Name: O Banco de Dados ITS2 (Vídeo) | JoVE Journal
Uploaded: 2012-03-12T13:00:00.000+00:00
Duration: 16 min 17 s
Description: Explore o Banco de Dados ITS2 para análise filogenética integrando sequências e estruturas secundárias. Ferramentas de bioinformática permitem anotação precisa, predição estrutural e alinhamento eficiente.

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Nós cordialmente agradecer ao grupo ITS2, centro biológico, da Universidade de Würzburg, para o feedback rico e valioso. Agradecemos também o Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG; concessão Mu-2831/1-1) para financiamento.

1. Anotação correta de ITS2 Sequence <ol><li> Acesse a bancada filogenia ITS2 banco de dados aqui: <a href="http://its2.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de" target="_blank">http://its2.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de</a> </li><li> Comece sua análise clicando no botão &quot;Anotar&quot; ícone na seção &quot;Ferramentas&quot;. Em seguida, digite ou cole a sua seqüência no editor de seqüência no topo do site. O editor de seqüência verifica automaticamente, se as suas sequências de ITS2 são válidos. </li><li> Escolha um modelo HMM adequado às suas sequências (por exemplo Viridiplantae para as plantas). </li><li> Inicie o processo clicando em &quot;Anotar&quot;. </li><li> Passando o mouse sobre o ícone &quot;Combine&quot;, você pode ver uma imagem do 5.8S e 28S rRNA híbrido como uma confirmação de precisão a anotação do HMM. </li><li> Clique no sinal de adição verde da seqüência resultante ITS2 para selecionar o seu modo de predição de estrutura secundária: Para prever a estrutura sem templat conhecidoe, clique em &quot;Prever estrutura.&quot; Se você quiser usar o seu próprio modelo para a modelagem de homologia, clique em &quot;estrutura do modelo.&quot; </li></ol> 2. Previsão de Estrutura Secundária <ol><li> Predizer <ol><li> A seqüência ITS2 anotada é automaticamente colado no editor de seqüência. </li><li> Para iniciar a previsão de estrutura secundária com as configurações padrão, clique em &quot;Prever estruturas&quot; botão. </li><li> Salvar a seqüência ITS2 resultante, incluindo a estrutura modelada secundário no conjunto de dados, clicando no sinal de mais verde e, em seguida, &quot;Adicionar à piscina.&quot; Alternativamente, você pode adicioná-lo à sua reserva de dados através de drag and drop (Figura 1). </li><li> Se a seqüência não poderia dobrar diretamente, os melhores resultados da modelagem de homologia são mostradas. Salve o mais adequado seqüência-estrutura através de arrastar e soltar para o conjunto de dados. Como alternativa, salve a seqüência-estrutura para o conjunto de dados com um clique direito e depois um clique em &quot;Adicionar ao pool.&quot; </li></ol></li><li> Modelagem Personalizada <ol><li> Escreva ou cole modelos de um ou múltiplos (com estrutura conhecida) para o editor seqüência superior. </li><li> Escreva ou cole uma ou várias sequências alvo (sem estrutura) para o editor seqüência inferior. </li><li> Clique em &quot;Prever o melhor modelo (s)&quot; para iniciar a modelagem de homologia com as configurações padrão. </li><li> As melhores modelo alvo combinações são mostrados na lista resultante. </li><li> Salve o modelado seqüência-estrutura (s) de sua escolha, quer através de arrastar e soltar para o conjunto de dados ou por um clique direito e clique em &quot;Adicionar ao pool.&quot; </li></ol></li></ol> 3. Pesquisa Motif <ol><li> Digite ou cole a seqüência de consulta (s) no editor de seqüência no topo do site. </li><li> Escolha o modelo HMM correta (por exemplo Viridiplantae para as plantas). 3,3. Clique em &quot;busca do motivo&quot; para iniciar o processo. </li><li> ITS2 sequências com motivos, destacam-se illustrated na parte inferior do site. </li><li> Clique no ícone ao lado do cabeçalho sequência, para apresentar os motivos destacados na estrutura secundária. </li></ol> 4. Pesquise e navegue <ol><li> Pesquisar <ol><li> Digite um nome de táxon ou um identificador GenBank (GI) no campo de pesquisa no topo do site. </li><li> Uma busca pelo nome taxon é apoiado por uma caixa de aparecer ao vivo de pesquisa. </li><li> Você pode realizar uma busca múltipla por vírgula separando as suas dúvidas. </li><li> Clique no botão &quot;Procurar&quot; para executar a pesquisa. </li><li> Os resultados aparecerão listados em uma nova aba. </li><li> Clique no nome de uma coluna para classificar os resultados de acordo com a coluna particular. Você também pode adicionar ou remover colunas de sua escolha com o menu da coluna. O menu da coluna pode ser inserido com um clique no ícone da seta que aparece dentro de um nome de coluna. </li><li> Clique em &quot;Mostrar detalhes&quot; para ver os detalhes de uma sequência-estrutura. &lt;/ Li&gt; <li> Salvar a seqüência-estrutura (s) de sua escolha, quer através de arrastar e soltar para o conjunto de dados ou por um clique direito e clique em &quot;Adicionar ao pool.&quot; </li><li> Para salvar os resultados para um arquivo externo, clique em &quot;Salvar seleção&quot; ou &quot;Salvar tudo&quot;. </li></ol></li><li> Procurar <ol><li> Navegar na Base de Dados ITS2 navegando pela estrutura de árvore à esquerda do site. </li><li> Clique em uma mais-sinal para ver a taxa um nível inferior. </li><li> Clique no nome de um taxon para abrir uma nova guia contendo cada seqüência-estrutura do taxon. </li><li> Clique em &quot;Mostrar detalhes&quot; para ver os detalhes de um par de seqüência-estrutura. </li><li> Salvar a seqüência-estrutura (s) de sua escolha, quer através de arrastar e soltar para o conjunto de dados ou por um clique direito e clique em &quot;Adicionar ao pool.&quot; </li><li> Para salvar os resultados para um arquivo externo, clique em &quot;Salvar seleção&quot; ou &quot;Salvar tudo&quot;. </li></ol></li></ol> 5. Explosão ITS2<ol><li> Digite ou cole uma ou várias seqüências de consulta para o editor seqüência. Suas seqüências podem ser tanto simples sequências de nucleótidos ou seqüência-estrutura pares. Você também pode digitar várias estruturas secundárias abaixo uma seqüência. Ao marcar a caixa &quot;Serialize seqüências XXFASTA&quot; estas estruturas são usadas posteriormente como consultas individuais. </li><li> Para iniciar o BLAST com as configurações padrão, clique em &quot;Blast&quot;. Dependendo da natureza da sua consulta, quer BLASTN um comum ou no ITS2 BLAST sequência-estrutura é executada. </li><li> A sub-aba é aberta para cada seqüência de consulta dentro dos que aparecem na guia &quot;Resultados explosão&quot;, bem como uma visão geral das pesquisas realizadas. </li><li> Clique em &quot;Alinhamentos Mostrar&quot; para ver os alinhamentos BLAST calculados. </li><li> Salve os hits BLAST de sua escolha, quer através de arrastar e soltar para o conjunto de dados ou por um clique direito e um clique em &quot;Adicionar ao pool.&quot; </li><li> Para salvar os resultados para um arquivo externo, clique em &quot;Salvar seleção&quot;Ou&quot; Salvar tudo &quot;. </li></ol> 6. Alinhamento de seqüências-estrutura múltipla <ol><li> Dê uma olhada no seu conjunto de dados, clicando em &quot;Gerenciar conjunto de dados&quot; e, em seguida, o símbolo da lupa ao lado do número de seqüências em sua piscina. Alternativamente, você pode clicar no sinal de pool de dados na parte inferior esquerda do site. </li><li> Clique em um par de seqüência-estrutura em seu conjunto de dados para exibir seus detalhes. </li><li> Para criar um alinhamento de sequências-estrutura múltipla de todos os pares seqüência-estrutura em sua piscina, clique em &quot;conjunto de dados Analisar&quot; e depois &quot;Seqüência e Estrutura&quot;. </li><li> Agora é-lhe pedido para seleccionar o modo gráfico do seu alinhamento. Se o seu alinhamento contém apenas algumas seqüências, recusar o modo fino, clicando em &quot;Não&quot; Caso contrário, escolha o modo fino gráfico clicando em &quot;Sim&quot;. </li><li> Em alguns momentos, o seu alinhamento é mostrado em uma nova aba (Figura 2). Além disso, ele é salvo automaticamente para o conjunto de dados. </li><li> Para salvar o seualinhamento para um arquivo externo, clique em &quot;Salvar alinhamento.&quot; </li></ol> 7. Árvore filogenética <ol><li> Para calcular uma seqüência de Neighbor-estrutura baseada em Unir em árvore do seu alinhamento múltiplo, clique em &quot;Dataset Analisar&quot; e depois &quot;Neighbor Unir&quot;. </li><li> A árvore resultante é ilustrado em uma nova aba (Figura 3). </li><li> Escale a sua árvore livremente com a barra de rolagem &quot;árvore Zoom&quot;. </li><li> Reroot sua árvore clicando em um nó ou folha da árvore e, em seguida, &quot;Reroot neste nó.&quot; </li><li> Se você quiser remover um taxon de seu conjunto de dados, clique na folha e escolha &quot;Remover este nó de piscina.&quot; Agora você pode recalcular o seu alinhamento e árvore com a amostragem taxon reduzida. </li><li> Clique em &quot;árvore Save&quot; para salvar sua árvore filogenética como um resultado final de sua análise para um arquivo Newick externo. </li></ol> 8. Software adicional <ol><li> Clique em &quot;Sobre este site&quot; - &quot;Ferramentas&quot; para encontrar adicional informarção sobre o 4SALE ferramentas stand-alone e ProfDistS. </li><li> Ao lado do alinhamento e função Vizinho Juntando fornecido pela interface ITS2 banco de dados web, agora você pode acessar várias funções novas, a delimitação das espécies por exemplo, com base nas alterações de base de compensação (CBCS). </li></ol> 9. Os resultados representativos O fluxo de trabalho, como descrito acima foi utilizada com sucesso em vários inquéritos de acesso aberto 3,4. Exemplos podem ser vistos através dos seguintes links: <ul><li> <a href="http://www.plosone.org/article/info%3Adoi/10.1371/journal.pone.0016931" target="_blank">http://www.plosone.org/article/info%% 3Adoi 2F10.1371% 2Fjournal.pone.0016931</a> </li><li> <a href="http://www.biomedcentral.com/1756-0500/3/320" target="_blank">http://www.biomedcentral.com/1756-0500/3/320</a> </li></ul> Nestes estudos de grande escala, nós fomos capazes de resolver a filogenia de Chlorophyta, bem como Hypnales (Bryophyta) wom alta resolução. Em ambos os casos, uma amostragem taxon exaustiva foi recolhida a partir do banco de dados ITS2 9, automaticamente alinhado com 4SALE 15,16 e finalmente processada por ProfDistS 17 em uma árvore filogenética. Em todos estes passos, a sequência e estrutura de informação foram utilizados simultaneamente. Suporte Bootstrap para a espinha dorsal filogenética foi conseguida utilizando Vizinho perfil de união (PNJ) 19, que está disponível na versão autónoma do ProfDistS. Para um conjunto menor de seqüência-estrutura pares, figuras 1 a 3 descrevem os principais passos deste fluxo de trabalho automatizado 5 diretamente na bancada banco de dados novo ITS2: amostragem taxonômica, o alinhamento da seqüência de estrutura de múltiplas e, eventualmente, o cálculo árvore filogenética. <img src="/files/ftp_upload/3806/3806fig1.jpg" alt="A Figura 1" /> Figura 1. Amostragem Taxon por arrastar e soltar. Em qualquer seqüência de tempo ou seqüência estru-<html> pares de e podem ser adicionados ao conjunto de dados, por exemplo através de arrastar e gota. Aqui uma sequência-estrutura é adicionado usando a função arrastar e soltar depois de predição de estrutura secundária. A elipse azul marca a área onde a seqüência de estrutura é jogada na piscina de dados. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/3806/3806fig1large.jpg" target="_blank">Clique aqui para ver a versão completa do tamanho desta imagem.</a> <img src="/files/ftp_upload/3806/3806fig2.jpg" alt="A Figura 2" /> Figura 2. Alinhamento da seqüência-estrutura múltipla no modo gráfico completo. Para as sequências de poucos no conjunto de dados, o modo completo gráfico foi escolhido. Bases são coloridos; pares de bases podem ser destacados com círculos vermelhos clicando em uma base ou suporte de um par de base. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/3806/3806fig2large.jpg" target="_blank">Clique aqui para ver a versão completa do tamanho desta imagem.</a> &quot;Alt =&quot; 3.jpg Figura 3 &quot;/&gt; Figura 3. Vizinho Sequence-estrutura Juntando árvore. A árvore livremente escalável calculado de sete táxons alinhamento da seqüência de estrutura de múltiplas podem ser salvos no formato Newick.

<ol><li>Keller, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Including+RNA+secondary+structures+improves+accuracy+and+robustness+in+reconstruction+of+phylogenetic+trees%5BTitle%5D)+AND+%22Biology+Direct%22%5BJournal%5D)">Including RNA secondary structures improves accuracy and robustness in reconstruction of phylogenetic trees.</a> Biology Direct. 5, 4-4 (2010).</li>
<li>Schultz, J., Maisel, S., Gerlach, D., Müller, T., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+common+core+of+secondary+structure+of+the+internal+transcribed+spacer+2+%28ITS2%29+throughout+the+Eukaryota%5BTitle%5D)+AND+%22RNA%22%5BJournal%5D)">A common core of secondary structure of the internal transcribed spacer 2 (ITS2) throughout the Eukaryota.</a> RNA. 11, 361-364 (2005).</li>
<li>Buchheim, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Internal+Transcribed+Spacer+2+%28nu+ITS2+rRNA%29+Sequence-Structure+Phylogenetics%3A+Towards+an+Automated+Reconstruction+of+the+Green+Algal+Tree+of+Life%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+ONE%22%5BJournal%5D)">Internal Transcribed Spacer 2 (nu ITS2 rRNA) Sequence-Structure Phylogenetics: Towards an Automated Reconstruction of the Green Algal Tree of Life.</a> PLoS ONE. 6, 16931-16931 (2011).</li>
<li>Merget, B., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+molecular+phylogeny+of+Hypnales+%28Bryophyta%29+inferred+from+ITS2+sequence-structure+data%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Research+Notes%22%5BJournal%5D)">A molecular phylogeny of Hypnales (Bryophyta) inferred from ITS2 sequence-structure data.</a> BMC Research Notes. 3, (2010).</li>
<li>Schultz, J., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ITS2+sequence-structure+analysis+in+phylogenetics%3A+a+how-to+manual+for+molecular+systematics%5BTitle%5D)+AND+%22Molecular+Phylogenetics+and+Evolution%22%5BJournal%5D)">ITS2 sequence-structure analysis in phylogenetics: a how-to manual for molecular systematics.</a> Molecular Phylogenetics and Evolution. 52, 520-523 (2009).</li>
<li>Coleman, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ITS2+is+a+double-edged+tool+for+eukaryote+evolutionary+comparisons%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+in+Genetics%22%5BJournal%5D)">ITS2 is a double-edged tool for eukaryote evolutionary comparisons.</a> Trends in Genetics. 19, 370-375 (2003).</li>
<li>Coleman, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+significance+of+a+coincidence+between+evolutionary+landmarks+found+in+mating+affinity+and+a+DNA+sequence%5BTitle%5D)+AND+%22Protist%22%5BJournal%5D)">The significance of a coincidence between evolutionary landmarks found in mating affinity and a DNA sequence.</a> Protist. 151, 1-9 (2000).</li>
<li>Müller, T., Philippi, N., Dandekar, T., Schultz, J., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Distinguishing+species%5BTitle%5D)+AND+%22RNA%22%5BJournal%5D)">Distinguishing species.</a> RNA. 13, 1469-1472 (2007).</li>
<li>Koetschan, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+ITS2+Database+III-sequences+and+structures+for+phylogeny%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Research%22%5BJournal%5D)">The ITS2 Database III-sequences and structures for phylogeny.</a> Nucleic Acids Research. 38, 275-279 (2010).</li>
<li>Keller, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((5.8+S-28S+rRNA+interaction+and+HMM-based+ITS2+annotation%5BTitle%5D)+AND+%22Gene%22%5BJournal%5D)">5.8 S-28S rRNA interaction and HMM-based ITS2 annotation.</a> Gene. 430, 50-57 (2009).</li>
<li>Benson, D., Karsch-Mizrachi, I., Lipman, D., Ostell, J., Sayers, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((GenBank%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Research%22%5BJournal%5D)">GenBank.</a> Nucleic Acids Research. 39, 32-37 (2011).</li>
<li>Markham, N., Zuker, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Software+for+nucleic+acid+folding+and+hybridization%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+in+Molecular+Biology%22%5BJournal%5D)">Software for nucleic acid folding and hybridization.</a> Methods in Molecular Biology. , 453-453 (2008).</li>
<li>Wolf, M., Achtziger, M., Schultz, J., Dandekar, T., Müller, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Homology+modeling+revealed+more+than+20%2C000+rRNA+internal+transcribed+spacer+2+%28ITS2%29+secondary+structures%5BTitle%5D)+AND+%22RNA%22%5BJournal%5D)">Homology modeling revealed more than 20,000 rRNA internal transcribed spacer 2 (ITS2) secondary structures.</a> RNA. 11, 1616-1623 (2005).</li>
<li>Altschul, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Gapped+BLAST+and+PSI-BLAST%3A+a+new+generation+of+protein+database+search+programs%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Research%22%5BJournal%5D)">Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs.</a> Nucleic Acids Research. 25, 3389-3402 (1997).</li>
<li>Seibel, P., Müller, T., Dandekar, T., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Synchronous+visual+analysis+and+editing+of+RNA+sequence+and+secondary+structure+alignments+using+4+SALE%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Research+Notes%22%5BJournal%5D)">Synchronous visual analysis and editing of RNA sequence and secondary structure alignments using 4 SALE.</a> BMC Research Notes. 1, (2008).</li>
<li>Seibel, P., Müller, T., Dandekar, T., Schultz, J., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((4+SALE+-+A+tool+for+synchronous+RNA+sequence+and+secondary+structure+alignment+and+editing%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">4 SALE - A tool for synchronous RNA sequence and secondary structure alignment and editing.</a> BMC Bioinformatics. 7, (2006).</li>
<li>Wolf, M., Ruderisch, B., Dandekar, T., Schultz, J., Müller, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ProfDistS%3A%28profile-%29+distance+based+phylogeny+on+sequence-structure+alignments%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">ProfDistS:(profile-) distance based phylogeny on sequence-structure alignments.</a> Bioinformatics. 24, 2401-2402 (2008).</li>
<li>Saitou, N., Nei, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+neighbor-joining+method%3A+a+new+method+for+reconstructing+phylogenetic+trees%5BTitle%5D)+AND+%22Molecular+Biology+and+Evolution%22%5BJournal%5D)">The neighbor-joining method: a new method for reconstructing phylogenetic trees.</a> Molecular Biology and Evolution. 4, 406-425 (1987).</li>
<li>Müller, T., Rahmann, S., Dandekar, T., Wolf, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Accurate+and+robust+phylogeny+estimation+based+on+profile+distances%3A+a+study+of+the+Chlorophyceae+%28Chlorophyta%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Evolutionary+Biology%22%5BJournal%5D)">Accurate and robust phylogeny estimation based on profile distances: a study of the Chlorophyceae (Chlorophyta.</a> BMC Evolutionary Biology. 4, (2004).</li>
<li>Ludwig, W. olfgang <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((ARB%3A+a+software+environment+for+sequence+data%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Research%22%5BJournal%5D)">ARB: a software environment for sequence data.</a> Nucleic Acids Research. 32, 1363-1371 (2004).</li>
<li>Néron, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mobyle%3A+a+new+full+web+bioinformatics+framework%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">Mobyle: a new full web bioinformatics framework.</a> Bioinformatics. 25, 3005-3011 (2009).</li>
<li>Camin, J. H., Sokal, R. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+method+for+deducing+branching+sequences+in+phylogeny%5BTitle%5D)+AND+%22Evolution%22%5BJournal%5D)">A method for deducing branching sequences in phylogeny.</a> Evolution. 19, 311-326 (1965).</li>
<li>Felsenstein, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evolutionary+trees+from+DNA+sequences%3A+a+maximum+likelihood+approach%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+Molecular+Evolution%22%5BJournal%5D)">Evolutionary trees from DNA sequences: a maximum likelihood approach.</a> Journal of Molecular Evolution. 17, 368-376 (1981).</li>
</ol>

Não há conflitos de interesse declarados.

O Banco de Dados ITS2 é uma bancada completa e totalmente funcional para espaçadores internos transcritos 2 seqüência-estrutura-base filogenética. O site pode ser operado muito rápida e intuitiva. Enquanto outras bancadas baseados na web como filogenia ARB 20 ou 21 Mobyle só são capazes de trabalhar em seqüência e / ou informação sobre a estrutura de consenso, o banco de dados ITS2 9 considera seqüências e estruturas secundárias individuais para cada taxon simultaneamente. No entanto, devido a limitações na capacidade computacional do servidor web, é altamente recomendável usar as ferramentas stand-alone para alinhamento múltiplo e Neighbor Unindo 18 cálculo, 4SALE 15,16 e ProfDistS 17, respectivamente, para grandes conjuntos de dados. Além do básico de fluxo de trabalho filogenia ITS2 sequência estrutura-5, essas ferramentas apresentam várias funções adicionais, como calcular bootstrap repetições, vizinho Perfil Unir (PNJ) 19 ou espéciedelimitação s com base nas alterações de base de compensação (CBCS) 8. Eles podem ser acessados ​​através do &quot;Sobre este site&quot; - seção &quot;Ferramentas&quot; para download e informações mais detalhadas. Para usar 4SALE e ProfDistS, é necessário sempre trazer os arquivos para o formato correto. Um táxon de amostragem para serem processados ​​pelo 4SALE deve ter o final. Fasta ou. Txt, enquanto que o alinhamento da seqüência-estrutura como uma entrada para ProfDistS deve terminar com. Xfasta. Estamos presentemente a implementação métodos alternativos para reconstrução filogenética árvore no banco de dados ITS2, bem como nas ferramentas relacionadas. Assim, métodos como seqüência-estrutura baseada em Máxima Parcimônia 22 e / ou máxima verossimilhança 23 estarão acessíveis no futuro.

<html><table border="1"><tbody><tr><td> Nome do reagente </td><td> Companhia </td><td> Comentários </td></tr><tr><td> Acesso à Internet </td><td></td><td> De preferência, de alta velocidade </td></tr><tr><td> ITS2 banco de dados 9 </td><td> Departamento de Bioinformática da Universidade de Würzburg </td><td> Website: <a href="http://its2.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de" target="_blank">http://its2.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de</a> </td></tr><tr><td> Software: 4SALE 15,16 </td><td> Departamento de Bioinformática da Universidade de Würzburg </td><td> Download: <a href="http://4sale.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de/" target="_blank">http://4sale.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de/</a> </td></tr><tr><td> Software: ProfDistS 17 </td><td> Departamento de Bioinformática da Universidade de Würzburg </td><td> Download:ni-wuerzburg.de / &quot;target =&quot; _blank &quot;&gt; http://profdist.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de/ </td></tr></tbody></table>

o banco de dados its2

The ITS2 Database

O espaçador interno transcrito 2 (ITS2) tem sido utilizado como um marcador filogenética para mais de duas décadas. Como ITS2 pesquisa voltada principalmente para a seqüência ITS2 muito variável, confinado este marcador de baixo nível filogenética apenas. No entanto, a combinação da sequência ITS2 ea sua estrutura altamente conservada secundário melhora a resolução filogenética 1 e permite inferência filogenética em fileiras múltiplas taxonómicos, incluindo espécies de delimitação 2-8. O Banco de Dados ITS2 9 apresenta um conjunto de dados exaustivo de espaçadores internos transcritos 2 seqüências do NCBI GenBank 11 precisão reannotated 10. Após uma anotação por Modelos Hidden Markov perfil (HMMs), a estrutura secundária de cada sequência é previsto. Primeiro, ele é testado se um mínimo de energia com base vezes 12 (vezes direta) resulta em uma correta conformação hélice, quatro. Se este não for o caso, a estrutura épredita por modelagem homologia 13. Em modelagem de homologia, uma estrutura já conhecida secundário é transferido para outra sequência de ITS2, cuja estrutura secundária não foi capaz de dobrar correctamente numa dobra directa. O Banco de Dados ITS2 não é apenas um banco de dados para armazenamento e recuperação de ITS2 seqüência-estruturas. Ele também fornece várias ferramentas para processar as suas próprias sequências de ITS2, incluindo previsão, anotação estrutural, detecção e motivo de pesquisa BLAST 14 no combinadas informações de seqüência-estrutura. Além disso, integra as versões cortadas dos 4SALE 15,16 e ProfDistS 17 para cálculo alinhamento múltiplo de seqüência-estrutura e vizinho Unindo 18 reconstrução da árvore. Juntos, eles formam um gasoduto análise coerente de um conjunto inicial de seqüências de uma filogenia baseada na seqüência e estrutura secundária. Em poucas palavras, esse ambiente de trabalho simplifica análises filogenéticas primeiros a apenasalguns cliques do mouse, enquanto que, adicionalmente, fornecendo ferramentas e dados para abrangentes análises em larga escala.

O Banco de Dados ITS2 é uma seqüência de bancada para inferência filogenética e, simultaneamente, considerando a estrutura secundária do espaçador interno transcrito 2. Isto inclui a coleta de dados com anotações precisas, a previsão de estrutura, alinhamento de sequências-estrutura múltipla e cálculo árvore rápido. Em poucas palavras, esse ambiente de trabalho simplifica análises filogenéticas primeiros a alguns cliques.

O Banco de Dados ITS2

O espaçador transcrito interno 2 (ITS2) tem sido utilizado como um marcador filogenético há mais de duas décadas. Como a pesquisa sobre o ITS2 concentrou-se principalmente no...

O espaçador transcrito interno dois do gene ribossômico ou I TS dois é um dos marcadores mais importantes na sistemática molecular. As pesquisas dos últimos 20 anos concentraram-se principalmente na exploração das sequências de I TS dois para reconstrução filogenética. No entanto, a estrutura secundária de I TS dois está sendo cada vez mais utilizada na área de inferência filogenética por diversas razões.A análise da estrutura secundária amplia a aplicabilidade taxonômica deste marcador, enquanto a sequência ITS2, que evolui rapidamente e é, portanto, altamente variável, é principalmente adequada para análise filogenética no nível de espécie ou inferior. A inclusão de informações estruturais permite a análise em níveis taxonômicos superiores simultaneamente, devido à estrutura secundária fortemente conservada do ITS2, composta por seus quatro elementos característicos. Assim, os resultados da análise de estrutura secundária podem melhorar a resolução filogenética obtida a partir da sequência primária.Sejam bem-vindos, caros colegas, meu nome é Matthias Wolf. Trabalho no I ts two proof há cerca de oito anos. Atuo aqui no Departamento de Bioinformática no centro de biociências da Universidade de Wurzburg, na Alemanha.Hoje gostaríamos de apresentar a você um pequeno vídeo sobre como usar o banco de dados I ts two. Olá, sou y Chu. O motivo desse vídeo é que o banco de dados I Ts two não é apenas um repositório de dados, mas também oferecemos diversas ferramentas que permitem aprimorar sua análise filogenética.Neste vídeo, queremos mostrar como trabalhar com essas ferramentas e como conectá-las entre si. Correto. A delimitação da sequência dos I Ts pode ser crucial para a predição da estrutura. Por isso, foi implementada uma interface baseada na web para a anotação baseada em modelo oculto de Markov.Para obter uma anotação correta das suas sequências de I TS dois, você pode colá-las no editor de sequências na parte superior do site. Isso é demonstrado ao carregar as sequências de exemplo de plans. O próprio editor de sequências verifica se suas sequências de I TS dois são válidas ou não e exibe mensagens de erro.Por exemplo, quando você utiliza caracteres não PAC, após escolher o HMM correto, é possível iniciar o processo clicando em anotar cada 5,8 s e 28 sRNA. Aquele que pode ser identificado pelo programa é removido, deixando as sequências I TS duas corretamente anotadas, que foram localizadas entre elas. Como resultado, as sequências I TS duas delimitadas são exibidas, bem como o híbrido previsto de 5,8 s e 28 S-R-R-N-A. Como confirmação da precisão das anotações HMM, após a anotação das novas sequências I TS duas retidas, as estruturas secundárias podem ser determinadas por dois meios.A primeira previsão pode ser realizada por modelagem por homologia utilizando o conjunto completo de sequências e estruturas da base de dados como modelos. Para prever a estrutura da sua sequência anotada, clique em prever estrutura com as duas sequências. Se suas duas sequências puderem dobrar-se diretamente na estrutura secundária típica do its dois, o resultado será exibido imediatamente.Agora você pode escolher entre várias opções para processar ainda mais sua estrutura de sequência, incluindo adicioná-la ao seu conjunto de dados. Se estiver aqui, duas sequências não podem dobrar diretamente, sendo realizada uma busca blast contra o banco de dados. A página resultante mostra os melhores resultados do blast, incluindo a modelagem por homologia para cada plástico como modelo.Com um clique no sinal de adição, os detalhes são exibidos; você pode selecionar os pares de sequência e estrutura de sua escolha e adicioná-los ao conjunto de dados, arrastando e soltando ou usando o menu contextual com o botão direito do mouse. Uma segunda abordagem é inserir manualmente uma ou várias sequências, incluindo suas estruturas secundárias como modelos, para transferir as estruturas secundárias mais adequadas para suas sequências de consulta. Isso é demonstrado carregando o arquivo de exemplo para múltiplos modelos.Ao clicar em Prever melhores modelos, você realiza a modelagem por homologia com as configurações padrão. O programa de modelagem por homologia calculará todas as estruturas contra todas e exibirá as melhores combinações entre sequência alvo e modelo. Na tabela resultante, é possível verificar quais modelos conseguiram utilizar com êxito sua estrutura secundária para modelar uma ou várias sequências alvo.Novamente, os detalhes dos resultados podem ser abertos com um clique no sinal de adição, já que a abordagem completa de modelagem por homologia é independente do I TS dois. Pode ser utilizada para prever a estrutura secundária de qualquer RNA dada uma molécula homóloga com estrutura conhecida. Além disso, os pares resultantes de sequência e estrutura podem ser adicionados ao conjunto de dados por arrastar e soltar ou por meio do menu de contexto, que é aberto com o clique do botão direito.Além da estrutura geral, motivos conservados como a sequência A-U-G-G-U precedendo o ápice da terceira hélice e uma pirâmide perina em desencontro na segunda hélice foram descritos para o I TS dois. Esse desencontro UU é cercado por dois motivos, um à esquerda da hélice dois e outro à direita entre a hélice dois e três, com um nucleotídeo triplo A adicional. Após transformar esses motivos de sequência em hms, fornecemos agora a identificação desses motivos em sequências de interesse.Para procurar esses motivos, insira sua sequência de consulta no campo de pesquisa e escolha o modelo correto. Novamente, isso é demonstrado ao carregar o arquivo de exemplo para planos. Para iniciar os cálculos, clique em busca de motivo.Observa-se que seus dois motivos estão anotados e destacados nas sequências consultadas. Uma possibilidade para recuperar pares de estruturas de sequência I ts dois a partir do banco de dados I Ts dois é utilizar a função de busca. Ela permite ao usuário pesquisar estruturas de sequência tanto pelo nome do táxon quanto pelo identificador GenBank.Para procurar uma estrutura de sequência pelo identificador GenBank, digite o GI no campo de pesquisa e clique em pesquisar. Uma lista de resultados aparece em uma nova aba. Você pode visualizar os detalhes de uma estrutura de sequência clicando em mostrar detalhes.Além disso, é possível exibir as sequências S diretas de todas as ocorrências na guia clicando em "exibir estrutura da sequência" por meio de arrastar e soltar ou pelo menu de contexto com um clique com o botão direito; as estruturas de sequência escolhidas podem ser adicionadas ao conjunto de dados. Além da busca por pares de sequência e estrutura por gi, você pode digitar um nome taxonômico no campo de pesquisa, com suporte de uma caixa de pesquisa instantânea que aparece automaticamente. Após surgir a nova guia listando todas as ocorrências, você pode acessar as mesmas funções de antes.Por exemplo, adicionar seleção ao conjunto de dados por arrastar e soltar. A segunda possibilidade de recuperar pares de estrutura de sequência do banco de dados é a função de navegação. Aqui, os textos são organizados.De acordo com o banco de dados de taxonomia do NCBI, os dados são acessíveis por meio da estrutura semelhante a uma árvore, localizada à esquerda do site. Ao clicar no sinal de adição, é possível exibir o texto um nível abaixo.Ao clicar em um nome de táxon, você abre uma nova guia contendo cada estrutura de sequência, par do táxon. Além de uma busca por sequências e estruturas com identificadores do banco CEM ou informações da espécie, o banco de dados I Ts dois também fornece uma busca baseada em blast. No entanto, procedimentos blast destacados frequentemente não são capazes de identificar relações distantes.As suas duas sequências devido à elevada divergência de sequência. Para superar este obstáculo, implementamos uma busca blast baseada em sequência e estrutura que inclui informações sobre a estrutura altamente conservada para a busca de homologia. Isso é feito traduzindo a estrutura da sequência em uma sequência pseudoproteica de 12 letras.Assim, a amostragem de espécies que começa com qualquer sequência de interesse e abrange amplas faixas taxonômicas tornou-se tão simples quanto uma busca blast. Para realizar uma busca blast, você pode digitar suas sequências consultas no editor de sequências.Se a sua sequência consultada for uma sequência de nucleotídeos simples sem estrutura, um algoritmo blast n comum é usado para sequências incluindo suas estruturas secundárias. A interface da web utiliza o algoritmo I Ts two blast. Inicie o processo clicando em blast.Após alguns momentos, seus resultados do blast são listados em uma nova aba. Aqui você vê uma aba para cada sequência consultada. Ao clicar em mostrar alinhamentos, você pode percorrer os alinhamentos apresentados. Como antes, você pode selecionar os pares de sequência e estrutura de sua escolha e adicioná-los ao conjunto de dados.Durante o seu trabalho com o banco de dados ITS dois, seu conjunto de dados pode ter sido preenchido com diversas estruturas de sequência. Você pode acessar seu conjunto de dados a qualquer momento e exibir seu conteúdo. O próximo passo da sua análise é o alinhamento múltiplo das estruturas de sequência.Clique em analisar conjunto de dados e, em seguida, em sequência e estrutura para realizar o alinhamento entre sequência e estrutura. Agora, você deverá selecionar o modo gráfico do seu alinhamento. Para um grande conjunto de sequências, recomenda-se selecionar a versão compacta.Como o nosso conjunto de dados contém apenas algumas estruturas de sequência, optamos pelo modo gráfico completo. Após a conclusão do cálculo, o alinhamento é adicionado ao seu conjunto de dados. Ao realçar um lado de um par de bases, você automaticamente realça seu correspondente.Por fim, o alinhamento pode ser salvo com um clique em alinhamento seguro. Quando você estiver satisfeito com a qualidade do alinhamento entre sequência e estrutura, poderá calcular uma árvore filogenética pelo método de vizinho-união clicando em analisar conjunto de dados e, em seguida, vizinho. A árvore resultante aparecerá em uma nova aba.Você pode redimensionar sua árvore livremente usando a barra de rolagem, rerrotear sua árvore clicando em um nó ou folha arbitrário da árvore e, em seguida, rerrotear neste nó. Se desejar remover um táxon do seu conjunto de dados, clique na folha e escolha. Remover este nó do conjunto.Agora você pode recalcular seu alinhamento e árvore com uma amostragem reduzida de táxons, clicando em salvar árvore. Você pode salvar sua árvore filogenética no formato NU. Clique em sobre este site e depois em ferramentas para encontrar informações adicionais sobre as ferramentas independentes disponíveis para venda e as versões pro.Além do alinhamento na função de junção de vizinhos, também fornecida pela interface web do banco de dados I Ts dois, agora você pode acessar várias novas funções, por exemplo, delimitação de espécies com base em alterações compensatórias. Nos últimos minutos, quisemos mostrar a você algumas dicas sobre como melhorar sua análise filogenética. Mostramos como obter seus dados do banco de dados I Ts dois, alinhá-los com o four cell e, finalmente, calcular suas árvores com o Pro S. Em todos esses passos, consideramos não apenas a sequência, mas também a sequência e a estrutura. Claro.Esperamos que tenham gostado do nosso pequeno filme e da construção pesada de árvores. Boa noite.

Research

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Biology

Biologia

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