Küçük Hücreli Dışı Akciğer Kanserinde Hedeflenebilir Değişikliklerin Yeni Nesil Dizileme Kullanılarak Saptanması

Araştırmam, tanı ve tedaviyi iyileştirmek için kanserde genetik mutasyonları keşfediyor. Başlamak için, örnek bilgilerini Laboratuvar Bilgi Yönetim Sistemi'ne kaydedin ve gen mutasyonu testi için bilgilendirilmiş onay formunu doldurun. Tek kullanımlık mikrotom bıçakları kullanılarak, küçük hücreli olmayan akciğer kanserinden kesitler, resmi ve sabit parafin gömülü örnekler.

Daha sonra tümör hücre içeriğini değerlendirmek için rutin hematoksilin ve eozin boyama işlemi yapılabilir. Nükleik asit ekstraksiyonu için, mikrotom kullanılarak resmi ve sabit parafin gömülü bloğu keserek bir kurdele elde edin ve şeridi 1,5 mililitrelik bir mikrosantrifüj tüpüne yerleştirin. Tüpü otomatik çıkarma cihazında belirlenen örnek giriş noktasına aktarın.

Sonra, otomatik çıkarma kitiyle otomatik çıkarma cihazı kullanın. Manuel pipetleme adımlarını otomatik manyetik boncuk nüklein asit çıkarma sistemi ile değiştirin. Sonra enstrümanda C1102 programını seçin.

Numune de-waxing kuluçka süresini 16 saat olarak seçin ve elucian hacmini 100 mikrolitre ayarlayın. DNA saflığını doğrulamak için spektrofotometri kullanın. Daha sonra, kesin DNA konsantrasyon ölçümü için florometrik bir test yapmak için dizisine özgü floresan boyalar içeren bir tespit kitini kullanın.

Ultrasonik kullanarak parçalanmış genomik DNA hazırlamak için, 200 nanogram genomik DNA 50 mikrolitre düşük tris-EDTA tamponunda karıştırın. Numune tüpünü önceden soğutulan, sekiz derece Celsius sıcaklığında tutulan bir numune rafına yerleştirin. Protokole göre enstrüman parametrelerini ayarlayın ve DNA parçalanmasını başlatın.

Otomatik kütüphane hazırlığını başlatmak için, sistemi etkinleştirmek için güç düğmesine basın ve başlatmanın tamamlanmasını bekleyin. Program ayarlarına gidin, çalıştırma protokolünü seçin ve BurningRock HS protokolünü seçin. Örnek türünü yüksek kaliteli DNA'ya, giriş miktarı nanogramı 50'ye, pre-PCR döngülerini 12'ye ve post-PCR döngülerini 12'ye ayarlayın. Sonra devam etmek için Run'a tıklayın.

Daha sonra önceden paketlenmiş reaktif kartuşunu enstrumanın belirlenen yuvasına yerleştirir; bu da reaktifan yerleşimi ve durumunu otomatik olarak doğrular. Örnekler yüklendikten sonra, otonom çalıştırmayı başlatmak için start tuşuna basın. Sistemdeki LED göstergeleri takip ederek ilerlemeyi takip edin.

Program bittikten sonra onaylamak için OK tuşuna tıklayın ve sistem son kütüphaneyi otomatik olarak kütüphane tüpüne aktararak kütüphane hazırlığını tamamlar. Hem pre-kütüphane hem de toplam kütüphanenin konsantrasyonunu florometri kullanarak ölçün. Dizileme kütüphanesini dizileme işlemleri için 1.6 pikomolar ve 1300 mikrolitre kadar seyreltin.

Dizileme ortamını, iç mekan sıcaklığı ve nem korunarak kontrol edin. Cihaz çıkış verilerinin tam kalite kontrolü, temel kalite kalitesinin Q 30'un üzerinde ve küme yoğunluk geçirim filtresi doğrulanması. Optimize edilmiş tespit iş akışı, temsil tümör örneklerinde birkaç klinik olarak uygulanabilir genomik değişikliği güvenilir şekilde tespit etti.

Dizileme sonuçları yüksek frekanslı EGFR p gösterdi. L858R yanlış algı mutasyonu, önemli bir EGFR gen kopya sayı artışıyla birlikte gerçekleşir. MET geninin orta derecede amplifikasyonu gözlemlendi ve BRAF geninin düşük seviyede amplifikasyonu gözlemlendi.

Örnek, ara tümör mutasyon yükü ve mikrosatellit stabil durumu gösterdi. ALK, BRAF, KRAS ve ROS1 dahil tüm hedef gen lokusları, dört çoğaltılan deneyde %100 tespit oranı elde etti. Her mutasyon dört tekrarlanan deneyde tutarlı şekilde tespit edildi; beklenen bolluk değerleri normal dalgalanma aralığında kaldı; NJS, yaygın, nadir ve yeni genleri aynı anda tespit ederek küçük hücreli olmayan akciğer kanseri için sıkıştırıcı genetik profil sağlar.

Gelecekteki araştırmalarımız, moleküler patolojiyi yapay zeka ile birleştirerek akciğer kanseri için yeni biyobelirteçleri keşfetmeye odaklanacak.