Yöntem makalesi

Tandem Kütle Spektrometresi Ile Birleşen Sıvı Kromatografi kullanarak Saccharomyces Cerevisiae'nin Hücresel Lipidomukan Analizi

DOI:

10.3791/60616

⸱

8 Mart 2020

 ,  ,  , 
1Department of Biology, Concordia University, 2Department of Chemistry and Biochemistry, Centre for Biological Applications of Mass Spectrometry, Concordia University

Bu makalede

Özet

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Saccharomyces cerevisiae'dekimajör hücresel lipitleri tanımlamak ve ölçmek için tandem kütle spektrometresi ile birleşen sıvı kromatografi kullanılarak bir protokol sayılmaktadır. Bir maya hücresi içindeki majör lipid sınıflarının nicel bir değerlendirme için açıklanan yöntem çok yönlü, sağlam ve duyarlıdır.

Özet

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Lipidler suda çözünmez yapısal olarak çeşitli amphipatik moleküllerdir. Lipidler biyolojik membranların organizasyonu ve işlevi, enerji depolama ve üretimi, hücresel sinyalizasyon, proteinlerin veziküler taşınması, organel biyogenezi ve düzenlenmiş hücre ölümü için temel katkıda bulunmaktadır. Tomurcuklanan maya Saccharomyces cerevisiae kapsamlı moleküler analizler için tek hücreli ökaryot münasip olduğundan, model bir organizma olarak kullanımı ökaryotik hücreler içinde karmaşık biyolojik süreçlere lipid metabolizması ve hücre içi taşıma bağlayan mekanizmaları ortaya çıkarmak yardımcı oldu. Bir maya hücresi içindeki büyük lipid sınıflarının sağlam, hassas ve doğru nicel değerlendirilmesi için çok yönlü bir analitik yöntemin bulunması, bu mekanizmalar hakkında derin bilgiler elde etmek için çok önemlidir. Burada S. cerevisiae'nin majör hücresel lipitlerinin kantitatif analizi için tandem kütle spektrometresi (LC-MS/MS) ile birleşen sıvı kromatografisi kullanmak için bir protokol salıyoruz. Açıklanan LC-MS/MS yöntemi çok yönlü ve sağlamdır. 10 lipid sınıfının her birinde çok sayıda türün (farklı izobarik veya izometrik formlar dahil) tanımlanmasını ve sayısallaştırılmasını sağlar. Bu yöntem hassastır ve bazı lipid türlerinin 0,2 pmol/μL gibi düşük konsantrasyonlarda tanımlanmasına ve sayısallaştırılmasına olanak sağlar. Yöntem başarıyla tüm maya hücreleri ve saflaştırılmış organellerin lipidomların değerlendirilmesi için uygulanmıştır. Bu yöntemde elektrosprey iyonizasyon kütle spektrometresi için alternatif mobil faz katkı larının kullanılması bazı lipid türleri için iyonlaşma verimliliğini artırabilir ve bu nedenle bunların tanımlanması ve nicelliği artırmak için kullanılabilir.

Giriş

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Bir kanıt gövdesi, biyomoleküllerin ana sınıflarından biri olan lipidlerin ökaryotik hücre içindeki birçok hayati süreçte önemli roller oynadığını göstermektedir. Bu süreçler arasında hücre organlarını çevreleyen plazma membran ve membranlar oluşturan lipid iki tabakalarının biraraya edilmesi, küçük moleküllerin hücre zarları arasında taşınması, hücre dışı ortamdaki değişikliklere yanıt ve hücre içi sinyal iletimi, enerjinin üretimi ve depolanması, farklı organellere hapsedilmiş proteinlerin ithalat ve ihracatı, endmembran sistemi ve protein salgılanması içinde proteinlerin vesiküler ticareti ve düzenlenmiş hücre ölümü çeşitli modları1 ,2,3,4,5,6,7,8,9,10.

Tomurcuklanan maya S. cerevisiae, tek hücreli ökaryotik organizma, başarıyla bu hayati hücreselsüreçlerdelipidlerin temel rolleri altında yatan mekanizmaların bazılarını ortaya çıkarmak için kullanılmıştır 4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15 ,16,17,18,19,20. Kapsamlı biyokimyasal, genetik, hücre biyolojik, kimyasal biyolojik, sistem biyolojik ve mikroakışkan diseksiyon analizleri21,22,23,24,25münasip olduğu için S. cerevisiae bu mekanizmaları ortaya çıkarmak için değerli bir model organizmadır. Lipid metabolizması ve hücre içi taşımanın bu hayati hücresel süreçlere katkıda bulunduğu mekanizmaları anlamada daha fazla ilerleme, hücresel lipidomun kantitatif karakterizasyonu, lipidom moleküler karmaşıklığınınanlaşılması ve kantitatif lipidomiklerin sistemlerin çok disiplinli platformuna entegre edilmesi için hassas kütle spektrometresi teknolojileri gerektirir. 27,28,29,30.

Maya hücrelerinin ve diğer ökaryotik organizmaların hücrelerinin kütle spektrometresi destekli nicel lipidomikler için mevcut yöntemler yeterince çok yönlü, sağlam veya hassas değildir. Ayrıca, bu şu anda kullanılan yöntemler birbirinden çeşitli izobarik veya izzosik lipid türleri ayırt etmek mümkün değildir. Burada, S. cerevisiae'ninmajör hücresel lipitlerinin kantitatif analizi için tandem kütle spektrometresi (LC-MS/MS) ile birleşen sıvı kromatografisinin kullanımına olanak tanıyan çok yönlü, sağlam ve hassas bir yöntemi tanımlıyoruz.

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Protokol

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

1. Maya kültüriçin steril ortam hazırlanması

  1. % 1 (w / v) maya ekstresi ve% 2 (w / v) bactopeptone içeren tam bir YP orta 90 mL hazırlayın.
  2. 90 mL sentetik minimal YNB ortamı içeren 0.67% (w/v) amino asitler olmadan maya azot baz, 20 mg /L -histidin, 30 mg/L L-l -l -lösin, 30 mg/L -l -lizin ve 20 mg/L urasil hazırlayın.
  3. Tam YP ortamının 90 mL'sini eşit olarak 250 mL Erlenmeyer şişesine (yani her biri 45 mL) bölün.
  4. Sentetik minimal YNB ortamının 90 mL'sini 250 mL Erlenmeyer şişesine (yani her biri 45 mL) bölün.
  5. Kullanımdan önce 45 dk için 15 psi/121 °C'de YP ve YNB ortamlı şişeleri otomatik olarak tökezle.

2. Maya zorlanma

  1. Yabani tür suşu kullanın BY4742 (MATα his3Δ1 leu2Δ0 lys2Δ0 ura3Δ0).

3. Glikoz ile tam YP ortamda maya culturing

  1. Otoklav kullanmadan önce 45 dakika için 15 psi/121 °C glikoz% 20 (w / v) stok çözeltisi.
  2. Steril YP ortamını içeren iki Erlenmeyer şişesinin her birine %20 glukoz (w/v) stok çözeltisinin 5 mL'sini ilave edin ve %2'lik glikoz (w/v) konsantrasyonu için ekleyin.
  3. Glukozlu YP ortamını içeren iki Erlenmeyer şişesinin her birine yabani tip BY4742'deki hücreleri aşılamak için mikrobiyolojik bir döngü kullanın.
  4. Kültür 200 rpm de dönme sallayarak 30 °C'de bir gecede hücreleri.
  5. Maya kültüründen bir aliquot alın. Kültürün mL başına maya hücrelerinin toplam sayısını belirlemek için bir hemositometre kullanın.

4. Mayanın glikoz ile sentetik minimal YNB ortamına aktarılması ve kültüre geçirilmesi

  1. Steril YNB ortasını içeren iki Erlenmeyer şişesinin her birine %20'lik steril %20 (w/v) glukoz çözeltisinin 5 mL'sini ilave edin ve %2'lik glikoz (w/v) konsantrasyonuna ekleyin.
  2. Glukozlu YNB ortamını içeren iki Erlenmeyer şişesinin her birine toplam 5,0 x 107 hücre içeren gecelik maya kültürünün bir hacmini aktarmak için steril bir pipet kullanın.
  3. Kültür hücreleri en az 24 saat (veya daha fazla, deney gerektiriyorsa) 30 °C'de dönme sallayarak 200 rpm.

5. Lipid ekstraksiyonu için reaktifler, labware ve ekipman hazırlanması

  1. Aşağıdakileri hazırlayın: 1) yüksek dereceli (>99.9%) kloroform; 2) yüksek dereceli (>99.9%) metanol; 3) Nano saf suda %28 (v/v) amonyum hidroksit çözeltisi; 4) cam boncuk (asit yıkanmış, 425-600 μM); 5) uygun adaptör ile bir girdap; 6) Politetrafloroetilen kaplı kapaklı 15 mL yüksek hızlı cam santrifüj tüpler; 7) 17:1 ve 2:1 kloroform ve metanol karışımları; 8) bir kloroform / metanol (2:1) karışımı ile 0.1% amonyum hidroksit (v / v); 9) ABC çözeltisi (155 mM amonyum bikarbonat, pH = 8.0); 10) Tablo 1'debelirtildiği gibi kloroform ve metanol karışımında hazırlanan iç lipid standartlarının karışımı; ve 11) hücresel lipidlerin çıkarılması için politetrafloroetilen kaplı kapaklı 2 mL cam numune şişeleri.

6. LC için reaktifler, laboratuvar eşyaları ve ekipmanların hazırlanması

  1. Aşağıdakileri hazırlayın: 1) asetonitril/2-propanol/nano-saf su (65:35:5) karışımı; 2) uygun adaptör ile bir girdap; 3) bir ultrasonik sonicator; 4) bir kuyu plakası için ekler ile cam şişeleri; 5) bir LC sistemi bir ikili pompa, gaz giderici ve bir autosampler ile donatılmıştır; 6) bir C18 ters faz sütun (2.1 mm; 75 mm; gözenek boyutu 130 Å; pH aralığı 1-11) bir ön kolon sistemi ile birleştiğinde; 7) karışım A: asetonitril/su (60:40); ve 8) karışım B: isopropanol/asetonitil (90:10).

7. Maya hücrelerinden lipid çıkarma

  1. Maya kültüründen bir aliquot alın. Kültürün mL başına toplam maya hücresi sayısını belirlemek için hemositometre kullanın veya OD600 ölçün.
  2. Toplam 5,0 x 107 hücre (3,3 birim OD600)içeren maya kültürü hacmi alın. Kültür bu hacmini önceden 1,5 mL mikrosantrifüj tüpe yerleştirin.
  3. 4 °C'de 1 dk için 16.000 x g'de hücreleri santrifüj ile hasat edin. Supernatant atın.
  4. 1,5 mL buz gibi nano saf su ekleyin ve 4 °C'de 1 dk için 16.000 x g'de hücreleri santrifüj ile yıkayın. Supernatant atın.
  5. 1,5 mL buz gibi ABC çözeltisi ekleyin ve hücreleri 16.000 x g'de 4 °C'de 1 dk santrifüj ile yıkayın. Supernatant atın. Hücre peleti lipid ekstraksiyonundan önce -80 °C'de saklanabilir.
  6. Lipid ekstraksiyonuna başlamak için, hücre peletini buz üzerinde eritin.
  7. Hücre peletini 200 μL buz gibi nano saf suda yeniden askıya alın. Hücre süspansiyonuna 15 mL yüksek mukavemetli cam vida üst santrifüj tüpe aktifatın ve politetrafloroetilen kaplı kapaklı. Bu tüpe aşağıdakileri ekleyin: 1) Kloroform/metanol (2:1) karışımında hazırlanan iç lipid standartlarının karışımının 25 μL'si; 2) 100 μL 425-600 μM asit lekaplı cam boncuklar; ve 3) 600 μL kloroform/metanol (17:1) karışımı.
  8. Vortex yüksek hızda tüp için 5 dakika oda sıcaklığında (RT) hücreleri bozmak için.
  9. Lipidlerin çıkarılmasını kolaylaştırmak için RT'de 1 saat düşük hızda tüp girdap.
  10. Protein çökeltme ve sulu ve organik fazların birbirinden ayrılmasını teşvik etmek için 15 dakika boyunca buz üzerinde numune kuluçkaya yatırın.
  11. 3.000 x g'de bir klinik santrifüjde tüpü 5 dk RT'de santrifüj edin. Bu santrifüj adımı alt organik faz üst sulu faz ayırmak için izin verir, hangi tüm lipid sınıfları içeren.
  12. Alt organik fazı (~400 μL) politetetrafloroetilen kaplı kapaklı başka bir 15 mL yüksek mukavemetli cam vida üst santrifüj tüpe aktarmak için borosilikat cam pipet kullanın. Bu transfer sırasında cam boncukları veya üst sulu fazı bozmayın. Azot gazı akışı altında alt organik faz tutun.
  13. Sfingolipidler ve PA, PS, PI ve CL. Vortex tüp kuvvetle 5 dakika RT için ekstraksiyon sağlamak için kalan üst sulu faza kloroform-metanol (2:1) karışımı 300 μL ekleyin.
  14. 3.000 x g'de bir klinik santrifüjde tüpü 5 dk RT'de santrifüj edin.
  15. Santrifüjden sonra oluşan alt organik fazı (~ 200 μL) 7.13 adımda toplanan organik faza aktarmak için borosilikat cam pipet kullanın.
  16. Kombine organik fazlarda çözücü buharlaştırmak için azot gazı akışını kullanın. Azot gazı akışı altında lipid film içeren tüpleri kapatın. Bu tüpleri -80 °C'de saklayın.

8. Çıkarılan lipidlerin LC ile ayrılması

  1. Adım 7.16'da elde edilen lipid filmini içeren bir tüpe 500 μL asetonitril/2-propanol/nano-saf su (65:35:5) karışımı ekleyin. Girdap rt 10 s için tüp 3x.
  2. 15 dk. Vortex RT 10 s için tüp 3x için ultrasonik sonication için tüp içeriği tabi.
  3. Tüpten 100 μL numune alın ve bir kuyu plakası için kullanılan bir kesici uçla birlikte cam bir şişeye ekleyin. Kuyu plakası içine pacing önce eklemek hava kabarcıkları ortadan kaldırın.
  4. Ters fazlı C18 sütuncsh CSH üzerinde farklı lipid türlerini ayırmak için bir LC sistemi kullanın ve bir ön sütun sistemine birleştiğinde (bkz. Malzeme Tablosu). Ayırma sırasında, kolon55 °C'de ve 0,3 mL/dk akış hızında tutun. Numuneyi RT'deki kuyu plakasında tutun.
  5. A (asetonitril/su [60:40 (v/v)]) ve B karışımından (izopropanol/asetonitril [90:10 (v/v)]) karışımından oluşan mobil fazları kullanın. Elektrosprey iyonizasyon (ESI) iyon kaynağı kullanılarak oluşturulan ana iyonların algılanmasının olumlu bir modu için ESI (+) modu, mobil fazlar A ve B 10 mM'lik son konsantrasyonda amonyum formatı içerir. Ana iyonların algılanmasının negatif modu olan ESI (-) modu için, mobil fazlar A ve B 10 mM'lik son konsantrasyonda amonyum asetat içerir.
  6. Hem ESI (+) hem de ESI (-) moduna enjeksiyon için 10 μL'lik bir numune hacmi kullanın.
  7. Aşağıdaki LC gradyanı kullanarak LC ile ayrı farklı lipid türleri: 0-1 dk% 10 (faz B); 1-4 dk %60 (B fazı); 4-10 dk %68 (B fazı); 10-21 97% (faz B); 21-24 dk %97 (B fazı); 24-33 dk %10 (faz B).
  8. Çıkarma boşluklarını ilk örnek olarak, her dört örnek arasında ve son örnek olarak çalıştırın. Verileri normalleştirmek için arka planı çıkarın.
  9. Yabani tip BY4742 hücrelerinden elde edilen lipidlerin LC/MS verilerinden temsili toplam iyon kromatogramı Şekil 1'degösterilmiştir.

9. LC ile ayrılan lipidlerin kütle spektrometrik analizi

  1. LC ile ayrılmış lipidleri analiz etmek için HESI (ısıtmalı elektrosprey iyonizasyonu) iyon kaynağı ile donatılmış bir kütle spektrometresi kullanın. Tablo 2'desağlanan ayarları kullanın.
  2. Ana iyonları (MS1) 60.000 çözünürlükte ve 150-2.000 Da kütle aralığında algılamak için Fourier transformatör analizörünü kullanın.
  3. İkincil iyonları (MS2) algılamak için Tablo 3'te sağlanan ayarları kullanın.

10. LC-MS/MS ham verilerin işlenmesi ile farklı lipid sınıflarının ve türlerinin tanımlanması ve ölçülmesi

  1. Ham LC-MS/MS dosyalarından farklı lipitlerin tanımlanması ve ölçülmesi için yazılım için Malzeme Tablosu'na bakın. Bu yazılım, 1,5 milyondan fazla lipid iyon öncüleri (MS1) ve öngörülen parça iyonlarını (MS2) içeren en büyük lipid veritabanını kullanır. Yazılım ayrıca lipid kantitasyonu için MS1 zirveleri ve lipid tanımlama için MS2 kullanır. Aynı m/z değerine sahip ancak farklı bekletme sürelerine sahip iki izobik fosfatidilserin formunun (34:0) temsili kromatogramı ve MS1 ve MS2 spektrumları Sırasıyla Şekil 2, Şekil 3ve Şekil 4'tegösterilmiştir.
  2. Arama LC-MS ham dosyaları tam tarayabilir MS1 veri ve veri bağımlı MS2 veri içeren ücretsiz (estersiz) yağ asitleri (FFA), kardiyolipin (CL), fitoseramid (PHC), fitosfingosinin (PHS), fosfatidilkolin (PC), fosfatidylethan olamofi (PE), fosfatidilgliserin (PG), fosfatidilinositol (PI), fosfatidilserin (PS) ve triasilgliserol (TAG) lipid sınıfları kullanarak 5 ppm öncül iyonları için ppm ve ürün iyonları için 10 ppm. Diğer arama parametreleri Tablo 4'tegösterilmiştir. Yazılım kullanım kılavuzunda verilen yönergeleri izleyin. Olağandışı yağ asidi bileşimi ile iç lipid standartları ve lipid türlerinin kimlikleri elle doğrulanması gerekir.
  3. Lipid Arama yazılımı için serbestçe kullanılabilen açık kaynak alternatifleri yardımıyla farklı lipid sınıflarını ve türlerini belirlemek ve onları belirlemek için, LC-MS/MS'den gelen ham verileri işlemek için Lipid Veri Analizörü(http://genome.tugraz.at/lda2/lda_download.shtml),MZmine 2(http://mzmine.github.io/)veya XCMS(https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/xcms.html)yazılımını kullanın.

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Sonuçlar

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

LC-MS/MS yardımı ile bir maya hücresi içindeki majör hücresel lipidlerin nicel değerlendirilmesi için yöntemimiz çok yönlü ve sağlamdı. Başlangıçta %2 glikoz içeren sentetik minimal YNB ortamda yetiştirilen S. cerevisiae hücrelerinde 10 farklı lipid sınıfını tanımlamamızı ve ölçmemizi sağladı. Bu lipid sınıfları serbest (estersiz) yağ asitleri (FFA), CL, fitoseramid (PHC), fitosfingosin (PHS), PC, PE, PG, PI, PS ve TAG(Ek Tablo 1)içerir. Bu sınıfların her birinin...

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Tartışma

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Burada açıklanan protokolün başarılı bir şekilde uygulanması için aşağıdaki önlemler önemlidir:

1. Kloroform ve metanol toksiktir. Laboratuvar plastik leri ve cildiniz de dahil olmak üzere yüzeylerden çeşitli maddeleri verimli bir şekilde ayıklar. Bu nedenle, kloroform ve / veya metanol ile temas içeren adımlarda plastik kullanımını kaçınarak dikkatli bu organik çözücüler ele, bu adımlar için borosilikat cam pipetler kullanarak, ve kullanmadan önce kloroform ve metanol ile bu pipetler durulama...

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Açıklamalar

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Yazarlar hiçbir rakip mali çıkarları olduğunu beyan.

Teşekkürler

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Titorenko laboratuvarının mevcut ve eski üyelerine görüşmeler için müteşekkiriz. Kütle Spektrometresi Biyolojik Uygulamalar Merkezi ve Yapısal ve Fonksiyonel Genomik Merkezi'ni (her ikisi de Concordia Üniversitesi'nde) olağanüstü hizmetler için kabul ediyoruz. Bu çalışma, Kanada Doğa Bilimleri ve Mühendislik Araştırma Konseyi (RGPIN 2014-04482) ve Concordia Üniversitesi Başkanlık Fonu (CC0113) tarafından desteklenmiştir. K.M. Concordia Üniversitesi Liyakat Ödülü ile desteklendi.

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Malzemeler

Bu makalede kullanılan malzemelerin listesi
AdŞirketKatalog numarasıYorumlar
Teflon kaplı kapaklı 15 mL Yüksek hızlı cam santrifüj tüpleriPYREX05-550
2 mL Teflon kaplı kapaklı cam numune şişeleriFisher Scientific60180A-SV9-1P
2-PropanolFisher ScientificA461-500
AsetonitrilFisher ScientificA9554
Agilent 1100 serisi LC sistemiAgilent TeknolojilerG1312A
Agilent1100 Kuyu PlakasıAgilent TeknolojileriG1367A
Amonyum asetatFisher ScientificA11450
Amonyum bikarbonatSigma9830
Amonyum formatFisher ScientificA11550
Amonyum hidroksitFisher ScientificA470-250
BactopeptoneFisher ScientificBP1420-2
KardiyolipinAvanti Polar Lipidler750332
Centra CL2 klinik santrifüjThermo Scientific004260F
SeramidAvanti Polar Lipidler860517
KloroformFisher ScientificC297-4
CSH C18 VanGuardSular186006944Ön kolon sistemi
Serbest yağ asidi (19:0)Matreya1028
Cam boncuklar (asitle yıkanmış, 425-600 μ M)Sigma-AldrichG8772
GlikozFisher ScientificD16-10
HemasitometreFisher Scientific267110
L< / em>-histidinSigmaH8125
Lipid Arama yazılımı (V4.1)Fisher ScientificV4.1LC-MS / MS analiz yazılımı
L< / em>-lösinSigmaL8912<
em>L-lizinSigmaL5501
MetanolFisher ScientificA4564
FosfatidilkolinAvanti Polar Lipidler850340
FosfatidiletanolaminAvanti Polar Lipidler850704
FosfatidilgliserolAvanti Polar Lipidler
FosfatidilinositolAvanti Polar LipidlerLM1502
FosfatidilserinAvanti Polar Lipidler840028
Ters fazlı kolon CSH C18Sular186006102
SfingosinAvanti Polar Lipidler860669
Thermo Orbitrap Velos MSFisher ScientificETD-10600
TrisilgliserolLarodan, MalmöTAG Karışık FA
Ultrasonik sonikatörFisher Scientific15337416
UrasilSigmaU0750
VorteksFisher Scientific2215365
Maya özüFisher ScientificBP1422-2
Amino asit içermeyen maya azot bazıFisher BilimselDF0919-15-3
Maya suşu BY4742DharmaconYSC1049
840446

Kaynaklar

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Bou Khalil, M., et al. Lipidomics era: accomplishments and challenges. Mass Spectrometry Review. 29 (6), 877-929 (2010).
  2. Shevchenko, A., Simons, K. Lipidomics: coming to grips with lipid diversity. Nature Reviews Molecular Cell Biology. 11 (8), 593-598 (2010).
  3. Brügger, B. Lipidomics: analysis of the lipid composition of cells and subcellular organelles by electrospray ionization mass spectrometry. Annual Review of Biochemistry. 83, 79-98 (2014).
  4. Zechner, R., et al. FAT SIGNALS - lipases and lipolysis in lipid metabolism and signaling. Cell Metabolism. 15 (3), 279-291 (2012).
  5. Eisenberg, T., Büttner, S. Lipids and cell death in yeast. FEMS Yeast Research. 14 (1), 179-197 (2014).
  6. Richard, V. R., et al. Mechanism of liponecrosis, a distinct mode of programmed cell death. Cell Cycle. 13 (23), 3707-3726 (2014).
  7. Arlia-Ciommo, A., Svistkova, V., Mohtashami, S., Titorenko, V. I. A novel approach to the discovery of anti-tumor pharmaceuticals: searching for activators of liponecrosis. Oncotarget. 7 (5), 5204-5225 (2016).
  8. Mårtensson, C. U., Doan, K. N., Becker, T. Effects of lipids on mitochondrial functions. Biochimica et Biophysica Acta. 1862 (1), 102-113 (2017).
  9. Basu Ball, W., Neff, J. K., Gohil, V. M. The role of non-bilayer phospholipids in mitochondrial structure and function. FEBS Letters. 592 (8), 1273-1290 (2018).
  10. Thakur, R., Naik, A., Panda, A., Raghu, P. Regulation of membrane turnover by phosphatidic acid: cellular functions and disease implications. Frontiers in Cell and Developmental Biology. 7, 83(2019).
  11. Goldberg, A. A., et al. A novel function of lipid droplets in regulating longevity. Biochemical Society Transactions. 37 (5), 1050-1055 (2009).
  12. Kohlwein, S. D. Obese and anorexic yeasts: experimental models to understand the metabolic syndrome and lipotoxicity. Biochimica et Biophysica Acta. 1801 (3), 222-229 (2010).
  13. Titorenko, V. I., Terlecky, S. R. Peroxisome metabolism and cellular aging. Traffic. 12 (3), 252-259 (2011).
  14. Henry, S. A., Kohlwein, S. D., Carman, G. M. Metabolism and regulation of glycerolipids in the yeast Saccharomyces cerevisiae. Genetics. 190 (2), 317-349 (2012).
  15. Kohlwein, S. D., Veenhuis, M., vander Klei, I. J. Lipid droplets and peroxisomes: key players in cellular lipid homeostasis or a matter of fat--store 'em up or burn 'em down. Genetics. 193 (1), 1-50 (2013).
  16. Baile, M. G., Lu, Y. W., Claypool, S. M. The topology and regulation of cardiolipin biosynthesis and remodeling in yeast. Chemistry and Physics of Lipids. 179, 25-31 (2014).
  17. Dimmer, K. S., Rapaport, D. Mitochondrial contact sites as platforms for phospholipid exchange. Biochimica et Biophysica Acta. Molecular and Cell Biology of Lipids. 1862 (1), 69-80 (2017).
  18. Csordás, G., Weaver, D., Hajnóczky, G. Endoplasmic reticulum-mitochondrial contactology: structure and signaling functions. Trends in Cell Biology. 28 (7), 523-540 (2018).
  19. Mitrofanova, D., et al. Lipid metabolism and transport define longevity of the yeast Saccharomyces cerevisiae. Frontiers in Bioscience (Landmark Edition). 23, 1166-1194 (2018).
  20. Tamura, Y., Kawano, S., Endo, T. Organelle contact zones as sites for lipid transfer. Journal of Biochemistry. 165 (2), 115-123 (2019).
  21. Weissman, J., Guthrie, C., Fink, G. R. Guide to Yeast Genetics: Functional Genomics, Proteomics, and Other Systems Analyses. , Academic Press. Burlington. (2010).
  22. Botstein, D., Fink, G. R. Yeast: an experimental organism for 21st Century biology. Genetics. 189 (3), 695-704 (2011).
  23. Duina, A. A., Miller, M. E., Keeney, J. B. Budding yeast for budding geneticists: a primer on the Saccharomyces cerevisiae model system. Genetics. 197 (1), 33-48 (2014).
  24. Strynatka, K. A., Gurrola-Gal, M. C., Berman, J. N., McMaster, C. R. How surrogate and chemical genetics in model organisms can suggest therapies for human genetic diseases. Genetics. 208 (3), 833-851 (2018).
  25. Zimmermann, A., et al. Yeast as a tool to identify anti-aging compounds. FEMS Yeast Research. 18 (6), (2018).
  26. Ejsing, C. S., et al. Global analysis of the yeast lipidome by quantitative shotgun mass spectrometry. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 106 (7), 2136-2141 (2009).
  27. Guan, X. L., Riezman, I., Wenk, M. R., Riezman, H. Yeast lipid analysis and quantification by mass spectrometry. Methods in Enzymology. 470, 369-391 (2010).
  28. Guan, X. L., et al. Biochemical membrane lipidomics during Drosophila development. Developmental Cell. 24 (1), 98-111 (2013).
  29. Klose, C., Tarasov, K. Profiling of yeast lipids by shotgun lipidomics. Methods in Molecular Biology. 1361, 309-324 (2016).
  30. Wang, M., Wang, C., Han, R. H., Han, X. Novel advances in shotgun lipidomics for biology and medicine. Progress in Lipid Research. 61, 83-108 (2016).
  31. Sud, M., et al. LMSD: LIPID MAPS structure database. Nucleic Acids Research. 35 (Database issue), D527-D532 (2007).
  32. Pauling, J. K., et al. Proposal for a common nomenclature for fragment ions in mass spectra of lipids. PLoS One. 12 (11), e0188394(2017).

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Yeniden basım ve izinler

Bu JoVE makalesinin metnini veya şekillerini yeniden kullanmak için izin iste

İzin iste

Etiketler

Lipidom AnaliziLipid EkstraksiyonuMaya H cre K lt rTers Faz C18 KolonuElektrosprey yonizasyonuMobil Faz Katk Maddeleriarp ma Kaynakl Disosiasyon

İlgili makaleler