Yöntem makalesi

Metillenmiş DNA Immunoprecipitation

DOI:

10.3791/935

⸱

2 Ocak 2009

 ,  ,  ,  ,  ,  , 
1Department of Cancer Genetics and Developmental Biology, BC Cancer Research Centre, 2Interdisciplinary Oncology Program, University of British Columbia - UBC, 3Department of Pathology and Laboratory Medicine, University of British Columbia - UBC, 4Photography/Video Production, Multi-Media Services, BC Cancer Agency, 5Department of Medical Genetics, Life Sciences Institute,, University of British Columbia - UBC

* These authors contributed equally

Bu makalede

Özet

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Bu video metillenmiş DNA immunoprecipitation (MeDIP) için protokol göstermektedir. MeDIP seçici (anti-5 mC) 5-methylcytosine özgüllüğü antikorlar kullanılarak genomik DNA örneği metillenmiş DNA parçaları ayıklar iki günlük bir işlemdir.

Özet

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

DNA metilasyon paternlerinin belirlenmesi epigenetik çalışma metilasyon gen ekspresyonu üzerinde önemli etkileri olduğu bilindiği gibi, ortak bir prosedür ve hastalığın yanı sıra normal gelişimi ile ilgili

Protokol

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

DNA EKSTRAKSİYON VE ÖRNEK HAZIRLAMA

Farklı örnekleri çeşitli DNA (kültür hücreleri, taze yanı formalin ile fikse parafine gömülü dokularda dondurulmuş) MeDIP için kullanılabilir. Yüksek derecede saflaştırılmış DNA, histon gibi ilişkili proteinlerin olmadan kullanmak önemlidir. DNA kantitatif ve antikor bağlanma ile müdahale örnek olarak, mümkün olduğunca çok RNA kaldırmak için de önemlidir. MeDIP için kullanılan DNA miktar 200 ng kullanılabilir DNA miktarına bağlı olarak 1 mg arasında olabilir. Bu protokol göstermek için, 1 mg DNA kullanılır. Aşağıdaki protokol kültürlü hücreler yüksek kaliteli çift iplikli DNA sağlayacaktır. Diğer protokol....

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Tartışma

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Hastalığında önemli rol DNA metilasyon oynar büyüyen bir farkındalık vardır, bu nedenle testlerin geliştirilmesi, bu değişikliği ölçmek için 13, 12, 3 giderek daha önemli hale gelmektedir. MeDIP teknik tüm genomu ve lokus spesifik seviyesi 6, 7, tarama için bir mükellef araçtır . Bu teknik, DNA başlayan sınırlı miktarda kullanarak DNA metilasyon seviyelerini hızlı bir görünüm sağlar ve farklı kaynaklardan arasında kolay karşılaştırma için sağlar. MeDIP ürün kullanarak Downstream uygulamalar tüm gen.......

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Teşekkürler

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Biz, bu video ve makale eleştirmeyi katılımları için Brown ve Lam laboratuvarları üyelerine teşekkür etmek istiyorum. Bu çalışma, Kanada Sağlık Araştırma ve Michael Smith Sağlık Araştırma Vakfı Enstitüsü'nün fonları tarafından desteklenmiştir.

....

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Malzemeler

Bu makalede kullanılan malzemelerin listesi
AdŞirketKatalog numarasıYorumlar
Biorupter sonicatorAracıDiagenodeUCD-200 TM
1.7ml SafeSeal Mikrosantrifüj TüpleriDiğerSorenson BioScience11510
ND 3300 Spektrofotometre AracıNanoDrop
Birincil Antikor: Anti-5'-metilsitozin fare mAbReaktifiCalbiochem162 33 D3
İkincil Antikor: Dynabeads M-280 Koyun anti-fare IgGReaktifiInvitrogen112-01D
Manyetik Tüp Raf AracıInvitrogenCS15000
Mini LabRollerAracıLabnet InternationalH5500
IP Tamponu10 mM NaPO < sub>4< / sub> pH 7.0, 140 mM NaCl,% 0.05 Triton X-100. Oda sıcaklığında saklanır
Sindirim Tamponu10 mM Tris pH8.0, 100 mM EDTA, %0,5 SDS, 50 mM NaCl

Kaynaklar

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Beck, S., Rakyan, V. K. The methylome: approaches for global DNA methylation profiling. Trends Genet. 24, 231-237 (2008).
  2. Lu, Q., et al. Epigenetics, disease, and therapeutic interventions. Ageing research reviews. 5, 449-467 (2006).
  3. Zilbe....

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Yeniden basım ve izinler

Bu JoVE makalesinin metnini veya şekillerini yeniden kullanmak için izin iste

İzin iste

Etiketler

DNA MetilasyonuDNA SonikasyonuProteinaz K SindirimiFenol Kloroform EkstraksiyonuManyetik Boncuk zolasyonuAnti 5 mC AntikoruPCR Do rulamaEpigenetik Analiz

İlgili makaleler