Автоматизированная поведенческого анализа больших C. elegans населения с помощью широкого поля зрения отслеживания платформа

Таким образом, этот метод может помочь ответить на ключевые вопросы в процессе обнаружения наркотиков о том, как конкретный препарат ведет себя в живом организме. Основным преимуществом этой техники является то, что она позволяет быстро и эффективно проверять большие размеры выборки. Этот метод уже оказывает значительное влияние на открытие наркотиков, позволяя весьма quanititative оценки последствий наркотиков кандидатов.

Этот метод дает новые механистические идеи в начале и прогрессировании неправильного сфоливания заболеваний. Кроме того, этот метод может быть применен и к другим системам, таким как старение и генетические скрининги. Мы очень рады этой возможности внедрить новые физические методы в пространство обнаружения наркотиков.

Эти demonstartions этого метода имеет решающее значение, как скрининг шаги требуют высокого знакомства с этим Ново автоматической техники. Демонстрацией процедуры будет Сэм Кейсфорд, помощник по поиску из нашей лаборатории. Перед началом процедуры добавьте 2,2 миллилетеров каждого лекарственного соединения при соответствующей концентрации в шесть 5-фтордоксиуридин или ФУДР пластины на штамм червя, тщательно распределив соединение по всей поверхности пластины, и высушите пластины в стерильных условиях.

Пока пластины высыхают, используйте 15 миллилитров буфера M9 для мытья червей из пяти богатых пластин фактора роста нематод, и перенесите освобожденных червей в коническую трубку для центрифугации. Повторно приостанавливать нематод в трех миллилитров свежего буфера M9 для количественной оценки количества червей в личинок этапе L4, и семян 700 L4 личинок на каждом из шести сухих пластин FUDR на червя штамма, на соединение. Когда все нематоды были посеяны, поместите пластины, содержащие штаммы, для которых парлиз индуцируется путем повышения температуры на 24 градусов по Цельсию в течение 24 часов.

На следующий день включите сценические огни параллельного трекера червя и очистите стеклянную сцену трекера 70-процентным этанолом. Если видимых остатков не осталось, снимите крышку объектива и используйте воздушный тряпку для очистки объектива. Подтвердите, что камера правильно подключена и установлена, и начните запись с помощью программного обеспечения для захвата изображения.

Отрегулируйте настройки камеры до рекордных 20 кадров в секунду с соответствующими параметрами записи моно-16. Используйте пустую девятиметровую чашку Петри, чтобы убедиться, что сцена установлена на правильную высоту, и при необходимости отрегулируйте сцену. В стерильных условиях добавьте три миллилитров раствора M9 в подвижность скрининговой пластины и используйте два миллилитров раствора M9 для мытья одной трети площади поверхности двух нематод, загруженных пластинами FUDR из той же экспериментальной группы в скрининговую пластину.

Затем поместите скрининговую пластину на сцену трекера. Используйте одного червя, чтобы сфокусировать камеру, и начать запись животных. Когда запись будет завершена, отбросьте пластину подвижности и отметьте пластины FUDR как используемые один раз, прежде чем вернуть их в инкубатор.

Чтобы проанализировать видео данные, откройте параллельный червь трекер анализа данных программного обеспечения графического пользовательского интерфейса, и использовать функцию просмотра для загрузки видео интерес. Выберите папку назначения вывода и подтвердите, что для 30-секундного анализа настроено от 600 до 1200 кадров. Вставьте 0,029 пикселя до миллиметра коэффициент преобразования для изображения девяти сантиметров чашки Петри в полном разрешении, и выберите держать мертвых отслеживания algorithhm.

В соответствии с вкладкой параметров размещения установите изображения с использованием q до 100, q-padding до 3, стандартные пиксели до 54, порог до 9, отверстие до 1 и закрытие до 2. Отрегулируйте параметры фильтрации до минимального размера 20, максимальный размер 180, и червь, как 0,94. Установите параметры формовообразующих траекторий до максимального перемещения расстояния 10, минимальной длины 150 и памяти 10.

Установите параметры изгибов и скорости до порогового порога изгиба 1,8, минимальных изгибов 0 и рамок для оценки скорости 150. Настройте статистику мертвого червя до максимального удара в минуту 5, и максимальная скорость 1. Выберите папку вывода и выберите количество выходных кадров до 50, а размер шрифта до 10.

Используйте функцию примера для проверки параметров и вывода изображений образца, чтобы проверить, видны ли черви на протяжении восьми пороговых шагов. Затем инициируйте функцию Start Job и объедините индивидуальные результаты для всего набора данных для анализа файлов результатов тестирования, сохраняя результаты через экспорт функции TSV. Этот метод позволяет характеристикировать фенотипы нематод для больших популяционных исследований различных моделей червей нейродегенеративных заболеваний, таких как фронтотемпоральная деменция, болезнь Паркинсона, болезнь Альцгеймера и боковой амиотрофический склероз.

А также характеристика воздействия потенциальных терапевтических молекул, с использованием червей модели болезни Паркинсона и Альцгеймера. Высокая точность этих измерений достигается за счет увеличения числа червей, которые могут быть проанализированы по сравнению с традиционными методами. Выполняя эту процедуру, важно помнить, чтобы свести к минимуму время между добавлением червей к подвижности и начала отслеживания.

После этой процедуры, другие методы могут быть выполнены в дополнение к результатам и связь с агрегацией белка. После его развития, этот метод проложил путь для исследователей в области нейродегенеративных и неправильного обращения заболеваний, таких как болезнь Паркинсона и Альцгеймера, чтобы изучить правильные приложения открытия. Не забывайте, что работа с FUDR может быть чрезвычайно опасной и меры предосторожности, такие как ношение нитрил перчатки, всегда должны быть приняты при выполнении этой процедуры.