O Banco de Dados ITS2

O gene ribossômico espaçador interno dois ou I TS dois é um dos marcadores mais importantes na sistemática molecular. A pesquisa dos últimos 20 anos tem se concentrado principalmente na exploração das duas sequências I Ts para reconstrução filogenética. No entanto, a estrutura secundária do I TS dois está sendo cada vez mais usada no campo da inferência filogenética devido a várias razões.

A análise da estrutura secundária estende a aplicabilidade taxonômica desse marcador, enquanto a sequência I TS dois em rápida evolução e, portanto, muito variável, é adequada principalmente para análise filogenética em nível de espécie ou inferior. A adição de informações estruturais permite a análise em classificações taxonômicas mais altas simultaneamente devido à estrutura secundária fortemente conservada de duas estruturas que consistem em suas quatro características. Assim, os resultados da análise da estrutura secundária podem melhorar a resolução filogenética obtida da sequência primária.

Bem-vindos, caros colegas, meu nome é Matthias Wolf. Estou trabalhando nas duas provas há cerca de oito anos. Estou trabalhando aqui no Departamento de Bioinformática do biocentro da Universidade de Würzburg, na Alemanha.

Hoje gostaríamos de apresentar a você um pequeno filme sobre como usar o banco de dados I ts two. Olá, sou y Chu. A razão para esse filme é que o banco de dados I Ts two não é de fato apenas um banco de dados para armazenamento, mas também fornecemos muitas ferramentas que permitem melhorar sua análise filogenética.

Neste filme, queremos mostrar como trabalhar com essas ferramentas e como conectar todas essas ferramentas. Correto. O delineamento das duas sequências I Ts pode ser crucial para a previsão da estrutura. Portanto, uma interface baseada na web para a anotação baseada em modelo de markoff oculto foi implementada.

Para obter uma anotação correta de suas duas sequências, você pode colá-las no editor de sequências na parte superior do site. Isso é demonstrado carregando as sequências de exemplo de planos. O próprio editor de sequências verifica se as duas sequências I TS são válidas ou não e gera mensagens de erro.

Por exemplo, quando você usa caracteres não PAC Depois de escolher o HMM correto, você pode iniciar o processo clicando em anotar cada 5.8 s e 28 SRNA Que poderia ser identificado pelo programa é removido, deixando as duas sequências corretamente anotadas, que estavam localizadas no meio. Como resultado, duas sequências I TS delimitadas são mostradas, bem como o híbrido previsto de 5,8 s e 28 S-R-R-N-A. Como uma confirmação da precisão das anotações HMM após a anotação de duas sequências recém-retidas, as estruturas secundárias podem ser determinadas por dois meios.

A primeira previsão pode ser realizada por modelagem de homologia com o conjunto completo de sequências e estruturas do banco de dados servindo como modelos. Para prever a estrutura de sua anotação, sua estrutura de previsão de clique de duas sequências. Se a sequência de duas direitas puder se dobrar diretamente na estrutura secundária típica de dois, o resultado será representado imediatamente.

Agora você pode escolher entre várias opções para processar ainda mais sua estrutura de sequência, incluindo adicioná-la ao seu pool de dados. Se você estiver aqui, duas sequências não podem ser dobradas diretamente, uma pesquisa de explosão no banco de dados será executada. A página resultante mostra os melhores acertos de explosão, incluindo a modelagem de homologia para cada plástico como modelo.

Com um clique nos detalhes do sinal de mais são mostrados, você pode selecionar os pares de estrutura de sequência de sua escolha e adicioná-los ao pool de dados, seja rastreando e soltando ou usando o menu de contexto com o botão direito. Uma segunda abordagem é inserir manualmente uma ou várias sequências, incluindo suas estruturas secundárias como modelos para transferir as estruturas secundárias mais adequadas para suas sequências de consulta. Isso é demonstrado carregando o arquivo de exemplo para vários modelos.

Ao clicar em Prever os melhores modelos, você executa a modelagem de homologia com as configurações padrão. O programa de modelagem de homologia calculará tudo em relação a todas as estruturas e exibirá as melhores combinações de modelos de consulta. Na tabela resultante, você pode ver quais modelos podem usar com êxito sua estrutura secundária para modelar uma ou várias sequências de consulta.

Novamente, os detalhes dos resultados podem ser abertos com um clique no sinal de mais, pois a abordagem de modelagem de homologia completa é independente dos dois I TS. Pode ser usado para prever a estrutura secundária de qualquer RNA dada uma molécula homóloga com uma estrutura conhecida. Além disso, os pares de estrutura de sequência resultantes podem ser adicionados ao conjunto de dados por arrastar e tr ou através do menu de contexto, que é aberto com o botão direito.

Além da estrutura geral, motivos conservados como a sequência A-U-G-G-U precedendo o ápice da terceira hélice e uma pirâmide perina em incompatibilidade na segunda hélice foram descritos para o I TS dois. Essa incompatibilidade de UU é cercada por dois motivos, um à esquerda da hélice dois e outro à direita entre a hélice dois e três com um nucleotídeo triplo A adicional. Tendo transformado esses motivos de sequência em hms, agora fornecemos a identificação desses motivos em sequências de interesse.

Para pesquisar esses motivos, insira sua sequência de consulta no campo de pesquisa e escolha o modelo correto. Novamente, isso é demonstrado carregando o arquivo de exemplo para planos. Para iniciar os cálculos, clique em pesquisa de motivos.

Encontrado Dois motivos são anotados e destacados em suas sequências de consulta. Uma possibilidade de recuperar dois pares de estruturas de sequência do banco de dados I Ts two é a função de pesquisa. Ele permite que o usuário pesquise estruturas de sequência por nome de táxon ou por identificador de banco de geração.

Para pesquisar uma estrutura de sequência pelo identificador GenBank, digite o GI no campo de pesquisa e clique em pesquisar. Uma lista de ocorrências é exibida em uma nova guia. Você pode visualizar os detalhes de uma estrutura de sequência clicando em mostrar detalhes.

Além disso, você pode mostrar a sequência S direta de todas as ocorrências na guia clicando em mostrar estrutura de sequência por arrastar e soltar, ou através do menu de contexto com um clique com o botão direito, as estruturas de sequência de escolha podem ser adicionadas ao pool de dados. Além da pesquisa por pares de estrutura de sequência por gi, você pode digitar um nome de táxon no campo de pesquisa, que é suportado por uma caixa de pesquisa ao vivo que aparece. Depois que a nova guia aparecer listando todos os resultados, você poderá acessar as mesmas funções de antes.

Por exemplo, adicionar seleção ao pool de dados por arrastar e soltar. A segunda possibilidade de recuperar pares de estruturas de sequência do banco de dados é a função de navegação. Aqui, os textos são variados.

De acordo com o banco de dados de taxonomia do NCBI, os dados podem ser acessados por meio da estrutura em forma de árvore. À esquerda do site. Com o clique no sinal de mais, você pode mostrar o texto um nível abaixo.

Com um clique no nome de um táxon, você abre uma nova guia contendo cada estrutura de sequência, par do táxon. Além de uma busca por sequências e estruturas com identificadores de banco CEM ou informações sobre espécies, o banco de dados I Ts two também fornece uma pesquisa baseada em explosões. No entanto, os procedimentos de explosão de destaque frequentemente não são capazes de identificar parentes distantes.

Duas sequências por causa da alta divergência de sequência. Para superar esse obstáculo, implementamos uma pesquisa de explosão baseada em sequência e estrutura que inclui informações sobre a estrutura altamente conservada para a pesquisa de homologia. Isso é feito traduzindo a estrutura da sequência em uma sequência de pseudoproteína de 12 letras.

Assim, a amostragem de espécies que começa com qualquer sequência de interesse e abrange. Amplas faixas taxonômicas tornaram-se tão simples quanto uma pesquisa explosiva. Para executar uma pesquisa explosiva, você pode digitar suas sequências de consulta no editor de sequências.

Se sua sequência de consulta for uma sequência de nucleotídeos simples sem estrutura, um algoritmo blast n comum será usado para sequências, incluindo suas estruturas secundárias. A interface da web usa o algoritmo de duas explosões de I Ts. Inicie o processo clicando em blast.

Após alguns instantes, seus golpes explosivos são listados em um novo toque. Aqui você vê um toque para cada sequência de consulta. Com o clique em mostrar alinhamentos, você pode percorrer os alinhamentos de gesso Como antes, você pode selecionar os pares de estruturas de sequência de sua escolha e colocá-los no conjunto de dados.

Durante seu trabalho no banco de dados ITS dois, seu pool de dados pode ter sido preenchido com várias estruturas de sequência. Você pode acessar seu pool de dados a qualquer momento e mostrar seu conteúdo. A próxima etapa de sua análise é o alinhamento da estrutura de múltiplas sequências.

Clique em analisar conjunto de dados e, em seguida, em sequência e estrutura para executar o alinhamento da estrutura da sequência. Agora, você é solicitado a selecionar o modo gráfico do seu alinhamento. Para um grande conjunto de sequências, é recomendável selecionar a versão slim.

Como nosso conjunto de dados contém apenas algumas estruturas de sequência, escolhemos o modo gráfico completo. Após a conclusão do cálculo, o alinhamento é adicionado ao seu conjunto de dados. Ao destacar um lado de um par de bases, você destaca automaticamente sua contraparte.

Finalmente, o alinhamento pode ser seguro com um clique no alinhamento seguro. Quando estiver satisfeito com a qualidade do alinhamento da estrutura da sequência, você poderá calcular uma árvore de junção de vizinho filogenético clicando em analisar conjunto de dados e, em seguida, em vizinho. A junção da árvore resultante aparece em uma nova guia.

Você pode dimensionar sua árvore livremente usando a barra de rolagem, redirecionar sua árvore clicando em um nó ou folha arbitrária da árvore e, em seguida, redirecionar para esse nó. Se você deseja remover um táxon do seu pool de dados, clique na folha e escolha. Remova esse nó do pool.

Agora você pode recalcular seu alinhamento e árvore com uma amostragem de táxon reduzida com um clique na árvore segura. Você pode salvar sua árvore filogenética no formato NU. Clique em sobre este site e, em seguida, em ferramentas para encontrar informações adicionais sobre as ferramentas autônomas para venda e profissionais.

Além do alinhamento na função de junção de vizinhos, como também fornecido pela interface web de dois bancos de dados I Ts, agora você pode acessar várias novas funções, por exemplo, espécies Del Limitation com base em alterações baseadas em compensações. Nos últimos minutos, queríamos mostrar alguns truques de como você pode melhorar sua análise filogenética. Mostramos como coletar seus dados do banco de dados I Ts dois, alinhá-los com quatro células e, finalmente, calcular suas árvores com o Pro S.In todas essas etapas, não consideramos apenas a sequência, mas a sequência e a estrutura. Certo.

Esperamos que você tenha gostado do nosso pequeno filme e da construção de árvores pesadas. Boa noite.