싱크로 트론 - X - 레이 - tomography를 사용하여 서브 마이크론 해상도로 비침습 3D - 시각화

Hello.My 이름은 튜빙 대학교(University of Tubing)의 박쥐 연구실(Bats Lab)의 미셸 오브(Michelle Ov)이며, 이 프레젠테이션에서는 서브미크론 해상도의 싱크로트론 X선 단층 촬영을 사용하여 마이크로 AHR 풋의 내부 조직에 대한 비침습적 3차원 시각화에 대해 이야기하고자 합니다. 우리가 작업하고 있는 모델 시스템은 궤도를 도는 진드기 Aus Long osis로, 몸체 크기가 800미크론에서 1밀리미터 크기의 마이크로 COLYER AHR입니다. 이것은 동물들이 조류를 먹는 것을 볼 수 있는 모든 실험실 문화에서 찍은 사진입니다.

Argos의 내부 조직을 연구하기 위해 싱크로트론 X선 방사선을 사용하여 SRF 및 Grable에서 단층 촬영 VOX 데이터를 생성합니다. 여기 큰 저장 링이 있는 ESRF의 사진이 보이고 오른쪽 상단 모서리에는 링 외부에 위치한 ID 19의 실험 홀이 보입니다.측정을 위해 샘플은 매우 오른쪽을 가리키고 슈퍼 접착제를 사용하여 플라스틱 핀에 장착되었습니다. 실험은 20.5 KEV에서 수행되었으며 재구성을 위해 1, 500 개의 투영이 수행되었습니다.

여기에서 공동 프리랜서 CCD 칩, 14비트 다이나믹 레인지 및 4메가픽셀이 있는 카메라를 볼 수 있습니다. 이 그림의 맨 아래에 표시된 시뮬레이터는 X선을 가시광선으로 변환합니다. 이것은 샘플 홀더와 회전 테이블을 근접 촬영한 것입니다.

샘플은 Goya 미터 헤드에 장착되어 빔에서 샘플의 적절한 방향을 가능하게 합니다. 실험 설정에 대한 자세한 설명은 Journal of Microscopy의 2007년 논문에 나와 있습니다. 이 프레젠테이션에서는 Fiji Studio Max 소프트웨어를 사용한 3차원 시각화와 관련된 데이터 분석기에 중점을 둘 것입니다.

먼저 배경에서 회색 값을 제거하여 샘플 정보를 추출하는 방법을 보여 드리겠습니다. 히스토그램에서 하나의 큰 피크를 볼 수 있으며, 이는 주로 배경의 회색 값에 속합니다. 히스토그램에서 이 피크를 제거하면 회색 큐브에서 샘플이 나오는 것을 볼 수 있습니다.

다음은 key framer VG studio를 사용하여 물체를 회전하는 방법을 보여 드리겠습니다. Max에는 사전 정의된 카메라 궤적 세트가 있습니다. 여기서는 XY 원을 사용하여 수직 X를 중심으로 회전을 생성하는데, 이것이 최종 애니메이션입니다.

동물의 뒷면에있는 큰 구조는 슈퍼 접착제의 표면에 해당합니다. 이제 샘플의 내부 구조를 3차원으로 볼 수 있도록 가상 절단면을 설정하는 방법을 보여 드리겠습니다. 절단면이 실제 열정을 정면으로 설정할 수 있는 세 가지 방향이 있습니다.

여기서 저는 정면 평면을 사용하여 동물의 중간 어딘가에 있는 절단 위치를 찾습니다. 이 절단 평면은 정적일 필요가 없습니다. 다시 말하지만, 키 프레이머를 사용하여 모든 축을 따라 이동할 수 있습니다. 이 예에서는 사전 설정 클립 Z를 사용하여 샘플의 세로 축을 따라 절단 평면을 이동하며, 이것이 최종 애니메이션이 단계별로 어떻게 보이는지를 보여주며, 0.7미크론의 P 해상도로 모든 내부 구조의 3D 구성을 보고 따라갈 수 있습니다.

사전 정의된 카메라 궤적 외에도 사용자별 카메라 경로를 생성할 수도 있습니다. 이렇게 하려면 무료 카메라 보기 모드를 선택하고 카메라와 가상 렌즈의 초점 거리를 원하는 위치로 조정합니다. 단계별로 새로운 카메라 위치를 정의하여 복잡한 개별 경로를 따를 수 있습니다.

왼쪽 상단의 3D 창은 모든 카메라 설정의 효과를 실시간으로 보여줍니다. 마지막 예는 동물을 통해 완전한 소화 기관을 따라가는 가상 비행을 하는 것입니다. 여기에서 gma, colliery, labrum 및 rotella의 일부를 볼 수 있습니다.

우리는 더 가까이 다가와 동물의 입 속으로 들어가고 있다. 여기에서 등쪽의 PHN을 볼 수 있습니다. 이제 우리는 심실로 들어가기 위해 식도를 통과하고 있습니다.

우리의 리벳이 달린 진드기에는 두 개의 큰 커가 있습니다. 이것들은 소화 기능을 가진 유사한 구조입니다. 우리는 올바른 세움에 들어갑니다.

작은 구멍을 통해 수많은 IDE 셀을 볼 수 있습니다. 이것들은 소화에 중요한 역할을 하지만, 완전한 기능과 메커니즘은 아직 완전히 이해되지 않았습니다. 다시 심실로 돌아가서, 우리는 특별한 구조를 볼 수 있는데, 그것은 우리가 1분 전에 실제로 심실로 들어갔던 이살 판막으로, 심실과 결장의 경계에 있습니다.

위축막으로 둘러싸인 먹이 황소를 볼 수 있습니다. 먹이 덩어리 뒤에는 배설물 팔레트가 보입니다. 우리는 지금 이 FE 팔레트를 통해 비행하고 있습니다.

그 후, 우리는 짧은 inter colon을 통과하고 post colon에 들어갑니다. 여기에서 크고 특징적인 것을 미생물로 볼 수 있습니다. 마지막으로, 여기에서 fe 팔레트처럼 특정 동물 판의 내부 표면을 볼 수 있습니다.

우리는 소화 기관을 떠납니다. 이제 우리는 동물의 바깥쪽 복부 쪽을 마지막으로 간략하게 살펴보고 동물 판, AAL 판 및 생식기 판을 봅니다.