스에서 이러한 동기를 식별할 수 있습니다.

이러한 동기를 검색하려면 검색 필드에 쿼리 순서를 입력하고 올바른 모델을 선택하십시오. 다시 말하지만, 이는 계획에 대한 예제 파일을 로드하여 입증됩니다. 계산을 시작하려면 동기 검색을 클릭하십시오.

발견 : 두 가지 동기가 주석이 추가되고 쿼리 시퀀스에서 강조 표시됩니다. I ts 두 개의 데이터베이스로부터 I ts 두 개의 시퀀스 구조 쌍을 검색할 수 있는 한 가지 가능성은 검색 기능입니다. 이를 통해 사용자는 taxon 이름 또는 gen bank identifier로 시퀀스 구조를 검색할 수 있습니다.

GenBank 식별자로 시퀀스 구조를 검색하려면 검색 필드에 GI를 입력하고 검색을 클릭합니다. 히트 목록이 새 탭에 나타납니다. show details를 클릭하여 시퀀스 구조의 세부 정보를 볼 수 있습니다.

또한 드래그 앤 드롭당 시퀀스 구조 표시를 클릭하여 탭 내의 모든 히트의 시퀀스 S 지시를 표시하거나 마우스 오른쪽 버튼을 클릭하여 컨텍스트 메뉴를 통해 선택한 시퀀스 구조를 데이터 풀에 추가할 수 있습니다. gi에 의한 시퀀스 구조 쌍을 검색하는 것 외에도 검색 필드에 taxon 이름을 입력할 수 있으며, 이는 나타나는 라이브 검색 상자에서 지원됩니다. 모든 히트를 나열하는 새 탭이 나타나면 이전과 동일한 기능에 액세스할 수 있습니다.

예를 들어, 드래그 앤 드롭당 데이터 풀에 선택 항목을 추가합니다. 데이터베이스에서 시퀀스 구조 쌍을 검색할 수 있는 두 번째 가능성은 browse 함수입니다. 여기에서 텍스트는 분류되어 있습니다.

NCBI 분류 데이터베이스에 따르면 데이터는 트리와 같은 구조를 통해 액세스할 수 있습니다. 웹 사이트 왼쪽에 있습니다. 더하기 기호를 클릭하면 텍스트를 한 수준 아래에 표시할 수 있습니다.

분류군 이름을 클릭하면 각 시퀀스 구조, 분류군 쌍을 포함하는 새 탭이 열립니다. CEM 은행 식별자 또는 종 정보를 사용하여 염기서열 및 구조를 검색하는 것 외에도 I Ts two 데이터베이스는 폭발 기반 검색도 제공합니다. 그러나 눈에 띄는 폭발 절차는 먼 관련이 있는 것을 식별할 수 없는 경우가 많습니다.

I ts 높은 서열 발산 때문에 두 개의 서열. 이러한 장애를 극복하기 위해 우리는 상동성 검색을 위해 고도로 보존된 구조에 대한 정보를 포함하는 시퀀스 및 구조 기반 폭발 검색을 구현했습니다. 이것은 서열 구조를 12글자 의사 단백질 서열로 변환하여 수행됩니다.

따라서 관심 있는 모든 시퀀스로 시작하는 종 샘플링은 다음을 포함합니다. 광범위한 분류학적 범위는 폭발적인 검색만큼 간단해졌습니다. blast 검색을 수행하려면 쿼리 시퀀스를 시퀀스 편집기에 입력할 수 있습니다.

쿼리 시퀀스가 구조가 없는 일반 뉴클레오티드 시퀀스인 경우, 2차 구조를 포함하는 시퀀스에 대해 일반적인 blast n 알고리즘이 사용됩니다. 웹 인터페이스는 I Ts 두 개의 폭발 알고리즘을 사용합니다. 폭발을 클릭하여 프로세스를 시작합니다.

잠시 후 폭발 히트가 새 탭에 나열됩니다. 여기에서 각 쿼리 시퀀스에 대해 한 번의 탭이 표시됩니다. show alignments를 클릭하면 이전과 같이 석고 정렬을 스크롤할 수 있으며 원하는 시퀀스 구조 쌍을 선택하고 데이터 풀에 넣을 수 있습니다.

ITS 두 데이터베이스에서 작업하는 동안 데이터 풀이 여러 시퀀스 구조로 채워졌을 수 있습니다. 언제든지 데이터 풀에 액세스하여 해당 콘텐츠를 표시할 수 있습니다. 분석의 다음 단계는 다중 시퀀스 구조 정렬입니다.

데이터 세트 분석을 클릭한 다음 시퀀스 및 구조를 클릭하여 시퀀스 구조 정렬을 수행합니다. 이제 선형의 그래픽 모드를 선택하라는 메시지가 표시됩니다. 큰 시퀀스 집합의 경우 슬림 버전을 선택하는 것이 좋습니다.

데이터 풀에는 몇 개의 시퀀스 구조만 포함되어 있으므로 전체 그래픽 모드를 선택합니다. 계산이 완료되면 정렬이 데이터 풀에 추가됩니다. 염기 쌍의 한 면을 강조 표시하면 해당 면이 자동으로 강조 표시됩니다.

마지막으로, 안전한 정렬을 클릭하면 정렬이 안전할 수 있습니다. 염기서열 구조 정렬의 품질에 만족하면 analyze data set을 클릭한 다음 neighbor를 클릭하여 계통발생 이웃 조인 트리를 계산할 수 있습니다. 결과 트리를 조인하면 새 탭에 나타납니다.

스크롤 막대를 사용하여 트리의 크기를 자유롭게 조정하고 트리의 임의의 노드 또는 리프를 클릭하여 트리의 경로를 변경한 다음 이 노드에서 경로를 변경할 수 있습니다. 데이터 풀에서 taxon을 제거하려면 leaf를 클릭하고 선택합니다. 풀에서 이 노드를 제거합니다.

이제 안전한 트리를 클릭하여 감소된 분류군 샘플링으로 정렬과 트리를 다시 계산할 수 있습니다. 계통 발생 나무를 NU 형식으로 저장할 수 있습니다. 이 웹 사이트 정보를 클릭 한 다음 도구를 클릭하여 판매 및 전문가를위한 독립 실행 형 도구에 대한 추가 정보를 찾으십시오.

I Ts two 데이터베이스 웹 인터페이스에서 제공하는 Neighbor 조인 기능의 정렬 외에도 이제 몇 가지 새로운 기능(예: 보상 기반 변경 사항을 기반으로 하는 species Del Limitation)에 액세스할 수 있습니다. 마지막 몇 분 동안, 우리는 계통발생학적 분석을 개선할 수 있는 몇 가지 요령을 보여드리고자 합니다. I Ts 2 데이터베이스에서 데이터를 수집하고, 4 개의 셀로 정렬하고, 마지막으로 Pro로 트리를 계산하는 방법을 보여 드렸습니다.이 모든 단계를 S.In 순서뿐만 아니라 순서와 구조도 고려했습니다. 물론.

우리의 작은 영화와 무거운 나무 짓기가 즐거웠기를 바랍니다. 안녕히 주무세요.