Aplicando a Quimioinformática para Desenvolver um Banco de Dados Pesquisável de Estrutura de Métodos Analíticos

Queremos criar uma maneira fácil para os cientistas da EPA encontrarem métodos analíticos em recursos distribuídos, para que nossos cientistas possam gastar menos tempo vasculhando a Internet e, em vez disso, ter um recurso com curadoria integrado ao nosso sistema de informática química existente. O que construímos é essencialmente um sistema leve de gerenciamento de documentos que mapeia esses documentos para substâncias químicas extraídas. Como resultado, milhares de métodos analíticos podem ser pesquisados usando diferentes identificadores químicos para encontrar métodos já aplicados para detectar esses produtos químicos. Não existe outro banco de dados on-line gratuito de métodos analíticos para a comunidade pesquisar para obter um método analítico de referência existente para um produto químico ou um bom conjunto de condições iniciais para um método específico. Este protocolo ensina o leitor a usar o AMOS para coletar dados úteis para apoiar seu trabalho de desenvolvimento de métodos. Aprendemos muito sobre como coletar e integrar dados de métodos analíticos em nosso banco de dados e aplicativo. Ao agregar esses milhares de documentos e mapear suas substâncias químicas associadas, agora temos um excelente conjunto de dados para explorar o uso desses documentos e aumentar um grande modelo de IA de linguagem que os cientistas podem consultar.

[Narrador] Para começar, vá para o campo de texto no canto superior esquerdo da barra de navegação ou para o campo de pesquisa na página inicial e insira um Nome da Substância, Número de Registro CAS, InChIKey ou Identificador de Substância DSSTox. Pressione Enter ou clique em Pesquisar para executar a pesquisa. Selecione uma linha na tabela resultante para exibir o registro associado no lado direito da página. Para realizar uma pesquisa em lote, insira uma lista de identificadores de substância DSSTox no campo de dados de entrada, colocando um identificador por linha. Use as caixas de seleção em Opções de pesquisa para filtrar resultados ou adicionar informações adicionais aos registros. Clique em pesquisar na parte inferior da página para gerar e baixar um arquivo de planilha que lista informações sobre todos os registros no banco de dados associados a uma determinada lista de substâncias. Quando a pesquisa estiver concluída, clique em Pesquisas adicionais, seguido de Pesquisa de estrutura de similaridade. Insira o Identificador de Substância, defina a similaridade mínima de substância do filtro para 0,8 e clique em Pesquisar para obter uma tabela de guias. Em seguida, selecione uma linha na tabela para exibir uma comparação estrutural entre a substância pesquisada e a selecionada na tabela. Para executar uma pesquisa de classificador, selecione o primeiro nível de classificação usando o campo na parte superior da página. Em seguida, clique no botão abaixo do campo para exibir a lista de classificações para o próximo nível. Repita esse processo para o segundo e terceiro níveis, sempre selecionando uma classificação e clicando no botão para continuar. Após selecionar o quarto nível, clique no botão abaixo para executar a pesquisa e listar todas as substâncias que pertencem aos quatro níveis selecionados da classificação do classificador. Pesquise no banco de dados todas as fichas técnicas e métodos executando uma lista de métodos e uma pesquisa de ficha técnica. Depois que a tabela de resultados for carregada, use os campos de entrada na parte superior de cada coluna para filtrar os dados por campos específicos. Para realizar uma pesquisa de espectro de massa, insira uma faixa de massa para a substância alvo em Daltons, juntamente com uma margem de erro em Daltons ou partes por milhão. Defina o valor da janela para similaridade de pico como 0,05 Dalton. Selecione uma metodologia, cromatografia gasosa-espectrometria de massa ou cromatografia líquida-espectrometria de massa. Insira o espectro de massa como uma lista de pares massa-carga e intensidade. Depois de preencher todos os campos, clique no botão Pesquisar para recuperar uma lista de correspondências de espectro de massa do banco de dados com base no espectro fornecido pelo usuário. Selecione uma linha na tabela resultante para a exibição espectral. Agora, para visualizar a classificação de uso funcional, use o campo Classes de pesquisa para pesquisar a lista de classes de uso funcional. Passe o mouse sobre o nome de uma classe na lista para realçar o nó correspondente no gráfico. Se estiver explorando o gráfico diretamente, passe o mouse sobre um nó para exibir uma breve descrição da classe e realçar todas as classes pai ou filho diretas desse nó. Uma parcela ternária do solo classificando os tipos de textura com base nas proporções de argila, silte e areia com zonas rotuladas, como argila, argila e argila arenosa, é apresentada aqui. Essa ferramenta de classificação permitiu que os usuários do AMOS vinculassem tipos de textura do solo a fichas técnicas, métodos analíticos e espectros experimentais relevantes, facilitando fluxos de trabalho eficientes de dados de composição para pesquisas de substâncias direcionadas com base em classificações funcionais.