$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
Çalışma protokolü, Harran Üniversitesi Tıp Fakültesi Etik Komitesi tarafından onaylandı (karar no. HRU/23.12.23; 10 Temmuz 2023). Geriye dönük tasarım nedeniyle, bilgilendirilmiş onay verilmemiştir. Tüm işlemler kurumsal laboratuvar standartlarına uygun olarak gerçekleştirildi. Bu protokolde kullanılan araştırma araçları Materyaller Tablosu'nda listelenmiştir.
1. Çalışma tasarımı ve hasta seçimi
Mart 2017 ile Mart 2023 arasında üniversite hastanesi göğüs hastalıkları yoğun bakımına yatırılan hastaların alt solunum yolu kültürü sonuçları geriye dönük olarak incelendi. COVID-19 klinik veya radyolojik olarak şüphelenmediyse ve SARS-CoV-2 polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) testi sonuçları negatif çıktıysa hastalar dahil edildi. 18 yaşından küçük hastalar ve PCR sonuçları pozitif olanlar hariç tutuldu.
Hastalar, Türkiye'deki ilk doğrulanmış COVID-19 vakasının tarihine göre COVID-19 öncesi (Mart 2020 öncesi) ve COVID-19 sonrası (Mart 2020 ve sonrası) gruplarına ayrıldı.
2. Örnek koleksiyonu
Alt solunum yolu örnekleri arasında standart yoğun bakım uygulamalarına göre aseptik koşullarda toplanan balgam, derin trakeal aspirasyon (DTA) ve bronkoalveolar lavaj (BAL) örnekleri bulunuyordu.
Entübe edilmiş ve entübe edilmemiş hastalardan steril emdik tekniklerle balgam ve DTA örnekleri alındı. BAL örnekleri, steril tuzlu su damlaması ve aspirasyon kullanılarak fiberoptik bronkoskopi sırasında toplandı.
3. Ön örnek değerlendirmesi
Balgam ve DTA örnekleri başlangıçta gram boyama ile değerlendirildi. Örnekler, 100x büyütme ile düşük güç alanında en az 25 polimorfonükleer lökosit ve 10'dan az skuamöz epitel hücresi içeriyorsa kültür için uygun kabul edilirdi. Bu kriterleri karşılamayan örnekler hariç tutuldu.
4. Kültür işleme
Balgam örnekleri niteliksel kültür yöntemiyle işlenmiştir. Örnekler %5 koyun kanı agarı, eozin metilen mavi agar ve çikolata agara aşılandı, ardından 37 C'de aerobik olarak kuluçka yapıldı ve 24 ile 48 saat sonra değerlendirildi. Sadece en az ikinci çizgi tabakasına kadar uzanan büyüme gösteren baskın mikroorganizmalar klinik olarak önemli kabul edildi.
DTA ve BAL örnekleri nicel kültür yöntemleriyle işlendi. Aliquotlar aynı ortama aşılanıp aynı koşullarda kuluçka kuluçka uygulandı. DTA için mL başına en az 100000 koloni oluşum birimi (CFU) büyüme eşikleri ve BAL örnekleri için en az 100000 CFU mL başına anlamlı olarak kabul edildi.
5. Mikroorganizma tanımlaması
Önceden belirlenmiş kriterire uygun tüm izolasyonlar, standart laboratuvar prosedürlerine uygun olarak matris destekli lazer desorpsiyon iyonizasyonu uçuş süresi kütle spektrometrisi (MALDI-TOF MS) kullanılarak tanımlanmıştır.
6. Veri kaydı ve analizi
Demografik özellikler, örnek tipleri, kültür sonuçları, tespit edilen mikroorganizmalar ve deşarj sonuçları sistematik olarak kaydedildi. Mikroorganizma dağılımları, COVID-19 öncesi ve sonrası dönemler arasında karşılaştırıldı.
7. İstatistiksel analiz
İstitisel analizler SPSS (sürüm 15.0) ve Minitab yazılımı kullanılarak gerçekleştirildi. Sürekli değişkenlerin normalliği Shapiro-Wilk testi kullanılarak değerlendirildi. Kategorik değişkenler ki-kare testi kullanılarak karşılaştırıldı. Mikroorganizma dağılımı ile ölüm arasındaki ilişkileri değerlendirmek için lojistik regresyon analizi yapılmıştır. 0.05'ten küçük bir p değeri istatistiksel olarak anlamlı olarak kabul edildi.