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Articles by Jean Hausser in JoVE
JoVE General
PAR -クリップ - RNA結合タンパク質のトランスクリプトーム全体の結合部位を同定する方法
1Howard Hughes Medical Institute, Laboratory of RNA Molecular Biology, Rockefeller University, 2Berlin Institute for Medical Systems Biology, Max-Delbrück-Center for Molecular Medicine, 3Biozentrum der Universität Basel and Swiss Institute of Bioinformatics (SIB), 4Biozentrum der Universität Basel and Swiss Institute of Bioinformatics (SIB), 5Genomics Resource Center, Rockefeller University
RNA転写物は、トランス作用RNA結合タンパク質（RBPs）の多数によって媒介される大規模な転写後調節の対象となります。ここでは正確にとトランスクリプトーム全体の規模でRBPsのRNA結合部位を同定するために一般化の方法を提示する。
Other articles by Jean Hausser on PubMed
進化の保全と経路の解析を用いた MiRNA 目標の推論。
マイクロ Rna は細胞プロセスの様々 な重要な制御する遺伝子として浮上しているし、近年では、何百ものような遺伝子の動物で発見されています。対照的に、機能上の注釈のみ部分的にこれらの miRNAs のとこれらのケースの非常に小さい一部分のみ利用可能です。
ミール 375 正常膵アルファとベータ細胞塊を保持します。
変更後の成長と内分泌の膵臓の開発は、糖尿病に伴う高血糖の頻繁な原因です。ここでそのマイクロ Rna-高度の膵島で表した、375 （ミール-375) は通常のグルコースの恒常性が必要です.ミール-375 (375KO) に欠けているマウスは高血糖、展示断食合計膵臓 α 細胞の数は増加し血漿グルカゴンのレベルは、供給し、糖新生と肝臓のブドウ糖出力を増加します。さらに、膵臓のベータ細胞質量 375KO マウス障害の増殖の結果として減少です。対照的に、肥満マウス (ob/ob）、増加の β 細胞塊のモデルの膵島ミール 375 の発現増加を展示します。ミール-375 (375/ob) これらの動物からの遺伝子の欠失は深く内分泌の膵臓の増殖能力を減少し、重症糖尿病状態で起因しました。Bioinformatic の分析 375KO の小島からトラン スクリプト データのミール 375 を調節する細胞の成長と増殖を制御する遺伝子のクラスターを明らかにしました。これらのデータは、証拠がミール 375 通常グルコース恒常性、アルファとベータ細胞のターン オーバー、インスリン抵抗性のインスリンの需要の増加に応答適応ベータ細胞伸長のため必須です提供します。
MirZ: 統合マイクロ Rna 発現アトラスとターゲット予測リソース。
マイクロ Rna （Mirna） 劣化および蛋白質のコーディング Mrna の翻訳抑制のガイドとして機能する短い Rna です。作品の大きな体は、Mirna 新陳代謝へ、がん、心臓や免疫システムの機能、開発から、生物の機能の広い範囲の調節に関与していることを示した。以上のほとんどの機能はまだ人間のゲノムでエンコードされている 500 の miRNAs のままカバーされていません。MiRNAs 式セルの種類間または正常および病的条件の間で変更を識別するこれらの miRNAs によって標的に mRNAs の予測としてに向かって彼らの機能を特徴づける重要なステップです。コミュニティの miRNA の発現パターンと統合環境における Mirna の標的候補を対話的に探索の可能性を提供するには、www.mirz.unibas.ch でアクセス可能である、MirZ の web サーバーを開発しました。サーバー統計解析とデータマイニング ツールと予測 miRNA のターゲット ・ サイトの線虫からホモ ・ サピエンスに至るまでの種シーケンスに基づいて miRNA 発現プロファイルの最新のデータベースの動作を実験および計算生物学者を提供します。
配列および構造の機能からアルゴノート/EIF2C-マイクロ Rna 複合体の MRNA バインディングと MiRNA ターゲットの劣化の相対的寄与。
MiRNAs そのターゲット サイトを認識する方法を解決するために多くの実験と計算による研究を目指したパズルです。MiRNA の種子は、ペアリングの miRNA、3' UTR、相対位置および A/U コンテンツ推定されるサイトの環境の 3' 領域で追加の完璧な組み合わせなど、いくつかの機能は、関連する発見されています。ここで我々 多数以前に出版されたデータ セットの力を評価するためにその様々 なシーケンス使用して、構造の機能か推定上のサイトとそれらの機能が表示されていないの区別があります。我々 はこれらの機能の相対的な重要性のランキングに来るとき異なるデータ セットの広く異なった答えを与えるが、比較ゲノムからだけでなく、ほとんどのトランスクリプトミクス実験から推定されるサイトはこのレベルで同様に表示ことを発見しました。これは、mRNA 分解を誘発する能力の進化における miRNA のターゲット ・ サイトが選択されていることを示唆します。何ステップ miRNA 誘発応答で個々 の機能は、役割を果たすを理解するには、Mirna の人間 HEK293 細胞し、依のアルゴノート/EIF2C-miRNA 錯体ターゲット Mrna の協会とこれらのメッセージの分解分析します。我々 の 3' UTR A/U コンテンツなどのシーケンス機能が mRNA 分解の重要ですが、ターゲット サイトの構造の特徴のみアルゴノート/EIF2C 結合に重要なことがわかった。
PAR-CLIPによるRNA結合タンパク質とmicroRNAのターゲットサイトのトランスクリプトーム全体の識別
RNA転写産物は、RNA結合タンパク質（RBP）とマイクロRNAを含む細胞型に依存する形で表されるリボ核タンパク質複合体（miRNPs）数百人を含む転写後の遺伝子発現制御の対象となります。我々は、高解像度や携帯RBPsとmiRNPsのトランスクリプトーム全体の結合部位で決定するために、セルベースの架橋アプローチを開発しました。架橋部位は、4 - チオウリジン処理した細胞のRNPはを免疫精製から調製したcDNAでシチジン遷移にチミジンによって明らかにされています。我々はPUM2、QKI、IGF2BP1-3、AGO/EIF2C1-4とTNRC6A-Cを含むいくつかの熱心に研究RBPsとmiRNPsの結合部位および規制の影響を決定した。我々の研究は、これらの要因が定義された配列モチーフを含む何千ものサイトに結合し、エクソン対イントロンまたは非翻訳転写領域対コーディング異なる嗜好を持っていることを明らかにした。トランスクリプトーム間の結合部位の正確なマッピングは、個人とどのようにこれらの変動は複雑な遺伝性疾患への貢献の間の遺伝的変異に急速に新興のデータの解釈に重要である。
RNA 結合蛋白質の結合サイトを識別するためのクリップ方法の定量分析
架橋と免疫沈降 (クリップ) はますます使用 RNA 結合蛋白質のトランスクリプトーム結合部位をマップします。クリップ データ解析手法を開発し、それクリップ活性型との比較に適用されるリボヌクレオシド強化クリップ （パー-クリップ） と特定のサイトに影響を与える架橋とリボヌクレアーゼ a の消化力の違いを明らかにします。我々 は低複雑さのシーケンスを結合する、ベンハーと複雑な結合特異性を持つアルゴノート 2 の結合サイトを識別するのにこれらのメソッドの精度の唯一の小さな違いを発見しました。我々 相互リンク誘発突然変異単一ヌクレオチドの解像度にパー クリップとクリップの両方のことがわかった。我々 の結果は RNA 結合タンパク質結合部位クリップ手順中には、使用して十分に変化の条件の下で保護しないし、私達は rna シーケンス固有分解との広範な消化力が強く回復した結合部位をバイアスを示す元のクリップの出版物からの期待を確認します。このバイアスは軽度のヌクレアーゼ消化条件によって大幅に削減することができます。
マイクロ Rna 103 と 107 はインスリン感受性を調節します。
インスリン シグナル伝達の欠陥、個々 の素因となる 2 型糖尿病の発展に最も一般的で最も早い欠陥です。マイクロ Rna は、新陳代謝を含む多くの生物学的機能に影響を及ぼす規制の分子の新しいクラスとして識別されています。ただし、in vivo でのマイクロ Rna によるインスリン感受性の直接的規制は実証されていません。ここでマイクロ Rna 103 と 107 （ミール-103/107) の発現は肥満マウスで亢進であることを示します。ミール-103/107 のサイレンシング改善グルコースの恒常性とインスリンの感度に します。対照的に、ミール-103/107 関数のいずれかの肝臓や脂肪の利得は障害グルコース恒常性を誘発するのに十分です。我々 は、ミール-103/107 の直接の標的遺伝子としてインスリン受容体の重要なレギュレータ カベオリン 1 を識別します。我々 は、カベオリン 1 発現亢進時における脂肪細胞のミール-103/107 不活性化にあるとこのインスリン受容体の安定化と併用はインスリン シグナル伝達を強化、脂肪細胞サイズの減少し、インスリン刺激によるグルコース取り込みを強化を示しています。これらの所見はミール-103/107 インスリン感受性への中央の重要性を示すし、2 型糖尿病と肥満の治療の新しいターゲットを識別します。
カポジ肉腫ヘルペス ウイルスのマイクロ Rna は、カスパーゼ 3 のターゲットし、アポトーシスを調節します。
カポジ肉腫ヘルペス ウイルス （KSHV） 中の潜熱・溶菌感染の表現豊か、十二のマイクロ (mi) Rna のクラスターをエンコードします。前の研究は KSHV 潜伏感染中にアポトーシスを阻害することができるとされて;我々 は従ってこのプロセスではウイルス miRNAs の関与をテストしました。我々 は、上皮細胞 HEK293 と安定 KSHV Mirna を表現する DG75 セルからのアポトーシスが保護されたことを発見しました。KSHV miRNAs 式に対して大幅にダウン規制された潜在的な携帯電話のターゲットは、マイクロ アレイをプロファイリングを同定しました。その中で、我々 ルシフェラーゼ レポーターの試金、定量的 PCR および西部のしみが付くカスパーゼ 3 (Casp3)、アポトーシスの制御の重要な要因によって検証。サイト指示された突然変異誘発を使用して、我々 はその 3 つ発見 KSHV miRNAs ミール-K12-1、3 と 4-3 p だった Casp3 のターゲット設定に責任があります。これらの miRNAs KSHV 感染細胞内の特定の抑制内因性 Casp3 の発現の増加レベルで起因した、アポトーシスを強化します。完全に、KSHV Mirna が直接アポトーシスの以前に報告された抑制にウイルスによって参加し、こうして KSHV 誘起発癌における役割を可能性があることが示唆されました。
マイクロ Rna 194 転写因子 1 のターゲット (Tcf1, HNF1α) でジリジリ 6 の成人の肝臓およびコントロールの式です。
トランスクリプション要因 1 (Tcf1; 肝細胞核因子-1 α [HNF1α]) 肝細胞の開発と機能の非常に重要です。また肝マイクロ Rna （Mirna） Tcf1 を調節するかどうかまだ解明されていません。ここで我々 は Tcf1 依存 miRNA 式成体マウスの分析この転写因子遺伝子組み換えされていた削除 (Tcf1(-/-)) miRNA マイクロ アレイ解析を用いたします。ミール 192/194 クラスター著しくダウン規制 Tcf1(-/-) マウスの肝臓であった。ミール 192/194 レベルも Tcf1、腎臓、小腸、エクスプレス ・ 2 つの他の組織より少ない程度よりもが肝臓で減少した.ミール 192/-194 in vivo でのターゲットを識別するために我々 これらの miRNAs のための複数のバインディング サイトでどのミール 192/-194 いた沈黙またはそれぞれ、過剰発現とテスト規制メッセンジャー Rna （Mrna） 肝臓のアフィメトリクス遺伝子解析を組み合わせます。このアプローチではジリジリ 6 (Fzd6) ミール 194 として堅牢なの内在性の目的を明らかにしました。ミール 194 はまた人間 FZD6 ターゲットし、ミール 194 および Fzd6 の発現は肝細胞癌 (Dgcr8(flox/flox) p53(flox/flox) × Alb Cre) マウス モデルにおける相関反比例。結論： 我々 の結果はを通じて Fzd6 の内因性のターゲットはその肝腫瘍のミール-194 の役割をサポートします。これらの結果は、Tcf1 を介する肝増殖の重要な含意があります。
