Name: Medindo a estrutura, composição e mudança de ambientes subaquáticos com imagens de grande área (Vídeo) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-04-18T13:30:00.000+00:00
Duration: 9 min 19 s
Description: Aprenda um protocolo de imagem de grande área em quatro etapas para coletar dados ecológicos de recifes de coral, analisando complexidade estrutural e composição da comunidade.

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<table><tbody><tr><td>1" x 4 1/4" x 3 1/4" acetal usinado personalizado</td><td>N/A</td><td>N/A</td><td>1.1 Preparação de Engrenagem; Para a construção de slides e montagens de câmera</td></tr> 1<tr><td>/2 "polietileno de alta densidade de grau marítimo</td><td>King Starboard</td><td>N / A</td><td>1.1 Preparação de engrenagens; Para construção de painéis de montagem de câmera e estrutura externa de câmera</td></tr><tr><td>18-8 Parafusos de Cabeça Chata Phillips de Aço Inoxidável de Cabeça Plana, Tamanho de Rosca 3/8"-16, 1-1/2" Long</td><td>McMaster-Carr</td><td>91771A628</td><td>1.1 Preparação de Engrenagem; Para montagem de quadro de câmera</td></tr><tr><td>Parafuso de cabeça de soquete de aço inoxidável 18-8, tamanho de rosca 10-24, comprimento 1-1/8" de comprimento</td><td>McMaster-Carr</td><td>92196A248</td><td>1.1 Preparação de engrenagem; Usado para fixar a placa de montagem para alças</td></tr> de <tr><td>pesos de mergulho de 1 lb</td><td>House of Scuba</td><td>WBELT24 1LB</td><td>1.2 Configuração de Plotagem; Usado para flutuadores de referência</td></tr><tr><td>Caixa subaquática 200DL para câmera DSLR Nikon D780</td><td>Ikelite</td><td>71019</td><td>1.1 Preparação de engrenagem; Caixa subaquática para câmera digital</td></tr><tr><td>24mm lente fixa (AF-S NIKKOR 24mm f/1.8G ED)</td><td>Nikkor</td><td>20057</td><td>1.1 Preparação da engrenagem; Lente grande angular para maior sobreposição de imagem</td></tr><tr><td>250# longline cinza poli macio</td><td>Continental Western</td><td>503086</td><td>1.2 Configuração de plotagem; Para construir barras de escala. Marcadores de controle de solo para determinar a escala do modelo</td></tr><tr><td>Martelo de perfuração de 3 lb</td><td>Estwing</td><td>B3-3LB</td><td>1.2 Configuração de plotagem; Usado para instalar estacas de aço inoxidável no local de pesquisa</td></tr><tr><td>3/8-16 X 18" THRD ROD W/60 DEGREE POINT 316 S/S</td><td>Ababa Bolt</td><td>37C1800ROD6/60DEG</td><td>1.2 Configuração de Plotagem; Para instalação permanente para marcar o local de pesquisa</td></tr><tr><td>Porca de Bloqueio de Nylon de Aço Inoxidável 316 Super-Resistente à Corrosão, Tamanho da Rosca 1/4"-20</td><td>McMaster-Carr</td><td>90715a125</td><td>1.2 Configuração de Plotagem; Para barras de escala e montagem de estrutura.</td></tr><tr><td>Contraporca de Aço Inoxidável 316 com Inserção de Nylon Super-Resistente à Corrosão, Tamanho da Rosca 3/8"-16</td><td>McMaster-Carr</td><td>90715A145</td><td>1.2 Configuração de Plotagem; Afixado à esquerda estaca de aço inoxidável para orientação do terreno</td></tr><tr><td>316 Parafusos de Cabeça Chata Phillips de Aço Inoxidável, Tamanho da Rosca 10-32, 3/8" de Comprimento</td><td>McMaster-Carr</td><td>91500a827</td><td>1.1 Preparação da Engrenagem; Para montagem do quadro da câmera</td></tr><tr><td>4"x4" Marcador Agisoft impresso em papel à prova d'água</td><td>Agisoft</td><td>N/A</td><td>1.2 Configuração de plotagem; Para construir ladrilhos de canto. Marcadores de controle de solo para determinar a orientação do modelo</td></tr><tr><td>4"x4"x1/4" Telha de aço inoxidável</td><td>N/A</td><td>N/A</td><td>1.2 Configuração de plotagem; Para construir ladrilhos de canto. Marcadores de controle de solo para determinar a orientação do modelo</td></tr><tr><td>4"x4"x3/4" marcador agisoft de plástico impresso personalizado núcleo de cor de polietileno de alta densidade</td><td>N/A</td><td>N/A</td><td>1.2 Configuração de plotagem; Para construir barras de escala. Marcadores de controle de solo para determinar a escala do modelo</td></tr><tr><td>512 GB Extreme PRO SDXC UHS-I Card - C10, U3, V30, 4K UHD, Cartão SD</td><td>SanDisk</td><td>SDSDXXY-512G-GN4IN</td><td>1.1 Preparação de Engrenagem; Cartão de armazenamento de alta velocidade e grande capacidade. Até 2 usados por câmera para armazenamento de imagens</td></tr><tr><td>Disco rígido externo portátil Elements de 5 TB HDD, USB 3.0</td><td>Western Digital</td><td>WDBU6Y0050BBK-WESN</td><td>1.3 Captura de imagem; Disco rígido externo de grande volume para armazenamento de imagens e backup de imagens</td></tr><tr><td>Lente fixa de 60 mm (AF-S Micro NIKKOR 60mm F2.8G ED)</td><td>Nikkor</td><td>2177</td><td>1.1 Preparação de engrenagens; Lente de zoom macro, opcional para configuração de câmera dupla</td></tr><tr><td>Acetal usinado e rosqueado para 1"x12" 3/8" 16 suportes de rosca</td><td>N/A</td><td>N/A</td><td>1.1 Preparação de engrenagem; Colunas de suporte de moldura de câmera</td></tr><tr><td>AquaMend Epoxy Putty Stick</td><td>JD Industrial Supply</td><td>470550</td><td>1.2 Configuração de plotagem; Usado para instalar estacas de aço inoxidável no local</td></tr><tr><td>de pesquisa Architectural 6063 Aluminum U-Channel, 1/8" Espessura da parede, 1/2" de altura x 3/4" de largura externa</td><td>McMaster-Carr</td><td>9001k46</td><td>1.2 Configuração de plotagem; Para construir barras de escala. Marcadores de controle de solo para determinar a escala do modelo</td></tr><tr><td>Parafusos Phillips de Cabeça de Panela de Aço Inoxidável Óxido Negro 18-8, Rosca 1/4"-20, Comprimento</td><td>McMaster-Carr</td><td>91249a537</td><td>1.1 Preparação de Engrenagem; Para anexar o cabo ikelite à carcaça</td></tr><tr><td>Parafusos Phillips de Cabeça de Panela de Aço Inoxidável Óxido Negro 18-8, Rosca 1/4"-20, 5/8" de Comprimento</td><td>McMaster-Carr</td><td>91249A539</td><td>1.2 Configuração de Plotagem; Para construir barras de escala. Marcadores de controle de solo para determinar a escala do modelo</td></tr><tr><td>Corda de Aço Azul</td><td>Continental Western</td><td>402020</td><td>1.2 Configuração de Plotagem; Usado para prender o flutuador de mergulho aos bentos durante as pesquisas</td></tr><tr><td>Corpo da câmera D780</td><td>Nikon</td><td>1618</td><td>1.1 Preparação da engrenagem; Modelo de corpo da câmera</td></tr><tr><td>DGX Tech Compass com montagem elástica e cabo</td> de <td>mergulho Express</td><td>DX-9050x</td><td>1.2 Configuração de plotagem; Para recolha de rolamentos de enredo e como complemento ao enquadramento da câmara como auxiliar de navegação</td></tr><tr><td>Computador de mergulho - Suunto Zoop Novo</td><td>Suunto&nbsp;</td><td>N/A</td><td>1.2 Configuração do Gráfico; Para registrar a profundidade nos blocos de referência</td></tr><tr><td>Dive slate</td><td>TexWipe</td><td>TX5835</td><td>1.2 Configuração de plotagem; Usado para registrar metadados de plotagem, como profundidade de ladrilhos e números de alvos codificados</td></tr><tr><td>DL 8 polegadas Dome Port</td><td>Ikelite</td><td>75340</td><td>1.1 Preparação de engrenagens; Porta de cúpula para caixa subaquática</td></tr><tr><td>FLOAT, ESPONJA DE PVC, 5-3 / 4 "DIÂMETRO POR 3/4", RUST</td><td>Memphis Net & Fio</td><td>SB1</td><td>1.2 Configuração de plotagem; Usado como referência visual para determinar os limites do terreno e a altura de natação do operador de câmera</td></tr><tr><td>Garmin 78s GPS</td><td>Garmin</td><td>010-00864-01</td><td>1.2 Configuração do gráfico; Usado para registrar a localização do local de pesquisa Computador de</td></tr><tr><td>alto desempenho</td><td>N / A</td><td>N / A</td><td>2.0 Modelo de Construção; Para processamento de nuvem de pontos densa 3D, as especificações recomendadas incluem uma CPU de 10+ núcleos de alta velocidade, 128 GB de RAM (mínimo de 64 GB), unidade de estado sólido de 1 TB e uma GPU NVIDIA ou AMD dedicada.</td></tr><tr><td>Flutuador de mergulho de superfície inflável</td><td>Omer</td><td>Atol 6246</td><td>1.2 Configuração do enredo; Bóia de marcação de superfície de dupla finalidade e&nbsp;</td></tr><tr><td>Nível de Verificação Cruzada JOHNSON: Não magnético, 2 1/4 pol x 1 7/16 pol x 3/16 pol, Plástico, Furo para Pendurar, 1mm/m</td><td>Grainger</td><td>6C225</td><td>1.1 Preparação de Engrenagem; Adição opcional ao quadro da câmera como auxílio à navegação</td></tr><tr><td>Fita métrica longa, 1/2 pol x 30m, Pumpkin</td><td>Grainger</td><td>3LJW9</td><td>1.2 Configuração de plotagem; Usado para configurar a área de plotagem</td></tr><tr><td>Manta reel SR. Reel</td><td>Manta Industries</td><td>N/A</td><td>1.2 Configuração de parcela; Anexado ao flutuador de mergulho para uso durante as pesquisas</td></tr><tr>:<td>Licença Profissional Metashape</td>, <td>Agisoft</td><td>N/A</td><td>2.0 Model Construction; Software para processamento de nuvem de pontos densa</td></tr><tr><td>Acrílico transparente antirreflexo</td><td>N/A</td><td>N/A</td><td>1.2 Configuração de plotagem; Para construir ladrilhos de canto. Marcadores de controle de solo para determinar a orientação</td></tr><tr><td>do modelo O-Ring 0132.45 para DL Port System, ULTRAcompact Housings</td><td>Ikelite</td><td>132.45</td><td>1.1 Preparação de engrenagens; O-ring para caixa subaquática</td></tr><tr><td>O-Ring 0132.59 para DSLR & Caixas sem espelho (Tipo 1)</td><td>Ikelite</td><td>132.59</td><td>1.1 Preparação de engrenagens; O-ring para caixa subaquática</td></tr><tr><td>Paracord ou Dacron Line</td><td>N/A</td><td>N/A</td><td>1.2 Configuração de plotagem; Usado para anexar flutuadores de referência a pesos de mergulho</td></tr><tr><td>Parafuso de cabeça chata Phillips de aço inoxidável 18-8 passivado, escareador de 82 graus, rosca de 1/4"-20, 1" de comprimento</td><td>McMaster-Carr</td><td>91771a542</td><td>1.1 Preparação de engrenagem; Painel deslizante de quadro</td></tr><tr><td>Passivado 18-8 Parafuso de Cabeça Chata Phillips em Aço Inoxidável, 82 Graus de Rebaixamento, Rosca 1/4"-20, 1-3/4" de Comprimento</td><td>McMaster-Carr</td><td>91771a548</td><td>1.1 Preparação de Engrenagem; Painel deslizante de quadro</td></tr><tr><td>Parafuso de cabeça chata Phillips de aço inoxidável passivado 18-8, 82 graus de rebaixamento, rosca 10-32, 3/8" de comprimento</td><td>McMaster-Carr</td><td>91771A827</td><td>1.2 Configuração de plotagem; Para construir ladrilhos de canto. Marcadores de controle de solo para determinar a orientação do modelo</td></tr><tr><td>Pelican 1060 micro case</td><td>Pelican</td><td>1060-025-100</td><td>1.2 Configuração de plotagem; Caixa para unidade GPS que é afixada ao flutuador de mergulho inflável</td></tr><tr><td>Parafuso de polegar de cabeça de plástico 1/4"-20 x 2"</td><td>McMaster-Carr</td><td>91185A819</td><td>1.1 Preparação da engrenagem; Use para fixar a caixa da câmera no quadro</td></tr><tr><td>Alça de Liberação Rápida à Direita com Extensão</td><td>Ikelite</td><td>4077.02</td><td>1.1 Preparação de Engrenagem; Puxador para caixa subaquática</td></tr><tr><td>R</td><td>N/A</td><td>N/A</td><td>3.0 Análise Ecológica; Software para execução de scripts de complexidade estrutural</td></tr><tr><td>Taglab</td><td>N/A</td><td>N/A</td><td>3.0 Análise Ecológica; Software para análise de segmentação</td></tr><tr><td>Trigger Extension v2 para Shutter ou Back Button Focus</td><td>Ikelite</td><td>4077.95</td><td>1.1 Gear Preparation; Extensão do gatilho para controle do botão do obturador da caixa subaquática</td></tr><tr><td>Bomba de vácuo com medidor</td><td>Ikelite</td><td>47011</td><td>1.1 Preparação da engrenagem; Para testar a integridade de vedações de anéis de vedação para caixas de câmeras subaquáticas</td></tr><tr><td>Viscore</td><td>N/A</td><td>N/A</td><td>2.0 Construção do Modelo; 3.0 Análise Ecológica; Software para análise ecológica</td></tr></tbody></table>

medindo a estrutura, composição e mudança de ambientes subaquáticos com imagens de grande área

Measuring the Structure, Composition, and Change of Underwater Environments with Large-area Imaging

A coleta bem-sucedida de imagens de grande área no campo deve resultar na criação de uma reconstrução densa da nuvem de pontos com cobertura total de cima para baixo da área de pesquisa, enquanto a redundância inadequada na cobertura pode resultar em lacunas ou degradação total da nuvem de pontos (Figura 4). Para um conjunto de 43 levantamentos de imagens de grande área realizados em todo o arquipélago havaiano em 2016, uma média de 99,6% das imagens foram alinhadas por conjunto de dados, com 66% dos conjuntos de imagens tendo 100% das imagens alinhadas com sucesso. As imagens coletadas da câmera de lente grande angular tiveram um GSD médio de 0,52 mm px-1 , enquanto as imagens da câmera de lente zoom tiveram um GSD médio de 0,18 mm px-1. Essas pesquisas geraram nuvens de pontos densas com um tamanho médio de 557,7 milhões de pontos (15 GB).
Os fluxos de trabalho ecológicos descritos aqui foram projetados para gerar dados comparáveis às metodologias existentes para monitoramento de recifes de coral78. Os dados ecológicos extraídos das pesquisas LAI em todo o Havaí mostram, além de alguns outliers, medidas de rugosidade linear resultantes do fluxo de trabalho de complexidade estrutural que se alinham bem com os valores relativos em comparação com as medidas in situ de complexidade em todos os locais81 (Figura 5A, B). Análises adicionais de composição da comunidade do LAI para medir a cobertura percentual dos principais grupos funcionais bentônicos mostram alinhamento semelhante em comparação com pesquisas fotoquadradas tradicionais82 (Figura 5C, D). A amostragem quadrada aqui foi usada para medir a densidade de invertebrados sésseis, sendo os mais comuns os ouriços-do-mar, que foram resumidos como medidas categóricas de abundância relativa. Os métodos LAI registraram regularmente níveis mais altos de abundância em relação aos métodos in situ 81 (Figura 5E, F), o que pode ser devido à capacidade de pesquisar e pesquisar de forma abrangente todos os indivíduos dentro de uma determinada área em comparação com um censo visual rápido. A segmentação de colônias de corais usando a ortoprojeção 2D também revelou distribuições de tamanho semelhantes de táxons de corais comuns aos métodos in situ 83 (Figura 5G, H).
Uma grande vantagem das pesquisas LAI é a capacidade de arquivar e rastrear mudanças nas áreas de recife ao longo do tempo por meio do co-registro da densa nuvem de pontos. Os recifes de coral são substratos vivos, o que, para as pesquisas do LAI, pode ser um desafio identificar superfícies permanentes, naturais ou instaladas, que podem ser usadas para registrar de forma confiável nuvens de pontos densos de diferentes pontos de tempo. O exemplo do atol do milênio (Figura 6) mostra um exemplo com alto crescimento e perda estrutural em que o fluxo de trabalho de co-registro assistido foi usado para co-registro de nuvem de pontos densa, apesar de pouca ou nenhuma estabilidade da superfície do recife ao longo do tempo.
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67700/67700fig01.jpg"> 
Figura 1: Diagrama dos quadros de câmera montados. Exemplos de visualizações das configurações de quadro de câmera dupla (A,B) e (C,D) única. As caixas de câmera Ikelite são fixadas à estrutura no painel de montagem da câmera usando uma placa deslizante presa às alças da caixa. Instrumentos opcionais para auxiliar na navegação, como nível, bússola e computador de mergulho, podem ser anexados ao quadro, conforme mostrado em B. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67700/67700fig01large.jpg" target="_blank">Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.</a>
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67700/67700fig02.jpg"> 
Figura 2: Diagrama do gráfico de imagem de grande área de 100 m2 . Esquema de um lote de imagem de grande área totalmente configurado com 100 m2 de área. Os marcadores de plotagem temporários incluem seis marcadores de bloco de limite, quatro barras de escala e quatro flutuadores de referência. Os marcadores de parcela permanentes incluem duas estacas de aço inoxidável com a estaca esquerda, ao olhar para a costa, incluindo uma contraporca. A referência GPS para o gráfico deve ser tomada acima do ladrilho ou estaca central esquerda. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67700/67700fig02large.jpg" target="_blank">Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.</a>
<img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67700/67700fig03.jpg"> 
Figura 3: Padrão de coleta do mergulhador. Exemplo de (A) trajetória de natação do mergulhador para garantir cobertura suficiente e sobreposição da área da parcela com um buffer incluído e (B) arranjo do mergulhador com o sistema de câmera com os flutuadores de referência fornecendo um guia para a altura de natação. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67700/67700fig03large.jpg" target="_blank">Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.</a>
<img alt="Figure 4" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67700/67700fig04.jpg"> 
Figura 4: Redução na sobreposição de imagens. A degradação da nuvem de pontos densa à medida que o número de imagens sobrepostas é reduzida por meio de amostragem aleatória. Cada painel mostra a densa nuvem de pontos gerada a partir de (A) todas as imagens, (B) 1/2, (C) 1/3, (D) 1/5 e (E) 1/10 das imagens originais. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67700/67700fig04large.jpg" target="_blank">Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.</a>
<img alt="Figure 5" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67700/67700fig5v2.jpg"> 
Figura 5: Extração de dados ecológicos. Os dados candidatos extraídos de imagens de grandes áreas para cada um dos fluxos de trabalho ecológicos são mostrados em comparação com os métodos de coleta de dados in situ estabelecidos. Isso inclui (A, B) complexidade estrutural, (C, D) composição da comunidade (barras de erro indicam erro padrão), (E, F) densidade de invertebrados e (G, H) dados demográficos da estrutura de tamanho. Abreviatura: LAI = imagem de grande área. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67700/67700fig5v2large.jpg" target="_blank">Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.</a>
<img alt="Figure 6" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/67700/67700fig06.jpg"> 
Figura 6: Co-registro de nuvem de pontos densa. Um exemplo de comparação visual de duas nuvens de pontos densas co-registradas temporalmente. As áreas de perda estrutural, provavelmente devido a danos causados por ondulação, são codificadas visualmente em vermelho, conforme indicado pela seta magenta. As áreas de adição estrutural, normalmente atribuídas ao crescimento de colônias de corais, são codificadas visualmente em azul, conforme indicado pela seta amarela. O fluxo de trabalho de corregistro descrito aqui ainda pode ser usado para áreas de recife tão dinâmicas quanto as vistas aqui, onde os Pontos de Controle Terrestre (GCPs) instalados permanentemente não seriam confiáveis devido ao crescimento excessivo ou deslocamento. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67700/67700fig06large.jpg" target="_blank">Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.</a>
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Recurso de câmera</td>
			<td>Configuração recomendada</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Foco</td>
			<td>Automático</td>
		</tr>
		<tr>
			<td rowspan="2">Modo de disparo</td>
			<td>P (Automático Programado) para lente grande angular</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>A (Automático com prioridade à abertura), definido para uma abertura de F8 para objetiva macro</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Modo de Liberação</td>
			<td>S (automático com prioridade ao obturador)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Configurações de foco automático</td>
			<td>Foco automático central (AF-C), ponto central único (S)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Controle automático de sensibilidade ISO</td>
			<td>EM</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sensibilidade ISO máxima</td>
			<td>3200</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Velocidade mínima do obturador</td>
			<td>1/320</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Qualidade de imagem</td>
			<td>RAW + JPEG</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Temporizador de intervalo</td>
			<td>1 s</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Equilíbrio de branco</td>
			<td>Costume</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>
Tabela 1: Configurações recomendadas da câmera. A seguir está uma lista das principais configurações da câmera usadas para otimizar a qualidade da imagem. Essas configurações priorizam a captura de imagens em foco capturadas por um operador em movimento em condições de iluminação subaquática.
<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td colspan="2">Alinhar fotos</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Exatidão</td>
			<td>Alto</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pré-seleção genérica</td>
			<td>Não</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Limite de pontos-chave</td>
			<td>5000</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Limite de ponto de amarração</td>
			<td>0</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Correspondência de imagem guiada</td>
			<td>Não</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ajuste de modelo de câmera adaptável</td>
			<td>Sim</td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">Crie uma nuvem densa</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Qualidade</td>
			<td>Alto</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Filtragem de profundidade</td>
			<td>Moderada</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Calcular cores de ponto</td>
			<td>Sim</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Calcular Confiança de Ponto</td>
			<td>Sim</td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="2">Exportar pontos</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tipo de arquivo</td>
			<td>Stanford PLY</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sistema de coordenadas</td>
			<td>Coordenadas locais (m)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dados de origem</td>
			<td>Nuvem densa</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Salvar cores de ponto</td>
			<td>Sim</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ponto de salvamento normal</td>
			<td>Sim</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Economize confiança no ponto</td>
			<td>Sim</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Salvar classes de ponto</td>
			<td>Não</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Converta cores para RGB de 8 bits</td>
			<td>Sim</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Codificação binária</td>
			<td>Sim</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>
Tabela 2: Configurações de construção de nuvem de pontos densa 3D. Uma lista de configurações usadas no Agisoft Metashape para criar e exportar uma reconstrução de nuvem de pontos densa de alta qualidade.
Arquivo Suplementar 1: Roteiro. Exemplo de imagem ortomosaico marcada com recursos e profundidades de plotagem para ajudar a encontrar a área de plotagem para repesquisa. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67700/Supplemental%201%20Roadmap.pdf" target="_blank">Clique aqui para baixar este arquivo.</a>
Arquivo Suplementar 2: Extract_meta.py. Script executado no Agisoft Metashape para exportar informações de pose de câmera e diretório de arquivos para uso no Viscore para consultar as imagens originais. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67700/Supplemental%202%20extract_meta.py" target="_blank">Clique aqui para baixar este arquivo.</a>
Arquivo Suplementar 3: Guia para Viscore. Guia de software para Viscore, que inclui fluxos de trabalho para visualização de modelos, co-registro e análises ecológicas. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67700/Supplemental_3_Guide_to_Viscore_Final.pdf" target="_blank">Clique aqui para baixar este arquivo.</a>
Arquivo Suplementar 4: Rugosity_Functions.Rmd. Script usado em R contendo funções para processar dados de rugosidade extraídos do Viscore. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67700/Supplemental%204%20Rugosity_Functions.Rmd" target="_blank">Clique aqui para baixar este arquivo.</a>
Arquivo suplementar 5: Rugosity_Analysis.Rmd. Script usado em R para calcular métricas de rugosidade. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67700/Supplemental%205%20Rugosity_Analysis.Rmd" target="_blank">Clique aqui para baixar este arquivo.</a>
Arquivo Suplementar 6: Quadrat_sampling.rpl.json. Script usado no Viscore para fluxo de trabalho de análise de densidade quadrada. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67700/Supplemental%206%20Quadrat_sampling.repl.json" target="_blank">Clique aqui para baixar este arquivo.</a>
Arquivo Suplementar 7: Density_taxo_lookup.json. Arquivo de pesquisa de botão para executar o script de amostragem quadrática para agregar dados de amostragem quadrática por grupo taxonômico. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67700/Supplemental%207%20Density_taxo_lookup.json" target="_blank">Clique aqui para baixar este arquivo.</a>
Arquivo suplementar 8: Density_Analysis.R Script usado em R para agregar dados de amostragem quadrada que calculam a densidade por grupo taxonômico em um nível de pesquisa. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67700/Supplemental%208%20Density_Analysis.R" target="_blank">Clique aqui para baixar este arquivo.</a>
Arquivo Suplementar 9: README.txt Exemplo de arquivo de texto a ser incluído com imagens originais para arquivamento de dados que descreve a metodologia de captura de imagem. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67700/Supplemental%209%20README.txt" target="_blank">Clique aqui para baixar este arquivo.</a>
Arquivo Suplementar 10: METADATA_KAH_2016-07_03.txt Exemplo de arquivo de texto a ser incluído com imagens originais para arquivamento de dados que contém campos de metadados para levantamento LAI. Isso inclui campos para dados de escala e profundidade da pesquisa para referência, bem como metadados gerais do site para contexto geográfico. Abreviatura: LAI = imagem de grande área. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/67700/Supplemental%2010%20METADATA_KAH_2016-07_03.txt" target="_blank">Clique aqui para baixar este arquivo.</a>

Medindo a estrutura, composição e mudança de ambientes subaquáticos com imagens de grande área

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Research

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Nós descrevemos um método novo para contagem de peixes e estimar a abundância relativa (MaxN) e a densidade de peixes usando sistemas de câmera de vídeo estéreo de giro. Também demonstramos como usar distância da câmera (distância Z) para estimar a detectabilidade espécie-específicas.

Desenvolvimento de novos métodos para quantificar a densidade de peixes usando ferramentas de estéreo-vídeo subaquáticas

Imagem com base em topografia é um método não-invasivo, cada vez mais prático para o ambiente marinho da amostra. Apresentamos o protocolo de uma pesquisa de câmera de gota que estima a abundância e distribuição do Vieira mar Atlântico (Placopecten magellanicus). Discutimos como este protocolo pode ser generalizado para aplicação a outros macroinvertebrados bentônicos.

Métodos para pesquisas com base em imagem de macroinvertebrados bentônicos e seu Habitat, exemplificado pela pesquisa câmera Drop para o Oceano Atlântico Vieira

Fornecemos um protocolo detalhado para a realização de levantamentos de fotogrametria subaquática estrutura-de-movimento para gerar modelos 3D e ortomosaicos.

Uma Cartilha de Campo para Monitoramento de Ecossistemas Bentônicos Usando Fotogrametria de Estrutura a Partir de Movimento

Aqui é apresentado um protocolo para coleta e processamento de dados de fotogrametria subaquática, incluindo um pipeline de processamento de imagem significativamente simplificado e totalmente automatizado, resultando em saídas georreferenciadas e alinhadas a séries temporais prontas para extração, análise e aplicação de dados ecológicos.

Reefshape: Um sistema para a coleta eficiente e processamento automatizado de dados de fotogrametria subaquática de séries temporais para monitoramento de habitat bentônico

Um método para a determinação do teor de ácidos gordos e composição de microalgas baseado em ruptura mecânica da célula, a extracção de lípidos à base de solvente, a transesterificação, e quantificação e identificação de ácidos gordos por cromatografia em fase gasosa é descrito. Uma norma interna tripentadecanoin é usado para compensar as possíveis perdas durante a extração e transesterificação incompleta.

Análise do conteúdo de ácidos graxos e composição em Microalgas

Mais da metade das proteínas são pequenas proteínas (massa molecular &lt;200 kDa) que são um desafio tanto para elétron imagem ao microscópio e reconstruções tridimensionais. Coloração negativa otimizado é um protocolo robusto e de alto rendimento para a obtenção de alto contraste e imagens de pequenas proteínas ou complexos assimétricas em diferentes condições fisiológicas relativamente alta resolução (~ 1 nm).

Optimizado coloração negativa: um protocolo de alta capacidade para Examinando pequeno e assimétrico Estrutura de proteínas por microscopia eletrônica

In planta, a medição dos fluxos de nutrientes e tóxicos é essencial para o estudo da nutrição e toxicidade das plantas. Aqui, abordamos protocolos de radiotraçadores para determinação de influxo e efluxo em raízes de plantas intactas, usando fluxos de potássio (K+) e amônia/amônio (NH3/NH4+) como exemplos. Vantagens e limitações de tais técnicas são discutidas.

Medindo Fluxos de nutrientes minerais e substâncias tóxicas em plantas com Traçadores Radioativos

Aquafaba é um suco viscoso de grão de bico enlatado, quando agitado vigorosamente, produz uma espuma branca relativamente estável ou espuma. O objetivo principal da pesquisa é identificar os componentes do aquafaba que contribuem viscosifying/espessamento propriedades usando ressonância magnética nuclear (NMR), ultrafiltração, eletroforese e peptídeo massa fingerprinting.

Composição e propriedades de Aquafaba: água recuperada de grão de bico enlatado comercialmente

Aprenda um protocolo de imagem de grande área em quatro etapas para coletar dados ecológicos de recifes de coral, analisando complexidade estrutural e composição da comunidade.

Medindo a estrutura, composição e mudança de ambientes subaquáticos com imagens de grande área

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