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Articles by Alexander Ulrich in JoVE
JoVE General
PAR -クリップ - RNA結合タンパク質のトランスクリプトーム全体の結合部位を同定する方法
1Howard Hughes Medical Institute, Laboratory of RNA Molecular Biology, Rockefeller University, 2Berlin Institute for Medical Systems Biology, Max-Delbrück-Center for Molecular Medicine, 3Biozentrum der Universität Basel and Swiss Institute of Bioinformatics (SIB), 4Biozentrum der Universität Basel and Swiss Institute of Bioinformatics (SIB), 5Genomics Resource Center, Rockefeller University
RNA転写物は、トランス作用RNA結合タンパク質（RBPs）の多数によって媒介される大規模な転写後調節の対象となります。ここでは正確にとトランスクリプトーム全体の規模でRBPsのRNA結合部位を同定するために一般化の方法を提示する。
Other articles by Alexander Ulrich on PubMed
エイズ関連病原体によって HIV エンベロープの抗原模倣。
1 つだけの広範囲の中和抗 hiv 抗体 2 12 の HIV エンベロープの糖認識しています。本研究では、我々 2 12 はまたカンジダとカンジダに対する環境高い親和性 （11 nmol の/l） を認識炭水化物依存相互作用 （50% 阻害濃度 d-フルクトース、12 ミリ モル/l の） を介して表示します。これは 2 12 によって定義されている HIV の炭水化物中和行列式が以前に認識より免疫原性, 微生物の表面の間でより広範囲であることを明らかに別の病原体との交差反応性を表示する中和 HIV 抗体の最初の報告です。
2 つの TRNASer 受容体幹結晶構造の重ね合わせ: 構造とリガンドと水和の比較。
我々 は 2 つ大腸菌大腸菌 tRNA(Ser) アクセプター幹 microhelices の x 線構造を解決しました。両方の Trna aminoacylated 同じ seryl tRNA 合成しているように、我々 らせんコンホメーション、水和パターンおよびマグネシウム結合部位を調査するために両方のデュプレックスの比較構造解析を行った。それはよく受け入れ、RNA の水和が RNA 蛋白質の相互作用に重要な役割を果たしていることと副溝の広範な溶媒コンテンツが RNA の特別な関数を持っていること。両方 tRNA(Ser) microhelices の詳細な比較は、tRNA のアミノアシル茎に関して周囲の水の分子構造の配置、isoacceptor の洞察を提供し、最終的にその原子分解能レベルの生物学的機能を理解する助けがあります。
PAR-CLIPによるRNA結合タンパク質とmicroRNAのターゲットサイトのトランスクリプトーム全体の識別
RNA転写産物は、RNA結合タンパク質（RBP）とマイクロRNAを含む細胞型に依存する形で表されるリボ核タンパク質複合体（miRNPs）数百人を含む転写後の遺伝子発現制御の対象となります。我々は、高解像度や携帯RBPsとmiRNPsのトランスクリプトーム全体の結合部位で決定するために、セルベースの架橋アプローチを開発しました。架橋部位は、4 - チオウリジン処理した細胞のRNPはを免疫精製から調製したcDNAでシチジン遷移にチミジンによって明らかにされています。我々はPUM2、QKI、IGF2BP1-3、AGO/EIF2C1-4とTNRC6A-Cを含むいくつかの熱心に研究RBPsとmiRNPsの結合部位および規制の影響を決定した。我々の研究は、これらの要因が定義された配列モチーフを含む何千ものサイトに結合し、エクソン対イントロンまたは非翻訳転写領域対コーディング異なる嗜好を持っていることを明らかにした。トランスクリプトーム間の結合部位の正確なマッピングは、個人とどのようにこれらの変動は複雑な遺伝性疾患への貢献の間の遺伝的変異に急速に新興のデータの解釈に重要である。
