$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
1. Cultuur van hersentumor Tissue
- Voeg 200 ul ontdooid Liberase (Roche Applied Science) tot 15 ml van kunstmatige CSF (aCSF-zie tabel 1) en breng het in 37 ° C waterbad. Liberase TM is een mix van proteolytische enzymen gebruikt om primaire weefselmonsters, evenals gekweekte tumorspheres dissociëren. Anders trypsine-EDTA, de Liberase werkwijze behoudt het oppervlak antigeen CD133. Een weefselmonster van ongeveer 0,5 cm3, we 200 ul Liberase. Als het weefsel kleiner, wij 100 ul.
- Breng ammoniumchloride-oplossing (Stem Cell Technologies) op kamertemperatuur. Ammoniumchlorideoplossing lyseert voorzichtig rode bloedcellen met minimale effecten op andere cellen. Het bevat geen fixeermiddel.
- In steriele biologische veiligheid kast, voeg 5 ml aCSF om specimen container, zwenk om weefsel te spoelen, daarna uit pipetteer. Deze stap helpt bij het verwijderen van rode bloedcellen (RBC).
- Overdracht hersentumor weefsel een steriele 100 mm Petri dish.
- Met behulp van fijne schaar of mes en tang, splitsen weefsel op drijfmest consistentie.
- Verzamel monster met behulp van een 10 ml gewone pipet of een tang en overdracht fragmenten in de buis met voorverwarmde aCSF met Liberase.
- Plaats op incubator-shaker (30 rpm) en op 37 ° C, gedurende 15 minuten.
- Filter het weefsel lysaat door 70 pm cel zeef in een 50 ml Falcon buis.
- Draai het filtraat neer op 280 xg gedurende 5 minuten.
- Verwijder voorzichtig supernatant en evalueren grootte en kleur van de resulterende celpellet: korrels die roze of rood geven steeds meer rode bloedcellen.
- Hersuspendeer pellet in 1 ml PBS.
- Voeg een geschikte hoeveelheid ammoniumchlorideoplossing (4-12 ml) op basis van korrelgrootte en rode cellen besmet (de ammoniumchlorideoplossing is zeer zacht en grotere hoeveelheden niet schadelijk zijn voor andere cellen dan rode bloedcellen).
- Incubeer bij kamertemperatuur gedurende 5 minuten.
- Spin-cellenvastgesteld bij 280 xg gedurende 5 minuten.
- Was eenmaal met 10 ml steriel PBS.
- Resuspendeer in 5 ml NSC compleet medium (tabel 2) en breng een ultra-lage bindingsaffiniteit 60 mm weefselkweekplaat (Corning). We maken gebruik van ultra-lage binding kweekplaten met covalent gebonden hydrogel oppervlakken die zijn hydrofiel en neutraal geladen, om celhechting-gemedieerde differentiatie te minimaliseren.
Voor de eerste dagen in cultuur, veranderen niets aan de media: top-up alleen met 1-2 ml media als nodig is, ga dan verder met de cultuur en verandering media te observeren wanneer de kleur van de media wordt iets geel.
2. Tumorsphere Dissociatie voor flowcytometrie
- Evalueer tumorspheres onder microscoop: als het gebied afmetingen> 100 pm, dissociatie wordt aanbevolen als grotere bollen kunnen necrotisch in het midden.
- Overdracht cultuur 15 ml conische buis.
- Voeg 2-3 ml steriel PBS grondig te spoelen plaat en toe te voegen aan conische buis.
- Centrifugeer bij 280 xg gedurende 5 minuten.
- Verwijder supernatant en resuspendeer in 1 - 2 ml steriele PBS.
- Voeg 10 ul Liberase.
- Incubeer in 37 ° C waterbad gedurende 3 minuten. Verwijder en visueel te beoordelen vering, als er meerdere groepjes gezien, voorzichtig vermalen met behulp van een 1.000 ul pipet tip.
- Als klonteren blijft voordoen, ga incubatie voor een extra 1-2 min.
- Spoel de cellen door toevoeging van 5 ml steriel PBS en centrifugatie bij 280 xg gedurende 5 minuten.
- Verwijder supernatant en resuspendeer in 500-1000 pi steriel PBS +2 mM EDTA.
- Beoordeel aantal cellen en de levensvatbaarheid met behulp van trypan blauw.
- Stel celtelling tot 1 miljoen / ml in PBS +2 mM EDTA.
3. Oppervlakte Staining
- Breng 100 pi van 1x10 6 / ml celsuspensie per test 12x75 mm stromingsbuizen.
- Voeg het juiste hoeveelheid antilichamen. Matched Isotype controles moeten worden voor iedereantilichaam (zie tabel 3).
- Incubeer gedurende 30 min op ijs.
- Voeg 2 ml PBS + 2 mm EDTA Aan een aanvoer buis.
- Centrifugeer op 200 xg gedurende 4 min, decanteren en blot.
- Hersuspendeer pellet in 300 pi PBS +2 mM EDTA.
- Voeg 10 ul 7AAD levensvatbaarheid kleurstof aan elke buis en incubeer gedurende 15 minuten op ijs.
- Analyseren door flowcytometrie.
4. Flowcytometrie Acquisitie en analyse
De bijzonderheden van registratie en analyse van stroomgegevens zijn instrument-afhankelijk. Representatieve negatieve monsters worden uitgevoerd en de instellingen opgericht voor Forward (grootte) en Side (granulariteit) verstrooien. Dit scatter patroon kan de eindgebruiker om alle cellen te bekijken in het monster, met inbegrip van afval. Een gebied wordt gewoonlijk getrokken rond de cellen van belang. (Figuur 4a) De instellingen worden dan vastgesteld voor alle fluorescentie detectoren nodig zijn om de negatieve cellen te positioneren binnen het eerste decennium van afluorescence intensiteit plot. Wanneer meer dan een kleurstof of fluorochroom wordt gebruikt, moet enkel glas controles worden uitgevoerd om kleurcompensatie waarden (aftrekken van storende fluorescentie-emissie) vast te stellen. Bij het uitvoeren levende cellen, een levensvatbaarheid kleurstof zoals 7-AAD (7-amino-actinomycine D - excitatie 488/emission 655) wordt gebruikt en een tweede gebied gemaakt van dode cellen (figuur 4b) te sluiten. Beide gebieden worden toegepast om verdere analyse van de monsters.
5. Zelfvernieuwing Assay
De belangrijkste test die sterk wordt vergemakkelijkt door klonale bol groei is de in vitro test van zelfvernieuwing capaciteit de beperkende verdunning assay. Tumorspheres kunnen worden gescheiden door en verspreid bij verdunningen tot een enkele cel per goed, en de snelheid van de daaropvolgende bol formatie meer dan 7 dagen in cultuur wordt berekend. Op dag 7, wordt het percentage wells zonder sferen voor elke cel plating dichtheid (F 0) berekend en uitgezettegen het aantal cellen per putje (x). Het aantal cellen noodzakelijk om ten minste een tumorsphere in elke well te vormen wordt bepaald door het punt waar de lijn de 0,37 niveau (F 0 = e-x). In een Poisson verdeling van cellen, F 0 = 0,37 komt overeen met de verdunning van een cel per well, zodat deze berekening (37% snijden) de frequentie van Monogene stamcellen in de gehele celpopulatie (Figuur 5) geeft.
6. Single Cell RT-PCR
Enkele cellen uit verschillende populaties worden gesorteerd op Beckman Coulter MoFlo XDP op reactie plaatsen op een AmpliGrid dia (Beckman Coulter cat # AG480F). Single cell RT-PCR wordt uitgevoerd met AmpliGrid Single One Step RT PCR-systeem (Beckman Coulter cat # OAX04515) volgens de specificaties. In het kort wordt een cel gestort elke reactieplaats een AmpliGrid slide, de aanwezigheid van een enkele cel inreactieplaats bevestigd door microscopie. Reverse transcriptie (RT) wordt onmiddellijk na sortering het monster voorkomen dat aangetast. De RT master mix wordt vers bereid volgens kit instructies (Tabel 4). We gebruikten 0,03 pi 25 pM willekeurige primers (Promega) per reactie, 1 pi master mix toegevoegd aan het midden van elke reactieplaats. Dit wordt direct bekleed met 5 ui afdichting oplossing (Beckman Coulter cat # OAX04503). Met een slide AmpliSpeed cycler (Beckman Coulter, cat # OAX04101), slides worden geïncubeerd bij 25 ° C gedurende 10 min, 42 ° C gedurende 10 min, en 55 ° C gedurende 45 minuten. Na reverse transcriptie, 3 ul DNase / RNase-vrij water wordt toegevoegd aan elke reactieplaats en het gehele mengsel overgebracht in een PCR buis (1 tube / site). In een PCR plaat, is een reactievolume van 10 ul gebruikt voor kwantitatieve PCR: 8 pi qPCR master mix (5 pi SYBR Green (Quanta), 1 pi water, 1 pi 10 pM forward en reverse primer mix) plus 2 μ l van de RT mengsel. Voor real-time kwantificering monsters uitgevoerd op een BioRad cycler met het volgende programma: 95 ° C gedurende 10 min, 45 cycli van 95 ° C gedurende 30 sec, 60 ° C gedurende 60 sec, 72 ° C gedurende 60 seconden gevolgd door 10 min bij 72 ° C en smeltcurve analyse. Ct-waarden werden bepaald met Opticon Monitor 3 (BioRad). Drie genen kan worden beoordeeld per cel, met inbegrip GAPDH als huishoudgen. Genexpressie wordt genormaliseerd naar GAPDH expressie, volgens conclusie 2-ΔCt. Minstens tien afzonderlijke cellen van dezelfde populatie van dezelfde soort kan worden gebruikt als biologisch repliceert compenseren gebrek aan technische repliceert.
7. Representatieve resultaten
Figuur 1 toont een Magnetic Resonance Imaging (MRI)-scan van een vertegenwoordiger patiënt met een GBM. Hersentumor monsters worden genomen van toestemming patiënten direct na de operatie, zoals goedgekeurd door de Hamilton Health Sciences / McMaster Health Sciences Research Ethics Board. Een deel van elk monster wordt aan de neuropatholoog voor routine klinische diagnose. Het resterende monster wordt verwerkt zoals weergegeven in figuur 2. De tumorcellen eenmaal uitgeplaat in volledige neurale stamcellen media met groeifactoren, tumorspheres vorm zoals weergegeven in figuur 3.
De tumorcellen worden voorzien van neurale stamcellen oppervlak markers CD133 en CD15 en geanalyseerd door flowcytometrie zoals getoond in figuur 4.
Enkele cellen van verschillende populaties bijvoorbeeld CD15 + / CD133 +, CD15 + / CD133-, CD15-/CD133 +, CD15-/CD133- worden gesorteerd in 96 putjes (figuur 5a) of in AmpliGrid slides (figuur 6a).
In de plaat met 96 putjes kunnen enkele cellen die zelfvernieuwing capaciteit (bijv. CD133 + cellen) (figuur 5b) bezitten, vormen tumorspheres (figuur 5c) na incubation. Een zelfvernieuwing grafiek kan worden uitgezet (figuur 5d) door telling van het aantal sferen gevormd per well. Enkele cellen gesorteerd in de reactieplaats van de Ampligrid schuif (figuur 6a). Het RNA geëxtraheerd uit enkelvoudige cellen kunnen reverse getranscribeerd met de Advalytix AmpliSpeed (figuur 6b). De verkregen cDNA wordt gebruikt om real-time RT-PCR (figuur 6c) uitgevoerd.

Figuur 1. Magnetische resonantie beeld (MRI) van een patiënt GBM. MRI-scan van de hersenen van een 16-jarig meisje met een maand-lange geschiedenis van hoofdpijn en een week geschiedenis van braken, lethargie en wazig zicht. Axiale FLAIR sequentie toont een grote bi-hemisferische ("vlinder") GBM.

Figuur 2. Hersentumor verwerking. Hersentumor monsters obtaINED van toestemming patiënten direct na de operatie. Zij zijn mechanisch gedissocieerd zoals (a) en vervolgens enzymatisch gedissocieerd in aCSF met Liberase door incubatie in een 30 rpm rocking incubator bij 37 ° C gedurende 15 min (b).

Figuur 3. BTIC populaties vormen tumorspheres in cultuur. Gedissocieerde hersentumor cellen uitgeplaat in volledige neurale stamcellen media met groeifactoren te vormen tumorspheres.

Figuur 4. Flowcytometrische analyse van BTIC populaties. (A) Forward versus zijwaartse verstrooiing eigenschappen een beeld van alle cellen, inclusief debris (b) cellen die kleuren met de levensvatbaarheid kleurstof 7-AAD worden uitgesloten van de analyse. (C) De positie van de statistische kwadranten bepaald met behulp van geschikte isotype controles (d) Tumor cellen gekleurd met oppervlakte markers CD15-PE en CD133-APC. (D) Moflo XDP celsorteerder. Klik hier om een grotere afbeelding te bekijken .

Figuur 5. Analyse van beperkende verdunning BTICs openbaart hun zelfvernieuwing capaciteit. (A) cellen met verschillende verdunningen worden gesorteerd in 96 putjes die 200 ul NSC tot (b) een cel per well. (C) Na een incubatie van 7 dagen termijn een tumorsphere gevormd. De morfologie van secundaire tumorspheres is identiek aan die van primaire tumorspheres. (D) De gemiddelde x-as waarden worden berekend uit beperkende verdunning analyse voor elk subtype tumor om het aantal cellen nodig is om ten minste een deel per tumorsphere goed zichtbaar.

Figuur 6. Genexpressie analyse van een enkele BTIC celis mogelijk met behulp van een enkele cel RT-PCR-technologie. (a) Single cellen van een BTIC populatie kan worden gesorteerd op AmpliGrid dia's. (B) cDNA-synthese wordt uitgevoerd op enkele cellen op AmpliGrid slides met de Advalytix AmpliSpeed. (C) Quantitative Realtime PCR uitgevoerd op het cDNA gesynthetiseerd uit een BTIC cellen.
| 2M NaCl | 62 ml |
| 1M KCl | 5 ml |
| 1M MgCl2 | 3,2 ml |
| 155 mM NaHCO3 | 169 ml |
| 1M Glucose | 10 ml |
| 108 mM CaCl2 | 0,9256 ml |
| Purelab Ultra H 2 0 | 749,84 ml |
Tabel 1 Kunstmatige cerebrospinale vloeistof (aCSF) -. 1.000 ml.
| De media Basal | 500 ml |
| 01:01 DMEM: F12 | 480 ml |
| N2 supplement | 5 ml |
| 1M HEPES | 5 ml |
| Glucose | 3,0 g |
| N-acetylcysteine (60 ug / ml) | 1 ml |
| Neurale overlevingsfactor-1 (NSF-1) | 10 ml |
Tabel 2. Neurale stamcel media.
NSC volledige media (vers gemaakt voor gebruik):
NSC basale media + 20 ng / ml EGF (epidermale groeifactor) + 20 ng / ml bFGF (basic fibroblast growth factor) + 10 ng / ml LIF (leukemie remmende factor) * + 10 ul / ml antibioticum-antimycoticum
* Leukemie remmende factor (LIF): Dit reagens van Millipore bevat een cytokine interleukine 6 klasse, een protein die spontane differentiatie van stamcellen bevorderen langere termijn handhaving van stamcelculturen onderdrukt.
| Antilichamen | Leverancier / CAT # | ul / test (in 100 pl) |
| CD133 / 2 APC (293C3) | Miltenyi Biotec/130-090-854 | 5 |
| IgG2b APC (Isotype controle) | Miltenyi Biotec/130-092-217 | 5 |
| CD15PE | Beckman Coulter/IM1954U | 5 |
| IgG2a PE (Isotype controle) | Beckman Coulter/A09141 | 5 |
| 7AAD | Beckman Coulter/A07704 | 10 |
Tabel 3. Flow antilichamen.
| Bestanddeel | Volume (1 reactie) | Volume (48 reacties) |
| 2x Single Cell RT-reactie Buffer | 0,50 ul | 30,0 ul |
| RNase Inhibitor (10 U / pl) | 0,02 ul | 1,2 pl |
| 5X Single Cell RT enhancer | 0,15 ul | 9,00 ul |
| Single Cell RT Enzym Mix | 0,04 ul | 2,4 pl |
| Advablue (OAX04227) | 0,1 pl | 6,00 ul |
| Nuclease gratis water | vul aan tot 1 pl | vul aan tot 60 ul |
Tabel 4. Samenstelling van RT master mix voor Single Cell RTPCR (cat # OAX04515).