NOTA: Historicamente, os cladogramas foram construídos por meio da comparação da morfologia. Agora, as sequências genéticas também podem ser comparadas entre espécies de interesse para construir cladogramas. As sequências de DNA geralmente não são preservadas em fósseis, portanto, para este laboratório, você usará o banco de dados BLAST para comparar as sequências de DNA de espécies vivas que estão intimamente relacionadas ao fóssil com milhares de outras espécies vivas.
Antes de iniciar este laboratório, seu instrutor terá baixado as três sequências de genes preservadas para uma pasta em sua área de trabalho.
Navegue até a página inicial do BLAST, que o instrutor deveria ter deixado aberta em seu navegador, e clique em Estratégias salvas no menu na parte superior da página.
Clique em Abrir no arquivo Evolutionary_Relationships_Gene1.txt.
Em seguida, clique em View para ir para a página de pesquisa do Standard Nucleotide BLAST. Você deve ser capaz de ver a sequência de DNA na caixa Sequência de consulta no canto superior direito da tela.
Role até a parte inferior da tela e clique no botão BLAST. Observação: levará alguns instantes para processar e analisar os dados.
Quando os dados forem processados, um resumo gráfico aparecerá. NOTA: Sua sequência de consulta é representada pela linha azul na parte superior da caixa. Cada uma das linhas abaixo da linha azul representa outra sequência no banco de dados BLAST que corresponde à sua consulta. O comprimento e a localização dessas barras representam onde e quanto da sequência corresponde à consulta. A cor da barra representa sua pontuação ou quão idêntica a sequência é à consulta. Abaixo do resumo gráfico está a lista Sequências que produzem alinhamentos significativos, que contém descrições das sequências de DNA recuperadas do banco de dados que mais se alinham com a frase de consulta. Eles são listados em ordem decrescente, do mais semelhante na parte superior ao menos semelhante na parte inferior. À direita, há várias estatísticas sobre o quão intimamente relacionada cada sequência de banco de dados está com a sequência experimental. Quanto mais altas forem as pontuações Máxima, Total, Cobertura de Consulta e Identidade, mais semelhantes serão as sequências de consulta e recuperadas entre si. Da mesma forma, quanto menor o número do valor E, menor a probabilidade de a correspondência das sequências ter sido encontrada por acaso e, mais significativamente, o alinhamento é preciso. Um valor E de 0 indica uma correspondência altamente significativa.
Clique no nome da descrição do alinhamento mais semelhante listado. Isso o levará mais adiante na página para o alinhamento exato da sequência de DNA entre a sequência recuperada e a sequência de consulta.
Clique no número de ID de sequência. Isso abrirá uma nova guia com informações mais específicas sobre a sequência do gene recuperada.
Identifique e registre os nomes científicos e comuns do organismo, que devem ser listados ao lado da Fonte.
Identifique e registre a proteína que o gene codifica, que deve ser listada ao lado de Definição.
Feche a guia e pressione Voltar para retornar à lista Sequências que produzem alinhamentos significativos.
Em seguida, repita as etapas 7 a 9 para as próximas sequências mais semelhantes.
Depois de coletar vários nomes de espécies, retorne à lista Sequências que produzem alinhamentos significativos e clique em Selecionar: Tudo para marcar todas as caixas ao lado dos nomes de cada sequência de alinhamento listada.
Clique em Distância dos resultados da árvore para criar um filograma com base na semelhança de todas as sequências de genes resultantes do BLAST com a sequência do gene de consulta. Observação: a sequência relativa do fóssil de consulta será destacada em amarelo.
Registre a localização da sua sequência em relação aos outros grupos de táxons mostrados na árvore.
Por fim, retorne à guia Estratégias salvas e carregue a próxima sequência de genes salva.
Consulte as duas sequências de DNA relativo fóssil restantes conforme demonstrado anteriormente (etapas 1 – 16).
