Name: Sualtı Stereo video araçları kullanarak balık yoğunluğu miktarının için yeni yöntemler geliştirilmesi (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2017-11-20T14:00:00.000+00:00
Duration: 9 min 32 s
Description: Keşfedin, dönen stereo-video kameralar kullanarak derin kayalık habitatlarda balık yoğunluğunu ve tür kompozisyonunu tahmin etme yöntemini. Bu teknik, balıkları çıkarmadan doğru yoğunluk tahminleri sağlar.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

playerTrialDesktop

Bu eser doğayı ve özel bağışçılar, kaynakları mirası Fonu Vakfı, Gordon ve Betty Moore Vakfı, çevre savunma fonu, Kaliforniya deniz hibe programı, NMFS Ulusal kooperatif araştırma programı ve bir NOAA tarafından finanse edildi Saltonstall-Kennedy Grant #13-SWR-008. Deniz uygulamalı araştırma ve araştırma (Dirk Rosen, Rick Botman, Andy Lauerman ve David Jefferies), inşa geliştirilip video Lander aracı. Jim Seager ve SeaGIS™ yazılım teknik destek için teşekkür ediyoruz. Kaptan ve ticari balıkçı Tim Maricich ve onboard Lander dan 2012-2015 dağıtmanın F/V Donna Kathleen sağlanan destek ekibi. Video veri toplama veya analiz (Anne Tagini, Donna Kline, Teğmen Amber Payne, Bryon Downey, Marisa Ponte, Rebecca Miller, Matt Merrifield, Walter Heady, Steve Rienecke, EJ Dick ve John Field) katılan herkese teşekkür ederim.

Not: Ekran görüntüleri yazılım adımları Ek dosyaolarak dahil edilir. Lütfen aşağıda açıklanan yazılım adımları için seçilen yazılımı belirli olduğunu unutmayın (bkz. Tablo malzeme). Genel yaklaşım herhangi bir stereo yazılım platformu için genişletilebilir.
1. Stereo kamera görüntüleri analiz için hazırlayın
Not: Kalibrasyon kalibrasyon küp kullanarak önerilir. Kalibrasyon küp bir üç boyutlu alüminyum-noktalı tam olarak konumlandırılmış yansıtıcı yüzeyi karedir. Ayarlama yazılımıyla birlikte kullanıldığında, bir kalibrasyon küp büyük hassasiyet ve doğruluk Dama Tahtası yaklaşımlar9' dan yol açar.
<ol><li>Stereo-ayarlama yazılımıyla (Resim 1 ve Şekil 2 Malzemeleri tablo için bir yazılım tavsiye görmek;) Lander kameralarla kalibre. Not: Kalibrasyon önce alanda kullanım hedefleri değişen mesafelerde (bkz. ek Video 1) bilinen boyutlarda ölçerek doğrulanabilir. Ortalama ölçüm hata mesafelerde 3 m (veya daha az) 50 cm hedef için bilinen hedef uzunluğu %2 içinde olmalıdır. Ayrıca belirli bir kalibrasyon sadece kamera konumlarını birbirlerine göre değiştirmezseniz geçerli olacaktır. Kendine iyi bak ve istenmeyen tüm örnekleme sahne aldı kadar kameraların jostling önlemek çok önemlidir.</li>
	<li>Kalibre edilmiş Lander (şekil 1, ek Video 2) kullanarak alan veri toplamak.</li>
	<li>Saha çalışması tamamlandıktan sonra kalibrasyon ve video dosyalarını içeren yeni bir proje klasörü oluşturun. Not: her projede ağıl orada beş dosyaları en az ihtiyacı: sol ve sağ ". Kam"kalibrasyon dosyaları, sol ve sağ video dosyalarını (. MP4 veya. AVI formatında sadece) ve türlerin listesi (.txt biçiminde).</li>
	<li>Stereo ölçüm yazılımındaki yeni bir ölçüm proje başlatmak ve uygun video ve Kalibrasyon dosyaları yükleyin. Not: Ekran görüntüleri tüm yazılım adımları Ek dosyalarıarasında kullanılabilir.<ol>
<li>'Ölçüm' gidin &gt; 'Yeni ölçüm dosyası'.</li>
		<li>'Resim' giderek resmi dizin ayarla &gt; 'Set resim dizini' ve tüm proje dosyaları içeren klasörü seçin.</li>
		<li>Sol kamera yükleme ". Kam"dosya 'Stereo' giderek &gt; 'Kamera' &gt; 'Sol' &gt; 'Yük kamera dosya' ve uygun dosyayı seçerek.</li>
		<li>Adımı yineleyin 1.4.3 doğru kamera yüklemek için ". Kam"dosya Not: Bu dosyalar (örneğin, piksel boyutu, en boy oranı, Radyal bozulma, decentring bozulma, vb) her bir kamera için kalibrasyon ölçümleri içeren ve balık ölçmek ve mesafe---dan-kamera (Yani, Z hesaplamak için kullanılan mesafe).</li>
		<li>Film sıra sol video dosyası için 'Resmi' giderek tanımla &gt; 'film sıra define' ve sol kamera video dosyasını seçerek.</li>
		<li>'Resim' seçerek ölçüm yazılımı içine sol video dosyasını yüklemek &gt; 'yük resim'. Not: video dosyalarını yüklemeden önce 'Kilit' kutusunun işaretli olmadığından emin olun. Bu her iki videoları aynı anda yüklenmesine izin verir.</li>
		<li>Film dizi ve yük 'Stereo' menüleri kullanarak doğru video video dosyası tanımlayın &gt; 'resim' &gt; 'film sıra define' ve 'Stereo' &gt; 'resim' &gt; 'yük resim'.</li>
		<li>'Ölçüm' giderek türlerin listesini yükle &gt; 'Öznitelikleri' &gt; ' Düzenle/yük türler dosyası'.</li>
		<li>Anket kimlik bilgileri altında 'Bilgi alanları' girin &gt; 'Alan değeri Düzenle' ve oluşturmak için dosyayı kaydedin bir. EMObs proje.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Işık flaş, alkışı, Eşgüdümlü Evrensel Saat (UTC) damga veya her iki videoları herhangi bir zaman belirli olayı kullanarak video senkronize.<ol>
<li>UTC zaman damgası kullanıyorsanız, çerçeve-adım ileri sol videoda zaman damgası yeni bir ikinci başlayana kadar. Başka çerçeve ileriye ışık flaş veya alkışı kadar oluşur.</li>
		<li>Çerçeve-adım zaman damgası kadar ileriye doğru video sol video tam olarak eşleşir. Başka çerçeve tam an ışık flaş veya alkışı sol video eşleşen kadar öne. Not: Videoları aynı kareye eşitlenmesi önemlidir. Video senkronizasyonu video zaman damgası kamera çerçeve drift Çözümleme sırasında önlemek için kullanarak periyodik kontrol edilmelidir. Bir filme el clap da başlangıç ve video sonunda dogru sınamak için kullanılabilir ve sol videoları aynı kareye senkronize.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Video birlikte oynamak ve eşitleme korumak emin olmak için "Kilit" düğmesini tıklatın.</li>
</ol>2. nokta sayıları oluşturmak ve MaxN hesaplamak
Not: Her balık başlangıçta 2D noktasına en düşük olası taksonomik çözünürlüğü ile işaretlenir. Belirsiz kimliği ile balık daha sonra gözden geçirilmek üzere işaretlenmiş olmalıdır.
<ol><li>Tam 360 derece kullanılan emin olmak için tam kamera döndürme sonuna kadar balıkları saymak başlamak için sabırsızlanıyorum. Ayrıca tortu temizlenir vardır kadar bekleyin (genellikle &lt; 1-2 dk sonra alt ile temas).<ol>
<li>İniş aracı, ilk dönüş başlar başlamaz, sağ yeni bir örnek dönemi tanımlamak için tıklatın: 'Dönem tanımlamaları' &gt; 'Ekle yeni başlangıç dönemi'. "01" olarak ilk dönem adı girin ve "Tamam" ı tıklatın.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Lander döner, çerçeve içine sadece sol kamera ile 2D ile an gelir her balık işaretleme başlar.<ol>
<li>2D bir nokta eklemek için sağ tıklatın, 'Ekle'ye gelin' seçin ve doğru tür adı seçin. Bilinmeyen türler ve tıkırtı "OK" 'spp.' seçerek en düşük taksonomik düzeye, etiket.</li>
		<li>Rotasyon sonuç kadar adım 2.2.1 göre her yeni balık işaretlemeye devam.</li>
	</ol>
</li>
	<li>İletişim kuralı yordamlar 2.1-2.2 her ek Lander rotasyon - yeni bir dönem her kamera rotasyon başlangıcında tanımlanır sağlanması için yineleyin. Not: Türler birikimi eğrileri sekiz rotasyonlar, ortalama olarak, balık bolluk içinde çalışmanın karakterize etmek yeterli olduğunu belirlemek için kullanılmıştır. Araştırmacılar ön ile munzam fotoğraf makinesi rotasyonlar, kamera rotasyonlar belirli bir ekosistem içinde optimum sayısını tanımlamak için daha uzun emmek süreleri üzerinde deneylerini düşünmelisiniz.</li>
	<li>Kamera rotasyon gözlenen bireylerin Species-Specific sayıları hesaplamak.<ol>
<li>Tüm rotasyonlar numaralandırılan sonra 'Ölçüm' giderek 2D puan vermeniz &gt; 'Ölçüm özetleri' &gt; 'Gelin ölçümler' ve 2D Puan a.txt dosyası olarak kaydedin.</li>
		<li>Bir elektronik tablo olarak kaydedilmiş 2D.txt noktası dosyasını açın ve 'Ekle' giderek sayıları (Tablo 1) özetlemek üzere döndürme numarasını vs türlerin bir Özet Tablo oluşturmak &gt; 'Özet Tablo'. "Cins ve türlerin" 'Satır etiketi' ve "Dönem" için 'İçin sütun etiketini' seçin.</li>
	</ol>
</li>
	<li>MaxN her tür için bu tür (Tablo 1) bireylerin en büyük sayıda kamera rotasyon seçerek seçin.</li>
	<li>Sadece cins için tanımlanan balıklar için bu belirli cins içinde tür için tanımlanan en büyük sayisi vardı rotasyon dayalı bir cins düzeyi MaxN seçin. Not: Bu adımı yalnızca tanımlanabilir daha yüksek taksonomik gruplara (örneğin, yalnızca cins ya da aile için) çift sayma bireysel balık önlemeye yardımcı olur. Örneğin, Tablo 1' ' döndürme 1' bulunan 10 tanımlanamayan Sebastes spp. ve 33 Bu cinsin türler için tanımlanan Sebastes ise ' döndürme 3' bulunan sadece iki kimliği belirsiz Sebastes spp. ve 43 üyeleri Sebastes türler için tanımlanan cins. Bu nedenle ' döndürme 3' bilinmeyen Sebastes spp. MaxN sayısı için kullanılacak Bu şekilde, muhafazakar varsayım bu yapılır kimliği belirsiz Sebastes spp. 8 ' döndürme 1' tespit edildi ' dönüş 8'.</li>
	<li>Çoklu rotasyonlar aynı MaxN sayısı belirli bir tür için ise MaxN ile ilk dönüş için 3B nokta ölçümleri seçin.</li>
	<li>Her tür balık 3D ölçümler MaxN oluştu rotasyon alır.<ol>
<li>Adımlar 2,1 2,3 toplanan kaydedilmiş 2D puan 3 boyutlu ölçüm için tam olarak aynı balık gitmek için kullanın.</li>
		<li>Balık burnu ve caudal fins (şekil 3) kenarlarını ucu daha iyi tanıtmayı en az 4 X zoom. Not: Kare adımı öne veya arkaya balık en iyi yönünü 3 boyutlu ölçüm için bulmak için gerekli olabilir. 'En iyi' yönlendirme bir burun ve caudal fins kenarlarını her ikisi fotoğraf makinesi görünür nerede var.</li>
		<li>El ile burun, sonra kenarına, sol fotoğraf kuyruk ucu tıklayın sonra doğru video aynı sırada seçimi yineleyin.</li>
		<li>Doğru tür kimlik 2.2.1 içinde olduğu gibi açılan menüleri seçin.</li>
		<li>Örnek baş ve kuyruk balıkların her ikisi fotoğraf makinesi görünür değilse o zaman işaretlemek için 3B nokta yerine sol ve sağ videoları aynı pozisyonda balık sol tıklayarak bir 3D uzunluk ölçüm mümkün değilse. Önce bilgi alanları doldurun ve "uzunluk ölçüm hariç" yorum. Not: Fotoğraf makineleri farklı türleri için farklı rotasyonları MaxN ortaya çıkabilir; Ancak, herhangi bir belirli türler için bir rotasyon sadece (Tablo 1) ölçümleri gerçekleşmelidir.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Bütün balıklar için 3D ölçümleri tamamladıktan sonra daha ayrıntılı bir çözümleme için veri as.txt dosyasını dışarı aktarmak.<ol>
<li>'Ölçüm' gidin &gt; 'Ölçüm özetleri' &gt; '3D noktası ve uzunluk ölçüleri' ve save.txt dosya vermek için.</li>
	</ol>
</li>
</ol><ol><li><ol><li>&amp;</li><li></ol></li><li><li> <ol><li> <img alt="Equation 1" src="/files/ftp_upload/56635/56635eq1.jpg"> </li></ol></li><li> <img alt="Equation 2" src="/files/ftp_upload/56635/56635eq2v3.jpg"> </li></ol><img alt="Table 1" src="/files/ftp_upload/56635/56635table1.jpg"> <img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56635/56635fig1.jpg"> <a href="//cloudflare.jove.com/files/ftp_upload/56635/56635fig1large.jpg" target="_blank"></a><img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56635/56635fig2.jpg"> <a href="//cloudflare.jove.com/files/ftp_upload/56635/56635fig2large.jpg" target="_blank"></a><img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56635/56635fig3.jpg"> <a href="//cloudflare.jove.com/files/ftp_upload/56635/56635fig3large.jpg" target="_blank"></a><img alt="Figure 4" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/56635/56635fig4.jpg"> <a href="//cloudflare.jove.com/files/ftp_upload/56635/56635fig4large.jpg" target="_blank"></a>

<ol><li>Love, M. S., Yoklavich, M. M., Thorsteinson, L. K. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aLove%2C+MS+%22The+Rockfishes+of+the+Northeast+Pacific%22">The Rockfishes of the Northeast Pacific</a>. , University of California Press. Berkley. (2002).</li>
<li>Laidig, T. E., Watters, D. L., Yoklavich, M. M. <a target="_blank" href="http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0272771409002455">Demersal fish and habitat associations from visual surveys on the central California shelf.</a> Estuar. Coast. Shelf Sci. 83 (4), 629-637 (2009).</li>
<li>Anderson, T. J., Yoklavich, M. M. <a target="_blank" href="http://www.biomedsearch.com/article/Multiscale-habitat-associations-deepwater-demersal/166185935.html">Multiscale habitat associations of deepwater demersal fishes off central California.</a> Fish. Bull. 105 (2), 168-179 (2007).</li>
<li>Yoklavich, M. M., Cailliet, G. M., Sullivan, D. E., Lea, R. N., Love, M. S. <a target="_blank" href="https://www.sciencebase.gov/catalog/item/5054144fe4b097cd4fcfcee7">Habitat associations deep-water rockfishes a submarine canyon an example of a natural refuge.</a> Fish. Bull. 98 (3), 625-641 (2000).</li>
<li><a target="_blank" href="NULL">Status of the Pacific Coast Groundfish Fishery, Stock Assessment and Fishery Evaluation</a>. , Pacific Fishery Management Council. Portland, OR. (2016).</li>
<li>Cappo, M., Harvey, E., Malcolm, H., Speare, P. Potential of video techniques to monitor diversity, abundance and size of fish in studies of marine protected areas. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aCappo%2C+M+%22Aquatic+protected+areas-+What+works+best+and+how+do+we+know%22">Aquatic protected areas- What works best and how do we know</a>. Beumer, J. P., Grant, A., Smith, D. C. , Proc. World Congr. on Aquat Protected Areas. Australian Soc. for Fish Bio. North Beach, Western Australia. 455-464 (2003).</li>
<li>McLean, D. L., Green, M., Harvey, E. S., Williams, A., Daley, R., Graham, K. J. <a target="_blank" href="http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0967063714002283">Comparison of baited longlines and baited underwater cameras for assessing the composition of continental slope deepwater fish assemblages off southeast Australia.</a> Deep-Sea Research Part I: Oceanographic Research Papers. 98, 10-20 (2015).</li>
<li>Parker, D., Winker, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0165783616300558">Insights from baited video sampling of temperate reef fishes: How biased are angling surveys.</a> Fish. Res. 179, 191-201 (2016).</li>
<li>Boutros, N., Shortis, M. R., Harvey, E. S. <a target="_blank" href="http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/lom3.10020/abstract">A comparison of calibration methods and system configurations of underwater stereo-video systems for applications in marine ecology.</a> Limnol. Oceanogr. Methodss. 13 (5), 224-236 (2015).</li>
<li>Harvey, E. S., Cappo, M., Butler, J. J., Hall, N., Kendrick, G. A. <a target="_blank" href="https://www.researchgate.net/publication/233531396_Bait_attraction_affects_the_performance_of_remote_underwater_video_stations_in_assessment_of_demersal_fish_community_structure">Bait attraction affects the performance of remote underwater video stations in assessment of demersal fish community structure.</a> Mar. Ecol. Prog. Ser. 350, 245-254 (2007).</li>
<li>Watson, J. L., Huntington, B. E. <a target="_blank" href="http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0022098116301162">Assessing the performance of a cost-effective video lander for estimating relative abundance and diversity of nearshore fish assemblages.</a> J. Exp. Mar. Bio. Ecol. 483, 104-111 (2016).</li>
<li>Easton, R. R., Heppell, S. S., Hannah, R. W. <a target="_blank" href="http://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/19425120.2015.1007184">Quantification of Habitat and Community Relationships among Nearshore Temperate Fishes Through Analysis of Drop Camera Video.</a> Mar. Coast. Fish. 7 (1), 87-102 (2015).</li>
<li>Hannah, R. W., Blume, M. T. O. <a target="_blank" href="http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0022098112002493">Tests of an experimental unbaited video lander as a marine fish survey tool for high-relief deepwater rocky reefs.</a> J. Exp. Mar. Bio. Ecol. 430, 1-9 (2012).</li>
<li>Starr, R. M., Gleason, M. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Targeting+Abundant+Fish+Stocks+while+Avoiding+Overfished+Species%3A+Video+and+Fishing+Surveys+to+Inform+Management+after+Long-Term+Fishery+Closures%5BTitle%5D)+AND+%22Plos+One%22%5BJournal%5D)">Targeting Abundant Fish Stocks while Avoiding Overfished Species: Video and Fishing Surveys to Inform Management after Long-Term Fishery Closures.</a> Plos One. 11 (12), 0168645(2016).</li>
<li>Love, M. S. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aLove%2C+MS+%22Certainly+more+than+you+want+to+know+about+the+fishes+of+the+Pacific+Coast%3A+a+postmodern+experience%22">Certainly more than you want to know about the fishes of the Pacific Coast: a postmodern experience</a>. , Really Big Press. Santa Barbara, CA. (2011).</li>
<li>Campbell, M. D., Pollack, A. G., Gledhill, C. T., Switzer, T. S., DeVries, D. A. <a target="_blank" href="http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0165783615001526">Comparison of relative abundance indices calculated from two methods of generating video count data.</a> Fish. Res. 170, 125-133 (2015).</li>
<li>Cappo, M., Speare, P., De'ath, G. <a target="_blank" href="http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0022098103005136">Comparison of baited remote underwater video stations (BRUVS) and prawn (shrimp) trawls for assessments of fish biodiversity in inter-reefal areas of the Great Barrier Reef Marine Park.</a> J. Exp. Mar. Bio. Ecol. 302 (2), 123-152 (2004).</li>
<li>Schobernd, Z. H., Bacheler, N. M., Conn, P. B., Trenkel, V. <a target="_blank" href="http://www.nrcresearchpress.com/doi/abs/10.1139/cjfas-2013-0086#.WYnUMojyvIU">Examining the utility of alternative video monitoring metrics for indexing reef fish abundance.</a> Can. Jour. Fish. Aquat. Sci. 71 (3), 464-471 (2014).</li>
<li>Hansen, M. J., Schorfhaar, R. G., Selgeby, J. H. <a target="_blank" href="https://pubs.er.usgs.gov/publication/1000977">Gill-Net Saturation by Lake Trout in Michigan Waters of Lake Superior.</a> North Am. J. Fish. Manag. 18 (4), 847-853 (1998).</li>
<li>Dauk, P. C., Schwarz, C. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Catch+estimation+in+the+presence+of+declining+catch+rate+due+to+gear+saturation%5BTitle%5D)+AND+%22Biometrics%22%5BJournal%5D)">Catch estimation in the presence of declining catch rate due to gear saturation.</a> Biometrics. 57 (1), 287-293 (2001).</li>
<li>Hilborn, R., Walters, C. J. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aHilborn%2C+R+%22Quantitative+Fisheries+Stock+Assessment+Choice%2C+Dynamics+and+uncertainty%22">Quantitative Fisheries Stock Assessment Choice, Dynamics and uncertainty</a>. , Springer. Dordrecht. (1992).</li>
<li>Erisman, B. E., Allen, L. G., Claisse, J. T., Pondella, D. J., Miller, E. F., Murray, J. H. <a target="_blank" href="http://www.nrcresearchpress.com/doi/abs/10.1139/f2011-090#.WYnU4ojyvIU">The illusion of plenty: hyperstability masks collapses in two recreational fisheries that target fish spawning aggregations.</a> Can. Jour. Fish. Aquat. Sci. 68, 1705-1716 (2011).</li>
<li>Buckland, S. T., Anderson, D. R., Burnham, K. P., Laake, J. L. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aBuckland%2C+ST+%22Distance+Sampling%3A+Estimating+abundance+of+biological+populations%22">Distance Sampling: Estimating abundance of biological populations</a>. , Chapman and Hill. London. (1993).</li>
<li>Ronconi, R. A., Burger, A. E. <a target="_blank" href="http://www.int-res.com/abstracts/ab/v4/n3/p297-309/">Estimating seabird densities from vessel transects: Distance sampling and implications for strip transects.</a> Aquat. Bio. 4 (3), 297-309 (2008).</li>
<li>Caselle, J. E., Rassweiler, A., Hamilton, S. L., Warner, R. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Recovery+trajectories+of+kelp+forest+animals+are+rapid+yet+spatially+variable+across+a+network+of+temperate+marine+protected+areas+Recovery+trajectories+of+kelp+forest+animals+are+rapid+yet+spatially+variable+across+a+network+of+temperate+marine+protected%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Publ.+Gr%22%5BJournal%5D)">Recovery trajectories of kelp forest animals are rapid yet spatially variable across a network of temperate marine protected areas Recovery trajectories of kelp forest animals are rapid yet spatially variable across a network of temperate marine protected.</a> Nat. Publ. Gr. , 1-14 (2015).</li>
<li>Starr, R. M., Wendt, D. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Variation+in+Responses+of+Fishes+across+Multiple+Reserves+within+a+Network+of+Marine+Protected+Areas+in+Temperate+Waters%5BTitle%5D)+AND+%22Plos+One%22%5BJournal%5D)">Variation in Responses of Fishes across Multiple Reserves within a Network of Marine Protected Areas in Temperate Waters.</a> Plos One. 10 (3), 0118502(2015).</li>
<li>Lester, S., Halpern, B., et al. <a target="_blank" href="https://www.researchgate.net/publication/242700981_Biological_Effects_Within_No-Take_Marine_Reserves_A_Global_Synthesis">Biological effects within no-take marine reserves: a global synthesis.</a> Mar. Ecol. Prog. Ser. 384, 33-46 (2009).</li>
</ol>

Yazarlar ifşa yoktur

Geleneksel MaxN metrik bireyler bir anket sırasında mevcut garantili en az sayıda sayım fikri üzerine esas olan. Balık belirli sayıda aynı anda tek bir video kare görünür durumdaysa, herhangi bir daha az hediye olamaz ama balık mobil ve heterogeneously dağıtılmış olduğundan, tüm bireylerin aynı anda tek bir video kare sırasında görme olasılığı düşüktür . Bu nedenle geleneksel MaxN gerçek balık bolluk16,17hafife yüksektir. Buna ek olarak, geleneksel MaxN artan bal...

ABD Pasifik Sahil boyunca birçok ticari ve eğlence groundfish balıkçılık için (örneğin, rockfish karmaşık (Sebastes spp.) ve Lingcod (Ophiodon elongatus)) önemli türlerin güçlü ile ilişkili olan yüksek kabartma, alt zor habitatları1,2,3,4,5. Stereo-video damla kameralar göreceli kolaylığı ve işlemin basitliği nedeniyle kayalık yaşam alanları kullanmak için çekici bir sigara extractive araçlardır. Stereo-video kamera sistemleri çeşitli geliştirilen ve Güney yarımkürede, sığ su ekosistemleri6,7,8,9,10' da, dağıtılabilir ve Son zamanlarda, video damla-kameralar Pacific Coast11,12,13boyunca derin su rocky resif ortamları için bir yönetim aracı olarak çekiş kazanmıştır. Varolan bu stereo kamera tasarımları daha verimli bir şekilde yüksek kabartma seafloors Orta Pasifik kıyısında (bakınız tablo, Balık nüfus karakterize etmek için (bundan sonra "İniş" anılacaktır) bir stereo-video kamera sistemi kullanılarak değiştirmek istedi Malzemeler). Çünkü kameralar tam 360 ° zemine açılan konumu14kapsama için izin verilen bir merkez dönen bar monte edildi kullanılan Lander varolan video sistemleri farklıydı. İniş aracı dakikada hızla bolluk ve topluluk kompozisyon bir alanın karakterize ve istatistiksel gücü daha az Lander dağıtımları ile aynı düzeyde ulaşmak bize izin veren bir tam dönüş tamamlandı. (Bkz: Starr (2016)14 Lander yapılandırma ayrıntılarını daha fazla ayrıntı için). Çalışma sisteminde Ön testler araştırmalarımızda fotoğraf makinelerinin sekiz rotasyonlar türlerin bolluk ve zenginlik karakterize etmek yeterli olduğunu ileri sürdü. Bu belirleme döner azalan bir gözlem tarafından türlerin bolluk ve balık yoğunluğu daha uzun damla üzerinde yapıldı. Öneririz uzun emmek süreleri dahil olmak üzere bir pilot çalışma verilen ekosistem/çalışma türler için en uygun emmek zamanı belirlemek için herhangi bir sistem olarak yürütülmelidir.
Eşleştirilmiş stereo kameralar kullanarak, her ikisi de Toplam Anket alan ve video her anket için mutlak balık yoğunluğu hesaplanabilir; Ancak, kameralar dönen kullanım geleneksel balık sayısı ölçümleri değişiklik gerektirdiği. Sabit görüntü sistemleri "MaxN" balıklar bir dağıtım6,10muhafazakar sayısı olarak en sık kullandığınız. Geleneksel MaxN birlikte iki sayım yaptı ve çerçeve için döndürülen bir balık önlemek için tek bir video kare içinde gözlenen belirli bir tür balık en fazla sayısını açıklar. MaxN bu nedenle mevcut olduğu bilinen balık en az sayıda bir tahmin edilmiş ve gerçek balık bolluk6,10hafife. MaxN metrik kameralar her tam rotasyon içinde görülen balık en fazla temsil etmek için tanımlandı.
Aslında bu tür irili ufaklı, renk, hesap için önceki stereo video yöntemleri için ikinci değişiklik oldu ve şekiller farklı maksimum mesafe güvenilir kimlik. Örneğin, O. elongatus gibi büyük türler farklı bir uzun şekil ve güvenilir bir şekilde Squarespot Rockfish (Sebastes hopkinsi) gibi küçük ve şifreli türleri ile karşılaştırıldığında çok daha büyük mesafelerde belirlenebilir. Algılama bu farklı maksimum aralıklar için her tür Lander tarafından örnek etkili alanı olarak değiştirin. Stereo kameralar bize her balık yüksek bir doğruluk derecesi ile üç boyutlu uzayda yerleştirmek izin çünkü kimse her balıktı kameralar olan uzaklığı belirleyebilirsiniz ("olan z ekseni için" adlıYani, "Z mesafe", ölçülen dik kameralar arasında çizilmiş düz çizgi). Her tür için içinde (bundan sonra "% 95'i Z mesafe") tüm bireylerin % 95'i gözlendi mesafe anket alan yarıçap olarak kabul edildi ve ankete toplam alanını hesaplamak için kullanılır. Species-Specific özelliklere ek olarak identifiability suyun bulanıklık gibi çevresel koşullar tarafından etkilenebilir. Bu faktörler zaman ve mekan içinde düzeyinde değişiklik yapabileceğiniz için % 95'i Z Hayatinizda yalnızca toplam olarak kullanılması önemlidir. Süre o-ecek var olmak büyük örnekler için son derece hassas, herhangi bir bireysel Anketi ankete alanında farklı olabilir.
Protokol aşağıda ayrıntılı yönergeler bu ölçümler oluşturmak sağlar. Pasifik Sahili boyunca derin kayalık habitat karakterize etmek için odak noktası oldu değiştirilmiş MaxN sayım için açıklanan metodoloji dönen herhangi bir damla-kamera sistemine kolayca uygun olsa da. Kamera rotasyonlar balık nüfusu tanımlamak için gerekli yerel ekosistemi dinamikleri üzerinde bağlıdır, ancak değiştirilmiş MaxN kavramsallaştırma aynı kalır. Oysa biz fotogrametrik yazılımı 3D stereo video olarak çözümlemeye, Balık üç boyutlu uzayda tam yerini mümkün olduğu sürece benzer şekilde, burada açıklanan teknikleri kolay yazılım platformları arasında uygulanır. Ayrıca, % 95'i Z uzaklık değeri uygulama yaklaşımı gelecekte çalışmaları ile stereo-kameralar tespit species-specific aralıkları için hesap ve daha doğru bir şekilde balık bolluk hesaplamak için düşünülebilir.

<table><tbody><tr><td>SeaGIS</td><td>kalibrasyon</td> <td>küpü</td><td>http://www.seagis.com.au/hardware.html 1000x1000x500 mm tercih edilen ölçülerdir. Diğer kalibrasyon yöntemleri de mevcuttur.</td></tr><tr><td>CAL kalibrasyon yazılımı</td><td>SeaGIS</td><td>http://www.seagis.com.au/bundle.html</td><td></td></tr><tr><td>EventMeasure stereo ölçüm yazılımı</td><td>SeaGIS</td><td>http://www.seagis.com.au/event.html</td><td></td></tr><tr><td>İstatistiksel yazılım</td><td>R Core Team 2017 (v. 3.4.0)</td><td></td><td>Önyükleme kodu bulunabilir: https://github.com/rfields2017/JoVE-Bootstrap-Function</td></tr><tr><td>Elektronik Tablo Yazılımı</td><td>Microsoft Excel</td><td></td><td></td></tr><tr><td>2 &nbsp; su geçirmez kameralar</td><td>Derin Deniz Gücü ve Işık</td><td></td><td>HD kalitesi tercih edilir</td></tr><tr><td>2 derinlik dereceli, su geçirmez ışık</td><td>Derin Deniz Gücü ve Işığı: 5000k renk sıcaklığı</td><td></td><td></td>DVR kaydedici ile 3000 lümen LED</tr><tr><td>Stack</td><td>LTD DVR</td><td></td><td></td></tr><tr><td>standart PC</td><td></td><td></td><td>Windows 10 tercih edilen işletim sistemi</td></tr><tr><td>dönen Lander platformu</td><td>Deniz Uygulamalı Araştırma ve Mühendisliği (MARE)</td><td></td><td></td></tr></tbody></table>

sualtı stereo video araçları kullanarak balık yoğunluğu miktarının için yeni yöntemler geliştirilmesi

Development of New Methods for Quantifying Fish Density Using Underwater Stereo-video Tools

Balıkların ekolojik çalışmalar video kamera sistemlerinin kullanımı çekiş ölçüm balık uzunlukları ve tahmin balık Bereket uygun, Sigara extractive yöntemi olarak kazanmak için devam ediyor. Geliştirilen ve örnekleme, örnekleme çaba sabit kamera araçları için karşılaştırıldığında en üst düzeye çıkaran bir tam 360 derece kapsar dönen bir stereo-video kamera araç uygulanmaktadır. Çalışmalar çeşitli statik, stereo-kamera sistemleri son derece doğru ve hassas ölçümler balık elde yeteneği detaylı sahip; odak burada dönen kamera sistemleri kullanarak balık yoğunluğunu ölçmek için yöntembilimsel yaklaşımlar geliştirilmesi üzerinde yapıldı. İlk yaklaşım genellikle balık en az sayıda muhafazakar sayısıdır MaxN verilen kamera anket gözlenen metrik bir değişiklik geliştirmekti. MaxN balık kamera sistemi verilen herhangi bir döndürme içinde gözlenen en fazla sayısı olarak tanımlıyoruz. İki sayım önlemek için önlemler alındığında, bu yöntem MaxN için sabit kameradan alınan daha gerçek bereket daha doğru bir şekilde yansıtabilir. İkinci olarak, stereo-video üç boyutlu uzayda eşlenmesi için balık verdiğinden, mesafe makinesinden kesin tahminleri her balık için elde edilebilir. Ankete species-specific alanları kurmak için % 95 persentil gözlenen mesafe--dan fotoğraf makinesi kullanarak, biz türler arasında algılama farklılıkları için bir tür olduğunu maksimum mesafe kullanarak yoğunluğu tahminleri sulandrarak kaçınırken hesap gözlenen. Muhasebe algılama aralığı için balık zenginliği doğru tahmin için çok önemlidir. Bu metodoloji stereo video araçları uygulamalı bilim ve yönetim bağlamlarda dönen entegrasyon kolaylaştıracaktır.

2013 ve 2014 arasında 816 Araştırmaları Merkezi California Sahili ve 20'den fazla türü üzerinde toplanan MaxN ve % 95'i Z mesafe (şekil 4) veri boyunca dönen stereo-video Lander (şekil 1) ile yürütülen. Türler, büyük olasılıkla türün boyutu, şekli ve rengi (şekil 5) etkileşim nedeniyle görülmektedir tespit etkili aralığında açık desenleri vardı. Örneğin, farklı mesafelerde karşılaştırılabilir büyüklü...

Balıklar sayma ve göreli bolluk (MaxN) ve stereo-video kamera sistemleri dönen kullanarak balık yoğunluğu tahmin için yeni bir yöntem açıklanmaktadır. Ayrıca kamera (Z mesafe) mesafeden species-specific algılama tahmin etmek için nasıl kullanılacağını göstermektedir.

Sualtı Stereo video araçları kullanarak balık yoğunluğu miktarının için yeni yöntemler geliştirilmesi

The use of video camera systems in ecological studies of fish continues to gain traction as a viable, non-extractive method of measuring fish lengths and ...

Bu video analiz tekniğinin genel amacı, derin kayalık habitatlardaki balıkların yoğunluğunu, ortalama uzunluğunu ve tür kompozisyonunu daha doğru bir şekilde tahmin etmektir. Bu yöntem, derin su kayalık resiflerinde yaşayan türlerin bolluğu ve büyüklük dağılımı gibi balıkçılık yönetimi alanındaki temel soruların yanıtlanmasına yardımcı olabilir. Bu tekniğin temel avantajı, balıkları ortamdan çıkarmadan daha doğru yoğunluk tahminleri sağlamasıdır.Bu yordamdan önce, metin protokolünde belirtildiği gibi alan verilerini toplayın. Stereofotogrametride, kameraların tam göreceli konumunu bilmek, doğru ölçümler için önemlidir. Doğru kalibrasyon bu süreçte önemli bir adımdır.Saha çalışması tamamlandıktan sonra, hem video hem de kalibrasyon dosyalarını içeren yeni bir proje klasörü oluşturun. Stereo ölçüm yazılımında, Ölçüm, Yeni ölçüm dosyasına gidin. Resim'e giderek resim dizinini ayarlayın.Resim dizinini ayarlayın ve ardından tüm proje dosyalarını içeren klasörü seçin. Stereo, Kameralar, Sol'a gidin, ardından Kamera dosyasını yükle uygun sol kamera dosyasını seçmek ve yüklemek için. Doğru kamera dosyasını yüklemek yerine Sağ'ı seçerek bu işlemi tekrarlayın.Ardından, Resim, Film sırasını t

development-new-methods-for-quantifying-fish-density-using-underwater

Research

JoVE Journal

Environment

Çevre

Zebra balığının tek tek ve gruplarını izleyebilen bir 3D otomatik video sisteminin kullanımı anlatılmaktadır. Uygulama örneği olarak, NMDA reseptör antagonisti MK-801'in zebra balığı sürüleri üzerindeki etkilerini araştırıyoruz.

Yetişkin Zebra Balığının Bireysel ve Sürülerini Kaydetmek için Otomatik Bir 3D İzleme Sistemi Kullanma

Bu serbest zaman uyumlu bir duyusal içinde özel olarak tasarlanmış bir akvaryum tank içinde hem doğru ve güvenilir bir hayvanın elektrik organı deşarj zamanlaması, vücut konumu ve duruşu ölçülerek, uzun bir süre boyunca zayıf elektrik balık yüzme spontan davranışını incelemek için teknikler bir dizi tanımlamak izolasyon odası.

Serbestçe Yüzme Zayıf Elektrik Balık Uzun vadeli Davranış Takip

Balık davranışları üzerindeki çevresel kirleticilerin etkilerini ölçülmesi genellikle sübjektif ve öldürücü bitiş noktaları ile uğraşırken özellikle zorlu olduğunu. Biz sırasında ve bakır çeşitli konsantrasyonlarda 96 saat akut maruz kalma sonrası erken yaşam evresi beyaz mersin (Acipenser transmontanus) yüzme davranışlarını ölçmek için video teknolojisi de dahil olmak üzere yöntemler açıklanmaktadır.

Bilgisayar Destekli Video ve Dijital Görüntü Analizi Sulu Bakır Akut Maruz Cevabı Balık Yüzme Davranışı nicel

Temel görüntü etüt deniz çevresinin örnek için giderek daha pratik, non-invaziv bir yöntemdir. Biz bereket tahminleri bir damla kamera anket Protokolü ve Atlantik deniz tarak (Placopecten magellanicus) dağılımı mevcut. Biz nasıl bu iletişim kuralı uygulama diğer bentik macroinvertebrates için genelleştirilmiş tartışıyorlar.

Yansıma tabanlı anketler bentik Macroinvertebrates ve onların oturmaya elverişli için Atlantik deniz tarak tarafından açılan kamera anket örneği için yöntemleri

Burada, davranışları ve hayati bir mechanosensory sistem boyama yöntemleri için yüksek üretilen iş çalışma Meksika cavefish bir dizi mevcut. Bu yöntemler davranışları çalışmaları için pratik ve düşük maliyetli bir yöntem sağlayan ücretsiz yazılım ve özel komut dosyalarını kullanın.

Davranışsal izleme ve Meksika Cavefish Neuromast görüntüleme

3D modeller ve ortomozaikler oluşturmak için sualtı hareketten yapı fotogrametri araştırmaları yapmak için ayrıntılı bir protokol sağlıyoruz.

Yapı-hareket-hareket-fotogrametri kullanarak bentik ekosistemleri izlemek için bir alan astarı

Burada, ekolojik veri çıkarma, analiz ve uygulama için hazır coğrafi referanslı ve zaman serisi hizalı çıktılarla sonuçlanan, önemli ölçüde basitleştirilmiş ve tam otomatik bir görüntü işleme boru hattı da dahil olmak üzere, su altı fotogrametri verilerinin toplanması ve işlenmesi için bir protokol sunulmaktadır.

Reefshape: Bentik Habitat İzleme için Zaman Serisi Sualtı Fotogrametri Verilerinin Verimli Bir Şekilde Toplanması ve Otomatik İşlenmesi için Bir Sistem

Bu protokol, mercan resifi toplulukları için yapısal karmaşıklık, topluluk bileşimi ve nüfus demografisi ölçümlerini çıkarmak için kullanılan dört aşamalı bir geniş alan görüntüleme anketi metodolojisini kapsar. Toplanan görüntülerin kalitesi ve kaynak görüntülere entegre erişim, protokolün her adımında önceliklendirilir.

Geniş Alan Görüntüleme ile Sualtı Ortamlarının Yapısının, Bileşiminin ve Değişiminin Ölçülmesi

Çalışma, hareketli zebra balıklarında anestezisiz kalp atışı ölçümleri için teknoloji geliştirmeyi amaçlamaktadır. Yaklaşımımız, kısa dalga-kızılötesi görüntüleme ve kalbin makine öğrenimi tabanlı takibini birleştirir. Zebra balığı modeli üzerine çok çeşitli çalışmalara uygun, invaziv olmayan, etiketsiz ve kullanıcı dostu bir tekniktir.

Serbestçe Hareket Eden Zebra Balıklarında Anestezisiz Kalp Atışı Ölçümleri

Optik traol araştırmaları, yeraltı balıkları popülasyonlarını örneklemek için istilacı olmayan bir yöntem sunar ve geleneksel traol araştırmalarına göre daha ince ölçekli veriler sağlar. Bu makale, New England'daki yeraltı balıklarının optik trawl incelemesi için genel bir prosedür sunmaktadır.

Yeraltı balıklarının Optik Trol Araştırmaları: Batı Maine Körfezi Atlantik Morina (Gadus morhua) Video Trol Araştırması

Çok odalı sosyal tercih görevleri, kemirgenlerden zebra balıklarına uyarlanmış ve model organizmalarda sosyal davranışın incelenmesini kolaylaştırmıştır. Bu protokol, web kameraları ve açık kaynak yazılımları kullanarak zebrafishin sosyal tercihlerini ölçmek için düşük maliyetli 3 odalı açık tank görevini doğrularak lisans araştırma ve öğretimine erişilebilir hale getirir.

Zebrabalıkta (Danio rerio) 3 odalı açık tankta serbest yüzme görevi kullanılarak sosyal tercihi incelemek için düşük maliyetli alternatif

Keşfedin, dönen stereo-video kameralar kullanarak derin kayalık habitatlarda balık yoğunluğunu ve tür kompozisyonunu tahmin etme yöntemini. Bu teknik, balıkları çıkarmadan doğru yoğunluk tahminleri sağlar.

Sualtı Stereo video araçları kullanarak balık yoğunluğu miktarının için yeni yöntemler geliştirilmesi

Daha fazla video keşfet