Пробоподготовки и анализа данных на основе RNASeq ген выражение данио рерио

10.8K просмотров

Цитируется: 4

11:42 мин.

27 октября 2017 г.

10.3791/56187-v

27 октября 2017 г.

10.8K просмотров

Timothy L. Hostelley^*¹ , Jessica E. Nesmith^*¹ , Norann A. Zaghloul¹

¹Division of Endocrinology, Diabetes and Nutrition, Department of Medicine, University of Maryland School of Medicine

^* These authors contributed equally

Этот протокол представляет собой подход для анализа всей транскриптом от zebrafish эмбриона, личинки, или сортировка клеток. Мы включать изоляции РНК, путь анализа данных RNASeq и на основе ПЦР qRT Проверка изменения выражения гена.

Больше видео

РНК-секвенирование Zebrafish

анализ экспрессии генов

выделение РНК

сортировка клеток

валидация методом qRT-PCR

анализ обогащения путей

анализ GO-терминов

дифференциальная экспрессия

профилирование транскриптома

определение стадии развития эмбриона

Chapters in this video

0:05

Название

1:04

Получение эмбрионов путем естественного скрещивания и стадирование эмбрионов

2:22

Диссоциация целого эмбриона, экстракция РНК и очистка высококачественной РНК

4:55

Сортировка дифференциально экспрессируемых генов

7:00

Определение обогащенных путей

7:57

Построение сетей путей и определение обогащенных терминов GO

10:47

Заключение

9:12

Результаты: данные экспрессии генома данио-рерио на основе RNAseq для синдромов Альстрема и Барде-Бидль