Name: Kombine Tek Çekirdekli RNA Dizileme ve ATAC-Dizileme ve Toplu Metabolomikler için Donmuş İnsan Olmayan Primat Fetal Adacıklarının Hazırlanması (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2024-11-08T12:40:00.000+00:00
Duration: 3 min 39 s
Description: Öğrenin, donmuş insan olmayan primat fetal adacıklarından RNA ve ATAC dizileme ile metabolomik analiz için nükleus izolasyonu yöntemini. Bu protokol, metabolizma ve genomik etkileşimleri kapsamlı şekilde anlamanıza yardımcı olur.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<meta charset="utf8"></head><body>RNA'dan Metabolitlere: İnsan Dışı Primat Fetal Adacıklarının Multi-Omic Profillemesi

<ol><li>Christensen, A. A., Gannon, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+beta+cell+in+type+2+diabetes%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Diab+Rep%22%5BJournal%5D)">The beta cell in type 2 diabetes.</a> Curr Diab Rep. 19 (9), 81(2019).</li>
<li>Elsakr, J. M., Gannon, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Developmental+programming+of+the+pancreatic+islet+by%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+Dev+Biol%22%5BJournal%5D)">Developmental programming of the pancreatic islet by.</a> Trends Dev Biol. 10, 79-95 (2017).</li>
<li>Salzberg, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Risk+factors+and+lifestyle+interventions%5BTitle%5D)+AND+%22Prim+Care%22%5BJournal%5D)">Risk factors and lifestyle interventions.</a> Prim Care. 49 (2), 201-212 (2022).</li>
<li>Pound, L. D., Kievit, P., Grove, K. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+non-human+primate+as+a+model+for+type+2+diabetes%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Opin+Endocrinol+Diabetes+Obes%22%5BJournal%5D)">The non-human primate as a model for type 2 diabetes.</a> Curr Opin Endocrinol Diabetes Obes. 21 (2), 89-94 (2014).</li>
<li>Kang, R. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-nucleus+RNA+sequencing+of+human+pancreatic+islets+identifies+novel+gene+sets+and+distinguishes+%CE%B2-cell+subpopulations+with+dynamic+transcriptome+profiles%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Med%22%5BJournal%5D)">Single-nucleus RNA sequencing of human pancreatic islets identifies novel gene sets and distinguishes β-cell subpopulations with dynamic transcriptome profiles.</a> Genome Med. 15 (1), 30(2023).</li>
<li>Basile, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Using+single-nucleus+RNA-sequencing+to+interrogate+transcriptomic+profiles+of+archived+human+pancreatic+islets%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Med%22%5BJournal%5D)">Using single-nucleus RNA-sequencing to interrogate transcriptomic profiles of archived human pancreatic islets.</a> Genome Med. 13 (1), 128(2021).</li>
<li>Cabé, C. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High-quality+brain+and+bone+marrow+nuclei+preparation+for+single+nuclei+multiome+assays%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">High-quality brain and bone marrow nuclei preparation for single nuclei multiome assays.</a> J Vis Exp. (202), e65715(2023).</li>
<li>Nuclei from embryonic mouse brain for single cell multiome ATAC + gex sequencing. , Available from: 
 <a target="_blank" href="https://www.10xgenomics.com">https://www.10xgenomics.com</a> (2022).</li>
<li>Elsakr, J. M., Deeter, C., Ricciardi, V., Gannon, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Analysis+of+non-human+primate+pancreatic+islet+oxygen+consumption%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Analysis of non-human primate pancreatic islet oxygen consumption.</a> J Vis Exp. (154), e60696(2019).</li>
<li>Chromium next gem single cell multiome ATAC + gene expression reagent kits user guide. , Available from: 
 <a target="_blank" href="https://www.10xgenomics.com">https://www.10xgenomics.com</a> (2022).</li>
<li>Maruyama, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Extraction+of+aqueous+metabolites+from+cultured+adherent+cells+for+metabolomic+analysis+by+capillary+electrophoresis-mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Extraction of aqueous metabolites from cultured adherent cells for metabolomic analysis by capillary electrophoresis-mass spectrometry.</a> J Vis Exp. (148), e59551(2019).</li>
<li>Ooga, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Metabolomic+anatomy+of+an+animal+model+revealing+homeostatic+imbalances+in+dyslipidaemia%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Biosyst%22%5BJournal%5D)">Metabolomic anatomy of an animal model revealing homeostatic imbalances in dyslipidaemia.</a> Mol Biosyst. 7 (4), 1217-1223 (2011).</li>
<li>Ohashi, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Depiction+of+metabolome+changes+in+histidine-starved+Escherichia+coli+by+CE-TOFMS%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Biosyst%22%5BJournal%5D)">Depiction of metabolome changes in histidine-starved Escherichia coli by CE-TOFMS.</a> Mol Biosyst. 4 (2), 135-147 (2008).</li>
<li>Chiou, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+chromatin+accessibility+identifies+pancreatic+islet+cell+type%E2%80%93+and+state-specific+regulatory+programs+of+diabetes+risk%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Genetics%22%5BJournal%5D)">Single-cell chromatin accessibility identifies pancreatic islet cell type– and state-specific regulatory programs of diabetes risk.</a> Nat Genetics. 53 (4), 455-466 (2021).</li>
<li>Pang, Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Metaboanalyst+6.0%3A+Towards+a+unified+platform+for+metabolomics+data+processing%2C+analysis+and+interpretation%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">Metaboanalyst 6.0: Towards a unified platform for metabolomics data processing, analysis and interpretation.</a> Nucleic Acids Res. , 253(2024).</li>
<li>Willency, J. A., Lin, Y., Pirro, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Targeted+metabolomics+in+human+and+animal+biofluids+and+tissues+using+liquid+chromatography+coupled+with+tandem+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22STAR+Protoc%22%5BJournal%5D)">Targeted metabolomics in human and animal biofluids and tissues using liquid chromatography coupled with tandem mass spectrometry.</a> STAR Protoc. 5 (1), 102884(2024).</li>
<li>Behnke, J. -S., Urner, L. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Emergence+of+mass+spectrometry+detergents+for+membrane+proteomics%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Bioanal+Chem%22%5BJournal%5D)">Emergence of mass spectrometry detergents for membrane proteomics.</a> Anal Bioanal Chem. 415 (18), 3897-3909 (2023).</li>
<li>Ouimet, C. M., D'amico, C. I., Kennedy, R. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Advances+in+capillary+electrophoresis+and+the+implications+for+drug+discovery%5BTitle%5D)+AND+%22Expert+Opin+Drug+Discov%22%5BJournal%5D)">Advances in capillary electrophoresis and the implications for drug discovery.</a> Expert Opin Drug Discov. 12 (2), 213-224 (2017).</li>
<li>Alexandrov, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatial+metabolomics+and+imaging+mass+spectrometry+in+the+age+of+artificial+intelligence%5BTitle%5D)+AND+%22Annu+Rev+Biomed+Data+Sci%22%5BJournal%5D)">Spatial metabolomics and imaging mass spectrometry in the age of artificial intelligence.</a> Annu Rev Biomed Data Sci. 3, 61-87 (2020).</li>
<li>Ewald, J. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Web-based+multi-omics+integration+using+the+analyst+software+suite%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Protoc%22%5BJournal%5D)">Web-based multi-omics integration using the analyst software suite.</a> Nat Protoc. 19, 1467-1497 (2024).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>33 G sıçan beyin kanülü enjektörü</td><td>Protech International</td><td>8IC315IS5SPC</td><td>Kanal kanülasyonu ve pankreas şişirme için</td></tr><tr><td>Penisilin / Streptomisin</td><td>Fisher</td><td>15-140-122</td><td>RT ortamı için</td></tr><tr><td>FBS</td><td>Millipore / Sigma</td><td>F4135-500ML</td><td>RT ortamı için</td></tr><tr><td>RPMI 1640</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>11-875-135</td><td>RT ortamı</td></tr><tr><td>için Kollajenaz P</td><td>Sigma Aldrich</td><td>11213865001</td><td>Pankreasın sindirimi için</td></tr><tr><td>Sığır Dnase I</td><td>Sigma Aldrich</td><td>11284932001</td><td>RT ortamı ve izolasyon için</td></tr><tr><td>Dekstroz</td><td>Fisher</td><td>D16-1</td><td>Nihai konsantrasyon 2,8 mM olacaktır</td></tr><tr><td>Kalsiyum Klorür</td><td>Fisher</td><td>C4901-500G</td><td>Nihai konsantrasyon 0,5 mM olacaktır</td></tr><tr><td>HEPES</td><td>Gibco</td><td>15630-080</td><td>Final konsantrasyon 10 mM olacaktır</td></tr><tr><td>Sığır Serum Albümini (BSA) Fraksiyon 5</td><td>Araştırma Ürünleri Uluslararası</td><td>A30075100</td><td>Nihai konsantrasyon 0.5 mg / mL olacaktır</td></tr><tr><td>Dulbecco'nun Modifiye Kartal Ortamı</td><td>Gibco</td><td>11966025</td><td>Adacıkları elle toplamak için</td></tr><tr><td>20x Çekirdek Tamponu</td><td>10X Genomik</td><td>2000153/2000207</td><td></td></tr><tr><td>Digitonin (%5)</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>BN2006</td><td>Digitonin'in 65 ° C'ye ısıtılması gerekebilir; Beyaz çökeltiyi çözmek için C</td></tr><tr><td>MACS SmartStrainers (30 & mikro; M)</td><td>Miltenyi Biotec</td><td>130-098-458</td><td></td></tr><tr><td>MACS BSA Stok Çözeltisi (%10)</td><td>Miltenyi Biotec</td><td>130-091-376</td><td></td></tr><tr><td>IGEPAL CA-630</td><td>Sigma Aldrich</td><td>i8896</td><td>MilliQ su kullanarak %10'luk bir stok hazırlayın</td></tr><tr><td>Trizma Hidroklorür Çözeltisi, pH 7.5</td><td>Sigma Aldrich</td><td>T2319-1L</td><td></td></tr><tr><td>Sodyum Klorür Çözeltisi, 5 M</td><td>Sigma Aldrich</td><td>S6546-1L</td><td></td></tr><tr><td>Magnezyum Klorür Çözeltisi, 1 M</td><td>Sigma Aldrich</td><td>M1028-100mL</td><td></td></tr><tr><td>Sigma Koruyucu Rnaz inhibitörü</td><td>Sigma Aldrich</td><td>3335402001</td><td></td></tr><tr><td>DTT</td><td>Araştırma Ürünleri Uluslararası</td><td>D11000-5.0</td><td></td></tr><tr><td>Rnase İçermeyen Tek Kullanımlık Pelet Havaneli</td><td>Fisher Scientific</td><td>12-141-368</td><td></td></tr><tr><td>Tween 20</td><td>Fisher Biyoreaktifleri</td><td>BP337-500</td><td>MilliQ su kullanarak %20'lik bir stok hazırlayın</td></tr><tr><td>Nükleaz İçermeyen Su</td><td>Promega</td><td>PR-P1193</td><td></td></tr><tr><td>DNA LoBind Tüpleri (5 mL)</td><td>Eppendorf</td><td>30108310</td><td></td></tr><tr><td>Kriyoviyaller (1,5 mL)</td><td>VWR</td><td>20170-225</td><td></td></tr><tr><td>Posi-Click Tüpler (0,6 mL)</td><td>Denville</td><td>C-2177</td><td></td></tr><tr><td>Tripan Mavisi (%0,4)</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>T-10282</td><td></td></tr><tr><td>Çift Odacıklı Hücre Sayma Slaytları</td><td>Bio-Rad</td><td>1450011</td><td></td></tr><tr><td>MiiliQ Ultra Saf Su Sistemi</td><td>Millipore/Sigma</td><td>7003/05/10/15</td><td></td></tr><tr><td>5 kDa kesme filtresi</td><td>HMT Metabolome Teknolojileri</td><td></td><td></td></tr><tr><td>İç Standartlar</td><td>HMT Metabolome Teknolojileri</td><td></td><td></td></tr><tr><td>P10, P20, P200 ve P1000 Pipetleri</td><td>Eppendorf</td><td>2231000602</td><td></td></tr><tr><td>Pipet Uçları, 10 & L</td><td>VWR</td><td>76322-528</td><td></td></tr><tr><td>Pipet Uçları, 1000 ve mikro; L</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>21-236-2A</td><td></td></tr><tr><td>Pipet Uçları, 20 & L</td><td>Genesee Scientific</td><td>23-404</td><td></td></tr><tr><td>Pipet Uçları, 200 & L</td><td>USA Scientific</td><td>1120-8810</td><td></td></tr><tr><td>Faz Kontrast Mikroskobu</td><td>Olympus</td><td>BX41-PH-B</td><td></td></tr><tr><td>Kontes II Otomatik Hücre Sayacı</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>AMQAX1000</td><td></td></tr><tr><td>DPBS (1x)&nbsp;</td><td>Gibco</td><td>14190-144</td><td></td></tr><tr><td>Allegra X-30R Santrifüj</td><td>Beckman-Coulter</td><td>B06315</td><td></td></tr><tr><td>RNase-ZAP</td><td>Sigma Aldrich</td><td>R2020</td><td></td></tr></tbody></table>

kombine tek Çekirdekli rna dizileme ve atac-dizileme ve toplu metabolomikler için donmuş İnsan olmayan primat fetal adacıklarının hazırlanması

Preparation of Frozen Non-Human Primate Fetal Islets for Combined Single Nuclei RNA-Sequencing and ATAC-Sequencing, and Bulk Metabolomics

Sıralama çıktılarının kalitesi büyük ölçüde nükleer girdinin kalitesine bağlıdır. Nükleer kanama ve dış nükleer zarın hasar görmesi, analizde ortam RNA ve DNA kontaminasyonuna neden olacak ve bu da verilerde gürültüye neden olacaktır. Saf bir nükleer ekstrakt, sitoplazmik bileşenlerle kapsüllenmiş çekirdekler (Şekil 2A) veya patlayan çekirdeklerle kanıtlanan aşırı sindirim (Şekil 2B) hakkında minimum kanıta sahip olacaktır. İdeal bir nükleer girdi, sağlam çekirdekler içerecektir (Şekil 2C).
Tek çekirdekli RNA ve ATAC dizileme verilerinin analizinin ayrıntıları, başka bir yerde kapsamlı bir şekilde sağlanmaktadır 5,14. Bir fetal NHP nükleer preparatından hücresel popülasyonların temsili kümeleri, Şekil 3A'da UMAP aracılığıyla gösterilmektedir. Metabolomik veriler, daha önce açıklandığı gibi açık kaynaklı yazılım kullanılarak kolayca analiz edilir15. Oluşturulan spektrumlar görselleştirilebilir ve WSD ile beslenen bir barajdan alınan bir fetüsün adacıklarındaki zenginleştirilmiş metabolitler, CD ile beslenen bir barajdakilerle karşılaştırılabilir (Şekil 3B-F).
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66849/66849fig01.jpg"> Şekil 1: Çekirdek ve sitozolik fraksiyonun izolasyonu için protokole genel bakış. Fetal pankreas adacıkları bankaya yatırıldı ve test gününe kadar -80 °C'de saklandı. Çekirdekler izole edildi ve tek çekirdekli RNA ve ATAC dizilimi için kullanıldı. Çekirdek izolasyonunun ilk yıkamasını takiben sitozolik fraksiyon, kılcal elektroforez-kütle spektrometresi için tutuldu. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66849/66849fig01large.jpg" target="_blank">Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66849/66849fig02.jpg"> Şekil 2: Tek çekirdekli multiomik teste uygun çekirdek girişinin gösterilmesi. (A) Sitoplazma ile kapsüllenmiş çekirdek, (B) Riskli nükleer zara sahip patlayan çekirdek ve (C) Yuvarlak morfolojiye sahip sağlam çekirdek örnekleri. Ölçek çubukları: 10 μm. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66849/66849fig02large.jpg" target="_blank">Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>
<img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66849/66849fig03.jpg"> Şekil 3: Kombine tek çekirdekli multiomik ve toplu metabolomiklerden elde edilen temsili veriler. (Bir) Gen ekspresyonuna dayalı olarak izole fetal NHP adacıkları içinde hücresel alt tiplerin UMAP kümelenmesi. Baraj bir WSD (mWSD) veya bir CD (mCD) ile beslendiğinde izole edilmiş fetal NHP adacıklarından sitozolik fraksiyondaki glikolitik metabolitlerin, (B) Dihidroksiaseton fosfat ve (C) Gliserol-3-fosfatın kantitatif tahmini. Maternal diyet ayrıca (D) sitrik asit döngüsü (2-oksoglutarat), (E) amino asit metabolizması (kreatin) yoluyla ve fetal adacıklarda (F) hücresel redoks durumunu (glutatyon) değiştirerek metabolizmayı farklı şekilde düzenleyebilir. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66849/66849fig03large.jpg" target="_blank">Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.</a>
Tablo 1: Çekirdeklerin izolasyonu için tampon formülasyonları. Çekirdek, lizis, lizis seyreltme ve yıkama tamponlarının ayrıntılı bileşenleri gösterilmiştir. Gerekirse, tamponu hazırlamadan önce reaktifleri stok konsantrasyonuna seyreltin. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66849/66849_Table%201.xlsx" target="_blank">Bu Tabloyu indirmek için lütfen buraya tıklayın.</a>

Kombine Tek Çekirdekli RNA Dizileme ve ATAC-Dizileme ve Toplu Metabolomikler için Donmuş İnsan Olmayan Primat Fetal Adacıklarının Hazırlanması

One challenge in studies using tissue collected from multiple cohorts is avoiding batch effects when preparing for large-scale multi-omic experiments, ...

preparation-frozen-non-human-primate-fetal-islets-for-combined-single

Research

JoVE Journal

Developmental Biology

Gelişim Biyolojisi

Burada, hızlı bir şekilde yüksek kaliteli çekirdekleri aşağı akım kitlesel paralel RNA sıralama için taze veya dondurulmuş dokusundan izole etmek için bir iletişim kuralı mevcut. İkisi de çekirdek yalıtımı için kullanılan deterjan-mekanik ve mekanik hipotonik doku bozulma ve hücre lizis seçenekleri, içerir.

Yetişkin omurilik çekirdeği yalıtım kitlesel paralel tek-çekirdek RNA sıralama için

Burada, bir damlacık bazlı mikrofluidik tek hücreli RNA sıralama teknolojisini kullanarak izole insan pankreatik izletden tek hücrelerin yüksek kaliteli, büyük ölçekli transkriptom veri oluşturmak için bir protokol sunuyoruz.

Insan pankreatik Izletinin tek hücreli RNA sıralaması ve Analizi

Bu yayın, çekirdeklerin olgun adipositlerden izole edilmesi, floresan-aktive sıralama ile arınma ve tek hücre düzeyinde transkripsiyon için bir protokol açıklar.

Tek Hücreli Genomik Uygulamalar için Yağ Dokusu Çekirdeklerinin İzolasyon

Tümör içi heterojenlik gliomalar da dahil olmak üzere tümörlerin doğal bir özelliğidir. Tek çekirdek RNA ve ATAC dizileme çalışmaları için tek çekirdekleri taze donmuş glioma dokularından izole etmek için tamponlar ve gradyan santrifüjleme kombinasyonunu kullanan basit ve verimli bir protokol geliştirdik.

Tek Çekirdekli RNA-seq ve ATAC-seq için Taze Donmuş Beyin Tümörlerinden Çekirdek İzolasyonu

Burada, yazarlar fenotipleme için MULTI-seq'in ve daha sonra retinadaki transkriptomik ve kromatin erişilebilirlik profillerini karakterize etmede eşleştirilmiş scRNA-seq ve scATAC-seq'in faydasını göstermektedir.

scRNA-Seq ve scATAC-Seq Kullanarak Retinal Gen Ekspresyonu ve Kromatin Erişilebilirliğinin Multipleks Analizi

İnsan astrosit popülasyonlarını aşağı akış moleküler analizlerinde kullanılmak üzere taze dondurulmuş dokudan zenginleştiren ve izole eden bir yöntem geliştirdik.

Floresan Aktive Edilmiş Çekirdekler Ayıklama Kullanılarak Yetişkin İnsan Astrosit Popülasyonlarının Taze Dondurulmuş Korteksten İzolasyonu

Burada, tek çekirdekli RNA-seq, ATAC-seq ve eklem multiomikleri (RNA-seq ve ATAC-seq) için flaş dondurulmuş, arşivlenmiş karaciğer dokularından çekirdekleri izole etmek için bir protokol sunuyoruz.

Tek Hücreli Multiomikler için Flaş Dondurulmuş Karaciğer Dokusundan Çekirdeklerin İzolasyonu

Nükleer floresan etiketlemeli transgenik muhabir farelerden izole edilen yağ dokuları ile çekirdek sıralama kullanarak özellikle adipositler üzerinde yüksek verimli dizileme (ATAC-seq) ile transpozaz erişilebilir kromatin için bir test protokolü sunuyoruz.

Floresan Aktif Çekirdek Ayıklama Kullanarak Yağ Dokuları ile Adiposit-Spesifik ATAC-Seq

Burada, hücre çekirdeği hazırlığını tanımlayan bir protokol sunuyoruz. Kardiyak dokunun mikrodiseksiyonu ve enzimatik ayrışmasından sonra, progenitör hücreler donduruldu, ardından tek çekirdekli RNA dizilimi için kullanılan saf canlı hücrelerin izolasyonu ve yüksek verimli dizileme analizleri ile transpozaz erişilebilir kromatin için tek çekirdekli tahlil yapıldı.

Epigenom ve Tek Hücre Çözünürlüğünde Gen Ekspresyon Profillemesi için Fare Kardiyak Progenitör Hücrelerinden Çekirdek İzolasyonu

Çalışma, aşağı akış tek çekirdekli RNA dizilimi için donmuş memeli dokularından yüksek kaliteli çekirdekleri izole etmek için basit, hızlı ve kısmen otomatikleştirilmiş bir protokolü açıklamaktadır.

Tek Çekirdek Dizilimi için Donmuş Memeli Dokularından Tek Çekirdeklerin İzolasyonu için Basit, Hızlı ve Kısmen Otomatik Bir Protokol

İntermüsküler yağ dokusunun (IMAT) biyolojisi, insan dokusunun sınırlı erişilebilirliği nedeniyle büyük ölçüde keşfedilmemiştir. Burada, bu benzersiz yağ deposunun hücresel bileşimini tanımlamak için tek çekirdekli RNA dizilimi için donmuş insan IMAT'ının çekirdek izolasyonu ve kütüphane hazırlığı için ayrıntılı bir protokol sunuyoruz.

İnsan İntermüsküler Yağ Dokusundan Çekirdeklerin İzolasyonu ve Aşağı Akış Tek Çekirdekli RNA Dizilemesi

Öğrenin, donmuş insan olmayan primat fetal adacıklarından RNA ve ATAC dizileme ile metabolomik analiz için nükleus izolasyonu yöntemini. Bu protokol, metabolizma ve genomik etkileşimleri kapsamlı şekilde anlamanıza yardımcı olur.

Kombine Tek Çekirdekli RNA Dizileme ve ATAC-Dizileme ve Toplu Metabolomikler için Donmuş İnsan Olmayan Primat Fetal Adacıklarının Hazırlanması (Video) | JoVE Journal

Kombine Tek Çekirdekli RNA Dizileme ve ATAC-Dizileme ve Toplu Metabolomikler için Donmuş İnsan Olmayan Primat Fetal Adacıklarının Hazırlanması

Daha fazla video keşfet