Küçük Hücreli Dışı Akciğer Kanserinde Hedeflenebilir Değişikliklerin Yeni Nesil Dizileme Kullanılarak Saptanması
10 Ekim 2025
Bu protokol, küçük hücreli dışı akciğer kanseri (KHDAK) formalinle sabitlenmiş parafine gömülü dokularda hedeflenebilir genomik değişiklikleri tespit etmek için otomatik, ISO15189 onaylı yeni nesil dizileme iş akışını açıklar.
Araştırmam, tanı ve tedaviyi iyileştirmek için kanserde genetik mutasyonları keşfediyor. Başlamak için, örnek bilgilerini Laboratuvar Bilgi Yönetim Sistemi'ne kaydedin ve gen mutasyonu testi için bilgilendirilmiş onay formunu doldurun. Tek kullanımlık mikrotom bıçakları kullanılarak, küçük hücreli olmayan akciğer kanserinden kesitler, resmi ve sabit parafin gömülü örnekler.
Daha sonra tümör hücre içeriğini değerlendirmek için rutin hematoksilin ve eozin boyama işlemi yapılabilir. Nükleik asit ekstraksiyonu için, mikrotom kullanılarak resmi ve sabit parafin gömülü bloğu keserek bir kurdele elde edin ve şeridi 1,5 mililitrelik bir mikrosantrifüj tüpüne yerleştirin. Tüpü otomatik çıkarma cihazında belirlenen örnek giriş noktasına aktarın.
Sonra, otomatik çıkarma kitiyle otomatik çıkarma cihazı kullanın. Manuel pipetleme adımlarını otomatik manyetik boncuk nüklein asit çıkarma sistemi ile değiştirin. Sonra enstrümanda C1102 programını seçin.
Numune de-waxing kuluçka süresini 16 saat olarak seçin ve elucian hacmini 100 mikrolitre ayarlayın. DNA saflığını doğrulamak için spektrofotometri kullanın. Daha sonra, kesin DNA konsantrasyon ölçümü için florometrik bir test yapmak için dizisine özgü floresan boyalar içeren bir tespit kitini kullanın.
Ultrasonik kullanarak parçalanmış genomik DNA hazırlamak için, 200 nanogram genomik DNA 50 mikrolitre düşük tris-EDTA tamponunda karıştırın. Numune tüpünü önceden soğutulan, sekiz derece Celsius sıcaklığında tutulan bir numune rafına yerleştirin. Protokole göre enstrüman parametrelerini ayarlayın ve DNA parçalanmasını başlatın.
Otomatik kütüphane hazırlığını başlatmak için, sistemi etkinleştirmek için güç düğmesine basın ve başlatmanın tamamlanmasını bekleyin. Program ayarlarına gidin, çalıştırma protokolünü seçin ve BurningRock HS protokolünü seçin. Örnek türünü yüksek kaliteli DNA'ya, giriş miktarı nanogramı 50'ye, pre-PCR döngülerini 12'ye ve post-PCR döngülerini 12'ye ayarlayın. Sonra devam etmek için Run'a tıklayın.
Daha sonra önceden paketlenmiş reaktif kartuşunu enstrumanın belirlenen yuvasına yerleştirir; bu da reaktifan yerleşimi ve durumunu otomatik olarak doğrular. Örnekler yüklendikten sonra, otonom çalıştırmayı başlatmak için start tuşuna basın. Sistemdeki LED göstergeleri takip ederek ilerlemeyi takip edin.
Program bittikten sonra onaylamak için OK tuşuna tıklayın ve sistem son kütüphaneyi otomatik olarak kütüphane tüpüne aktararak kütüphane hazırlığını tamamlar. Hem pre-kütüphane hem de toplam kütüphanenin konsantrasyonunu florometri kullanarak ölçün. Dizileme kütüphanesini dizileme işlemleri için 1.6 pikomolar ve 1300 mikrolitre kadar seyreltin.
Dizileme ortamını, iç mekan sıcaklığı ve nem korunarak kontrol edin. Cihaz çıkış verilerinin tam kalite kontrolü, temel kalite kalitesinin Q 30'un üzerinde ve küme yoğunluk geçirim filtresi doğrulanması. Optimize edilmiş tespit iş akışı, temsil tümör örneklerinde birkaç klinik olarak uygulanabilir genomik değişikliği güvenilir şekilde tespit etti.
Dizileme sonuçları yüksek frekanslı EGFR p gösterdi. L858R yanlış algı mutasyonu, önemli bir EGFR gen kopya sayı artışıyla birlikte gerçekleşir. MET geninin orta derecede amplifikasyonu gözlemlendi ve BRAF geninin düşük seviyede amplifikasyonu gözlemlendi.
Örnek, ara tümör mutasyon yükü ve mikrosatellit stabil durumu gösterdi. ALK, BRAF, KRAS ve ROS1 dahil tüm hedef gen lokusları, dört çoğaltılan deneyde %100 tespit oranı elde etti. Her mutasyon dört tekrarlanan deneyde tutarlı şekilde tespit edildi; beklenen bolluk değerleri normal dalgalanma aralığında kaldı; NJS, yaygın, nadir ve yeni genleri aynı anda tespit ederek küçük hücreli olmayan akciğer kanseri için sıkıştırıcı genetik profil sağlar.
Gelecekteki araştırmalarımız, moleküler patolojiyi yapay zeka ile birleştirerek akciğer kanseri için yeni biyobelirteçleri keşfetmeye odaklanacak.
Tam transkripti görüntüleyin ve binlerce bilimsel videoya erişin
Genel Bakış
Bu protokol, non-küçük hücreli akciğer kanseri (NSCLC) formalin ile sabitlenmiş parafin yerleştirilmiş dokularında hedeflenebilir genomik değişiklikleri tespit etmek için otomatikleştirilmiş, ISO15189 onaylı bir sonraki nesil dizileme iş akışını tanımlamaktadır. Süreç, numune kaydını, kesme işlemini ve nükleik asit ekstraksiyonunu içerir.
Çalışmanın Temel Bileşenleri
Bilim Alanı
- Onkoloji
- Genomik
- Patoloji
Arka Plan
- Non-küçük hücreli akciğer kanseri (NSCLC) yaygın bir akciğer kanseri türüdür.
- Genomik değişikliklerin tanımlanması, hedefe yönelik tedaviler için kritik öneme sahiptir.
- Formalin ile sabitlenmiş parafin yerleştirilmiş dokular sıklıkla kanser araştırmalarında kullanılmaktadır.
- Otomatikleştirilmiş iş akışları, genomik testlerde verimliliği ve doğruluğu artırabilir.
Çalışmanın Amacı
- NSCLC numuneleri için güvenilir bir dizileme iş akışı oluşturmak.
- Hedeflenebilir genomik değişikliklerin tespitini geliştirmek.
- ISO15189 standartlarına uygunluğu sağlamak.
Kullanılan Yöntemler
- Numune bilgilerini Laboratuvar Bilgi Yönetim Sistemine kaydedin.
- Formalin ile sabitlenmiş parafin yerleştirilmiş numunelerden mikrotom bıçakları kullanarak kesitler alın.
- Tümör hücre içeriğini değerlendirmek için rutin hematoksilin ve eozin boyama yapın.
- Otomatik bir ekstraksiyon cihazı kullanarak nükleik asitleri çıkartın.
Ana Sonuçlar
- NSCLC numunelerinden nükleik asitlerin başarılı bir şekilde çıkartılması.
- Hedeflenebilir değişiklikler için yüksek kaliteli genomik verilerin elde edilmesi.
- İş akışının ISO15189 akreditasyonu ile uyumluluğunun gösterilmesi.
- NSCLC tedavisi için gelişmiş teşhis yetenekleri.
Sonuçlar
- Otomatikleştirilmiş dizileme iş akışı NSCLC için etkilidir.
- ISO15189'a uygunluk sonuçların güvenilirliğini artırır.
- Bu protokol diğer kanser türleri için uyarlanabilir.
Sıkça Sorulan Sorular
Executive Industry Relevance
Comprehensive detection of actionable genomic alterations in non-small cell lung cancer (NSCLC) is critical for precision oncology and portfolio advancement. Automated, ISO15189-certified next-generation sequencing (NGS) workflows enable high-confidence identification of mutations, fusions, and amplifications, supporting robust target validation and risk-adjusted decision-making. Standardized, reproducible NGS processes reduce technical variability and accelerate translational research integration.
Strategic Applications in Biopharma R&D
Early Discovery & Target Validation
- Enables precise identification of driver mutations and gene amplifications for functional target validation.
- Supports biological de-risking by detecting both common and rare genomic alterations in NSCLC samples.
- Facilitates predictive confidence in target selection through rigorous quality control and replicate concordance.
Screening & Assay Development
- Prepares validated genomic profiles for downstream compound screening and biomarker assay development.
- Standardizes sample processing and library preparation to ensure reproducibility and quantitative reliability.
- Automated workflows minimize human error, supporting scalable and high-throughput screening readiness.
Translational & Preclinical Research
- Aligns molecular profiling with disease-relevant biomarkers for translational continuity in NSCLC research.
- Enables risk-adjusted advancement by providing comprehensive mutation and amplification data for preclinical models.
- Supports integration of molecular pathology and emerging biomarker discovery for future translational studies.
Pipeline & Workflow Integration
This NGS workflow bridges early discovery, target validation, and translational research by delivering high-fidelity genomic data from clinical NSCLC samples.
- Discovery Biology: Provides robust hypothesis testing and pathway clarification through comprehensive mutation detection.
- Screening: Delivers reproducible, quantitative genomic outputs suitable for assay development and compound evaluation.
- Analytics: Generates high-quality, statistically validated readouts for cross-condition comparison and decision support.
- Translational Research: Ensures biomarker alignment and continuity from discovery through preclinical validation in NSCLC.
- Enterprise Reuse: Establishes a standardized, scalable platform for ongoing molecular profiling across oncology portfolios.
Operational & Enterprise Impact
- Scientific Value: Increases predictive confidence and reduces mechanistic ambiguity in target selection.
- Operational Value: Enhances standardization, reproducibility, and throughput via automation and rigorous QC.
- Strategic Value: Improves go/no-go decisions and capital efficiency by providing reliable genomic data for portfolio triage.
- Portfolio Impact: Enables risk-adjusted prioritization and advancement of NSCLC and other oncology assets.
Implementation Considerations
- Requires expertise in molecular pathology, NGS instrumentation, and bioinformatics analysis.
- Demands access to automated extraction and library preparation systems with validated protocols.
- Necessitates cross-team standardization for sample input, QC thresholds, and data interpretation.
- Must adapt protocols for varying tumor cellularity and FFPE sample quality.
- Turnaround time and technical complexity remain practical considerations for clinical and translational deployment.
