Name: ITS2 데이터베이스 (동영상) | JoVE Journal
Uploaded: 2012-03-12T13:00:00.000+00:00
Duration: 16 min 17 s
Description: 배우세요 ITS2 데이터베이스를 활용한 계통발생학 분석 방법을. 서열 주석, 구조 예측, 정렬 도구를 통합하여 정확하고 효율적인 계통추론을 지원합니다.

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우리는 진심으로 풍부하고 소중한 의견 ITS2 그룹 Biocenter, 뷔르츠부르크 대학에 감사드립니다. 자금 조달을 위해, 우리는 또한 독일 Forschungsgemeinschaft (교부금 Mu-2831/1-1 DFG)에 감사드립니다.

1. ITS2 시퀀스의 올바른 주석 <ol><li> : 여기 ITS2 데이터베이스 phylogeny의 작업대 액세스 <a href="http://its2.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de" target="_blank">http://its2.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de을</a> </li><li> 섹션의 &#39;주석 달기&#39;아이콘을 클릭하여 분석을 시작 &quot;도구.&quot; 다음 웹 사이트의 상단에있는 시퀀스 편집기로 시퀀스를 입력하거나 붙여 넣습니다. 시퀀스 편집기는 자동으로 ITS2 시퀀스 유효 여부 확인합니다. </li><li> (식물에 대한 예 Viridiplantae)하여 시퀀스에 적합한 HMM 모델을 선택합니다. </li><li> 클릭하여 프로세스를 시작 &quot;주석 달기를.&quot; </li><li> &quot;잡종&quot;아이콘을 유혹하여 당신이 흠 해설의 정확도 확인으로 5.8S와 28S rRNA 하이브리드의 이미지를 볼 수 있습니다. </li><li> 이차 구조 예측의 방법을 선택하는 결과로 ITS2 시퀀스의 녹색 더하기 기호를 클릭하십시오 알려진 templat없이 구조를 예측하는전자는 클릭 &#39;구조를 예측. &quot; 당신 상동 모델링을 위해 자신의 템플릿을 사용하려면, &quot;모델 구조&quot;를 클릭하십시오. </li></ol> 2. 차 구조 예측 <ol><li> 예측 <ol><li> 주석 ITS2 순서가 자동 시퀀스 편집기에 붙여 넣어집니다. </li><li> 기본 설정으로 이차 구조 예측을 시작하려면 &quot;구조 예측 &#39;버튼을 클릭하십시오. </li><li> 녹색 더하기 기호를 클릭하여 데이터 풀로 모델 이차 구조를 포함하여 결과 ITS2 시퀀스를 저장하고 다음 &quot;수영장에 추가.&quot; 또는 드래그 앤 드롭 (그림 1)를 통해 데이터 풀에 추가할 수 있습니다. </li><li> 순서가 직접 접을 수 없었다면, 상동 모델링 최상의 결과가 표시됩니다. 드래그를 통해 시퀀스 구조 가장 적합한을 저장하고 데이터 풀에 놓습니다. 또한 다음 마우스 오른쪽 버튼으로 클릭하고의 클릭으로 데이터 풀에 시퀀스 구조를 저장 &quot;수영장에 추가.&quot; </li></ol></li><li> 사용자 모델링 <ol><li> 입력하거나 붙여넣으 하나 또는 여러 개의 템플릿 (알려진 구조) 위쪽 시퀀스 편집기로. </li><li> 입력하거나 붙여넣으 하나 또는 여러 대상 시퀀스 (구조없이) 낮은 시퀀스 편집기로. </li><li> 기본 설정으로 상동 모델링을 시작하려면 &quot;최고의 서식 파일 (들) 예측 &#39;을 클릭하십시오. </li><li> 최고의 템플릿 - 대상 조합은 결과 목록에 표시됩니다. </li><li> 드래그하고 데이터 풀에 드롭을 통해 또는 마우스 오른쪽 버튼으로 클릭하고 발생한 클릭에 의한 중 원하는 순서 구조 (들) 모델로 저장 &quot;수영장에 추가.&quot; </li></ol></li></ol> 3. 모티프 검색 <ol><li> 홈페이지 상단의 시퀀스 편집기에 쿼리 순서 (들)을 입력하거나 붙여 넣습니다. </li><li> 올바른 HMM 모델 (식물에 대한 예 Viridiplantae)를 선택합니다. 3.3. 프로세스를 시작하려면 &quot;Motif로 검색&quot;을 클릭합니다. </li><li> 강조 모티프로 ITS2 시퀀스는 illustra 있습니다사이트 하단의 테드. </li><li> 이차 구조에 강조 모티브를 표시할 순서 머리글 옆에있는 아이콘을 클릭합니다. </li></ol> 4. 검색 및 찾아보기 <ol><li> 검색 <ol><li> 타입 taxon 이름이나 홈페이지 상단의 검색 필드에 GenBank 식별자 (GI) 중. </li><li> taxon 이름으로 검색이 나타나지 라이브 검색창에 의해 지원됩니다. </li><li> 당신의 쿼리를 쉼표로 분리하여 여러 검색을 수행할 수 있습니다. </li><li> 검색을 실행하는 &quot;검색&quot;버튼을 클릭하십시오. </li><li> 이 수는 새로운 탭에 나열되어 나타납니다. </li><li> 특정 컬럼에 따라 결과를 정렬하려면 열 이름을 클릭합니다. 당신은 또한 열 메뉴로 원하는 열을 추가하거나 제거할 수 있습니다. 열 메뉴가 열 이름 이내에 나타나는 화살표 아이콘 클릭으로 입력할 수 있습니다. </li><li> 시퀀스 구조에 대한 세부 정보를 보려면 &quot;보기 세부 사항&quot;을 클릭합니다. &lt;/ 리&gt; <li> 드래그하고 데이터 풀에 드롭을 통해 또는 마우스 오른쪽 버튼으로 클릭하고 발생한 클릭에 의한 중 원하는 순서 구조 (들)을 저장 &quot;수영장에 추가.&quot; </li><li> 외부 파일에 결과를 저장하려면, &quot;선택 저장&quot;을 클릭하거나 &#39;모두 저장&#39;을 클릭합니다. </li></ol></li><li> 찾아보기 <ol><li> 웹사이트의 왼쪽에있는 트리 모양의 구조를 탐색하여 ITS2 데이터베이스를 찾습니다. </li><li> 한 수준 낮은 taxa를 보려면 더하기 기호를 클릭합니다. </li><li> taxon 각 시퀀스 구조를 포함하는 새 탭을 엽니다 taxon 이름을 클릭합니다. </li><li> 시퀀스 구조 쌍에 대한 세부 정보를 보려면 &quot;보기 세부 사항&quot;을 클릭합니다. </li><li> 드래그하고 데이터 풀에 드롭을 통해 또는 마우스 오른쪽 버튼으로 클릭하고 발생한 클릭에 의한 중 원하는 순서 구조 (들)을 저장 &quot;수영장에 추가.&quot; </li><li> 외부 파일에 결과를 저장하려면, &quot;선택 저장&quot;을 클릭하거나 &#39;모두 저장&#39;을 클릭합니다. </li></ol></li></ol> 5. ITS2 생각나는<ol><li> 입력하거나 시퀀스 편집기에 하나 또는 여러 개의 쿼리 시퀀스를 붙여 넣습니다. 당신의 시퀀스도 일반 염기 서열 또는 서열 구조 쌍있을 수 있습니다. 당신도 하나의 시퀀스 아래 여러 이차 구조를 입력할 수 있습니다. 확인란을 선택하여 이러한 구조가 이후에 각각의 쿼리로 사용되는 &quot;XXFASTA 시퀀스를 직렬화&quot;. </li><li> 기본 설정으로 폭발을 시작하려면 클릭하십시오 &quot;이었소.&quot; 일반 BLASTN 또는 ITS2 시퀀스 구조 분사하거나, 쿼리의 성격에 따라 수행됩니다. </li><li> 하위 탭이뿐 실행된 검색에 대한 개요로서 &quot;폭발 결과&quot;에 게재 탭 내의 각 쿼리 순서에 대해 열립니다. </li><li> 계산 폭발 정렬을 보려면 &quot;보기 정렬 &#39;을 클릭하십시오. </li><li> 드래그하고 데이터 풀에 드롭을 통해 또는 마우스 오른쪽 버튼으로 클릭하고 발생한 클릭에 의한 중 원하는 폭발 조회수 저장​​ &quot;수영장에 추가.&quot; </li><li> 외부 파일에 결과를 저장하려면 &quot;저장 선택을 클릭합니다&quot;나&quot;모두 저장합니다. &quot; </li></ol> 6. 다중 시퀀스 구조 정렬 <ol><li> 당신의 수영장에서 시퀀스의 개수에있는 돋보기 기호 바로 다음에 &#39;데이터 세트를 관리 &quot;다음을 클릭하여 데이터 풀 좀 봐. 또는 웹 사이트의 왼쪽 하단에있는 데이터 풀 로그인을 클릭하실 수 있습니다. </li><li> 세부 사항을 보려면 데이터 수영장에서 시퀀스 구조 쌍을 클릭합니다. </li><li> 당신의 수영장의 모든 시퀀스 구조 쌍의 배수 시퀀스 구조 정렬을 만들려면, &quot;순서 및 구조.&quot;다음 &quot;분석 데이터 세트&quot;를 클릭하고 </li><li> 이제는 정렬의 그래픽 모드를 선택하도록 요청합니다. 당신의 정렬은 단지 몇 시퀀스가​​ 포함되어 있으면 &quot;아니오&quot;를 클릭하여 슬림 모드를 거부 그렇지 않으면을 클릭하여 슬림 그래픽 모드를 선택 &quot;예.&quot; </li><li> 잠시 후, 귀하의 정렬이 새 탭 (그림 2)에 표시됩니다. 더욱이, 그것은 자동으로 데이터 풀에 저장됩니다. </li><li> 당신을 저장하려면외부 파일에 대한 정렬을 클릭하십시오 &quot;저장 정렬.&quot; </li></ol> 7. Phylogenetic 트리 <ol><li> 당신의 다중 정렬의 나무를 가입 시퀀스 구조 기반의 이웃을 계산하려면 &quot;분석 데이터 집합&quot;을 클릭 다음 &quot;이웃 가입.&quot; </li><li> 결과 트리는 새 탭 (그림 3)에 설명된됩니다. </li><li> 스크롤 막대와 함께 자유롭게하여 트리를 확장 &quot;줌 트리.&quot; </li><li> Reroot 노드 또는 나무의 잎사귀를 클릭하고 나서하여 트리 &quot;이 노드에서 Reroot.&quot; </li><li> 귀하의 데이터 풀에서 taxon를 제거하려면, 잎을 클릭하고 선택 &quot;수영장에서이 노드를 제거합니다.&quot; 이제 다시 계산이 감소 taxon 샘플링하여 정렬 및 나무 수 있습니다. </li><li> 외부 NEWICK 파일에 분석의 최종 결과로 phylogenetic 트리를 저장하려면 &quot;저장 나무&quot;를 클릭하십시오. </li></ol> 8. 추가 소프트웨어 <ol><li> &quot;소개이 웹 사이트&quot;를 클릭 - 추가 알려 찾기 &#39;도구&#39;독립 실행형 도구 4SALE 및 ProfDistS 대한 ation. </li><li> 정렬 및 ITS2 데이터베이스 웹 인터페이스에서 제공하는 이웃 가입 함수 게다가, 지금 여러 가지 새로운 기능, 보상 기준 변경 (CBCs)에 기초 예 종의 한계에 액세스할 수 있습니다. </li></ol> 9. 대표 결과 위에서 설명한 작업 흐름이 성공적으로 여러 오픈 액세스 조사 3,4에 적용되었습니다. 예제는 다음 링크를 통해 볼 수 있습니다 : <ul><li> <a href="http://www.plosone.org/article/info%3Adoi/10.1371/journal.pone.0016931" target="_blank">http://www.plosone.org/article/info % 3Adoi의 % 2F10.1371 % 2Fjournal.pone.0016931</a> </li><li> <a href="http://www.biomedcentral.com/1756-0500/3/320" target="_blank">http://www.biomedcentral.com/1756-0500/3/320</a> </li></ul> 이러한 대규모 연구에서 우리는 Chlorophyta의 phylogeny뿐만 아니라 Hypnales (Bryophyta) W를 해결할 수 있었다ith 고해상도. 두 경우 모두 철저한 taxon 샘플링이 자동 4SALE 15,16으로 정렬 ITS2 데이터베이스 9에서 수집되었으며, 마지막으로 phylogenetic 트리로 ProfDistS 17 일까지 처리. 이러한 모든 단계에서 순서와 구조 정보는 동시에 사용 하였다. phylogenetic 백본에 대한 부트 스트랩 지원 ProfDistS의 독립 실행형 버전에서 사용할 프로필 이웃 가입 (PNJ) 19를 사용하여 달성되었다. taxon 샘플링, 여러 시퀀스 구조 정렬 결국 phylogenetic 트리 계산 : 시퀀스 구조 쌍의 작은 세트 들어, 그림 1-3는 직접 새로운 ITS2 데이터베이스 작업대에서 이런 자동화된 워크플로우 5의 주요 단계를 설명합니다. <img src="/files/ftp_upload/3806/3806fig1.jpg" alt="그림 1" /> 그림 1. 드래그 앤 드롭 당 Taxon 샘플링. 언제든지 시퀀스 또는 순서 - structur에서<html> 전자 쌍은 드래그 앤 드롭을 통해 예를 들어, 데이터 풀에 추가할 수 있습니다. 다음은 시퀀스 구조는 드래그 및 보조 구조 예측 후 드롭을 사용하여 추가됩니다. 파란 타원은 시퀀스 구조는 데이터 풀에 떨어뜨린되는 영역을 표시한다. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/3806/3806fig1large.jpg" target="_blank">이 이미지의 전체 크기 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.</a> <img src="/files/ftp_upload/3806/3806fig2.jpg" alt="그림 2" /> 그림 2. 전체 그래픽 모드에서 다중 시퀀스 구조 정렬. 데이터 수영장에서 몇 시퀀스 들어, 전체 그래픽 모드가 선정되었습니다. 기지는 색, 기본 쌍 하나의 기본 또는 기본 쌍 브래킷을 클릭하여 빨간 동그라미로 강조 표시됩니다. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/3806/3806fig2large.jpg" target="_blank">해당 이미지의 전체 크기 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.</a> 3.jpg &quot;고도 =&quot;그림 3 &quot;/&gt; 그림 3. 시퀀스 구조의 이웃 나무가 가입. 일곱 taxa 여러 시퀀스 구조 정렬에 대해 계산 자유롭게 확장 가능한 트리는 NEWICK 형식으로 저장할 수 있습니다.

<ol><li>Keller, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Including+RNA+secondary+structures+improves+accuracy+and+robustness+in+reconstruction+of+phylogenetic+trees%5BTitle%5D)+AND+%22Biology+Direct%22%5BJournal%5D)">Including RNA secondary structures improves accuracy and robustness in reconstruction of phylogenetic trees.</a> Biology Direct. 5, 4-4 (2010).</li>
<li>Schultz, J., Maisel, S., Gerlach, D., Müller, T., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+common+core+of+secondary+structure+of+the+internal+transcribed+spacer+2+%28ITS2%29+throughout+the+Eukaryota%5BTitle%5D)+AND+%22RNA%22%5BJournal%5D)">A common core of secondary structure of the internal transcribed spacer 2 (ITS2) throughout the Eukaryota.</a> RNA. 11, 361-364 (2005).</li>
<li>Buchheim, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Internal+Transcribed+Spacer+2+%28nu+ITS2+rRNA%29+Sequence-Structure+Phylogenetics%3A+Towards+an+Automated+Reconstruction+of+the+Green+Algal+Tree+of+Life%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+ONE%22%5BJournal%5D)">Internal Transcribed Spacer 2 (nu ITS2 rRNA) Sequence-Structure Phylogenetics: Towards an Automated Reconstruction of the Green Algal Tree of Life.</a> PLoS ONE. 6, 16931-16931 (2011).</li>
<li>Merget, B., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+molecular+phylogeny+of+Hypnales+%28Bryophyta%29+inferred+from+ITS2+sequence-structure+data%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Research+Notes%22%5BJournal%5D)">A molecular phylogeny of Hypnales (Bryophyta) inferred from ITS2 sequence-structure data.</a> BMC Research Notes. 3, (2010).</li>
<li>Schultz, J., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ITS2+sequence-structure+analysis+in+phylogenetics%3A+a+how-to+manual+for+molecular+systematics%5BTitle%5D)+AND+%22Molecular+Phylogenetics+and+Evolution%22%5BJournal%5D)">ITS2 sequence-structure analysis in phylogenetics: a how-to manual for molecular systematics.</a> Molecular Phylogenetics and Evolution. 52, 520-523 (2009).</li>
<li>Coleman, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ITS2+is+a+double-edged+tool+for+eukaryote+evolutionary+comparisons%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+in+Genetics%22%5BJournal%5D)">ITS2 is a double-edged tool for eukaryote evolutionary comparisons.</a> Trends in Genetics. 19, 370-375 (2003).</li>
<li>Coleman, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+significance+of+a+coincidence+between+evolutionary+landmarks+found+in+mating+affinity+and+a+DNA+sequence%5BTitle%5D)+AND+%22Protist%22%5BJournal%5D)">The significance of a coincidence between evolutionary landmarks found in mating affinity and a DNA sequence.</a> Protist. 151, 1-9 (2000).</li>
<li>Müller, T., Philippi, N., Dandekar, T., Schultz, J., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Distinguishing+species%5BTitle%5D)+AND+%22RNA%22%5BJournal%5D)">Distinguishing species.</a> RNA. 13, 1469-1472 (2007).</li>
<li>Koetschan, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+ITS2+Database+III-sequences+and+structures+for+phylogeny%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Research%22%5BJournal%5D)">The ITS2 Database III-sequences and structures for phylogeny.</a> Nucleic Acids Research. 38, 275-279 (2010).</li>
<li>Keller, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((5.8+S-28S+rRNA+interaction+and+HMM-based+ITS2+annotation%5BTitle%5D)+AND+%22Gene%22%5BJournal%5D)">5.8 S-28S rRNA interaction and HMM-based ITS2 annotation.</a> Gene. 430, 50-57 (2009).</li>
<li>Benson, D., Karsch-Mizrachi, I., Lipman, D., Ostell, J., Sayers, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((GenBank%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Research%22%5BJournal%5D)">GenBank.</a> Nucleic Acids Research. 39, 32-37 (2011).</li>
<li>Markham, N., Zuker, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Software+for+nucleic+acid+folding+and+hybridization%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+in+Molecular+Biology%22%5BJournal%5D)">Software for nucleic acid folding and hybridization.</a> Methods in Molecular Biology. , 453-453 (2008).</li>
<li>Wolf, M., Achtziger, M., Schultz, J., Dandekar, T., Müller, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Homology+modeling+revealed+more+than+20%2C000+rRNA+internal+transcribed+spacer+2+%28ITS2%29+secondary+structures%5BTitle%5D)+AND+%22RNA%22%5BJournal%5D)">Homology modeling revealed more than 20,000 rRNA internal transcribed spacer 2 (ITS2) secondary structures.</a> RNA. 11, 1616-1623 (2005).</li>
<li>Altschul, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Gapped+BLAST+and+PSI-BLAST%3A+a+new+generation+of+protein+database+search+programs%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Research%22%5BJournal%5D)">Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs.</a> Nucleic Acids Research. 25, 3389-3402 (1997).</li>
<li>Seibel, P., Müller, T., Dandekar, T., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Synchronous+visual+analysis+and+editing+of+RNA+sequence+and+secondary+structure+alignments+using+4+SALE%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Research+Notes%22%5BJournal%5D)">Synchronous visual analysis and editing of RNA sequence and secondary structure alignments using 4 SALE.</a> BMC Research Notes. 1, (2008).</li>
<li>Seibel, P., Müller, T., Dandekar, T., Schultz, J., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((4+SALE+-+A+tool+for+synchronous+RNA+sequence+and+secondary+structure+alignment+and+editing%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">4 SALE - A tool for synchronous RNA sequence and secondary structure alignment and editing.</a> BMC Bioinformatics. 7, (2006).</li>
<li>Wolf, M., Ruderisch, B., Dandekar, T., Schultz, J., Müller, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ProfDistS%3A%28profile-%29+distance+based+phylogeny+on+sequence-structure+alignments%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">ProfDistS:(profile-) distance based phylogeny on sequence-structure alignments.</a> Bioinformatics. 24, 2401-2402 (2008).</li>
<li>Saitou, N., Nei, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+neighbor-joining+method%3A+a+new+method+for+reconstructing+phylogenetic+trees%5BTitle%5D)+AND+%22Molecular+Biology+and+Evolution%22%5BJournal%5D)">The neighbor-joining method: a new method for reconstructing phylogenetic trees.</a> Molecular Biology and Evolution. 4, 406-425 (1987).</li>
<li>Müller, T., Rahmann, S., Dandekar, T., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Accurate+and+robust+phylogeny+estimation+based+on+profile+distances%3A+a+study+of+the+Chlorophyceae+%28Chlorophyta%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Evolutionary+Biology%22%5BJournal%5D)">Accurate and robust phylogeny estimation based on profile distances: a study of the Chlorophyceae (Chlorophyta.</a> BMC Evolutionary Biology. 4, (2004).</li>
<li>Ludwig, W. olfgang <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ARB%3A+a+software+environment+for+sequence+data%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Research%22%5BJournal%5D)">ARB: a software environment for sequence data.</a> Nucleic Acids Research. 32, 1363-1371 (2004).</li>
<li>Néron, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mobyle%3A+a+new+full+web+bioinformatics+framework%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">Mobyle: a new full web bioinformatics framework.</a> Bioinformatics. 25, 3005-3011 (2009).</li>
<li>Camin, J. H., Sokal, R. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+method+for+deducing+branching+sequences+in+phylogeny%5BTitle%5D)+AND+%22Evolution%22%5BJournal%5D)">A method for deducing branching sequences in phylogeny.</a> Evolution. 19, 311-326 (1965).</li>
<li>Felsenstein, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evolutionary+trees+from+DNA+sequences%3A+a+maximum+likelihood+approach%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Molecular+Evolution%22%5BJournal%5D)">Evolutionary trees from DNA sequences: a maximum likelihood approach.</a> Journal of Molecular Evolution. 17, 368-376 (1981).</li>
</ol>

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ITS2 데이터베이스 내부 베꼈는데 스페이서 두 시퀀스 구조 기반 phylogenetics에 대한 완전하고 완벽하게 작동 작업대입니다. 웹사이트는 매우 빠르고 직관적으로 운영하실 수 있습니다. ARB 20 Mobyle 21과 같은 다른 웹 기반 phylogeny의 workbenches만이 시퀀스 및 / 또는 합의 구조 정보에서 일할 수 있지만, ITS2 데이터베이스 9 동시에 각 taxon위한 시퀀스 및 개별 이차 구조를 고려합니다. 그러나, 웹 서버의 전산 용량의 제한으로 인해, 그것은 매우 큰 데이터 세트에 대해 각각 4SALE 15,16 및 ProfDistS 17, 18 계산을 가입 다중 정렬과 이웃에 대한 독립 실행형 도구를 사용하는 것이 좋습니다. 부트 스트랩을 계산하는 것은 복제 같은 기본적인 ITS2 시퀀스 구조의 phylogeny 워크플로 5 게다가, 이러한 도구는 프로필 이웃이 (PNJ) 19 또는 정화 가입, 몇 가지 추가 기능을 특징으로님의 한계는 보상 기준 변경 (CBCs) 8에 기초. 다운로드 및 자세한 정보를위한 &quot;도구&quot;섹션 - 그들은 &quot;이 웹사이트에 관하여&quot;를 통해 액세스할 수 있습니다. 4SALE 및 ProfDistS을 사용하기 위해서는 항상 파일이 올바른 형식으로 가져는 것이 필요합니다. 4SALE에 의해 처리될 샘플링 taxon는 결말이 있어야합니다. fasta 또는. TXT, ProfDistS에 대한 입력으로 시퀀스 구조 정렬 반면. xfasta로 끝나야합니다. 현재 ITS2 데이터베이스뿐만 아니라 관련 도구에서 phylogenetic 트리 재구성을위한 대체 방법을 구현하고 있습니다. 따라서, 시퀀스 구조 기반의 최대 간결 22 및 / 또는 최대 가능성 23과 같은 방법은 미래에 액세스할 수 있습니다.

<html><table border="1"><tbody><tr><td> 시약의 이름 </td><td> 회사 </td><td> 댓글 </td></tr><tr><td> 인터넷 액세스 </td><td></td><td> 가급적 고속 </td></tr><tr><td> ITS2 데이터베이스 구 </td><td> 생물 정보학의학과, 뷔르츠부르크 대학 </td><td> 웹사이트 : <a href="http://its2.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de" target="_blank">http://its2.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de</a> </td></tr><tr><td> 소프트웨어 : 4SALE 15,16 </td><td> 생물 정보학의학과, 뷔르츠부르크 대학 </td><td> 다운로드 : <a href="http://4sale.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de/" target="_blank">http://4sale.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de/</a> </td></tr><tr><td> 소프트웨어 : ProfDistS 17 </td><td> 생물 정보학의학과, 뷔르츠부르크 대학 </td><td> 다운로드 :NI-wuerzburg.de / &quot;대상 =&quot;_blank &quot;&gt; http://profdist.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de/ </td></tr></tbody></table>

its2 데이터베이스

The ITS2 Database

내부 베꼈는데 스페이서 2 (ITS2)은 두 개 이상의 수십 년 동안 phylogenetic 표지로 사용되었습니다. ITS2 연구는 주로 매우 가변 ITS2 시퀀스에 초점로서, 그것은 단지 낮은 수준의 phylogenetics이 마커를 감금. 그러나 ITS2 순서와 고도 보존 이차 구조의 조합은 phylogenetic 해상도 1을 개선하고 종의 한계 2-8 포함한 여러 taxonomic 순위,에서 phylogenetic의 추론이 가능합니다. ITS2 데이터베이스 9 정확 reannotated NCBI GenBank 11 10에서 내부 베꼈는데 스페이서 두 시퀀스의 완전한 세트를 제공합니다. 프로필 숨겨진 마르코프 모델 (HMMs)에 의해 주석에 이어, 각 시퀀스의 이차 구조를 예측하고 있습니다. 첫째, 그것은 배 12 (직통 배) 기준으로 최소 에너지 결과 여부 올바른 넷 나선형의 형태로 테스트됩니다. 이런 경우가 아닌 경우, 구조는상동 모델링 13으로 예측했다. 상동 모델링에서 이미 알려진 이차 구조가 다른 ITS2 시퀀스로 전송되며, 누구의 이차 구조는 직접적인 배에서 제대로 접을 수 없습니다. ITS2 데이터베이스 스토리지 데이터베이스와 ITS2 순서 - 구조의 검색뿐만 아니라이다. 그것은 또한 주석, 구조 예측, 모티프 감지 및 통합 시퀀스 구조 정보에 대한 BLAST 검색을 포함하여 14 자신 ITS2 시퀀스를 처리하는 여러 가지 도구를 제공합니다. 또한, 그것은 4SALE 15,16의 손질 버전을 통합하여 18 나무 재건 가입 다중 시퀀스 구조 정렬 계산과 이웃을위한 17 ProfDistS. 이들은 순서와 이차 구조를 기반으로 phylogeny에 대한 시퀀스의 초기 설정에서 일관된 분석 파이프라인을 형성하고 있습니다. 간단히 말해서,이 작업대는 첫번째로 phylogenetic 분석을 단순화몇 마우스 클릭, 추가 도구 및 포괄적인 대규모 분석을위한 데이터를 제공함과 동시에.

ITS2 데이터베이스는 phylogenetic의 추론을 동시에 고려하여 시퀀스 및 내부 베꼈는데 스페이서 2 차 구조를위한 작업대입니다. 이것은 정확한 주석, 구조 예측, 다중 시퀀스 구조의 정렬 및 빠른 나무 계산과 데이터 수집을 포함한다. 간단히 말해서,이 작업대는 몇 번의 클릭 첫번째로 phylogenetic 분석을 단순화합니다.

ITS2 데이터베이스

내부 전사 간격 2(internal transcribed spacer 2, ITS2)는 20년 넘게 계통분류학적 표지로 사용되어 왔습니다. ITS2 연구가 주로 매우 ...

내부 전사 구분자 2 리보솜 유전자 또는 ITS2는 분자 계통학에서 가장 중요한 마커 중 하나입니다. 지난 20년간의 연구는 주로 계통 발생 재구성을 위해 ITS2 서열을 활용하는 데 집중해 왔습니다. 하지만 여러 가지 이유로 인해 ITS2의 2차 구조가 계통 추론 분야에서 점점 더 많이 활용되고 있습니다.2차 구조 분석은 이 마커의 분류학적 적용 범위를 확장하는 반면, 빠르게 진화하여 변동성이 매우 큰 I TS two 서열은 주로 종 수준 또는 그 이하의 계통 분석에 적합합니다. 4개의 특징적인 ess로 구성되어 강력하게 보존된 I ts two 2차 구조 덕분에 구조적 정보를 추가하면 더 높은 분류 단계의 분석을 동시에 수행할 수 있습니다. 따라서 2차 구조 분석 결과는 1차 서열로부터 얻은 계통학적 해상도를 향상시킬 수 있습니다.안녕하세요, 동료 여러분, 제 이름은 Matthias Wolf입니다. 저는 약 8년 동안 I ts two proof에서 근무해 왔습니다. 저는 독일 뷔르츠부르크 대학교 바이오센터의 생물정보학 부서에서 일하고 있습니다.오늘은 ITS2 데이터베이스 사용 방법에 대한 짧은 영상을 소개해 드리고자 합니다. 안녕하세요, 저는 y Chu입니다. 이 영상을 제작한 이유는 ITS2 데이터베이스가 단순히 저장을 위한 데이터베이스일 뿐만 아니라, 계통 분석을 개선하는 데 도움이 되는 다양한 도구들을 함께 제공하고 있기 때문입니다.본 영상에서는 이러한 도구들의 사용 방법과 각 도구들을 서로 연결하는 방법을 보여드리고자 합니다. 그렇습니다. ITS2 서열의 구획화는 구조 예측에 있어 매우 중요할 수 있습니다. 따라서 은닉 마르코프 모델 기반의 주석 처리를 위한 웹 기반 인터페이스가 구현되었습니다.ITS2 서열을 정확하게 주석 처리하려면 웹사이트 상단의 서열 편집기에 서열을 붙여넣으십시오. 이는 예시 서열을 로드하여 시연됩니다. 서열 편집기는 ITS2 서열의 유효성 여부를 직접 확인하여 오류 메시지를 출력합니다.예를 들어, 비 PAC 문자를 사용할 때, 적절한 HMM을 선택한 후 'annotate'를 클릭하여 프로세스를 시작할 수 있습니다. 프로그램에 의해 식별된 각 5.8 s 및 28 SRNA가 제거되면, 그 사이에 위치한 정확하게 주석이 달린 I ts two 서열만 남게 됩니다. 그 결과, 구분된 I TS two 서열과 예측된 5.8 s 및 28 S-R-R-N-A의 하이브리드가 표시됩니다. 새로 유지된 I ts two 서열의 주석 처리 후, HMM 주석의 정확성을 확인하기 위해 두 가지 방법으로 이차 구조를 결정할 수 있습니다.첫 번째 예측은 템플릿으로 사용되는 데이터베이스의 전체 서열 및 구조 세트를 이용한 상동성 모델링(homology modeling)을 통해 수행할 수 있습니다. 주석이 달린 두 서열의 구조를 예측하려면 '구조 예측(predict structure)'을 클릭하십시오. 만약 두 서열이 전형적인 이차 구조로 직접 접힐 수 있다면, 그 결과가 즉시 표시됩니다.이제 시퀀스 구조를 추가로 처리하기 위해 데이터 풀에 추가하는 것을 포함하여 여러 옵션 중에서 선택할 수 있습니다. 두 시퀀스가 직접 접힐 수 없는 경우, 데이터베이스에 대한 blast 검색이 수행됩니다. 결과 페이지에는 각 플라스틱의 템플릿으로 사용된 상동성 모델링을 포함하여 최적의 blast 검색 결과가 표시됩니다.플러스 기호를 클릭하면 세부 정보가 표시되며, 원하는 서열-구조 쌍을 선택하여 드래그 앤 드롭 방식이나 마우스 오른쪽 버튼의 컨텍스트 메뉴를 통해 데이터 풀에 추가할 수 있습니다. 또 다른 방법으로는 하나 또는 여러 개의 서열을 2차 구조와 함께 수동으로 입력하여 템플릿으로 사용함으로써, 쿼리 서열에 가장 적합한 2차 구조를 전이시키는 것입니다. 이는 여러 템플릿에 대한 예제 파일을 로드하여 확인할 수 있습니다.Predict best templates를 클릭하면 기본 설정으로 상동성 모델링을 수행합니다. 상동성 모델링 프로그램이 모든 구조를 대상으로 상호 계산을 수행하여 최적의 쿼리-템플릿 조합을 표시합니다. 결과 테이블에서 어떤 템플릿의 2차 구조가 하나 또는 여러 개의 쿼리 서열을 모델링하는 데 성공적으로 사용되었는지 확인할 수 있습니다.다시 한번, 전체 상동성 모델링 접근 방식은 ITS2와 무관하므로 플러스 기호를 클릭하여 결과의 세부 사항을 확인할 수 있습니다. 이 방식은 구조가 알려진 상동 분자가 있다면 모든 RNA의 2차 구조를 예측하는 데 사용할 수 있습니다. 또한, 결과로 도출된 서열-구조 쌍은 드래그 앤 드롭이나 마우스 오른쪽 버튼 클릭으로 열리는 컨텍스트 메뉴를 통해 데이터 풀에 추가할 수 있습니다.전체적인 구조 외에도, 세 번째 헬릭스 정점에 앞선 A-U-G-G-U 서열과 같은 보존된 모티프와 두 번째 헬릭스의 불일치(mismatch) 부위에 있는 피라미드 형태의 UU 불일치가 ITS2에서 기술되어 왔습니다. 이 UU 불일치는 두 개의 모티프로 둘러싸여 있으며, 하나는 헬릭스 2의 왼쪽에, 다른 하나는 헬릭스 2와 3 사이의 오른쪽에 위치하며 추가적인 트리플 A 뉴클레오타이드를 포함합니다. 이러한 서열 모티프들을 HMM으로 변환함으로써, 이제 관심 서열 내에서 이러한 모티프들을 식별하는 방법을 제공합니다.이러한 모티브를 검색하려면, 검색 필드에 쿼리 서열을 입력하고 적절한 모델을 선택하십시오. 이 과정은 plans에 대한 예제 파일을 로드하여 다시 한번 시연됩니다. 계산을 시작하려면 motive search를 클릭하십시오.I Ts two 모티프 두 개가 쿼리 서열에 주석 처리 및 하이라이트 표시되어 있습니다. I Ts two 데이터베이스에서 두 가지 서열 구조 쌍을 검색하는 한 가지 방법은 검색 기능을 이용하는 것입니다. 사용자는 분류군 이름이나 GenBank 식별자를 통해 서열 구조를 검색할 수 있습니다.GenBank 식별자로 서열 구조를 검색하려면 검색 필드에 GI를 입력하고 검색을 클릭하십시오. 새로운 탭에 검색 결과 목록이 나타납니다. 상세 보기(show details)를 클릭하면 서열 구조의 세부 정보를 확인할 수 있습니다.또한, '드래그 앤 드롭당 서열 구조 표시(show sequence structure per drag and drop)'를 클릭하거나 마우스 오른쪽 버튼의 컨텍스트 메뉴를 통해 탭 내의 모든 히트에 대한 S 방향 서열을 표시할 수 있으며, 선택한 서열 구조를 데이터 풀에 추가할 수 있습니다. gi를 통한 서열 구조 쌍 검색 외에도, 검색 필드에 분류군 이름을 입력할 수 있으며 이는 라이브 검색 상자를 통해 지원됩니다. 모든 히트가 나열된 새 탭이 나타나면 이전과 동일한 기능을 사용할 수 있습니다.예를 들어, 드래그 앤 드롭 방식으로 데이터 풀에 선택 항목을 추가할 수 있습니다. 데이터베이스에서 서열-구조 쌍을 검색하는 두 번째 방법은 브라우즈 기능을 이용하는 것입니다. 여기서는 텍스트가 분류되어 있습니다.NCBI 분류 데이터베이스에 따르면, 데이터는 트리 구조를 통해 액세스할 수 있습니다. 웹사이트의 왼쪽에 위치하며, 플러스(+) 기호를 클릭하면 하위 수준의 텍스트를 표시할 수 있습니다.분류군 이름을 클릭하면 해당 분류군의 각 서열 구조 및 쌍이 포함된 새 탭이 열립니다. CEM 뱅크 식별자 또는 종 정보가 포함된 서열 및 구조 검색 외에도, I Ts two 데이터베이스는 blast 기반 검색 기능을 제공합니다. 하지만 일반적인 blast 절차로는 원거리 관련 종을 식별하지 못하는 경우가 빈번합니다.높은 서열 발산으로 인해 두 서열이 서로 다릅니다. 이러한 장애를 극복하기 위해, 우리는 상동성 검색을 위해 고도로 보존된 구조 정보를 포함하는 서열 및 구조 기반 blast 검색을 구현하였습니다. 이는 서열 구조를 12개의 문자로 이루어진 유사 단백질 서열로 변환함으로써 수행됩니다.따라서 관심 있는 임의의 서열에서 시작하여 광범위한 분류학적 범위를 포괄하는 종 샘플링은 이제 blast 검색만큼 간단해졌습니다. blast 검색을 수행하려면 서열 편집기에 쿼리 서열을 입력하면 됩니다.쿼리 서열이 구조 정보가 없는 단순한 뉴클레오타이드 서열인 경우, 이차 구조를 포함한 서열에는 일반적인 blast n 알고리즘이 사용됩니다. 웹 인터페이스에서는 I Ts two blast 알고리즘을 사용합니다. blast를 클릭하여 프로세스를 시작하십시오.잠시 후, BLAST 검색 결과가 새 탭에 나열됩니다. 여기서는 각 쿼리 서열에 대해 하나의 탭이 표시됩니다. '정렬 보기(show alignments)'를 클릭하면 정렬된 서열들을 스크롤하며 확인할 수 있습니다. 이전과 마찬가지로 원하는 서열-구조 쌍을 선택하여 데이터 풀에 추가할 수 있습니다.ITS two 데이터베이스 작업 중에 데이터 풀에 여러 서열 구조가 채워졌을 수 있습니다. 데이터 풀은 언제든지 액세스하여 그 내용을 확인할 수 있습니다. 분석의 다음 단계는 다중 서열 구조 정렬입니다.데이터셋 분석(analyze dataset)을 클릭한 다음, 서열 및 구조(sequence and structure)를 선택하여 서열-구조 정렬을 수행합니다. 이제 정렬의 그래픽 모드를 선택해야 합니다. 서열 세트가 큰 경우에는 슬림(slim) 버전을 선택하는 것을 권장합니다.데이터 풀에 서열 구조가 몇 개만 포함되어 있으므로, 전체 그래픽 모드를 선택합니다. 계산이 완료되면 정렬 결과가 데이터 풀에 추가됩니다. 염기쌍의 한쪽 면을 강조 표시하면 상대측 염기도 자동으로 강조 표시됩니다.마지막으로, safe alignment를 클릭하여 정렬을 저장할 수 있습니다. 서열 구조 정렬의 품질이 만족스러우면, analyze data set를 클릭한 다음 neighbor를 선택하여 계통 발생 근접 결합 트리(phylogenetic neighbor joining tree)를 계산할 수 있습니다. 결과 트리는 새 탭에 표시됩니다.스크롤 바를 사용하여 트리의 크기를 자유롭게 조절할 수 있으며, 트리의 임의의 노드나 잎(leaf)을 클릭한 후 이 노드에서 재루팅(reroute)을 선택하여 트리의 경로를 변경할 수 있습니다. 데이터 풀에서 분류군(taxon)을 제거하려면 잎을 클릭하고 '풀에서 이 노드 제거'를 선택하십시오.이제 safe tree를 클릭하여 축소된 분류군 샘플링으로 정렬 및 계통수를 다시 계산할 수 있습니다. 계통수는 NU 형식으로 저장할 수 있습니다. 이 웹사이트 정보(about this website)를 클릭한 다음 도구(tools)를 선택하면 판매 중인 독립형 도구 및 pro s에 대한 추가 정보를 확인할 수 있습니다.ITS2 데이터베이스 웹 인터페이스에서 제공하는 Neighbor joining 정렬 기능 외에도, 이제 상보적 변화에 기반한 종 구분(species Delimitation)과 같은 여러 새로운 기능들을 이용할 수 있습니다. 마지막으로, 계통분석의 정확도를 높일 수 있는 몇 가지 팁을 소개해 드리고자 합니다. 앞서 ITS2 데이터베이스에서 데이터를 수집하고, four cell을 사용하여 정렬한 뒤, 최종적으로 Pro S로 계통수를 계산하는 방법을 살펴보았습니다. 이 모든 단계에서 우리는 단순히 서열뿐만 아니라, 서열과 구조를 함께 고려하였습니다.저희의 짧은 영상과 정성스러운 트리 구축 과정을 즐겁게 시청하셨기를 바랍니다. 안녕히 주무세요.

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