Name: Evidence-based kennissynthese en validatie van hypothesen: navigeren door biomedische kennisbanken via verklaarbare AI en agentische systemen (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-06-13T13:10:00.000+00:00
Duration: 5 min 47 s
Description: Verken het RUGGED-platform voor evidence-based kennissynthese in biomedisch onderzoek met behulp van verklaarbare AI en agentische systemen. Deze methode ondersteunt onderzoekers bij het genereren en valideren van hypothesen.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

```html
<table><tbody><tr><td>Hardware/Software - Graphics Card and software driver</td><td>Nvidia</td><td>https://www.nvidia.com</td><td>Een grafische kaart en de bijbehorende stuurprogrammasoftware worden sterk aanbevolen om de runtime voor rekenintensieve taken, zoals lokale LLM en voorspellende analyses, aanzienlijk te verkorten. Voor apparaten uitgerust met een NVIDIA RTX GPU, download en installeer de benodigde stuurprogramma's en CUDA Toolkit van de NVIDIA-website (https://developer.nvidia.com/cuda-downloads).</td></tr><tr><td>Software - Commerciële Large Language Model Service</td><td>OpenAI</td><td>https://openai.com</td><td>RUGGED ondersteunt de OpenAI API voor modellen zoals GPT-3.5 en GPT-4o. Om te beginnen met het gebruik van OpenAI-modellen, moet u eerst een OpenAI API-sleutel verkrijgen. Ga naar de website van OpenAI (https://openai.com/blog/openai-api) om een account aan te maken, geld te laden en een API-sleutel te verkrijgen. Deze API-sleutel is vereist om RUGGED in staat te stellen gebruik te maken van OpenAI-modellen. Bepaal welke LLM-agents binnen het systeem van RUGGED gebruik zullen maken van OpenAI-modellen uit hun documentatie (https://platform.openai.com/docs/models). OPMERKING: De OpenAI API is een betaalde dienst. Op het moment van publicatie bedragen de kosten voor GPT-4o $5,00 per 1 miljoen invoertokens en $2,50 per 1 miljoen uitvoertokens (Voor meer informatie, bezoek https://openai.com/pricing).</td></tr><tr><td>Software - Containerisatie</td><td>Docker</td><td>https://www.docker.com</td><td>Docker helpt bij het handhaven van een consistente computationele runtime-omgeving, wat de installatie en uitvoering van software op verschillende machines stroomlijnt. Om Docker te installeren, bezoek de Docker-website (https://www.docker.com/), klik op 'Aan de slag', download en installeer de juiste versie voor het besturingssysteem. Controleer de installatie door `docker --version` in de terminal te typen; een succesvolle installatie meldt de geïnstalleerde Docker-versie.</td></tr><tr><td>Software - Grafdatabase</td><td>Neo4j</td><td>https://neo4j.com</td><td>Neo4j is een grafdatabasesoftware die efficiënt graafgebaseerde knooppunten en relaties beheert en query's uitvoert. RUGGED ondersteunt Neo4j in meerdere vormen: Docker-container, Neo4j Desktop of Neo4j AuraDB online server. Kies de optie die het beste past bij het gebruiksscenario. Neo4j instellen als Docker-container. Voer deze commando's uit om Neo4j in Docker in te stellen, met het bestandspad voor de map (bijv. /Users/username/RUGGED) als 'PATH_TO_FOLDER'. Voor meer details over probleemoplossing, raadpleeg de Neo4j Docker-website (https://hub.docker.com/_/neo4j). docker pull neo4j docker run &ndash;name neo4j --net rugged_network --publish=7474:7474 --publish=7687:7687 -d -v 'PATH_TO_FOLDER'\neo4j\data:/data neo4j OPMERKING: Initialiseer Neo4j voor de eerste keer in Docker door een gebruikersnaam en wachtwoord in te stellen. Voer het script neo4j_setup.py uit (bijv. python neo4j_setup.py) of via de webinterface op http://localhost:7474. Neo4j Desktop instellen. Als u Neo4j Desktop gebruikt, download en installeer vanaf de Neo4j-website (https://neo4j.com/). Maak een nieuw project aan door op 'Nieuw' te klikken, klik vervolgens op 'Toevoegen' om een nieuw Database Management System (DBMS) te maken. Selecteer 'Lokaal DBMS', stel een wachtwoord in, klik op 'Aanmaken' en vervolgens op 'Starten'. Een groene 'ACTIEF' tekst geeft aan dat het actief is. Neo4j AuraDB instellen. Bezoek de Neo4j-website op (https://neo4j.com/cloud/aura-free/) om een account aan te maken en in te loggen. Selecteer 'Nieuwe instantie' om een lege instantie te maken en sla de URI en het initiële wachtwoord op om toegang te krijgen tot de bolt-interface (bijv. bolt://myurl.neo4j.com). Klik op de afspeelknop om de instantie te starten, waarna de verbindings-URI in het informatievak wordt weergegeven. OPMERKING: Neo4j AuraDB biedt een gratis laag tot 200.000 knooppunten en 400.000 relaties. Voor grotere grafieken, bezoek Neo4j-prijzen (https://neo4j.com/pricing).</td></tr><tr><td>Software - Lokale Large Language Model Service</td><td>Ollama</td><td>https://ollama.com</td><td>RUGGED ondersteunt het gebruik van lokale modellen met Ollama (bijv. Llama3). Om dit in te schakelen, installeer eerst Ollama op het apparaat of download de Docker-container. Om Ollama te installeren, bezoek de Ollama-website (https://ollama.com/download) en volg de installatie-instructies. Om Ollama op Docker te installeren, voer de volgende opdracht uit: docker pull ollama/ollama OPMERKING: Op het moment van publicatie is er geen stabiele release voor Ollama op Windows OS.</td></tr><tr><td>Software - Versiebeheer</td><td>Git</td><td>https://www.git-scm.com</td><td>Versiebeheersoftware maakt efficiënte installatie en updates van software mogelijk. Om Git te installeren, bezoek de Git-website (https://www.git-scm.com/), klik op 'Downloads', download en installeer de juiste versie voor het besturingssysteem. Controleer de installatie door `git --version` in de terminal te typen; een succesvolle installatie geeft de versie van het geïnstalleerde Git weer.</td></tr></tbody></table>
```

evidence-based kennissynthese en validatie van hypothesen: navigeren door biomedische kennisbanken via verklaarbare ai en agentische systemen

Evidence-based Knowledge Synthesis and Hypothesis Validation: Navigating Biomedical Knowledge Bases via Explainable AI and Agentic Systems

Evidence-based kennissynthese en validatie van hypothesen: navigeren door biomedische kennisbanken via verklaarbare AI en agentische systemen

The scale of biomedical knowledge, spanning scientific literature and curated knowledge bases, poses a significant challenge for investigators in ...

evidence-based-knowledge-synthesis-hypothesis-validation-navigating

Research

JoVE Journal

Medicine

Geneeskunde

Een computationeel protocol, CaseOLAP LIFT, en een use case worden gepresenteerd voor het onderzoeken van mitochondriale eiwitten en hun associaties met hart- en vaatziekten zoals beschreven in biomedische rapporten. Dit protocol kan eenvoudig worden aangepast om door de gebruiker geselecteerde cellulaire componenten en ziekten te bestuderen.

Een kennisgrafiekbenadering om de rol van organellaire routes bij ziekten op te helderen via biomedische rapporten

In de volgende paragrafen beschrijven we procedures voor de bereiding van alginaat die voor toepassing in biomedische toepassingen. We specifiek illustreren een techniek voor het maken van meerdere lagen alginaat microsferen voor het tweeledige doel van de cel en eiwitten inkapseling als een potentiële behandeling voor diabetes type 1.

Genereren van alginaat Microspheres voor biomedische toepassingen

We beschrijven een zeer reproduceerbare werkwijze voor de permanente occlusie van een knaagdier grote cerebrale bloedvat. Deze techniek kan worden bereikt met zeer weinig perifere schade minimaal bloedverlies, een hoog percentage overleving op lange termijn en consistente infarct volume evenredig met de klinische populatie.

Permanente Cerebrale vatocclusie<em&gt; Via</em&gt; Dubbele Ligatuur en doorsnijding

De scheenbeenzenuw doorsnijding model is een goed verdragen, gevalideerde en reproduceerbaar model van de skeletspier atrofie. Het model chirurgische protocol wordt beschreven en gedemonstreerd in C57Black6 muizen.

Scheenbeen Nerve doorsnijding - Een gestandaardiseerd model voor denervatie-geïnduceerde Skeletal Muscle Atrofie in Muizen

Menselijke endogene retrovirussen (HERV), die 8% van het menselijk genoom bezet, behoudt schaarse coderende capaciteit maar honderdduizend lange terminale herhalingen (LTR). Een aangepaste Affymetrix microarray werd ontworpen om individuele herv locus expressie te identificeren en werd gebruikt op prostaatkanker weefsels als een proof of concept voor toekomstige klinische studies.

Microarray-gebaseerde identificatie van individuele herv Loci Expression: Toepassing op Biomarker Discovery bij prostaatkanker

Hier beschrijven we een protocol dat gebruikmaakt van het webgebaseerde hulpmiddel voor het genereren van hypothesen over hergebruik van geneesmiddelen: "RE:fine Drugs". Dit protocol kan worden aangepast aan de voorkeuren van de gebruiker op het niveau van het type zoekopdracht (gen, geneesmiddel of ziekte) en/of het bereik van beschikbare geavanceerde opties.

Drug herbestemming Hypothese Generation Met behulp van de &quot;RE: fine Drugs&quot; System

De praktische toepassing en de prestaties van methoden voor generatie van representatieve weefselmonsters van varkens diermodellen voor een breed spectrum van downstream analyses in biobank projecten worden gedemonstreerd, waaronder volumetrie, systematische steekproefsgewijze bemonstering, en differentiële verwerking van weefselmonsters voor kwalitatieve en kwantitatieve analyses van morfologische en moleculair typen.

Bemonsteringsstrategie en verwerking van Biobank weefselmonsters van varkens biomedische modellen

Het doel van dit werk is voor het beschrijven van een protocol voor het maken van een praktische vet-waterfantoom die kan worden aangepast om te spoken met verschillende vet percentages en volumes produceren.

Vet-Water Phantoms voor magnetische resonantie beeldvorming validatie: een flexibele en schaalbare Protocol

Hier wordt een protocol gepresenteerd voor de gestandaardiseerde methodologie van knaagdierweefselpreparatie na het ischemie-reperfusie-experiment en richtlijnen voor het instellen van verlichtings- en camera-opstellingen voor beeldacquisitie met hoge resolutie. Deze methode is toepasbaar op alle experimentele kleindierorgelfotografie.

Knaagdier Hart en Hersenweefsel Voorbereiding voor Digitale Macro Fotografie na Ischemie-reperfusie

Experimentele methoden om volwassen stamcellen uit intestinale en leverweefsels van honden te oogsten om 3D-organoïde culturen vast te stellen, worden beschreven. Bovendien worden de laboratoriumtechnieken besproken om een consistente groei te garanderen en standaard operationele procedures te bieden om intestinale en hepatische organoïdeculturen van honden te oogsten, biobank en nieuw leven in te blazen.

Standaardisatie en onderhoud van 3D canine hepatische en intestinale organoïde culturen voor gebruik in biomedisch onderzoek

Verken het RUGGED-platform voor evidence-based kennissynthese in biomedisch onderzoek met behulp van verklaarbare AI en agentische systemen. Deze methode ondersteunt onderzoekers bij het genereren en valideren van hypothesen.

Evidence-based kennissynthese en validatie van hypothesen: navigeren door biomedische kennisbanken via verklaarbare AI en agentische systemen (Video) | JoVE Journal

Evidence-based kennissynthese en validatie van hypothesen: navigeren door biomedische kennisbanken via verklaarbare AI en agentische systemen

Meer video's verkennen